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松杨栅锈菌的ITS序列和微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。【方法】对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。【结果】中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高（99.8%），同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低（99.5%），中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明，供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著，其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符，C2小种在遗传上表现单一。【结论】该菌ITS序列高度保守，不适合种下阶元划分，各菌系ITS序列无显著差异。ISSR标记适合该菌种内群体遗传分析，中国松杨栅锈菌存在西部和北方两大菌群。 相似文献
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小麦条锈菌条中32号生理小种SCAR检测标记的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】建立具有应用价值的小麦条锈菌条中32生理小种的SCAR检测标记。【方法】用100条随机引物对我国目前主要流行的12个小麦条锈菌生理小种进行RAPD筛选,寻找特异性片断,并对其进行克隆、测序,将该特异性片段转化成条中32号小种的SCAR专化型标记。设计并合成SCAR特异性引物,对不同来源的条中32号进行SCAR检测。【结果】引物S1271从条中32号生理小种中扩增出长度为320 bp的特异片段,该片段可作为条中32号的SCAR标记。从不同来源的条中32号生理小种中扩增出了筛选到的SCAR标记。【结论】成功建立了条中32专化SCAR标记。 相似文献
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大白菜细胞核显性雄性不育基因连锁标记的筛选 总被引：7，自引：1，他引：6
【目的】筛选出大白菜细胞核显性雄性不育基因的连锁标记,利用该标记对显性不育基因跟踪、鉴定,提高选择效率,缩短转育周期,加快育种进程。【方法】以大白菜细胞核显性雄性不育基因的分离群体B00160（[938A ×太NB]-2X3-1X2）的115个单株为试材,采用BSA方法和RAPD技术,对400个随机引物进行筛选。【结果】获得了一个与核基因显性雄性不育基因连锁距离为1.74 cM的RAPD标记M264300。将该多态性片段克隆、测序和序列分析,设计了一对长20 bp的特异性引物,成功地将RAPD标记转化成为SCAR标记SM264300。该标记与雄性不育基因的遗传连锁距离为2.61 cM。利用该SCAR标记对另外2份育性分离群体的不育基因进行检测,准确率达到100%。【结论】该标记可用于大白菜核显性不育基因转育过程中的辅助选择。 相似文献
4.
【目的】家蚕（Bombyx mori L.）品种和纯度的鉴别，普遍依靠幼虫斑纹或茧形等形态鉴别方法，该方法易受环境影响，结果时效性和准确性差。【方法】筛选RAPD随机引物，稳定扩增出亲本品种的DNA特异性片段，转换成SCAR标记。 【结果】利用微量DNA抽提法，从家蚕主要品种苏5、苏6及其F1孵化前日卵快速提取单粒卵基因组DNA，筛选出RAPD随机引物S42，稳定扩增出苏5和苏6两个亲本品种的DNA特异性片段R5和R6，克隆和测序确认其大小分别为255bp和343bp。Blastn分析显示，R5的nt7～192与家蚕的一个非长末端逆转录转座子（AB002270.1）的nt183～368片段碱基序列有高达91%的相似性，无缺口序列。R6的nt5～340与家蚕的一个WGS（BAAB01113163.1）的nt675～337有91%的一致性，其中存在13个碱基的缺口序列。将2个亲本的RAPD标记转换成SCAR标记，分别利用合成的S42-255-2（P5-2）和S42-343-2（P6-2）SCAR标记引物，能够准确、快速地鉴别所标记的苏5和苏6及其F1蚕品种。【结论】SCAR分子标记方法能够检测家蚕品种和纯度。 相似文献
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小麦抗叶锈基因Lr45的SCAR标记 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】建立小麦抗叶锈基因Lr45 SCAR（sequenced characterized amplified region序列特征扩增区域）标记。【方法】以小麦抗叶锈病基因材料TcLr45和感病材料Thatcher为亲本,利用黑麦基因组特异的RAPD标记引物OPH20进行PCR扩增,对获得的与预期大小相同的1.5kb的特异片段进行克隆测序,并根据该序列设计一对特异PCR引物LRYR和LRYF,对TcLr45×Thatcher F2代单株构建的分离群体进行扩增,验证该标记与Lr45的连锁关系,Mapmaker 3.0软件绘制遗传连锁图。【结果】该标记在TcLr45中扩增出单一条带,片段大小为1 272 bp（命名为Ypsc20H1272）,而在感病亲本中则无扩增条带。F2代分离群体进行连锁分析,遗传距离为8.2 cM,该标记为与Lr45连锁的SCAR标记。【结论】将Lr45的RAPD标记转化成SCAR标记。 相似文献
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番茄抗叶霉病基因Cf6的RAPD及SCAR标记 总被引：5，自引：0，他引：5
【目的】寻找与番茄抗叶霉病基因Cf6连锁的分子标记。【方法】 以番茄抗叶霉病和感叶霉病亲本组合（03036×03748）的F2分离群体为研究材料,采用BSA法和RAPD技术筛选与抗病基因连锁的分子标记。【结果】经F2单株分析,在后代群体中扩增出了两条长约500 bp的特异片段,该特异标记与叶霉病抗性基因Cf6紧密连锁,遗传距离为8.7 cm。测序结果显示,目标片段的大小分别为619 bp和559 bp,并将该标记转换为SCAR标记。【结论】SCAR标记,可用于番茄叶霉病抗性分子标记辅助育种。 相似文献
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以156条随机引物,对目前中国落叶松杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb)的主要优势菌系进行了RAPD片段的筛选,寻找到了1号3、号4、号5、号4个流行生理小种的特异性RAPD标记。经过多批次扩增,引物S205和S284分别得到1号生理小种长度约450和760 bp的特异条带,S25得到3号生理小种长度约1440 bp的特异条带,S51和S286得到4号生理小种长度约970和1020 bp的特异条带,S23和S96分别得到5号生理小种长度约750和780 bp的特异条带。此结果表明,通过寻找落叶松杨栅锈菌生理小种的特异性RAPD片段,能够建立起中国落叶松杨栅锈菌生理小种的分子检测体系。 相似文献
8.
【目的】建立巢式PCR方法,快速检测处于病害潜育期的玉米叶片内的多堆柄锈菌(Puccinia polysora),为玉米南方锈病(southern corn rust)的预测和防治提供技术支持。【方法】根据多堆柄锈菌ITS区序列,在其变异区设计3条多堆柄锈菌特异性检测引物NX471-F、NX255-F和NX255-R,建立以NX471-F与真菌ITS区通用引物ITS4为外侧引物,NX255-F/NX255-R为内侧引物的巢式PCR。采用20μL扩增体系：Ex Taq DNA聚合酶(5 U·μL-1)0.15μL、10×Ex Taq Buffer(Mg2+plus)2μL,d NTP Mixture(各2.5 mmol·L-1)1.6μL,上下游引物(10μmol·L-1)各0.3μL,DNA 1μL,14.65μL ddH2O。扩增程序：利用外侧引物NX471-F/ITS4进行第一步PCR扩增,95℃预变性7 min;95℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸45 s,... 相似文献
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【目的】基于SRAP分子标记技术,筛选出与草菇(Volvariella volvacea)菌丝退化性状紧密连锁的分子标记,为进一步研究目标性状基因的克隆与功能奠定基础。【方法】以草菇正常生长菌株V51(对照)与其菌丝退化菌株(VNM1~10)为材料,采用群体分离分析法分别构建2种草菇的近等基因池。利用SRAP分子标记技术,寻找两类菌株的差异片段,回收差异片段后与pMD-18T载体连接,构建重组质粒pMD-VNMDF并转化E.coli DH5α感受态细胞,将筛选的阳性克隆测序。根据差异片段序列设计引物,将其转化成SCAR分子标记,并对草菇正常菌株V51及其菌丝退化菌株VNM进行扩增试验,验证该标记的真实性和可靠性。【结果】81对SRAP引物组合中有2对引物可扩增出稳定差异条带,其中引物对Me8-Em4PCR扩增出长度约300bp的差异条带(命名为VNMDF)存在于退化菌株中。对SRAP分子标记片段VNMDF回收、测序并进行序列分析发现,该片段长度为279bp,其核酸、氨基酸序列与编码26S蛋白酶体亚基的相似性分别达到81%和93%。利用SCAR特异引物对SCAR250可在菌丝退化菌株中稳定扩增出长度约250bp片段,与预期大小(279bp)一致,而在正常菌株中未扩增出此片段。【结论】获得了1条可能与草菇菌丝退化性状基因紧密连锁的SRAP分子标记,并将其成功转化为SCAR标记(SCAR250)。 相似文献
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水貂自咬症SCAR标记的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对健康和自咬水貂群体进行检测,并在此基础上进行了RAPD向序列特异性扩增(SCAR)标记的转化。从100个RAPD随机引物中筛选出5个重复性好的引物。通过对引物(A1)的扩增能够在两群体中找到差异标记(HA-400)和共有标记(SA-500),对其进行克隆、测序,并根据测序结果设计两对SCAR引物(SHA-400和SSA-500)。SHA-400和SSA-500在健康和自咬群体中均有扩增。其中,SHA-400在两个群体扩增频率分别为82.5%和22.5%,差异极显著(P0.001);SSA-500在两群体的扩增频率为87.5%和97.5%,差异不显著(P0.05)。结果表明:HA-400可初步作为区分健康和患病水貂群体的分子遗传标记。 相似文献
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辣椒脉斑驳病毒的多基因联合检测与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）是辣椒生产上危害严重的病毒,也是口岸检疫的重要病毒之一。本文旨在建立一种快速检测ChiVMV的多基因联合检测方法,实现ChiVMV的快速、准确鉴定。【方法】利用DAS-ELISA、RT-PCR方法对印度进境辣椒进行检测以确定是否携带有ChiVMV。根据ChiVMV外壳蛋白（coat protein,CP）和圆柱状内含体蛋白（cytoplasmic inclusion protein,CI）保守区域分别设计引物,筛选两个基因（CP和CI）的特异性引物组合,通过设定不同的引物用量组合以及对退火温度等条件进行优化,探索最佳的反应条件,建立多基因联合检测方法。利用建立的多基因联合检测体系对包含ChiVMV在内的辣椒病毒进行检测,以验证该体系特异性。同时对ChiVMV阳性样品的不同浓度cDNA进行扩增,测定其检测灵敏度。此外,对田间辣椒样本进行检测,以验证体系的实际应用效果。【结果】通过对印度进境辣椒的DAS-ELISA检测,发现样品提取液与ChiVMV呈阳性反应;利用CP861-F/CP861-R特异性引物对进行RT-PCR,扩增出与预期大小相一致的特异性片段,确认该批辣椒样品携带有ChiVMV。多基因联合检测体系中,应用引物对CP337-F/CP337-R、CI655-F/CI655-R分别扩增出长度为337、655 bp的特异性目的片段。经优化后的反应体系和程序为cDNA 2 μL、CP337-F/CP337-R各0.625 μL（10 μmol·L-1）、CI655-F/CI655-R各1.375 μL（10 μmol·L-1）、2×PCR Master Mix 12.5 μL、ddH2O 6.5 μL,退火温度50℃,共35个循环。建立的多基因联合检测方法具有良好的特异性和灵敏度,两个基因检测灵敏度均为10-4数量级。实际应用检测结果表明,该方法可从感染ChiVMV的样品中同时扩增出CP和CI的特异性目的片段。【结论】建立的多基因联合检测方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好的特点,可为辣椒脉斑驳病毒的快速检测提供可靠的技术支持。 相似文献
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河南和河北冬小麦区假禾谷镰孢的遗传多样性 总被引：7，自引：0，他引：7
【目的】运用ISSR-PCR技术揭示中国河南和河北省冬小麦区6个地理群体小麦茎基腐病优势病原菌假禾谷镰孢（Fusarium pseudograminearum）的遗传多样性。【方法】利用筛选的17个ISSR引物对从河南和河北冬小麦区收集的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增。根据群体扩增的结果,用POPGENE version l.32软件计算各项遗传多样性参数。根据不同地理群体的遗传相似系数,用NTSYSpc version 2.11软件进行群体聚类分析。【结果】从97个ISSR引物中筛选出了17个多态性较好的引物,用这17个引物对河南和河北冬小麦区的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增,共扩增出234个DNA片段,其中多态性位点为218个,占总扩增片段的93.16%。平均每个引物可以扩增出13.76个条带,扩增产物大小在150-2 500 bp。POPGENE分析表明,6个地理群体的多态位点数在58-208,平均为124;多态位点百分率在24.79%-88.89%,平均为52.92%;有效等位基因数在1.1548-1.3293,平均为1.2584。遗传多样性分析表明,在地理种群水平上,Nei’s基因多样性指数在0.0897-0.2069,平均为0.1548;Shannon’s信息指数在0.1337-0.3257,平均为0.2368,这表明不同地理群体间存在一定的遗传变异。河南北部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最高,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最丰富。河南南部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最低,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最低。遗传相似性分析证明,河南北部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最近,河南南部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最远。6个地理群体间的遗传分化系数Gst为0.1571,群体内为0.8429,群体内多样性大于群体间的多样性。6个地理群体间的基因流Nm为2.6819,说明不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。6个地理群体总基因多样度Ht为0.1837,各地理群体内基因多样度Hs为0.1548,地理群体间基因多样度Dst为0.0289,这说明相同地理来源的菌株有具有较近的亲缘关系。在遗传相似系数为0.966时,可将6个地理群体划分为2个不同的类群。第Ⅰ类群包括河南北部、河南东部、河南中部、河北中部和河南西部地区,河南南部地区属于第II类群。【结论】河南和河北冬小麦区小麦茎基腐病假禾谷镰孢6个地理群体之间的遗传分化与其地理来源之间有一定的相关性,群体内多样性大于群体间,不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。 相似文献
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新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因特异PCR扩增引物的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]筛选鉴定新疆杏自交不亲和相关S-RNase基因的有效引物.[方法]以新疆30个杏品种为试材,选用已报道的蔷薇科李属通用的5对引物组合进行S-RNase基因特异PCR扩增,并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行评价.[结果](1)5对引物组合对30个杏品种均扩出了条带,除了洛浦2号只扩出1条带之外,其余的29个品种都扩增出了两条带;(2)5对引物组合对新疆主栽杏的扩增效果差异较大,其中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD的扩增成功率和扩增系数均为最高(86.67;, 95.00;),扩增出两条带的品种有25个;其次,引物组合PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R的扩增成功率达66.67;,扩增系数达83.33;,扩出两条带的品种有20个.[结论]5对引物中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD对新疆杏品种S-RNase基因的鉴定效果最好. 相似文献
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【目的】研究南方根结线虫（Meloidogyne incognita）Me3毒性变异群体的分子标记,用快速有效的分子方法来鉴定毒性变异的发生。【方法】以南方根结线虫的无毒群体以及抗性基因Me3毒性群体为材料,用根据南方根结线虫基因组设计的100对引物和19对来自文献的引物进行扩增,筛选出在3个种群中扩增的差异条带,设计SCAR引物,并建立多重PCR反应体系。【结果】得到了7对能在3个群体稳定扩增出差异条带的多态性引物,把其中的2个位点开发为SCAR标记,能够区分开3个线虫群体。多重PCR反应体系在无毒群体和Me3毒性群体中分别扩增出1条999 bp和1条629 bp的条带,在混合群体扩增出999和629 bp的2条带。【结论】成功开发了对Me3表现毒性的南方根结线虫变异群体的分子标记,可用多重PCR体系一次性鉴定Me3毒性变异的发生。 相似文献
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[目的]鉴定南疆扁桃品种自交不亲和S-RNase基因型,可为科学合理地配置授粉品种提供依据,有效提高南疆扁桃的产量.[方法]以南疆10个扁桃品种的叶片为试材,利用蔷薇科通用引物PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R、EM - PC2consFD+ EM - PC3consRD对叶片基因组DNA进行S-RNase特异性扩增,将克隆测序结果在GenBank上进行同源性比对.[结果]显示10个扁桃品种均获得2条带,共20条带,包含16种不同的S基因核苷酸序列,其中4个为GenBank上登录的已知S -RNase基因序列,分别为S1(1 370 bp)、S12(2 479bp)、S14(740bp)、S52(1 626bp),12个为新的S-RNase基因序列,暂时分别命名为SA(780bp)、SB(530bp)、SC(1261 bp)、SD(432 bp)、SE(1266bp)、5F(270 bp)、SG(1263 bp)、SH(272 bp)、SI(690 bp)、SJ(1 523bp)、SK(755bp)、SL(1 486bp).[结论]鉴定出10个品种的S- RNase基因型. 相似文献
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中国50个甘蓝代表品种EST-SSR指纹图谱的构建 总被引：7，自引：1，他引：6
【目的】研究甘蓝DNA指纹鉴定方法,并构建50份中国甘蓝代表品种DNA指纹数据库,为甘蓝品种特异性、真实性、纯度鉴定提供参考依据。【方法】首先,利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和来源不同的甘蓝材料对已开发的甘蓝EST-SSR引物进行筛选,获得多态性引物;然后将可用于甘蓝DNA指纹鉴定的核心引物正义链5′末端分别标记TAMRA、HEX、 ROX、6-FAM四种荧光,利用DNA分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并确定每个等位变异的标准品种。利用核心引物扩增结合标准品种的片段大小,构建中国50个甘蓝代表品种的SSR指纹数据库。通过人工构建模拟群体对‘中甘21’品种真实性进行鉴定,进而对该指纹鉴定技术进行验证。【结果】利用6份来自中国不同生态条件、植物学性状差异较大的甘蓝品种对978对EST-SSR引物进行初步筛选,获得带型清晰、具有多态性的引物128对。进一步根据引物扩增带型清晰、多态性信息指数较高、不同等位变异的带型易于区分、在染色体上分布均匀原则,筛选出20对核心引物。该套引物可以检测甘蓝染色体20个位点的58个等位变异,平均每条染色体上被检测位点2.22个,平均每个位点包含2.9个等位变异,其中引物BoE607、BoE723等位变异数最多为5个,PIC值处于0.34-0.76之间。通过DNA分析仪检测显示等位变异扩增片段长度范围143-296 bp。利用20对核心引物构建50份中国甘蓝代表品种DNA指纹数据库,并阐述了甘蓝SSR-DNA指纹鉴定的应用和技术流程。本研究还对来自甘蓝主产区的31份‘中甘21’品种进行真实性鉴定,结果显示指纹鉴定与田间鉴结果完全一致。【结论】筛选获得20对核心引物,用于构建中国50个甘蓝代表品种DNA指纹数据库,通过构建人工模拟群体对‘中甘21’品种的真实性进行鉴定,准确率达100%。 相似文献
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ISSR Marker and ITS Sequence Study of Melampsora Larici-populina 总被引：1，自引：0，他引：1
YU Zhong-dong LIU Xiao-yong CAO Zhi-min 《中国农业科学(英文版)》2006,5(11):847-854
To compare the differences in intertranslation space of ribosomal DNA （ITS） of Melampsora larici-populina, between the isolates from China and isolates from other countries, this study investigated ITS sequences and ITS polygenetic tree based on 11 isolates that were collected from 5 races in different parts of China. The results indicated that there was no difference among the ITS sequences of 11 isolates from China. The ITS sequence of isolates from China was more homogeneous with that of isolates from Britain compared with France, Germany, and Canada. Intersimple sequence repeat （ISSR） markers were also used to study the genetic division of Melampsora larici-populina, and the results showed that the 11 tested isolates could be divided into Western population and Northern population. Genetic diversity index of race C2 was significantly different from that of races C4, C3, and C1, and no significant differences were observed among the other races. Pathogenicity division of races must not harmonize with their genetic division, except race C2. The ITS region is conservative, and ITS sequence is not fit for studying the differences that existed among the races. ISSR marker can be used for intraspecies population study, and Melampsora larici-populina in China can be divided into two populations. 相似文献
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【目的】建立一种灵敏、快捷的检测蝗虫微孢子虫(Paranosema locustae)的套式PCR方法,为运用微孢子虫防治蝗虫提供技术支持。【方法】以GenBank数据库中公布的保守性高的微孢子虫小核糖体亚单位RNA为目的基因,采用PrimerSelect软件设计两对特异的套式PCR引物P.L.-F1/P.L.-R1和P.L.-F2/P.L.-R2,将微孢子虫液用0.2 mol·L~(-1) KOH处理后得到的发芽液作为模板进行PCR扩增,建立以P.L.-F1/P.L.-R1为外侧引物、P.L.-F2/P.L.-R2为内侧引物的套式PCR,扩增产为分别为298和242 bp。对引物浓度、退火温度及循环数进行优化,建立套式PCR方法,以此方法对梯度稀释的微孢子虫液进行灵敏性检测,并对采自哈密地区巴里坤北山的蝗虫样品进行检测。同时对提取的微孢子虫液进行传统的显微镜检测,并比较两种方法的灵敏度。【结果】建立了蝗虫微孢子虫的套式PCR快速特异性检测方法,优化后的PCR反应体系均为20μL:Buffer(10×)2.0μL,d NTPs(10 mmol·L~(-1))0.3μL,TaqDNA酶(250 U)0.3μL,上、下游引物(10μmol·L~(-1))各0.3μL,微孢子虫发芽液(第2轮以第1轮产物10×稀释液为模板)1μL,加水补充至20μL;PCR反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性30 s,第1轮60℃退火(第2轮62℃退火)30 s,72℃延伸20 s,共35个循环;72℃延伸10 min,10℃保存。灵敏度试验显示,检测的微孢子虫数量可以达到12.2个孢子/μL(DNA量为1.07 pg·μL~(-1))。应用建立的套式PCR方法,对采自新疆哈密地区巴里坤北山的240头蝗虫样品进行了微孢子虫检测,检测结果为23.3%的阳性,而显微镜检测结果阳性仅为3.8%。【结论】研究建立的套式PCR方法能够快速特异地检测蝗虫微孢子虫的感染,为蝗虫微孢子虫致病性研究及田间应用提供了技术支持。 相似文献