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1.
《中国家禽》2016,(3)
从河北省某鸭场发病鸭中分离到一株Ⅲ型鸭肝炎病毒(DHV)GT株,采用组织切片、全基因组测序和动物回归试验对其进行鉴定。结果显示:该毒株接种1日龄雏鸭,能引起显著的临床症状和肝细胞病变,该毒株的LD50为105.2;全基因组测序显示:该毒株全长7 802 bp,含652 bp的5′非编码区和366 bp的3′非编码区,编码2 516个氨基酸的多聚蛋白。根据Blast比对发现,该毒株属于DHV-C,与中国分离毒株C-YCW(98.1%)的同源性最高;从进化关系来看,与韩国型毒株的亲缘关系最近。表明该毒株属于我国流行的新型鸭肝炎病毒,命名为DHV-HBGT株。 相似文献
2.
为深入研究鸭甲肝病(DHAV),本研究通过RT-PCR方法和血清中和法分离鉴定得到两株DHAV(命名为A株和H株).采用RT-PCR方法分段克隆这两个分离株的全基因组序列.分析结果显示,A株的基因组全长为7 647nt(不合polyA序列),5＇和3＇非编码区长度分别为583nt和314nt,单一ORF为6 759 nt,编码2 253个氨基酸;H株的基因组全长为7 648 nt(不含polyA序列),5＇和3＇非编码区长度分别为482 nt和314 nt,单一开ORF为6 852 nt,编码2 284个氨基酸.A和H分离株与DHAV-1参考株比较,其核苷酸同源性分别为93.4％～97％和92.7％～95.8％.遗传进化分析表明,DHAV-1型主要分为两个亚群,这两个病毒分离株分别属于不同的亚群. 相似文献
3.
1999-2008年从山东、河南、浙江、江苏、广西、山西、江西、广东、福建和辽宁等地有典型鸭病毒性肝炎症状的病死雏鸭中共分离得到22株病毒。用鸭肝炎病毒（DHV）Ⅰ型（DHV-1）抗血清和新型DHV （N-DHV）抗血清对分离的22株病毒进行血清中和试验;对22株病毒的抗原相关VP1基因进行RT-PCR扩增和测序,然后对VP1基因的核苷酸与推导的氨基酸序列进行分析。结果表明,目前我国存在DHV-1和N-DHV两种血清型。其中分离到的12株为DHV-1,10株为N-DHV。依据VP1基因序列同源性进行的血清型分型结果与根据抗原性鉴定进行的血清型分型结果一致。12株DHV-1的氨基酸序列同源性为95%左右,10株N-DHV的氨基酸同源性为98%左右;DHV-1分离株与N-DHV分离株间氨基酸同源性为72%-77%。同血清型病毒株间的VP1基因变异很小,表明DHV的抗原性稳定。 相似文献
4.
本研究从广东某养鸭场发病雏番鸭肝脏中分离到1株病毒.利用RT-PCR、基因序列分析、病毒中和试验及动物回归等鉴定为1型鸭病毒性肝炎病毒(DHV-1).3D基因序列分析显示,该毒株与2011年分离自黑龙江的1型DHV Du/CH/LGD/111238和Du/CH/LGD/111239分离株核苷酸同源性最高,达99.6％.分离株F3代尿囊液病毒价为105.5ELD50/0.2 mL,能够被DHV-1阳性血清中和.接种病料研磨上清的鸭胚在接种后3d～5d内全部死亡,胚体充血萎缩侏儒.该分离株人工感染3日龄雏番鸭表现为角弓反张和肝脏肿大出血等与临床病症.结果表明该分离株具有较强的致病性. 相似文献
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为了研究Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV-Ⅰ)遗传变异情况,试验采用全基因组序列测定的方法对广东省佛山地区分离到的1株Ⅰ型鸭肝炎病毒进行分析研究。结果表明:不含poly(A)尾的DHV-Ⅰ基因组全长7 690 bp,只含有1个开放阅读框(ORF),编码2 249个氨基酸;将此病毒株与GenBank公布的其他DHV全基因序列进行序列分析,VP1蛋白变异最大,180～220位为高变区,与DHV-Ⅰ参考毒株核苷酸序列同源性在94.0%～97.4%之间,氨基酸序列同源性在97.5%～99.2%之间;对此病毒株进行遗传进化分析,与DHV-Ⅰ参考毒株处于同一分支,与韩国和中国台湾省新型鸭肝炎病毒处于不同分支。 相似文献
8.
鸭病毒性肝炎是由鸭肝炎病毒引起雏鸭的一种以肝脏呈现出血性炎症为特征的急性传播和高度致死性传染病,简称鸭肝炎。至少可以由3种独立的病毒引起,分别为I型鸭肝炎病毒（DHV-1）、Ⅱ型鸭肝炎病毒（DHV-2）和Ⅲ型鸭肝炎病毒（DHV-3）,其中Ⅰ型和Ⅲ型属于小RNA病毒科．而Ⅱ型属于星状病毒科。 相似文献
9.
鸭肝炎病毒地方株VP1基因的序列测定及分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从湖北某发病鸭场分离到一株鸭肝炎病毒DHV/HB98,通过RT-PCR方法扩增该毒株的VPI基因的核苷酸序列.系统发育分析表明,DHV/HB98株的基因组序列与已发表的DHV-1 E53和ZJ的结构基因VP1亲缘关系最近,核苷酸的同源性为98.6％和98.3％,氨基酸序列的同源性为98.3％和98.7％,分析DHV/HB98与发表的变异株90D和04G核苷酸同源性为65.4％和66.7％,氨基酸同源性为69.5％和74.8％.推断该毒株属于DHV-1,与变异株是不同的血清型;DHV/HB98与DHV-1 ZJ具有相近的遗传关系,推断DHV/HB98也为强毒株. 相似文献
10.
采用RT-PCR和RACE技术,从鹿茸软骨细胞总RNA中扩增克隆了梅花鹿X型胶原（collagen X,colX）全长cDNA序列,并进行了序列特性分析。序列分析结果表明,梅花鹿colX全长cDNA序列为3135nt,其中5′非编码区96nt、3′非编码区1014nt和2022nt的开放阅读框编码674个氨基酸的鹿colX前体蛋白,与牛、猪、犬、人类和小鼠等脊椎动物colX氨基酸序列之间的同源性超过82%。按该基因氨基酸序列构建了进化树,揭示其与牛基因更加同源。 相似文献
11.
运用PCR技术从福建省某地发病信鸽组织中获得鸽圆环病毒（Pigeon circovirus,PICV）福建株（简称fj1株）全基因组序列,并对鸽圆环病毒福建株基因组核苷酸组成、结构及其遗传进行分析。结果表明,所获fj1株全基因大小2037 nt,包含有2个主要的开放阅读框（open reading frame,ORF）：ORF-V1（41～994nt）编码复制相关结构蛋白（the replicated-associated protein,Rep）,ORF-C1（1987～1166nt）编码核衣壳蛋白（the putative capsid protein,Cap）;在V1和C1的5＇端之间存在一个与圆环病毒滚环复制有关的高度保守的环状发夹结构。fj1株与GenBank登录所有鸽圆环病毒核苷酸同源性在84.5%～93.8%之间,与中国浙江鸽圆环病毒分离株zj1和zj2核苷酸同源性分别为88.7%和88.9%。从遗传进化上看,中国3株鸽圆环病毒均处在Cap蛋白起始密码子＂ATG＂分支,但分居不同亚群。 相似文献
12.
对河南省樱桃谷鸭主产区信阳、新郑、焦作三地628份樱桃谷鸭血清样本应用PCR技术进行鸭乙型肝炎病毒（DHBV）检测,并将三地DHBV阳性样本各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,信阳、新郑、焦作三地樱桃谷鸭DHBV自然携带率分别为10.5%、8.9%、17.6%;3株DHBV基因组全长分别为3 021、3 027、3 024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著的区域位于P蛋白。序列分析显示,3株DHBV河南株核苷酸同源性为89.8%~93.9%,与参考株为89.4%~99.5%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,信阳分离株为西方基因型,其余2株为中国基因型。本试验掌握了河南省樱桃谷鸭主产区DHBV自然感染情况,并成功克隆了3株樱桃谷鸭DHBV全基因序列,为该病毒的进一步研究提供了有益信息。 相似文献
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一株鹅细小病毒全基因特征分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank登录的鹅细小病毒基因序列和基因组结构特征,采用PCR技术扩增获得一株鹅细小病毒株（Goose parvovirus,GoPV）全基因序列,为中国大陆地区首次报道。GoPV株病毒全基因大小为5106nt,其基因组5’端和3’端均含有相同的末端倒置重复序列（inverted terminal repeats, ITR）,ITR全长为444nt。GoPV基因组主要由左右两侧两个开放阅读框组成,左侧编码非结构蛋白（non-structureprotein,NS）NSl和NS2,右侧编码3种结构蛋白（viral structural protein,VP）VP1、VP2和VP3。NS基因全长为1884nt（537-2420nt）,其中NS2全长1356nt（1065～2420nt）;VP基因全长2199nt（2439-4637nt）,其中Ⅵ叼全长1764nt（2874-4637nt）,VP3全长1605nt（3033-4637nt）,在其右侧的ITR前有一个Poly（A）的尾。GoPV株病毒全基因和欧洲疫苗株（EU583392（VG32／1,Europe））核苷酸同源性最高,高达98．6％。本研究为进一步研究GPV分类地位以及进化关系提供依据,也为研究GPV强毒株和疫苗株之间生物学特性以及GPV治病机理和开发基因工程疫苗奠定基础。 相似文献
14.
从陕西省户县某猪场患流感样症状病死仔猪肺脏分离得到1株副黏病毒,命名为猪源副黏病毒（PPMV）HX01株,对分离毒株鉴定后进行部分生物学特性研究和全基因测序分析。参考PPMV JL-1株基因组序列设计10对引物,对PPMV HX01株分段扩增并测序,将测序成功的各序列依次拼接得到全基因序列并进行序列比对。该病毒MDT为91.2h,ICPI和IVPI为0,EID50为10-10.25/mL,表明该毒株属于新城疫弱毒株。序列分析结果表明,PPMV HX01株（全基因序列GenBank登录号：JF795531）与NDV参考毒株全基因核苷酸同源性83.3%～99.8%,该病毒与基因Ⅱ型我国传统弱毒疫苗株La Sota全基因水平和各个基因编码开放阅读框的同源性均在99.5%以上,而与基因Ⅸ型国家标准强毒株F48E9和目前流行的基因Ⅶ型毒株亲缘关系较远。 相似文献
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圆环病毒可以引起免疫抑制,从而造成其他病原的并发和（或）继发感染。为研究鹅圆环病毒（Goosecircovirus,GoCV）全基因组的分子生物学特性,运用重叠PCR技术从江西朗德鹅组织脏器提取的DNA中扩增出2条核苷酸序列,用Lasergene v7.1 DNAStar软件对拼接后的鹅圆环病毒江西株核苷酸组成、基因组结构及病毒的遗传变异进行分析。结果表明,所获病毒（简称GoCV-JX1）核酸全基因大小1821 nt,与GenBank登录的浙江永康株（No.DQ192280）GoCV的核苷酸同源性最高,高达98.6%。GoCV-JX1为我国江西朗德鹅群中首次报道并被测定全基因的鹅圆环病毒。 相似文献
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为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。 相似文献
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血清3型鸭甲型肝炎病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与初步应用 总被引：1，自引：1，他引：0
通过对GenBank公布的鸭甲型肝炎病毒全序列比对,在3型鸭甲肝炎病毒（DHVA-3）5’非编码区的保守区,设计了一对检测引物和一条特异性TaqMan探针,以构建的阳性重组质粒经体外转录合成的RNA作为标准品绘制标准曲线,建立了一种快速检测DHAV-3的实时荧光定量RT—PCR方法。该方法能特异性地检测出DHAV-3,而与血清1型鸭肝炎病毒（DHAV-1）、鸭瘟病毒、新城疫病毒、禽流感病毒（H9）、呼肠孤病毒、传染性支气管炎病毒无交叉反应。在1．8×10^3～1．8×10^8copies／μL的检测范围内标准曲线线性关系较好,R2为0．992。敏感性试验表明,最低检测限为36拷贝数RNA。用该方法和胚半数致死量法对尿囊液中病毒含量进行检测,表明二种方法检测结果呈正相关。本研究所建立的检测方法特异性好,灵敏度高,且操作方便,可为该病毒的快速诊断和流行病学调查提供技术手段。 相似文献
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人们广泛认为动脉炎病毒的基因组5′非翻译区（untranslated region,UTR）在病毒基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录和蛋白翻译过程中发挥关键作用,然而其结构与功能仍然在很大程度上不为人知。现基于2型猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）感染性克隆pAPRRS的基础,构建了一系列5′UTR的5′末端缺失突变体,利用RNA和DNA转染,分析了拯救病毒的遗传学与病毒学特征,发现拯救病毒的5′末端突变位点被一些不知来源的AU-rich外源序列所修复。基于T7启动子与CMV启动子转录起始位点的不同,我们人为引入一段GC-rich的序列以研究病毒的自我修复是否为模板依赖性,结果发现病毒的外源序列修复机制是非模板依赖的。通过二级结构预测分析发现,在PRRSV5′UTR中的第一个茎环结构是病毒感染性必不可少的。 相似文献
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目前流行的甲型H1N1流感病毒是一个复杂的基因重配病毒。对病毒的分子生物学研究,尤其是病毒囊膜蛋白血凝素（haemagglutini,HA）基因和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的研究,为控制和预防H1N1流感病毒具有重要的意义。本研究对中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）,以及不同国家和地区的病毒株进行核苷酸和氨基酸序列分析。从NCBI的GenBank数据库下载所需要毒株的序列,采用Lasergene 6.0软件包中的EditSeq和MegAlign进行序列分析,进化树分析采用MEGA4.1软件。进化分析表明,中国流行的2009 H1N1流感病毒与疫苗株的核苷酸同源率分别在98.8%~99.7%和98.6%~99.6%之间;裂解位点处为I/VPSIQSR↓G,不具备高致病性流感病毒的特征;有1株NA抗性病毒。尽管与疫苗株相比,中国流行株2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因有部分突变,但这些突变并不是重要的。本研究首次详细分析了中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒株与疫苗株的HA和NA基因的分子特征,对实时监测流感病毒HA和NA基因的变化具有重要意义。 相似文献
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本研究参考GenBank已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）Nsp2基因序列,在高致病性病毒Nsp2基因缺失区的两端保守区设计并合成了一对引物,建立并优化了能够区分经典PRRSV和高致病性PRRSV的RT-PCR诊断方法,并利用该方法对2007～2010年间江苏地区的45份可疑临床病料进行了检测。结果表明临床病料阳性率为40％,所有毒株均属于高致病性毒株。对PRRSV阳性病毒的Nsp2基因序列分析表明,所有18株PRRSV均属于美洲型毒株,与中国高致病性PRRSV代表毒株JXA1、WUH1的氨基酸同源性分别在82．2％～97．6％、80．4％～95.3％。此外,18株病毒的Nsp2共同存在不连续的30个氨基酸缺失,缺失位置与同期中国高致病性PRRSV具有相同的特征。通过本研究掌握了江苏地区2007～2010年间PRRSV流行情况及Nsp2基因变异特征,为地方猪繁殖与呼吸综合征的临床诊断和防治提供参考依据。 相似文献