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1.
为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段.序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低.系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型.结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株. 相似文献
2.
《中国兽医学报》2017,(7):1268-1273
为了解广东地区猪戊型肝炎的感染情况,本试验于2015年在广东不同猪场收集了2月龄内猪胆汁73份,RTnPCR检测、全基因组测序、同源性及进化分析结果显示:猪感染戊型肝炎的阳性率为6.8%(5/73),5个ORF2部分核苷酸序列同源性为87.2%~99.4%,属于基因4型,4b、4h亚型。对4b亚型中的1个阳性样品(GZHD)株进行全基因测序,其核苷酸序列与swGX40(EU676172)同源性最高为96.5%,与广东株SS19(JX855794)同源性为93.9%,与人源戊型肝炎病毒(HEV)株CVS-Sie10(LC042232)同源性为94.8%。结果表明:广东地区猪群间HEV流行毒株仍以基因4型为主,且为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。 相似文献
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4.
对已发表的戊型肝炎病毒(HEV)不同基因型毒株全序列进行分析,针对ORF3的保守区设计引物和探针优化建立了HEV荧光RT-PCR检测体系。分析表明该反应体系具有良好的扩增效率、特异性和稳定性,且检测灵敏度比普通RT-PCR方法高10～100倍。利用所建立的荧光定量PCR方法对采集自浙江及其周边上海、江苏等地区规模化猪场的样品以及HEV抗体阳性人血清样品进行了HEV核酸检测。其中,77份人血清样本仅有2份为HEV核酸阳性(2.6%)。而猪粪便样品阳性率则高达20.5%(56/273),且所调查的猪场均存在HEV感染。进一步的分子流行特征分析表明,浙江及周边地区的猪HEV毒株多为基因Ⅳ型,与其他地区的Ⅳ型HEV毒株同源性较高(83.4%～89.5%),但它们之间也存在较多的变异位点。猪源HEV毒株PJ-1则与多数Ⅲ型HEV毒株同源性较高(88%),进化分析也表明其为基因Ⅲ型。人血清样品中检测到的2份HEV毒株Human-1与Human-2与本地区Ⅳ型猪源毒株在分子进化关系上具有很高的亲源性,它们分布于同一分支内,而不构成独立分支。以上分析结果表明浙江及其周边地区猪HEV感染较为广泛,且以基因Ⅳ型毒株为主,但也存在... 相似文献
5.
为了解东北边境地区野猪及放养杂交野猪群体猪戊型肝炎病毒(HEV)感染情况,于2015—2018年在吉林省、黑龙江省的中朝、中俄边境和内蒙古自治区境内加格达奇周边地区采集6月龄以上杂交野猪血清、粪便或肛拭子样品共520份,采集野猪血清和粪便样品共248份。ELISA检测、RT-nPCR检测、全基因组测序、同源性及进化分析结果显示,杂交野猪和野猪感染HEV的血清抗体总阳性率为34.1%(136/399);核酸总阳性率为1.56%(12/771),12份核酸阳性样品均来自杂交野猪,病毒基因组ORF2部分核苷酸序列同源性为85.4%～100.0%,属于基因4型,4a、4b亚型。对4a亚型的1份阳性样品(LJG-18)进行病毒全基因组扩增测序,其核苷酸序列与日本的人源毒株JKO-ChiSai98C同源性最高,为94.9%,与吉林省猪源毒株Ch-S-1同源性为90.2%。结果表明:东北边境地区放养杂交野猪群具有较高的HEV血清抗体阳性率,HEV流行毒株以4a亚型为主。本试验针对我国野猪及放养杂交野猪群体开展猪戊型肝炎流行病学调查,为该病的流行情况提供了新的科学数据,对我国养猪业健康发展和公共卫生安全具有重要意义。 相似文献
6.
猪是人兽共患病病原戊型肝炎病毒（HEV）Ⅲ、IV基因型的重要贮存宿主。为了解云南省临沧市猪HEV的遗传进化情况，从规模猪场、猪散养户以及猪屠宰场，随机采集粪便153份、肝脏36份和胆汁54份，采用巢氏PCR进行HEV ORF2基因片段扩增、克隆、测序和生物信息学分析。结果显示：在243份样品中，检出137 bp目标片段阳性61份，阳性率为25.1%(61/243)；对检出的阳性样品进行ORF2部分序列扩增，得到6份348 bp目标片段。6份348 bp目标片段间的核苷酸同源性为86.0%～95.6%，均为基因IV型；与HEVI—VⅢ型代表株的同源性分别为75.0%～81.7%、72.7%～77.0%、72.7%～79.3%、80.5%～94.1%、75.7%～80.7%、75.0%～81.0%、73.3%～80.3%和71.3%～76.1%，与我国人源代表毒株AJ272108BeijingHuman的同源性为81.3%～87.7%；基因亚型分析显示，6份348 bp目标片段中，除1份是4b亚型外，其他5份都属于4a亚型。结果表明，临沧市猪群中存在人兽共患病病原HEV基因Ⅳ型流行，且有通... 相似文献
7.
为调查规模化猪场中戊型肝炎病毒(HEV)感染和流行特征,首先在4个猪场采集血样80份,用酶联免疫吸附试验(ELISA)榆测抗-HEV IgG抗体.在此基础上,作者于2007-2009年采集规模化猪场肛拭子样品415份,及规模化猪场送检的临床病猪肝脏样品135份,应用巢式PCR(RT-nPCR)方法进行HEV RNA检测,将PCR扩增产物测序,利用Neighbour-joining法进行进化分析.结果:4个猪场80份血清中HEV阳性血清56份,抗-HEV抗体阳件率高达60.0%以上.8个规模化猪场中有5个猪场的肛拭子检测到HEV,肛拭子阳性率8.43%(35/415);从临床送榆的发病猪采集的肝脏样品中HEV阳性率为15.55%(21/135);HEV RNA最早检出日龄为7 d,最晚检出日龄为84 d.遗传进化分析表明:测序的38株阳性毒株之间同源性为92%～100%,均属于HEV基因4型.其中,从肛拭子中分离的毒株(FJ445406)与猪源毒株DQ279091株处在同一分支上;而肝脏中分离的毒株(GQ202266.1)和人源毒株处在一个亚支,属于4型巾的同一亚型,表明该毒株与人源毒株亲缘关系较近.本研究表明华中地Ⅸ猪群中普遍存在HEV感染,阳性率较高.本研究为规模化猪场HEV的防控提供了依据. 相似文献
8.
《畜牧与兽医》2021,(8)
为了解陕西省屠宰生猪猪圆环病毒2型(PCV2)的感染及其遗传变异情况,通过PCR方法,对2018—2019年采自陕西省咸阳和杨凌地区生猪屠宰企业的300份血样进行PCV2病原学检测,并扩增部分阳性样品的开放阅读框2(ORF2)基因,同时进行序列比对和遗传变异分析。试验结果显示,38份血样PCV2病原学检测为阳性,阳性率12.67%;选取的20份阳性血样,扩增ORF2基因并比对分析,结果11个属于PCV2b亚型(55%),9个属于PCV2d亚型(45%),说明PCV2b亚型和PCV2d亚型是陕西省屠宰生猪中PCV2的主要流行毒株。本研究结果有利于掌握陕西省屠宰生猪中PCV2毒株流行情况,从而为PCV2感染的针对性防治提供依据。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(10):10-13
为了解云南省猪群戊型肝炎感染情况,从云南省8个猪场采集166份新鲜猪粪便样品,用套式RT-PCR技术对戊型肝炎病毒(HEV)核酸进行检测,结果 21份样品阳性,阳性率为12.7%,感染率较高。通过PCR产物片段的测序分析,去除重复序列后得到11株基因序列。同源性分析结果表明,这11株毒株序列与选定的Gen Bank中基因1型、2型、3型和4型参考序列的核苷酸序列同源性分别为85.6%~87.8%,85.6%~87.8%,85.6%~95.6%和92.8%~98.9%,说明这些株毒株属于基因4型,与中国其他地区分离的毒株同源性最高,证实HEV的流行具有地理分布的特征。 相似文献
10.
旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018—2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型。RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%（68/332,95% CI=16.3%~25.2%）,22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%（17/22,95% CI=54.6%~92.2%）,健康样本阳性率为2.86%（3/105,95% CI=0.6%~8.1%）,腹泻样本阳性率为28.63%（65/227,95% CI=22.8%~35.0%）,系统进化分析显示所有阳性株均为G4型。为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年。并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%~93.1%。通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3 746—4 655 bp。本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据。 相似文献
11.
为了解甘孜州藏猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况，分析其相似性和遗传进化关系。本试验用反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)方法对采集于2018—2019年甘孜藏族自治州藏猪主要养殖区域4个县10个藏猪养殖场的229份藏猪粪便样本进行核酸检测，并对全部阳性样本进行ORF2基因部分片段扩增测序，遗传进化分析。结果显示：猪粪便HEV核酸阳性率为16.59%(38/229,95%CI=12.00%～22.10%),猪场HEV阳性率为70%(7/10,95%CI=34.8%～93.3%);38个ORF2基因片段彼此之间核苷酸序列相似性为76.1%～100.0%,推导的氨基酸序列相似性为79.6%～100.0%,系统进化树分析显示所有阳性毒株均为基因4型，且与人源HEV毒株亲缘关系近。结果表明甘孜州藏猪中存在一定程度的HEV感染，与人源HEV毒株遗传关系近，相关部门采取防控措施以降低HEV感染的公共卫生风险。 相似文献
12.
《中国兽医学报》2017,(1):54-59
为了了解吉林地区HEV分子背景和流行特征,对2013年采自吉林地区养殖场的毒株编号为Ch-S-1的Ⅳ型戊型肝炎病毒(HEV)的全基因序列进行了分析。通过提取病毒RNA,采用RT-PCR方法分段扩增HEV全长基因,两端采用RACE法扩增,经过序列测定和拼接,利用ClusterX1.81、MEGA3.0、Phylop win 3.0软件分析基因序列。最终得到了HEV Ch-S-1全长基因组(GenBank登录号EF077630,7 261bp),其中ORF1、ORF2和ORF3分别编码1 706,674,114个氨基酸。与人源及猪源各基因型HEV相比,Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF1片段同源性在78.8%~86.9%之间,而与基因Ⅳ型的ORF1片段同源性在93.7%~97.6%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF2片段同源性在87.5%~92.4%之间,而与基因Ⅳ型的ORF2片段同源性在95.9~98.2%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF3片段同源性在75.2%~84.0%之间,而与基因Ⅳ型的ORF3片段同源性在97.5%~99.2%。结果表明:HEV Ch-S-1全序列的基因结构特征与HEVⅣ型基本一致。 相似文献
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猪戊型肝炎病毒的流行病学调查 总被引：1，自引：1，他引：0
利用双抗原夹心ELISA对2009-2011年间采自广东省各地区的若干猪场的484份血清样品,进行血清流行病学调查;对69份病猪胆汁样品进行分子流行病学调查,分离得到猪源戊型肝炎病毒(swine hepatitis E virus, swHEV),并基于ORF2部分基因序列进行核苷酸序列比对、相似性分析和遗传进化树分析,以期初步了解广东各地猪群戊型肝炎(hepatitis E, HE)的感染情况和流行特点。试验结果显示,全部被检查猪的swHEV抗体平均阳性率为71.9%(348/484),分离的猪源HEV毒株均属于基因Ⅳ型,阳性率为71.0%(49/69)。调查结果表明基因Ⅳ型swHEV在广东地区普遍流行。 相似文献
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为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。 相似文献
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猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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为了解猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)在广西北部湾地区的流行情况和其ORF2基因的遗传变异规律,本研究采用PCR方法对2016年采自广西北部湾地区规模猪场和农村散养户的306份疑似PCV2感染猪的血液和组织样品进行了PCV2的病原学检测,同时对分离的4株PCV2 ORF2基因进行PCR扩增、克隆和测序,并与Gen Bank中登录的34株国内外PCV2参考株ORF2序列进行比对和遗传进化分析。结果表明:PCV2检测阳性样品为129份,阳性率为42.16%。随机选取的4份阳性病料PCV2 ORF2基因测序结果显示,4个毒株遗传关系上均属于Group 1(PCV2b),其中BBW-1和BBW-2分离株属于1A分支且分别与Fd3株(AY321984)和NL_PMWS_3株(AY484415)同源性较高,BBW-3和BBW-4分离株属于1B分支且BBW-4分离株与Hu Zhou0301株(AY536756)和NL_Control_1株(AY484407)同源性较高,其ORF2基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%~99.5%和93.9%~95.4%,说明该地区PCV2的优势基因型是PCV2b。研究结果不仅有利于掌握广西北部湾地区PCV2流行毒株同源性情况,而且将为该地区(porcine circovirus associated disease,PCVAD)的防治和新型疫苗的研制提供依据。 相似文献
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2016-2017年江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解近年来江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）分子流行病学和其遗传变异情况,本次调查于2016-2017年从江西省各地区规模化猪场采集453份疑似猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）的病料,采用RT-PCR方法对所有病料进行检测。结果发现,其中321份病料为PRRSV阳性,阳性率为70.86%,各地区的阳性率在19.15%~84.85%之间。挑选14份阳性样品测序后,经ORF5基因序列分析,江西地区各PRRSV毒株ORF5基因的核苷酸同源性为83%~100%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性在59.9%~98.5%之间。基于ORF5基因的进化树分析表明,14个测序毒株均为美洲型毒株,其中有4株为基因亚型Ⅰ,即高致病性毒株（HP-PRRSV）;3株为基因亚型Ⅱ,即经典毒株;3株为基因亚型Ⅲ,即NADC30-like毒株;4株为新出现的基因亚型Ⅳ。氨基酸序列比对分析表明,基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ毒株ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸在3个表位及2个重要的抗原相关区域存在较大变异,其中以NADC30毒株为代表的基因亚型Ⅲ毒株和以GD1404毒株为代表的基因亚型Ⅳ毒株均表现出独有的氨基酸变异,这些变异可能会影响GP5蛋白的免疫原性。本次调查结果表明,2016-2017年江西地区PRRSV流行出现了新形势,美洲型毒株出现了多基因亚型共同存在的局面,以高致病性毒株（HP-PRRSV）为主,NADC30-like毒株和新基因亚型等新毒株的比例较高,同时还存在经典毒株;持续实时监测PRRSV的毒株流行和变异情况,可为临床诊断、药物和疫苗开发及PRRS的科学防控提供依据。 相似文献
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为了解广东省育肥猪群猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)携带情况,2019年在广东省43个生猪屠宰场,采集临床健康生猪淋巴结样品840份,运用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒进行PRRSV核酸检测。设计PRRSV ORF5基因引物,选取部分阳性样品进行RT-PCR,测序后进行基因序列分析。结果显示:840份样品的PRRSV阳性率为17.02%,其中美洲型为14.29%,欧洲型为2.73%;成功获得15份样品的ORF5基因序列,其中12株为美洲型,3株为欧洲型;美洲型毒株中包含:JXA1-like毒株5株,GM2-like毒株3株,NADC30-like和VR2332毒株各2株;美洲型毒株基因相似度为87.5%～99.6%,欧洲型为90.2%～90.4%。对美洲型毒株的ORF5基因编码的氨基酸进行分析,发现检测到的不同亚群毒株各个功能区存在广泛的、显著的变异。结果表明,广东省屠宰场猪群的PRRSV隐性带毒率较高,且毒株复杂多样,以美洲型毒株为主,且已存在欧洲型毒株。建议落实并强化规模化猪场生物安全措施,加强流行病学监测,继续推动PRRSV净化工作。 相似文献
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为了解广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株ORF5基因遗传变异情况,采用RT-PCR对2018年采自广东部分地区疑似患有PRRS的猪肺组织样品进行PRRSV ORF5基因扩增以及克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明,成功扩增出18株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段。ORF5基因序列分析表明,18株PRRSV流行毒株ORF5基因核苷酸同源性为83.7%~99.8%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性为62.1%~99.8%。基于ORF5基因的遗传进化树分析表明,18株PRRSV流行株均为美洲型毒株。其中,10株与以JXA1为代表的高致病性毒株亲缘较近,2株与新型高致病性毒株FZ16A相似;1株与以NT1为代表的疫苗返强毒株亲缘较近,1株与以R98为代表的疫苗毒株亲缘性较近,4株与广东新报道的GM2和QYYZ毒株亲缘性较近。DNA推导氨基酸序列分析表明,18株流行株的氨基酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异,GP5抗原表位上存在着差异。研究结果揭示了广东地区PRRSV有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行,提示养殖者谨慎、合理使用疫苗,防止疫苗毒株返强和毒株重组,为该地区防控PRRS提供参考。 相似文献