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圆斑星鲽MHC IIB基因结构、多态性及组织表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF)长度为687bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1)、IGC区(β2)、跨膜区和胞质区5个结构域。同源分析表明,圆斑星鲽MHCIIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%～79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鲨的相似性较低,分别为34%、33%、31%和30%。圆斑星鲽MHC ⅡB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在1个109bp的内含子。根据获得的MHC ⅡB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位。利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHCIIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有... 相似文献
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采用RACE技术,在圆斑星鲽(Verasper variegatus)脑中克隆到3种GnRH基因的cDNA序列: cGnRH-Ⅱ、sGnRH和sbGnRH.每种GnRH都包括1个信号肽、1个Gly-Lys-Arg连接序列和1个GnRH相关肽.其中, cGnRH-Ⅱ的cDNA全长为568 bp,编码85个氨基酸, ORF为255 bp,5′UTR为141 bp,3′UTR为169 bp.sGnRH的cDNA全长为457 bp,编码90个氨基酸, ORF为270 bp,5′UTR为41 bp,3′UTR为143 bp.sbGnRH的cDNA全长为381 bp,编码98个氨基酸, ORF为294 bp,5′UTR为48 bp,3′UTR为36 bp.分析了3种GnRH基因的编码氨基酸序列与其他脊椎动物的同源性,圆斑星鲽 GnRH 与鲽形目鱼类氨基酸同源性最高,其次为鲈形目鱼类.对3种 GnRH 基因的系统进化分析表明,圆斑星鲽 GnRH 基因与其他鲽形目鱼类亲缘关系最近,其次为鲈形目、鲑形目和鳗鲡目鱼类.荧光定量PCR分析表明,3种GnRH基因都在脑中表现出最高表达水平且具有性别特异性表达模式:雌性中不同组织的 GnRH mRNA 表达水平都相应高于雄性.组织表达分析表明, cGnRH-Ⅱ的 mRNA 仅在脑中表达,而sbGnRH在各个组织都有表达, sGnRH仅在脑、垂体和性腺中表达.脑中sbGnRH mRNA的表达水平在卵巢成熟过程中变化显著(P<0.05),而其他两种GnRH的mRNA表达水平变化不显著(P>0.05).本研究首次在圆斑星鲽脑中克隆到3种GnRH基因,其组织和季节表达水平变化表明sbGnRH可能是圆斑星鲽生殖调控的关键GnRH类型,本结果可为圆斑星鲽生殖调控机制和人工繁育技术研究提供理论支撑. 相似文献
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为探究金钱鱼(Scatophagus argus)MHC Ⅱβ基因的结构和特性,采用同源克隆和RACE等技术,在获得cDNA全序列的基础上,分析其内含子序列、基因多态性和组织表达情况。结果表明,金钱鱼MHC IⅡβ基因cDNA序列全长1172 bp,其中5′UTR长34 bp,3′UTR长388 bp,开放阅读框(ORF)长750 bp,编码249个氨基酸,包含信号肽、β1结构域、β2结构域、连接肽(CP)、跨膜区(TM)和胞质区(CYT);MHC Ⅱβ基因由6个外显子和5个内含子组成,其中内含子3将β2结构域分开。从43尾金钱鱼的209个有效克隆中,获得209条不同的核苷酸序列,可归为48个等位基因主型,分别命名为Scar-DXB*0101~Scar-DXB*4801,揭示金钱鱼MHC Ⅱβ基因的多态性很丰富。RT-PCR检测发现,金钱鱼MHC Ⅱβ基因在所检测的11种组织中均有表达,其中在脾、鳃、肠和皮肤中表达量较高,在肾、胃、心脏表达量中等,而在眼、脑、肝、肌肉中表达量较低。对健康金钱鱼人工感染嗜水气单胞菌后,发现其MHC Ⅱβ基因在肝、脾、鳃、肾等组织中的表达量均发生了不同程度的变化,证明该基因在金钱鱼免疫反应中有重要作用。在NJ法构建的系统树中,金钱鱼与舌齿鲈、大西洋鲑等硬骨鱼类的亲缘关系相对较近,而与铰口鲨、原鸡、小鼠、人等的亲缘关系则依次渐远。 相似文献
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本研究采用RACE末端扩增方法,得到全长为3872 bp的圆斑星鲽(Verasper variegatus) piwil2基因序列,命名为Vvpiwil2,开放阅读框(ORF)长为3192 bp,编码1063个氨基酸,5?-UTR和3?-UTR的长度分别140 bp和540 bp。基于ExPASy、SMART、Signal4.1和NCBI的保守结构域(CDD)数据库在线分析对蛋白序列结构进行预测,推断Vvpiwil2编码的氨基酸分子量为118.6 kDa,理论等电点为9.02,无跨膜结构及信号肽,有3个结构域：ArgoL1结构域、PAZ结构域及PIWI结构域。利用实时荧光定量PCR技术对圆斑星鲽不同发育时期的胚胎、仔稚鱼以及雌雄成鱼的不同组织表达模式进行分析。结果显示,Vvpiwil2基因从胚胎发育早期至高囊胚期均大量表达,之后呈下降趋势,直至孵化阶段。由于胚胎从卵裂至囊胚时期的发育过程主要受细胞质成分引导,直至原肠早期,mRNA开始大量转录合成,实现由母源型向合子型的过渡,推断Vvpiwil2是母源性基因。孵化后仔稚鱼68 d时,Vvpiwil2基因表达量显著高于其他时期,表明Vvpiwil2的功能可能与圆斑星鲽性腺分化过程相关;Vvpiwil2基因在雌雄成鱼性腺中的表达量显著高于其他组织,且卵巢中的表达量显著高于精巢,推测Vvpiwil2基因在卵巢功能的维持中发挥重要作用。本研究结果为解析圆斑星鲽性别决定机制提供了新的靶标基因,为建立全雌化苗种繁育技术打下坚实的理论基础。 相似文献
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本研究筛选到圆斑星鲽(Verasper variegatus)的性别相关基因sox9,并通过RACE技术获得了全长序列,基因全长为3287 bp,包括1431 bp的ORF,编码477个氨基酸,368 bp的5¢ UTR和1488 bp的3¢ UTR。在3¢ UTR中有多聚腺苷酸尾和加尾信号AATAAA。通过荧光定量PCR测定了sox9基因在圆斑星鲽成鱼不同组织中的表达水平,发现sox9基因在圆斑星鲽的脑、眼、鳃、心、肝、胆、肠、精巢、卵巢、肾和肌肉等各个组织中都有不同程度的表达。在鳃、脑和精巢组织中检测到较高水平的sox9转录,其中精巢中的转录水平显著高于其他组织,sox9基因在性腺中的表达显示出性别两相性差异。其在精巢中的表达水平要显著高于卵巢,说明sox9基因与雄性性腺发育相关。通过测定sox9基因在圆斑星鲽幼鱼不同发育时期(20、30、40、50、60、70和80日龄)的表达水平,发现其在20~50日龄表达量逐渐下降,在60日龄时表达量上升,推测表达量上升可能与幼鱼性腺分化相关。 相似文献
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星斑川鲽MHCⅡ恒定链Ii基因的克隆和表达特性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究星斑川鲽MHCⅡ类分子的作用及调控机制,实验通过SMART-RACE技术克隆得到了星斑川鲽MHCⅡ恒定链(MHCⅡIi)的全长cDNA序列,其长度为1766 bp,包含135 bp的5′非编码区、837 bp的开放阅读框和794 bp的3′非编码区。该基因共编码279个氨基酸。理论分子量为30.848 ku,等电点为6.89。与已知物种MHCⅡIi进行同源性比对,结果与狼鲈、紫红笛鲷和鳜关系较近,同源性均为79%。利用quantitative realtime PCR(qRT-PCR)技术检测了MHCⅡIi在星斑川鲽不同组织中的表达,以及爱德华氏菌感染前后对该基因在不同组织中表达水平的影响,结果显示:在脾脏、头肾、肝脏、后肠、性腺、心脏、血液、鳃和肌肉组织中,MHCⅡIi mRNA均有表达,但在表达量上有明显差异,脾脏和头肾组织相对表达水平较高,鳃、血液、肌肉、心脏和性腺中的表达水平较低。病原感染后,免疫相关组织脾脏和头肾的表达水平升高最明显,肝脏和后肠的表达水平也略有升高,但变化不明显。本研究可为星斑川鲽MHCⅡ类分子的作用机理提供理论依据,同时为海水养殖鱼类的抗病遗传育种工作提供研究基础。 相似文献
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利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。 相似文献
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为进一步了解鱼类MHC ⅡA基因的特点及其在免疫反应中的功能,采用同源克隆、RACE-PCR、巢式PCR等技术,从健康的尼罗罗非鱼体获得1 205 bp的MHC ⅡA基因cDNA全序列(Orni-DBA-0101,Genebank登录号:JF719813)及1 388 bp的基因组序列。序列分析发现,尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因含4个外显子和3个内含子,开放阅读框长720 bp,编码239个氨基酸。从4尾尼罗罗非鱼中共得到8条不同的cDNA序列,分别编码不同的氨基酸序列。氨基酸序列比对后发现,序列间存在丰富的多态性,且主要集中在α-1区,多态性位点数远远高于半滑舌鳎MHC ⅡA基因。生物信息学分析表明,尼罗罗非鱼MHC ⅡA编码的蛋白质分子包含1个信号肽、2个胞外结构域、1个跨膜区和1个胞质区,存在4个保守的半胱氨酸残基以及丰富的磷酸化位点,与其他物种的相似性为23%～65%。RT-PCR结果表明,MHC ⅡA基因在脾、肾、肠、鳃、性腺、肝、心脏表达量很高,在鳔和肌肉中表达量最低。人工感染嗜水气单胞菌后,肝、脾、肾、鳃、肠5个组织中MHC ⅡA基因的mRNA水平均发生了不同程度的变化,提示MHC ⅡA分子作为一种重要的免疫因子,在清除病原的免疫反应中起着重要作用。 相似文献
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为探究稀有鲫MHCⅡβ基因的分子特征及其表达特点,采用PCR扩增技术获得了稀有鲫MHCⅡβ cDNA序列810 bp,包括开放阅读框(ORF)759 bp,编码252个氨基酸。生物信息分析表明,MHCⅡβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构,与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%～80.56%,其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHCⅡβ (β-1)结构域、1个IGc1 (β-2)结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示,MHCⅡβ在脾脏表达量最高,头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后,6 h时在头肾表达呈显著上调,肝脏中在12 h开始出现极显著上调,皮肤中在24 h和48 h表达极显著,鳃中在6～24 h表达极显著,脾脏中则是在6 h出现极显著下调,于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明,MHCⅡβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用,为进一步揭示稀有鲫MHC家族的功能提供了参考依据。 相似文献
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J. MORK 《Aquaculture Research》1994,25(Z2):93-98
The differentiation process in a set of idealized populations is simulated by computer programs. Absolute and relative effects of genetic drift, gene flow (through straying) and natural selection on the genetic population structure are explored. The effect of increased gene flow in an equilibrium situation is studied for both neutral and selected traits. 相似文献
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Population genetic structure in penaeid prawns 总被引：14，自引：0，他引：14
J A H. Benzie 《Aquaculture Research》2000,31(1):95-119
Genetic data are available for 27 species of penaeid prawn. Collected largely for fisheries purposes, they include information on several species of importance to aquaculture. Most studies used allozymes, but a small number have used mtDNA, random amplified polymorphic DNAs (RAPDs) and/or microsatellites. The DNA‐based markers have revealed far greater levels of variation compared with the allozyme data. However, in the few cases for which joint information is available, the mtDNA and microsatellite information tended to confirm the spatial patterns of variation detected by allozymes. These revealed little genetic variation over long distances (thousands of kilometres) for many species, but relatively major shifts in gene, or genotype, frequencies over relatively short distances (hundreds of kilometres). Much of the genetic structure in wild populations appears to reflect historical events on large biogeographical scales, rather than resulting from patterns of present‐day dispersal. Genetic variation in cultured stocks is generally less than in wild ones, the extent of the reduction being dependent upon broodstock management procedures. There is no conclusive evidence that aquaculture escapees have altered the genetic constitution of wild stocks of Penaeus monodon in Thailand. Nevertheless, the occurrence of strong patterns of geographic variation in wild stocks suggests that more detailed planning will be required to maintain this diversity, and to determine how best to capture its benefits for aquaculture. 相似文献
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新疆乌伦古湖浮游植物种群结构特征 总被引：5，自引：1，他引：4
2007年4月和8月,对新疆乌伦古湖的浮游植物进行了调查研究.结果显示,乌伦古湖浮游植物调查期间经鉴定共计8门172种属.其中以绿藻、硅藻为主,分别占43.0%和29.1%;蓝藻门27种属,占15.7%;裸藻门7种属,占4.1%;甲藻门6种属,占3.5%;金藻门4种属,占2.3%;隐藻门3种属,占1.7%;黄藻门1属,占0.6%.调查期间,乌伦古湖浮游植物密度与生物量均值分别为160.76×104 ind/L和2.0328 mg/L.从优势种、数量和生物量组成结果分析,乌伦古湖浮游植物是以硅藻为优势类群的湖泊,尤其尖针杆藻(Synedra acus),4月在采样点出现频率为80.0%.结合该湖浮游植物的优势种、数量和生物量的检测结果,乌伦古湖应属于贫-中营养型湖泊. 相似文献
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把虾夷扇贝作为实验材料,掌握虾夷扇贝血涂片的制作方法,并运用HE染色组织切片的方法对虾夷扇贝的组织结构进行观察以及分析。用5mL注射器吸取2mL肝素钠,抽取1mL左右虾夷扇贝心脏血液,从载玻片一端滴一滴血液,左手水平拿着玻片,右手用另一个载玻片水平轻推血液,使其展平,在阴凉处风干,同样方法制取五个血涂片。留一个做空白对照,取两个血涂片用瑞氏染液染色,其他两个吉姆萨染液染色,放于阴凉处晾干留作观察。取新鲜扇贝组织切成1.0cm×1.0cm×0.3cm的组织块,经过固定、脱水与透明、浸蜡、包埋等过程后把组织块切成4~6μm的石蜡切片。再经过苏木素染色盐酸酒精褪色,后用伊红染液复染等过程后用中性树胶完成封片,待干后进行显微镜的观察以及拍照。最后通过观察与人体以及鱼类相关的组织结构进行分析对比。 相似文献
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黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)作为一种重要的高价值商业性大洋鱼类,广泛分布于大西洋、印度洋和太平洋的热带和亚热带海域。近年来的资源评估表明,其资源量呈现不断下降的趋势,且中西太平洋已处于过度捕捞的状态。为确保黄鳍金枪鱼资源的可持续利用,深入了解其种群结构是必要前提。本文综述了黄鳍金枪鱼种群结构分析的研究成果,通过比较几种研究种群结构的方法后认为:形态学方法是划分群体的重要手段,但在亚种群的划分上灵敏度相对较低;标志重捕法能揭示其运动规律,但单一的标志重捕法不能很好地进行种群划分;分子标志技术可从分子水平对种群遗传结构做深入的分析,但选择合适的分子标志对于合理划分种群结构显得尤为重要。可见,对黄鳍金枪鱼种群遗传结构的研究需要结合不同的方法、并选择合适的分子标志,才能获得可靠的结果。 相似文献
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2011—2012年对漳卫南运河流域19个采样位点的浮游植物群落结构进行调查研究。结果显示:共鉴定出浮游植物395种(变种),隶属于8门131属。其中,绿藻门的种类最多(159种),硅藻门次之(110种),再次为裸藻门(56种)和蓝藻门(49种)。浮游植物的细胞密度年平均值为2 167.2×104cells/L,夏季最高为3350×104cells/L,秋季最低为1221×104cells/L,其中绿藻门最多,为1167×104cells/L;浮游植物生物量年平均值为25.96 mg/L,夏季最高为54.43 mg/L,秋季最少为6.33 mg/L,其中绿藻门最多,为11.09 mg/L。浮游植物的Shannon多样性指数为3.05~3.93,Margalef丰富度指数为2.14~3.47,Pielou均匀度指数为0.50~0.62。结果表明,该流域浮游植物生物多样性在夏季最高,春季次之。 相似文献
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为了解高邮湖鱼类群落结构特征,采用三层刺网和单目地笼网鱼类采样工具,于2019-2020年在该湖泊设置的5个点位进行4次调查,鉴定了渔获物种类,分析了鱼类生态类型和群落结构特征指数。结果显示:高邮湖鱼类24种,隶属20属7科6目。淡水性、肉食性和中上层鱼类为优势生态型。鲫(Carassius auratus)、大银鱼(Protosalanx hyalocranius)、鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、刀鲚(Coilia nasus)和鲢(H.molitrix)为高邮湖优势种。平均Shannon-Wiener多样性指数为1.45,Pielou均匀度指数为0.61,Simpson优势度指数为0.6,Margalef种类丰富度指数为1.91。与历史资料相比,鱼类群落多样性和丰富度指数有所提高,但群落结构受干扰程度较高。Cluster聚类和nMDS平面图显示,高邮湖不同空间的鱼类多样性差异较小;而与其北部入湖口河流水域相比,鱼类群落结构差异显著。过水性高邮湖的鱼类多样性高于河道,但总体上鱼类物种多样性处于较低水平。 相似文献
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2001年10月于黑龙江中游抚远江段捕获野生乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis Berg)30尾，体长30-45cm。采用淀粉凝胶电泳法对其肝脏、肌肉等组织的LDH、MDH、ME、IDH、G3PDH、ADH、GDH、PGI、CAT、AAT、EST、SOD等同工酶进行电泳，并对其表型进行生化遗传分析。结果表明，LDH同工酶的3个位点上都有基因复制，位点间不杂合；在其他同工酶上未见有位点复制或加倍。在检测到的12种同工酶是由26个基因位点编码；其中G3pdh-1、Pgi—3和Est—1等基因位点呈多态，其多态座位比例为11．5％，平均杂合度为0．043。与大多数其他鱼类相比较，乌苏里白鲑在生化遗传水平上表现出较低的遗传变异。 相似文献
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莱州湾蟹类的群落结构特征 总被引：2，自引：0，他引：2
根据2010~2012年渤海莱州湾海域(36°50'~38°40'N、118°40'~120°03'E)8个航次的蟹类资源底拖网调查结果,对该海域蟹类群落的种类组成及分布、生物量、平均渔获尾数、优势种以及生物多样性等进行了分析和研究。研究结果显示,该海域共发现蟹类20种,隶属于12科、18属,其中三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)和日本蟳(Charybdis japonica)是主要的经济种类,其余大多数为饵料型蟹类,日本蟳为7个航次的优势种,其它优势种类具有季节性差异。生物量组成的季节变化比较明显,生物量和丰度的变化趋势相似,都在2011年夏季达到最大值,冬季最低。各月Shannon-Wiener指数分布在0.63~1.11之间;均匀度指数的范围是0.32~0.73;丰富度指数的范围是0.42~0.78。多元统计分析表明莱州湾内蟹类群落可以划分为2组,胁迫系数(2D stress=0.14)。研究结果表明:1)受山东省休渔政策和增殖放流的影响,大型经济蟹类如三疣梭子蟹的生物量有所回升,多个航次的调查显示其已成为该海域的优势种,但是较上世纪90年代还有较大的差距,依然具有一定的上升空间。2)莱州湾内蟹类多样性水平依然处于较低状态,主要以小型、低质、饵料型的蟹类为主。3)莱州湾蟹类群落的划分较为明显,主要原因是受2011年、2012年三疣梭子蟹放流以及水文环境的影响。 相似文献