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1.
本研究旨在对芦花鸡的干扰素诱导的跨膜蛋白-3（interferon-induced transmembrane protein 3，IFITM3）基因进行克隆及生物信息学分析。根据GenBank中鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）设计特异性引物，利用RT-PCR技术对芦花鸡IFITM3基因进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明，芦花鸡IFITM3基因片段大小为414 bp，与GenBank中发表的鸡IFITM3基因序列（登录号：NM_001350061.1）同源性为99.9%；编码137个氨基酸。IFITM3基因理论分子质量为14.95 ku，理论等电点（pI）为6.89，不稳定系数为33.98，脂肪系数为103.14，平均疏水指数为0.300，存在3个明显的疏水区，无信号肽，存在2个跨膜区，分别位于第46-68、101-123位氨基酸处；二级结构预测显示，IFITN3蛋白主要以无规则卷曲为主，存在多个α-螺旋和β-折叠区域。本研究成功克隆了芦花鸡IFITM3基因，为进一步研究IFITM3蛋白功能及阐明其抗病毒分子机制奠定了理论基础。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2018,(12)
本研究旨在克隆猪葡萄糖调节蛋白78(glucose-regulated protein 78,GRP78)基因,并进行生物信息学分析,探讨其在猪不同组织中的表达情况。根据GenBank上公布的猪GRP78基因序列(登录号:XM_001927795.6)设计引物,PCR扩增及测序获得猪GRP78基因CDS序列,使用在线软件分析GRP78的理化性质、跨膜结构、信号肽、疏水性、保守结构域、二级结构和三级结构,并进行同源性比对及系统进化树构建,利用实时荧光定量PCR方法检测猪GRP78基因在各组织中的表达情况。结果显示,猪GRP78基因CDS区长1 965bp,可编码654个氨基酸。生物信息学分析表明,GRP78理论分子质量为72.3ku,等电点(pI)为5.06,半衰期为30h,其水溶液在280nm处的消光系数为30 495,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为32.39,属于稳定蛋白。脂肪系数为85.40,总平均疏水指数为-0.496,无跨膜结构,存在信号肽序列,说明该蛋白属于分泌型蛋白;GRP78蛋白只包含1个超家族保守结构域:HSP70结构域。蛋白二级结构分析显示,GRP78蛋白中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别为40.06%、20.49%、8.10%和31.35%。同源性比对结果显示,猪GRP78基因与人(登录号:NM_005347.4)、小鼠(登录号:NM_001163434.1)、大鼠(登录号:NM_013083.2)、山羊(登录号:XM_005687138.3)、牛(登录号:NM_001075148.1)核苷酸序列的同源性分别为93%、91%、90%、95%、95%,氨基酸序列的同源性分别为99%、98%、98%、99%、99%,各个物种之间GRP78基因保守性较高。实时荧光定量PCR结果显示,GRP78基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、胃、卵巢、输卵管、乳腺、小脑、大脑、垂体等组织中均有表达,在心脏、脾脏、肺脏中相对高表达。本研究结果为今后深入研究GRP78基因的生物学功能提供了基础材料。 相似文献
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对牛卵形巴贝斯虫延边株的伴侣素CCTη基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对CCTη基因进行了同源性、系统进化树、编码蛋白等电点、信号肽、跨膜区、糖基化位点及疏水性分析。结果显示,克隆的CCTη基因由1 008个核苷酸组成,其中编码335个氨基酸。与GenBank上发表的牛卵形巴贝斯虫CCTη基因序列(AB367928.1)同源性100%。CCTη基因编码蛋白等电点为7.32,不存在信号肽结构、跨膜区及糖基化位点。疏水性最大值3.38,最小值-3.79。本研究从CCTη基因方面近一步证实了该分离株的分子分类。 相似文献
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鹅IGF-I基因cDNA的克隆、分析与原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-I基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932).运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅JGF-I基因的编码区长462 bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成.克隆鹅IGF-I基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达.经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28 ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白. 相似文献
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本研究旨在克隆猪葡萄糖调节蛋白78（glucose-regulated protein 78，GRP78）基因，并进行生物信息学分析，探讨其在猪不同组织中的表达情况。根据GenBank上公布的猪GRP78基因序列（登录号：XM_001927795.6）设计引物，PCR扩增及测序获得猪GRP78基因CDS序列，使用在线软件分析GRP78的理化性质、跨膜结构、信号肽、疏水性、保守结构域、二级结构和三级结构，并进行同源性比对及系统进化树构建，利用实时荧光定量PCR方法检测猪GRP78基因在各组织中的表达情况。结果显示，猪GRP78基因CDS区长1 965 bp，可编码654个氨基酸。生物信息学分析表明，GRP78理论分子质量为72.3 ku，等电点（pI）为5.06，半衰期为30 h，其水溶液在280 nm处的消光系数为30 495，肽链N端为蛋氨酸（Met），不稳定系数为32.39，属于稳定蛋白。脂肪系数为85.40，总平均疏水指数为-0.496，无跨膜结构，存在信号肽序列，说明该蛋白属于分泌型蛋白；GRP78蛋白只包含1个超家族保守结构域：HSP70结构域。蛋白二级结构分析显示，GRP78蛋白中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别为40.06%、20.49%、8.10%和31.35%。同源性比对结果显示，猪GRP78基因与人（登录号：NM_005347.4）、小鼠（登录号：NM_001163434.1）、大鼠（登录号：NM_013083.2）、山羊（登录号：XM_005687138.3）、牛（登录号：NM_001075148.1）核苷酸序列的同源性分别为93%、91%、90%、95%、95%，氨基酸序列的同源性分别为99%、98%、98%、99%、99%，各个物种之间GRP78基因保守性较高。实时荧光定量PCR结果显示，GRP78基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、胃、卵巢、输卵管、乳腺、小脑、大脑、垂体等组织中均有表达，在心脏、脾脏、肺脏中相对高表达。本研究结果为今后深入研究GRP78基因的生物学功能提供了基础材料。 相似文献
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从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-Ⅰ基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932)。运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅IGF-Ⅰ基因的编码区长462bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成。克隆鹅IGF-Ⅰ基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达。经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白。 相似文献
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为研究猪环曲病毒(PToV)N蛋白的生物信息学特征,运用RT-PCR技术扩增猪环曲病毒N基因,测序并对其进行生物信息学分析。结果成功获得了492bp的PToV N基因(GenBank登录号为KM036209)。经生物信息学分析,此序列编码163个氨基酸,理论等电点(pI)为12.14,理论分子质量为18 695.5u,不稳定系数为77.47;不同密码子对同一氨基酸选择上呈现一定的偏嗜性;最大疏水指数为1.589,最小疏水指数为-3.533;无信号肽和跨膜区;抗原表位主要位于N末端和C末端。预测其可能包含4个N-糖基化作用位点,2个蛋白激酶C磷酸化作用位点、1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、1个N-豆蔻酰化位点。进化树分析结果显示,KM036209与韩国株和上海株亲缘关系很接近,与荷兰及西班牙株不属于同一分支。 相似文献
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白细胞介素6(IL-6)是机体重要的免疫调节因子,在佐剂的应用方面具有很好的发展前景。本研究以版纳微型猪近交系(BMI)为实验动物,通过PCR法获得IL-6基因编码区序列,提交GenBank数据库,登录号为JQ839263。对BMI IL-6基因和相应的蛋白序列进行了生物信息学分析,结果显示该基因编码212个氨基酸,分子质量为23.88 ku,等电点(pI)为6.66,存在一个保守结构域,一个跨膜结构,N端和C端均疏水,且在N端存在信号肽,有89%的可能性定位于细胞核。将BMI的IL-6基因编码区序列与NCBI下载到的4条猪IL-6基因序列进行比对,结果显示BMI IL-6与GenBank登录号为NM_214399和DQ832259的核苷酸序列完全相同,与GenBank登录号为AF309651和AF518322的核苷酸序列各存在1处碱基差异;多物种氨基酸序列比对及系统进化分析结果表明,BMI与骆驼亲缘关系最近。同时利用半定量PCR法确定了IL-6基因mRNA在BMI 12个组织中的表达量,结果发现在肺脏、皮肤、肌肉中表达量较高。本研究为进一步研究猪IL-6基因的表达调控奠定了理论基础。 相似文献
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试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA(inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列(登录号:NM_001009458.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增,将获得的INHβA基因片段插入到pMD19-T载体中进行克隆测序,并结合生物信息学方法预测和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修饰位点及二级结构、三级结构模型等。结果显示,哈萨克羊INHβA基因长1 278 bp,编码425个氨基酸。哈萨克羊INHβA基因与绵羊、牛、野猪、小鼠、人、大鼠、猫、兔、马的同源性分别为98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%,表明INHβA基因在不同物种之间具有较高的保守性。INHβA蛋白分子式为C_(2072)H_(3325)N_(603)O_(628)S_(26),分子质量为47.57 ku,理论等电点(pI)为7.87,不稳定系数为66.16,脂溶指数为78.47,亲水值为-0.507。INHβA是一种碱性不稳定的亲水性脂溶性蛋白,没有跨膜结构,含有信号肽。二级结构预测显示,INHβA蛋白α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三级结构预测显示,INHβA蛋白以α-螺旋为主,是含有8种蛋白修饰位点的β-桶状蛋白。本试验结果为深入研究哈萨克羊INHβA蛋白功能及探讨INHβA基因对提高哈萨克羊繁殖力的影响提供参考数据。 相似文献
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家蚕糖转运蛋白基因BmST3的克隆及序列分析与表达研究 总被引：1，自引：0，他引：1
糖转运蛋白在家蚕体内糖类化合物的转运与代谢过程中发挥重要作用。在电子克隆的基础上,通过RT-PCR方法克隆了家蚕糖转运蛋白基因BmST3(GenBank登录号:GQ871756)。生物信息学分析结果显示,该基因位于家蚕27号染色体,开放阅读框(ORF)长1434bp,编码477个氨基酸,预测蛋白有典型的Sugar_tr结构域和12个疏水的跨膜结构域,与埃及伊蚊、致倦库蚊、冈比亚按蚊、赤拟谷盗登录号分别为EAT47626、EDS35465、EAA11457、EFA05337的同源蛋白相似性均在60%以上。RT-PCR检测和基因芯片信号值分析结果显示,BmST3基因的表达具有组织特异性,在家蚕5龄第3天幼虫的9种组织中,主要在马氏管中大量表达,推测其可能在马氏管细胞膜内外物质的跨膜转运中发挥作用。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(1):47-53
参考GenBank中鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis,G.anatis)UMN179的外膜蛋白W(outer membrane protein W,OmpW)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因进行克隆、测序,并通过生物信息学软件对该蛋白结构与功能进行分析及预测。结果显示:OmpW基因大小为705bp,编码234个氨基酸;与鸭源鸡杆菌UMN179株、F149株及12656/12株的OmpW氨基酸同源性分别为88.9%、78.7%和79.6%;OmpW相对分子质量为25 300,等电点为7.88,是能够稳定存在的蛋白,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽,C端有1个疏水性的β折叠区域,并且在外膜表面存在1个保守性的B细胞线性表位。本试验成功克隆了鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因,并对其结构与功能进行初步分析和预测,为进一步研究其生物学功能及其应用奠定基础。 相似文献
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《草业与畜牧》2017,(2)
旨在克隆IGFBP-3基因的CDS序列及其生物信息学分析,试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-3基因的CDS全序列,生物信息学方法深入分析其序列。结果表明:IGFBP-3基因的CDS序列为882bp,编码293个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为94%、83%、81%,氨基酸序列同源性分别为91%、77%、79%,GenBank登录号为FJ752574;IGFBP-3基因的氨基酸分子量为31.5KD,理论等电点(pI)为8.98;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与鸡、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-3基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有一个信号肽、25个磷酸化位点、7个N-糖基化位点和4个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为73.04%、13.99%、12.97%;三级结构分析显示存在IGFBP-N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。为进一步研究绵羊IGFBP-3基因的功能奠定基础。 相似文献
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根据GenBank上登录的鸡白介素15（IL-15）基因序列,设计合成一对特异性引物,以ConA诱导的鸡脾淋巴细胞提取的总RNA为模板进行RT—PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体测序。测序结果表明,四川草科鸡IL-15开放阅读框（ORF）由564个核苷酸组成,编码187个氨基酸,与GenBank中公布的鸡白介素15基因进行比较,核苷酸和氨基酸同源性为98．6％-99．5％。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,共有3个潜在的N-糖基化位点,可能存在3个蛋白激酶C磷酸化位点,存在2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。 相似文献
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本研究利用ClustalX、Swiss-pdbviewer4.0.1等分析工具,对GenBank中猪、牛和鸡β-羟基-β-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)基因的核苷酸和氨基酸序列进行生物信息学分析,为畜禽胆固醇生物合成及调控的分子机制研究提供理论基础。结果表明:猪、牛和鸡HMGR基因序列特点及编码蛋白质理化性质基本相同,均属不稳定类酶蛋白;保守结构域氨基酸序列具有高度的同源性,均含有保守的2个β-羟基-β-甲基戊二酸单酰辅酶A(HMG-CoA)结合基序和2个还原性烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADPH)结合基序;均有信号肽,属分泌型蛋白质;属于跨膜的疏水性蛋白,均有5个跨膜结构域;无规则卷曲和α-螺旋是HMGR多肽链中的主要结构元件;三维结构预测都呈"V"形;猪和牛HMGR基因的进化关系最近。由此可见,猪、牛和鸡HMGR组成、结构及生物化学性质相似、进化关系相近,不同动物HMGR的分离纯化方法及调控手段可以相互借鉴。 相似文献
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试验旨在研究肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)外膜蛋白OmpK17基因序列特征及其免疫原性。参照GenBank中肺炎克雷伯菌外膜蛋白OmpK17基因序列(登录号:U52843.1)设计1对特异性引物,应用PCR技术扩增获得了肺炎克雷伯菌榆中分离株(YZ株)OmpK17基因CDS序列,应用相关软件及程序对OmpK17基因核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行生物信息学分析,构建其原核表达载体pET-OmpK17,并在大肠杆菌BL21(DE3)中进行了表达。表达产物纯化后免疫新西兰兔制备多抗血清,应用ELISA和Western blotting分析了重组蛋白的免疫原性。结果显示,肺炎克雷伯菌YZ株外膜蛋白OmpK17基因高度保守,其CDS序列全长513 bp,编码170个氨基酸,与GenBank中其他肺炎克雷伯菌OmpK17基因序列同源性均高于99.6%;OmpK17蛋白分子质量约为18.5 ku,具有较强的亲水性,含有1个信号肽、1个跨膜区和6个抗原决定簇区域,是一种具有桶状三维结构的跨膜蛋白。SDS-PAGE结果显示,OmpK17基因在大肠杆菌中获得表达且表达产物主要以包涵体形式存在。ELISA及Western blotting结果表明,肺炎克雷伯菌OmpK17蛋白具有良好的免疫原性。本研究克隆和表达了肺炎克雷伯菌OmpK17基因及其编码蛋白,并证实该蛋白具有良好的免疫原性,为OmpK17基因的生物学特性研究和肺炎克雷伯菌检测方法的建立奠定了基础,为肺炎克雷伯菌基因工程疫苗的研发提供了理论依据。 相似文献
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试验旨在研究肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)外膜蛋白OmpK17基因序列特征及其免疫原性。参照GenBank中肺炎克雷伯菌外膜蛋白OmpK17基因序列(登录号:U52843.1)设计1对特异性引物,应用PCR技术扩增获得了肺炎克雷伯菌榆中分离株(YZ株)OmpK17基因CDS序列,应用相关软件及程序对OmpK17基因核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行生物信息学分析,构建其原核表达载体pET-OmpK17,并在大肠杆菌BL21(DE3)中进行了表达。表达产物纯化后免疫新西兰兔制备多抗血清,应用ELISA和Western blotting分析了重组蛋白的免疫原性。结果显示,肺炎克雷伯菌YZ株外膜蛋白OmpK17基因高度保守,其CDS序列全长513 bp,编码170个氨基酸,与GenBank中其他肺炎克雷伯菌OmpK17基因序列同源性均高于99.6%;OmpK17蛋白分子质量约为18.5 ku,具有较强的亲水性,含有1个信号肽、1个跨膜区和6个抗原决定簇区域,是一种具有桶状三维结构的跨膜蛋白。SDS-PAGE结果显示,OmpK17基因在大肠杆菌中获得表达且表达产物主要以包涵体形式存在。ELISA及Western blotting结果表明,肺炎克雷伯菌OmpK17蛋白具有良好的免疫原性。本研究克隆和表达了肺炎克雷伯菌OmpK17基因及其编码蛋白,并证实该蛋白具有良好的免疫原性,为OmpK17基因的生物学特性研究和肺炎克雷伯菌检测方法的建立奠定了基础,为肺炎克雷伯菌基因工程疫苗的研发提供了理论依据。 相似文献
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采用RT-PCR方法扩增并克隆麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5(regulator of G protein signaling 5,RGS5)基因序列,利用ClustalX 1.83和Mega 5.0软件构建系统进化树,并选用多种生物信息学软件进行序列分析和蛋白结构预测.结果表明,所得麦洼牦牛RGS5基因长度为863 bp,包含1个546 bp的完整开放阅读框,编码181个氨基酸,GenBank登录号为KJ867514.系统进化树分析发现,麦洼牦牛RGS5氨基酸序列与普通牛亲缘关系最近,其次是山羊和绵羊.RGS5基因编码的蛋白质分子质量为20.94 ku,理论等电点(PI)为6.35,它是一种以α-螺旋为主,不含信号肽的非跨膜、不稳定性蛋白.三级结构预测显示,麦洼牦牛与人RGS5蛋白三级结构相似性高达90.51%.以上结果为深入研究RGS蛋白功能积累科学资料. 相似文献
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为探索组蛋白去乙酰化酶9(Histone Deacetylase 9,HDAC9)基因的功能，明确其在芦花鸡不同组织中的表达差异，实验采集芦花鸡各组织，克隆获得HDAC9基因完整CDS区，进行生物信息学分析及组织表达分析。结果显示，芦花鸡HDAC9基因CDS区长度为3 210 bp，编码1 069个氨基酸；芦花鸡HDAC9基因氨基酸序列与號鹦鹉、绿头鸭及雉鸡位于一个分支，同源性较高，亲缘关系较近。HDAC9蛋白分子质量约为118.0 ku，分子式为C5145H8261N1499O1613S33，理论等电点为6.33，半衰期为30 h,HDAC9蛋白为水溶性蛋白；HDAC9蛋白存在信号肽，为分泌蛋白；共存在67个潜在的磷酸化位点；存在3个N-糖基化潜在位点。HDAC9蛋白二级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成，三级结构预测结果与其一致。实时荧光定量PCR结果显示，HDAC9基因在芦花鸡不同组织中表达水平存在显著差异，其中在胸肌中表达量最高，其次为睾丸。本实验结果为... 相似文献
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PNPLA3蛋白属于patatin样磷脂酶家族,能够参与脂肪积累和脂肪动员,且该蛋白与肝脏炎症、肝纤维化密切相关。本研究旨在克隆PNPLA3基因序列并进行生物信息学分析,以简州大耳羊为实验对象,屠宰后,采集皮下脂肪组织,Trizol法提取组织总RNA,利用RT-PCR法克隆山羊PNPLA3基因序列,对所获得的序列进行生物信息学分析。结果显示:克隆得到山羊PNPLA3基因序列1564 bq(GenBank登陆号:MN643056),其中CDS区1344bp,5'UTR234bp,3'UTR49bp,编码447个氨基酸残基;山羊PNPLA3氨基酸序列与绵羊(Ovis aries)、牛(Bos taurus)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)的氨基酸序列相似性分别达到83.89%、81.21%、56.38%、56.15%、58.42%;山羊PNPLA3蛋白与绵羊亲缘关系最近,而与原鸡(Gallus gallus)的亲缘关系较远;山羊PNPLA3蛋白为疏水性酸性蛋白,大部分由α螺旋和无规则卷曲构成,分别占比44.07%、39.6%,有18个丝氨酸、3个苏氨酸、3个酪氨酸磷酸化位点,无信号肽剪切位点,有2个跨膜结构域,具有1个PNPLA家族同源结构域,STRING数据库检索到PNLIP、PNPLA2、LIPC、PNLIPRP3等蛋白可能与PNPLA3蛋白存在相互作用关系。本实验成功克隆出山羊PNPLA3基因,为进一步阐明PNPLA3基因在调控山羊脂质代谢中的作用及分子机制提供基础资料。 相似文献