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1.
为设计奶牛乳房炎三联重组表位多肽疫苗,选取奶牛乳房炎3种主要感染菌的候选疫苗蛋白:金黄色葡萄球菌的Ebps与ClfA,大肠埃希菌的OmpA与OmpC,链球菌的SIP与PGK,通过ABCpred和BepiPred方案,预测获得每种蛋白各有2个优势B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵法预测蛋白的CTL表位。结果显示,SIP蛋白无CTL表位,其余蛋白均存在1个CTL细胞表位;采用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测蛋白的Th表位,结果发现每种蛋白各有1个Th细胞表位。使用DNASTAR软件分析6个蛋白的二级结构,结果发现,预测获得的B/T细胞表位大多处于蛋白易于产生表位的暴露表面、无规则卷曲与转角等位置。再通过Protean程序重组拼接获得的B/T细胞抗原表位,最终设计获得抗原性较好的三联表位疫苗氨基酸序列。为新型奶牛乳房炎三联表位疫苗的研制奠定基础。 相似文献
2.
奶牛乳腺炎是主要由病原菌感染引起的奶牛常见疾病，新型疫苗研发是防控奶牛乳腺炎的重要内容之一。引起奶牛乳腺炎的主要病原菌为链球菌和葡萄球菌，包括无乳链球菌、停乳链球菌、乳房链球菌、金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌，它们都存在甘油醛-3-磷酸脱氢酶C(GapC)，且均能诱导机体产生良好的抗感染免疫保护作用。但对链球菌和葡萄球菌GapC的交叉免疫原性分析和研究缺乏报道。研究从GenBank获取链球菌和葡萄球菌GapC基因序列，利用生物信息学软件对理化性质、同源性、T细胞和B细胞表位等进行分析。结果显示，这些病原菌GapC均由336个氨基酸组成的亲水性蛋白，且无规则卷曲占比较高，表明具有良好的抗原性；三种链球菌与两种葡萄球菌之间GapC的氨基酸序列同源性67.8%～69.9%，存在4个共同线性B细胞表位、9个共同CD4+T细胞表位和9个共同CD8+T细胞表位，表明有一定的交叉免疫原性，为进一步实验研究GapC交叉免疫原性提供重要参考。 相似文献
3.
为了研制链球菌性奶牛乳房炎的有效疫苗,首先用PCR方法扩增出停乳链球菌的GapC基因。其次将GapC基因连接到pSC11穿梭质粒上,构建pSC11-GapC重组穿梭质粒。然后在脂质体的介导下将pSC11-GapC转染已感染痘苗病毒的BHK-21细胞,使之与痘苗病毒基因在BHK-21细胞内进行同源重组,得到GapC重组痘苗病毒,用rVV-GapC表示。最后用蓝斑法连续筛选5次rVV-GapC重组毒,再用PCR和Western blot分别检测rVV-GapC的重组和表达情况。结果显示,PCR电泳检测到目的条带,测序结果与GenBank公布的标准序列同源性99%,Western blot试验证明GapC蛋白在重组毒中进行了表达。rVV-GapC构建成功。重组痘苗病毒的构建为链球菌性奶牛乳房炎疫苗的研究奠定基础。 相似文献
4.
为进一步提高大肠杆菌外膜蛋白(OmpA)的免疫效果,对大肠杆菌的OmpA进行生物信息学分析并设计其表位多肽重组疫苗。运用DNAMAN 8.0和MEGA 5.0分别对OmpA进行同源性及系统发生分析,通过ExPASy-ProtParam对OmpA的理化性质进行分析,分别采用Signal P 4.1与TMHMM Serverv.2.0对OmpA进行信号肽和跨膜结构预测,应用SOPMA和SWISS-MODEL对OmpA进行二级结构和三级结构预测,通过String进行蛋白质互作网络分析,使用BepiPred 1.0和ABCpred方法预测OmpA的B细胞抗原表位,利用神经网络法与MHC-Ⅱ类分子结合肽在线预测程序预测OmpA的CTL和Th细胞抗原表位,采用DNASTAR.Lasergene.v 7.1拼接获得优势抗原表位。进化关系结果显示,OmpA在肠道菌属间遗传进化关系较近,OmpA抗体可能为不同种肠道细菌的感染提供交叉免疫保护。OmpA为亲水性蛋白质,第1—21位氨基酸为信号肽位置,具跨膜结构。OmpA的二级结构中以无规则卷曲(45.66%)、α-螺旋(31.79%)、β-片层(16.18%)和β-转角(6.36%)为主,其三级结构为桶状结构。OmpA与par、coa蛋白之间存在互作。OmpA可能有4个B细胞抗原表位,1个CTL细胞抗原表位,1个Th细胞抗原表位,且重组获得抗原性较好的OmpA表位多肽。 相似文献
5.
《西南农业学报》2016,(7)
溶藻弧菌附着定植因子ACFA蛋白具有很好的免疫原性,在疫苗上有应用前景。本试验通过分子克隆获得ACFA蛋白的表达菌株,利用SDS-PAGE切胶纯化与尿素浓度梯度复性获得ACFA蛋白,免疫小鼠制备抗血清,Western-blotting检测发现ACFA蛋白具有很好的抗原性。利用在线软件预测ACFA蛋白为亲水的分泌型蛋白,存在多个酶切位点;采用TMHMM Server v.2.0程序预测ACFA无跨膜结构并定位于细胞膜外;SOPMA服务器预测ACFA二级结构中含无规则卷曲32.56%,a-螺旋25.58%,β-转角6.05%,β-片层35.81%。通过Signal P 4.1软件分析显示,ACFA的1~18位氨基酸为信号肽序列。通过Swiss-Model程序预测的三维结构显示,ACFA蛋白没有配体。利用ABCpred和Bepi Pred方案,预测ACFA存在4个B细胞表位。运用神经网络与量化矩阵法预测ACFA具有2个CTL表位。使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测发现ACFA存在2个Th表位。 相似文献
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7.
《河南农业大学学报》2017,(1)
为设计大肠杆菌外膜蛋白OmpC的表位多肽重组疫苗,进一步提高OmpC蛋白的免疫效果,通过生物信息学软件对OmpC蛋白的进化关系、高级结构与细胞表位进行分析。结果表明,大肠杆菌、沙门伤寒菌、肺炎克雷伯菌,这3种细菌具有较高同源性,OmpC蛋白可能对这3种菌株的感染起到交叉免疫保护作用。OmpC为亲水性蛋白,1~21位氨基酸为信号肽位置,无跨膜结构并定位于细胞膜外;OmpC二级结构中含无规则卷曲43.05%,a-螺旋16.08%,β-转角0%,β-片层40.87%。OmpC蛋白可能存在5个优势B细胞表位,1个CTL表位,1个Th细胞表位;并重组拼接获得抗原性较好的OmpC蛋白表位多肽。 相似文献
8.
本研究对犬链球菌M蛋白(SCM)基因克隆,并对其进行生物信息学分析,预测其蛋白质结构及功能,为链球菌表位疫苗的研究及链球菌病的诊断提供参考。利用ExPASy ProtParam在线分析软件,预测犬链球菌M蛋白为亲水性蛋白质且属于稳定蛋白。使用SignalP 4.1软件推测该蛋白有信号肽。利用SOPMA中5种相互独立的方法预测其二级结构,其中α螺旋占83.53%,可知α螺旋为二级结构的主要元件。应用SWISS-MODEL在线分析软件,进行三级构造同源建模,发现其结果与二级结构预测结论大致相同。使用DNAStar预测软件中的Protean部分对SCM亲水性、蛋白质的二级结构、抗原性指数、表面可能性、柔韧性进行归纳比较分析,在第55~59和第377~379氨基酸区段存在B细胞表位。 相似文献
9.
为奶牛隐性乳房炎主要致病菌的检测提供参考,对采集于蒙自市奶牛养殖户的10头疑似乳房炎患病奶牛新鲜奶样20份,采用传统细菌分离鉴定方法和PCR技术鉴定奶牛隐性乳房炎的链球菌。结果表明:从传统方法分离菌中提取DNA,经PCR扩增测序为1 541bp,与GenBank数据库中收录的乳房链球菌(登录号:JF896457.1)的序列相似性达80.8%,且与Streptococcus uberis USC71-LHICA菌株的亲缘关系最近,相似性达100%,由此表明,分离菌为乳房链球菌。与传统的细菌培养方法确定细菌种类相比,PCR方法检测具有快速、准确、灵敏度高等特点。 相似文献
10.
应用生物信息学分析和预测鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白二级结构和抗原表位,为确定和筛选优势表位,研制安全、高效表位疫苗奠定基础。以克隆获得的鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白氨基酸一级结构为基础,采用DNAStar软件和生物信息学在线分析程序Prot Param、SOSUI、IEDB、SYFPEITHI等预测3-1E蛋白理化性质和二级结构,并分析其序列跨膜区、可溶性、亲水性、可及性、柔韧性参数以及抗原指数,预测B细胞表位和T细胞表位的可能区域。3-1E蛋白由170个氨基酸组成,分子式C818H1257N213O272S3,分子质量18.5234 ku,理论等电点为4.25,半衰期为10 h;无跨膜区均为膜外区,是一种可溶性蛋白。其二级结构中α螺旋占31.76%,β转角为12.35%。B细胞表位预测区域:44-49、65-67、86-87、111-116;分值较高的T细胞表位区域:52-60、94-102、97-105、154-162、157-165。运用生物信息学方法确定3-1E存在多个抗原表位,对进一步研究3-1E的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。 相似文献
11.
旨在分析OrfV-CQ株F1L基因的分子特点,预测其编码蛋白的生物学功能。对OrfV-CQ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,利用生物信息学相关软件进行序列分析并对其编码蛋白的二级结构、B细胞表位、T细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽进行预测。结果表明,OrfV-CQ株F1L基因长1 023bp,编码340个氨基酸,与Shanxi株F1L基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%和95.0%。OrfV-CQ株F1L基因编码蛋白的α-螺旋、β-片层、β-转角、无规则卷曲分别为11.21%、10.3%、2.73%、75.76%;可能存在5个B细胞优势抗原表位,3个CTL表位,4个Th细胞表位,无跨膜结构域和信号肽。 相似文献
12.
[目的]分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)电压门控钙通道β亚基(cavB)基因,预测蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨Cavβ在寄生虫病治疗中所起的作用.[方法]构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取全长cDNA序列;采用生物信息学方法对其对应的蛋白进行二级结构和B细胞抗原表位的预测.[结果]获得扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因,全长946 bp,编码180个氨基酸,理论分子质量为19.788 8 kD,等电点为5.06,属于Ca_channel_B超家族.二级结构以无规则卷曲为主,结构预测存在4个可能的B细胞抗原表位.[结论]研究对于扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因的获得和B细胞抗原表位的预测,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定了基础. 相似文献
13.
临床型奶牛乳房炎乳腺组织的比较蛋白质组研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】采用比较蛋白质组学技术分析、检测了临床健康与乳房炎奶牛乳腺组织中的差异表达蛋白,以寻找药物治疗目标,探讨奶牛乳房炎的发生机理。【方法】采用二维凝胶电泳分离临床健康与乳房炎奶牛的乳腺组织蛋白,考马斯亮蓝染色,PDQuest7.4软件自动匹配检测差异表达蛋白斑点,高效液相色谱串联离子阱质谱分析鉴定。【结果】凝胶图谱中检测出15个差异蛋白斑点,串联质谱分析后有12个蛋白斑点可搜索到相应的结果,对应于10种蛋白质,主要涉及结合、运输和催化活性等分子功能,参与细胞、代谢及生物调节等生理过程。【结论】临床健康与乳房炎奶牛的乳腺组织中蛋白的表达模式存在差异,表达差异蛋白与奶牛乳房炎的发生相关,对其分析有利于探索机体的生理病理状态,还可为揭示奶牛乳房炎的发生机理提供直接依据。 相似文献
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本研究旨在克隆猪链球菌rpoE基因,并通过生物信息学软件预测分析猪链球菌rpoE基因编码蛋白功能及其调节机制。以猪链球菌基因组为模板扩增rpoE基因,成功测序后通过生物信息学软件预测该基因编码蛋白的理化性质、抗原表位等。结果表明,成功克隆的猪链球菌rpoE基因全长582 bp,编码一种富含谷氨酸、天冬氨酸及丝氨酸的亲水性胞质蛋白;二级结构分析显示,RpoE蛋白主要结构元件为α-螺旋和无规则卷曲,分别占52.3%和36.3%。综合分析认为,RpoE蛋白上存在5个优势抗原表位。 相似文献
15.
DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测 总被引：1，自引：0，他引：1
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位,以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明,DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段,且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位,其中第10—15和182—186区段及其附近可能是DEV-NP蛋白的B细胞表位优势区。 相似文献
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为了定位拟态弧菌热不稳定溶血素VMH蛋白的B细胞线性表位,以VMH蛋白全长氨基酸序列为基础,联合利用ABCpred和Bepi Pred网络服务器综合分析预测VMH蛋白B细胞线性表位。同时,以霍乱弧菌Cytolysin蛋白为同源建模模板,利用Modeller 9.14软件构建VMH蛋白的3D结构,并使用Py Mol软件展示预测表位,确定其在3D结构中的位置。共预测出6个最有可能的B细胞线性表位,它们分别位于VMH蛋白N端P130-141、P192-203、P236-247、P281-292、P425-436和P464-475区域,且完全或大部分暴露于蛋白3D结构表面。人工合成6条预测表位肽,分别采用肽ELISA、肽抑制性免疫印迹反应和溶血活性试验进行鉴定。结果发现6个预测表位肽均能与兔抗VMH蛋白抗体发生结合反应;除预测表位P281-292外,其余5个预测表位肽能明显抑制兔抗VMH蛋白抗体与VMH蛋白间的免疫印迹反应,且具有溶血活性。结果表明,预测表位P130-141、P192-203、P236-247、P425-436和P464-475是拟态弧菌VMH蛋白的真正B细胞线性表位。 相似文献
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【目的】通过分析临床健康和乳房炎奶牛乳腺组织膜蛋白的差异表达,以期在蛋白质水平探索奶牛乳房炎的发生机理。【方法】采用二维凝胶电泳技术分离了临床健康和乳房炎奶牛的乳腺组织膜蛋白,经考马斯亮蓝染色后PDQuest 7.4软件匹配、检测凝胶中差异表达的蛋白点,对12个差异蛋白点采用高效液相色谱串联离子阱质谱分析,SEQUEST软件搜索NCBInr数据库。半定量RT-PCR分析差异表达蛋白的mRNA水平。【结果】12个差异蛋白点鉴定为11种蛋白质,其中9个蛋白点在临床型乳房炎奶牛乳腺组织膜蛋白中表达量上调而3个蛋白点表达量下调,主要涉及细胞膜骨架系统、信号转导、物质结合和传递等生物学功能。半定量RT-PCR分析表明,乳房炎奶牛乳腺组织中钙粒蛋白B的mRNA表达水平是健康奶牛的1.6倍。【结论】推测这些差异蛋白的表达变化与奶牛乳房炎发生相关,为从蛋白质水平揭示奶牛乳房炎的发生机理以及发现潜在的治疗目标蛋白提供了理论依据。 相似文献
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《河南农业科学》2018,(11)
对溶藻弧菌转运蛋白(TolB)进行结构和功能进行分析,设计其表位多肽重组疫苗,以提高溶藻弧菌TolB蛋白的免疫效果,运用生物信息学方法对溶藻弧菌TolB蛋白的系统进化关系、理化性质、高级结构和细胞抗原表位进行分析。进化关系结果显示,溶藻弧菌的TolB蛋白与副溶血性弧菌、霍乱弧菌和费氏弧菌的TolB蛋白具有较高同源性,溶藻弧菌TolB蛋白可能对这4种菌株的感染起到交叉免疫保护作用。溶藻弧菌TolB蛋白为亲水性蛋白,1—22位氨基酸为其信号肽位置,无跨膜结构并定位于细胞膜外;溶藻弧菌TolB蛋白二级结构中以无规则卷曲(40.00%)、α-螺旋(18.67%)和β-转角(11.33%)为主。溶藻弧菌TolB蛋白可能存在4个优势B细胞抗原表位,1个细胞毒性T淋巴细胞(CTL)抗原表位,1个辅助T细胞(Th)抗原表位,并重组拼接获得抗原性较好的TolB蛋白表位多肽。 相似文献
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肠出血性大肠埃希菌O157：H7紧密黏附素C300与LTB融合蛋白B细胞表位预测 总被引：1，自引：0，他引：1
目的对肠出血性大肠埃希菌O157：H7紧密黏附素C300与黏膜佐剂不耐热肠毒素（LTB）融合蛋白二级结构及B细胞识别表位进行预测,为开发新型疫苗提供理论依据.方法采用DNA star软件中的Protean预测软件对Intim in C300与LTB融合蛋白的亲水性指数、β-转角、柔韧性、表面可及性和抗原指数进行预测.结果在融合蛋白N端第1-10、20-30、110-120、210-220、300-310、350-360、380-390和415-420区段可能是α-螺旋中心,在N端第195-205、300-320、335-350和390-410区段形成4个大的β-折叠中心区域,在各β-折叠区间存在均匀且较丰富的转角区域.融合蛋白的蛋白柔性区域可能位于N端第20-35、52-65、75-85、105-115、150-160、172-188、260-275和372-388区域,这些区域有一定幅度的折叠或摆动,可形成较复杂的三级结构.亲水性区域位于第50-60、70-80、155-165、190-200、240-250、260-270、330-340和375-385区段,这8个区域作为抗原表位可能性大.结论通过生物信息学技术分析,可有效地预测融合蛋白二级结构和B细胞表位,为人工合成优势肽段进行肠出血性大肠埃希菌O157：H7的重组疫苗研制提供理论依据. 相似文献