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从山羊瘤胃内容物中提取瘤胃细菌总DNA,以瘤胃中两种主要纤维分解菌为目的菌种,分别依据其16S rDNA序列设计引物,利用PCR技术对其16S rDNA 进行体外扩增,对扩增产物测序后进行同源性分析.结果表明:以提取的瘤胃细菌总DNA为模板,采用PCR技术可成功地从山羊瘤胃内容物中扩增出黄色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌16S rDNA的特异性片段;测序后与GenBank中的序列进行比对,表明黄色瘤胃球菌与原序列(AF104841)的同源性达到99.4%,产琥珀酸丝状杆菌与原序列(AJ505937)的同源性达到94.6%. 相似文献
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《动物医学进展》2020,(4)
根据GenBank中登录的禽波氏杆菌(B.avium)16S rRNA和ompA基因序列设计引物,经PCR反应条件优化,建立了检测禽波氏杆菌的双重PCR方法。该方法能够同时扩增B.avium基因组中的16S rRNA和ompA基因的特异序列,而对禽源大肠埃希菌(Escherichia coli)、沙门菌(Salmonella)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)等菌株的扩增结果均为阴性。该方法对B.avium基因组DNA检测的敏感性可达1.25×10~4 copies/μL,对其菌液检测的敏感性可达1.2×10~3 cfu/mL,对临床样品的检测结果表明,建立的双重PCR方法与16S rRNA单一PCR检测方法符合率为100%。建立的双重PCR检测方法为B.avium的检测提供了快速、准确、灵敏、特异的检测方法。 相似文献
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试验旨在确定感染黄颡鱼的病原菌并探讨其耐药性。采用细菌培养、生理生化鉴定及16S rDNA序列分析方法进行菌株分离鉴定,运用PCR方法扩增耐药基因,用纸片扩散法对分离菌进行药敏试验。结果显示,分离菌与门多萨假单胞菌基本一致,16S rDNA基因长度为1 442 bp。同源性及系统进化树分析显示,该菌16S rDNA序列与门多萨假单胞菌NK-01同源性为99.6%,亲缘关系最近。综合判定分离菌为门多萨假单胞菌,命名为fsznc-01。耐药基因检测结果显示,分离菌fsznc-01含有β-内酰胺类耐药基因TEM,氨基糖苷类耐药基因aph（3'）-Ⅱa、aac（6）-Ⅰb、aac（3）-Ⅱa及磺胺类耐药基因Sul1和Sul2,未检测出磺胺类耐药基因Sul3。药敏试验结果显示,分离菌fsznc-01对头孢他啶、庆大霉素和哌拉西林等药物敏感,对头孢氨苄、头孢唑林和头孢拉定耐药。本试验结果可为预防门多萨假单胞菌感染导致的鱼类疾病提供参考依据。 相似文献
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试验旨在确定感染黄颡鱼的病原菌并探讨其耐药性。采用细菌培养、生理生化鉴定及16S rDNA序列分析方法进行菌株分离鉴定,运用PCR方法扩增耐药基因,用纸片扩散法对分离菌进行药敏试验。结果显示,分离菌与门多萨假单胞菌基本一致,16S rDNA基因长度为1 442 bp。同源性及系统进化树分析显示,该菌16S rDNA序列与门多萨假单胞菌NK-01同源性为99.6%,亲缘关系最近。综合判定分离菌为门多萨假单胞菌,命名为fsznc-01。耐药基因检测结果显示,分离菌fsznc-01含有β-内酰胺类耐药基因TEM,氨基糖苷类耐药基因aph(3′)-Ⅱa、aac(6)-Ⅰb、aac(3)-Ⅱa及磺胺类耐药基因Sul1和Sul2,未检测出磺胺类耐药基因Sul3。药敏试验结果显示,分离菌fsznc-01对头孢他啶、庆大霉素和哌拉西林等药物敏感,对头孢氨苄、头孢唑林和头孢拉定耐药。本试验结果可为预防门多萨假单胞菌感染导致的鱼类疾病提供参考依据。 相似文献
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《中国兽医学报》2014,(8):1261-1266
利用THB(Todd-Hewitt Broth)固体培养基和色素试验培养基选择培养无乳链球菌,参照GenBank中无乳链球菌参考菌株(Accession:AF015927.1、JQ289582.1)16SrRNA和种属特异性基因cfb(CAMP因子)序列设计引物,对奶样中分离的12株疑似无乳链球菌进行鉴定。结果显示,经PCR扩增后,被检测的12株细菌均可扩增出预期大小的16S rRNA基因序列,而12株中有8株可以扩增出预期大小的cfb基因序列,条带单一,特异性好。序列BLAST显示,12株菌的16S rRNA基因序列与NCBI上报道的无乳链球菌相应序列高度同源(>99.0%),各分离菌株间的16S rRNA基因序列也高度同源(99.0%～100.0%);cfb基因序列与NCBI上已报道的无乳链球菌相应序列具有高度同源性(>99.0%),各菌株间cfb基因序列也高度同源(100.0%)。经选择培养与PCR鉴定结果可以确定12株疑似菌株中有8株为无乳链球菌。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2016,(11)
为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物经高通量测序,并利用QIIME软件对测序数据进行生物信息学分析。结果显示,测序共生成238 Mbp原始数据,获得脑组织细菌的结构组成,其中优势菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,优势菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇单胞菌科等,含量最高的细菌属为普雷沃菌属、螺旋体属、交替假单胞菌属等。本研究结果表明死亡食蟹猴的脑组织中含有多种细菌,可能会引起感染和炎症,结合病理学检查,提示食蟹猴脑组织病原菌感染可能与死亡的发生存在一定关联。 相似文献
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参照文献报道的沙门菌Repeat se和hisJ基因片段的引物序列，设计并合成了2对引物，对沙门菌属和非沙门菌属的标准菌株及分离菌株进行了复合PCR扩增反应。结果，沙门菌PCR产物均出现199bp与495bp的特异性DNA扩增条带．而非沙门菌均未出现扩增条带，证明这2对引物具有沙门菌属特异性。将提取的沙门菌DNA做梯度稀释，测定该复合PCR体系的敏感度。结果表明，此体系可检出10^3CFU／mL菌液提取的DNA模板。应用上述方法，对进境鱼粉阳性样品进行了检测，均出现阳性结果。本研究表明，复合PCR是一种特异、敏感、快速的沙门菌检测方法，可应用于口岸系统鱼粉、肉骨粉的日常检测。 相似文献
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利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。 相似文献
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《中国动物传染病学报》2015,(4)
本研究采用PCR-DGGE技术分析长角血蜱的中肠菌群结构。无菌条件下采集长角血蜱中肠内容物,以细菌基因组DNA提取试剂盒提取内容物细菌总DNA,以通用引物扩增制备16S r DNA V3区,DGGE电泳分离后,切胶回收、测定序列。结果表明,长角血蜱饱血雌成蜱中肠优势菌为泛菌属、柯克斯氏体属、肠杆菌属、绿脓杆菌属、假单胞菌属、克雷伯氏菌属、欧文氏菌属,但半饱血雌成蜱和雄成蜱中肠未检测到柯克斯氏体属(Coxiella)。 相似文献
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绵羊嗜皮菌病PCR诊断方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立动物嗜皮菌病的PCR检测方法,根据GenBank发表的刚果嗜皮菌属的部分16s-rRNA基因序列,设计了1对特异性引物.经PCR扩增,从发病绵羊皮肤病料提取的基因组DNA得到了大小约500 bp的DNA片段.将PCR产物克隆并测序表明,与GenBank发表的刚果嗜皮菌基因序列的同源性为90.632%.而猪胸膜肺麦放线杆菌、大肠杆菌、葡萄球菌、肠球菌扩增结果为阴性;PCR的敏感性试验显示,这时引物能够检测到1 ng的DNA.表明此PCR方法特异性好,敏感性高,可用于嗜皮菌病的快速诊断. 相似文献
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根据NCBI中已报道的嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,对两株来源于猪“高热病”病料中的疑似嗜麦芽窄食单胞菌PSM-5、PSM-6进行PCR扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体上,并转化到DH5α中。抽取质粒模板,进行PCR和双酶切鉴定并测序,从分子水平上予以鉴定。两株菌的16S rDNA基因扩增片段的核苷酸序列（GenBank登录号为GQ267816和GQ267817）与已经报道的嗜麦芽窄食单胞菌分离株的16S rDNA序列的相似性均在96.78%以上,最高达99.93%。本试验对通过16S rDNA鉴定嗜麦芽窄食单胞菌提供一定参考,同时对猪“高热病”的诊断治疗奠定细菌学方面的基础,对其发病机制的探讨提供依据。 相似文献
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鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用 总被引：4，自引：1，他引：3
本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。 相似文献
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在提取黄牛肉、牦牛肉和水牛肉总DNA的基础上,设计通用引物进行PCR扩增,电泳回收PCR产物后双向测序,再通过构建系统进化树鉴别牛肉的物种来源。PCR扩增获得的牦牛、水牛12S rDNA基因片段大小都为440 bp,黄牛12S rDNA基因片段大小都为439 bp。参照引用的不同牛种12S rDNA基因序列,构建的系统进化树能够清晰地鉴别测序样品的牛种来源。因此,结合运用PCR扩增和DNA测序技术是一种精确可靠的方法,能够有效地运用于牛肉的种源鉴别。 相似文献
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根据GenBank上发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列(登录号U88565)设计合成2对引物,建立了猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法,经酶切分析、单管巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定,并与血涂片染色镜检、常规PCR进行了比较。结果:扩增的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(U88565)同源性为96%;特异性试验表明,设计的引物不能扩增弓形虫、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌及羊附红细胞体等病原体;敏感性试验表明,单管巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.116 fg的标准模板DNA。通过对75份血液样本的检测表明,建立的单管巢式PCR方法明显优于血涂片染色镜检法及常规PCR方法,具有较高的敏感性和实用性。本试验建立的单管巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等优点,为猪附红细胞体的检测提供了一种新型、可靠的诊断技术。 相似文献
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基于线粒体12S rRNA基因序列鉴别牛肉的种源 总被引：1，自引：0，他引：1
在提取黄牛肉、牦牛肉和水牛肉总DNA的基础上,设计通用引物进行PCR扩增,电泳回收PCR产物后双向测序,再通过构建系统进化树鉴别牛肉的物种来源.PCR扩增获得的牦牛、水牛12S rDNA基因片段大小都为440 bp,黄牛12S rDNA基因片段大小都为439bp.参照引用的不同牛种12S rDNA基因序列,构建的系统进化树能够清晰地鉴别测序样品的牛种来源.因此,结合运用PCR扩增和DNA测序技术是一种精确可靠的方法,能够有效地运用于牛肉的种源鉴别. 相似文献
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禽源大肠埃希菌Biolog鉴定和系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Biolog和16S rRNA基因序列分析法对中国兽医药品监察所菌种室收集保藏的18株大肠埃希菌(Escherichia coli)进行了鉴定.菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明18株菌株为大肠埃希菌.提取基因组DNA,采用16S rRNA通用引物,用PCR进行16S rRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后进行测序.序列经人工校对后用Clustal X 1.83软件进行比对分析,采用Mega 3.1软件构建系统发育树,结果表明18株菌株为大肠埃希菌. 相似文献