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从猪粪便中分离得到一株新饲用乳杆菌,对其16S rDNA基因进行了测序,该段基因序列已提交GenBank,登录号为HQ641209。将该菌株16S rDNA基因序列进行在线BLAST比对并与其他乳杆菌属菌株的16S rDNA序列建立系统发育树,结果显示该菌16S rDNA序列与NCBI公布的约氏乳杆菌Lactobacillus johnsonii (AB295648)的同源性为99.7%,因此该菌鉴定为约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii),将其命名为"Lactobacillus johnsonii Sun001"。经测试,该菌株对E.coli K88、K99菌株的生长有抑制作用,在pH为2.5的模拟胃液中处理3 h存活率为68.8%,在0.3%胆盐浓度的模拟肠液中处理3 h存活率为21.4%。 相似文献
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百脉根根际分离出根瘤菌2株(LC15、LC20)与白三叶根际中分离出根瘤菌RW183基因组DNA经PCR扩增16S rDNA序列、阳性克隆检测、质粒提取测序,并与GenBank中已知序列比对,结果表明,菌株LC15与LC20的16S rDNA序列与多株克雷氏菌属(Klebsiella sp.)的16S rDNA核苷酸序列的同源性均超过99.00%,RW18与勒克氏菌属中的Leclercia adecarboxylata (HQ242722)核苷酸序列同源性为99.79%,结合各菌株的主要生理生化特征,将菌株LC15与LC20初步鉴定为Klebsiella sp.,将菌株RW18鉴定为Leclercia sp.。 相似文献
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四川省某藏鸡场藏鸡发生以鼻腔与窦发炎、颜面肿胀、流鼻涕和打喷嚏为主要特征的疾病,通过对送检病鸡病原的分离纯化、生化鉴定、16 S rDNA基因的克隆和序列分析诊断为副鸡嗜血杆菌感染,将该株副鸡嗜血杆菌的16 S rDNA序列与GenBank中15株巴氏杆菌科菌株进行同源性分析发现,与6株副鸡嗜血杆菌同源性较高,为94.2%～97.2%,与其它菌株16 S rDNA基因的同源性较低。另外,药敏试验表明,本菌株对菌必治、阿莫西林、庆大霉素、头孢氨噻肟和阿奇霉素等药物敏感。 相似文献
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从猪小肠中分离得到一株乳杆菌,对其进行生理生化鉴定、16S r DNA基因测序和同源性分析。分析结果显示,该菌株的菌落有溶钙圈,白色圆形,边缘光滑,无鞭毛,无荚膜,无芽孢的革兰氏阳性杆菌,16SrDNA序列与NCBI公布的约氏乳杆菌Lactobacillus gasseri的同源性为98.7%,将该菌株鉴定为格氏乳杆菌。 相似文献
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选用通过常规生理生化特性鉴定的疑似粪肠球菌菌株3株,采用16S rDNA的通用引物对其可变区基因进行克隆、测序和同源性比对,并用CLUSTAL和MEGA软件分析其遗传距离并构建系统进化树.结果表明,此3株菌株通过同源性比对,与GenBank数据库中粪肠球菌的同源性均大于99.8%,经遗传距离分析和系统进化树的构建均表明为粪肠球菌.肠球菌属细菌有40个种,各种之间的生化生理特性差别甚微,在无法通过生化生理特性准确鉴定到种的情况下,用粪肠球菌的16S rDNA全序列的测定及系统进化树的分析是鉴定该菌的一个科学可靠的方法. 相似文献
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对1例鸡鼻炎样病例进行细菌学诊断,从病鸡鼻腔中分离到1株革兰阴性杆菌,编号为ZY17105,对其进行形态学、生理生化、分子生物学鉴定,对其致病性和耐药性进行分析,同时探讨gyrB基因在气单胞菌鉴定中的意义。16S rDNA进化分析显示ZY17105与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682同源性为99.4%;gyrB基因进化分析显示ZY17105与各圣雷利气单胞菌株形成同一进化支,与圣雷利气单胞菌模式菌株LMG24682和A2-67之间的同源性为分别为97.8%和98.2%。根据形态学、生理生化特性、16S rDNA和gyrB基因进化分析,将分离株ZY17105鉴定为圣雷利气单胞菌,分离株ZY17105对小鼠和鸡有较强致病性;另外,进化分析表明gyrB基因在气单胞菌属各种间的区分能力高于16S rDNA。本研究首次从中国大陆分离到圣雷利气单胞菌,并证实gyrB基因可替代16S rDNA用于气单胞菌属各菌种间的进化分析鉴别。 相似文献
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为筛选用于防制奶牛子宫炎的乳酸菌菌株,本试验选取产后30~50 d的健康奶牛,采集子宫颈口处分泌物,利用MRS选择性培养基进行乳酸菌初步筛选。纯化后的菌株进行革兰氏染色镜检,将具有乳酸球菌或乳酸杆菌典型形态的疑似菌株进行针对性生化鉴定。提取分离菌株的基因组DNA,扩增其16S rDNA全序列并测序,将所得序列与NCBI数据库中的相应序列进行同源性比对分析。采用琼脂扩散法检测分离菌株对致病性金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的抑菌活性,并检测分离菌株对山羊上皮细胞的黏附活性。结果显示,经染色镜检、生化鉴定和16S rDNA测序分析,得到13株乳酸菌,其中5株具有较强抑菌活性,6株具有较强黏附上皮细胞的能力,7、12和23号3株兼有良好的抑菌活性和黏附上皮细胞能力。综上,本试验建立了健康奶牛子宫颈中乳酸菌的筛选方法,得到3株具有良好益生特性的乳酸菌,为制备微生态制剂提供了基础材料,对防制奶牛子宫炎具有重要意义。 相似文献
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为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(6)
为了对采集自天津市某动物医院犬子宫蓄脓脓汁进行病原菌的鉴定,试验采用分离培养方法进行病原菌的分离,同时对分离到的菌株进行生化试验、药敏试验、16S rRNA测序鉴定,对测序结果进行同源性分析并构建系统遗传进化树。结果表明:共分离得到两株(Fl-rj、Fs-rj)革兰氏阴性短杆菌,两株分离菌的生化特性基本一致,且都与肺炎克雷伯氏菌的生化特性相似。两株分离菌16S rRNA基因测序结果相似度高达99.8%,且两株分离菌与肺炎克雷伯氏菌(NR_117683.1)的同源性分别高达99.6%和99.9%,在系统进化树中位于同一分枝。两株分离菌均对氨曲南、头孢唑林、头孢哌酮、头孢噻肟、头孢曲松、头孢吡肟、头孢他啶、妥布霉素敏感,对氨苄西林、头孢噻吩、麦迪霉素、哌拉西林耐药。说明本试验分离菌株目前耐药性不强,可使用头孢类药物抑制。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2015,(12)
为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。 相似文献
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通过筛选获得高产纤维素酶细菌菌株,为纤维素酶制剂研制及纤维素酶工程菌构建提供试验材料。采用刚果红平板从牛羊粪便及腐败的玉米秸秆和木屑中分离产纤维素酶菌株,以DNS法测定酶活,根据酶活复筛产纤维素酶分离菌株;观察分离菌株的形态、染色与培养特性;应用16S rDNA通用引物扩增菌株基因组DNA,测序结果提交GenBank数据库进行Blast比对分析和相似性搜索,作出复筛菌株种的鉴定。结果表明:分离获得16株纤维素酶产量较高的细菌菌株,均为革兰氏阳性菌,菌体呈短杆状、具中央芽孢,经16S rDNA序列比对分析和相似性搜索,鉴定为10株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、6株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。 相似文献
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为了明确副溶血弧菌在内陆淡水水体中的分布情况，本试验从查干湖水体中分离得到1株革兰阴性杆菌，命名为A201805S2,对其进行形态观察、生理生化鉴定，并利用PCR方法对其16S rDNA基因序列进行扩增和测序，将测得结果于NCBI上进行BLAST同源性比较。结果显示，该菌株在硫化硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基(TCBS)上为绿色菌落，革兰染色呈红色，两端钝圆，为革兰阴性杆菌；生理生化鉴定结果与副溶血弧菌特性相一致；分离菌与副溶血弧菌16S rDNA基因序列同源性达99%。结果表明，本试验首次从内陆苏打盐碱型淡水水体中分离出副溶血弧菌，为淡水水体副溶血弧菌防控提供数据支持。 相似文献
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《四川畜牧兽医》2021,(4)
从鸡腹泻病例中分离到一株M1菌,为探明其生物学特性,利用传统细菌鉴定与16S rDNA、atpD基因序列分析进行鉴定与遗传进化分析。将M1菌纯化培养后进行菌落形态观察、生理生化试验;设计16S rDNA和atpD基因引物,反转录收集PCR产物并测序,利用DNAStar和MEGA6进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果得出:M1菌在镜下为革兰氏阴性短杆菌或球菌;生理生化试验显示其可发酵多种糖类,产酸产气,运动性试验呈阳性;吲哚(I)、甲基红(M)和触酶试验呈阳性;VP(V)试验、枸橼酸盐(C)利用试验、产硫化氢(H_2S)试验和尿素酶试验呈阴性。16S rDNA与atpD基因同源性分析表明M1菌与大肠杆菌的同源率在99%以上。综合细菌鉴定、生理生化结果、16S rDNA和atpD基因序列分析,判定M1菌株为大肠杆菌种。 相似文献
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从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。 相似文献