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基于高通量测序的金钗石斛叶转录组数据分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究采用Illumina Hiseq4000对金钗石斛(Dendrobium nobile)叶转录组进行测序,共获得5.6 Gb数据。组装并去冗余后得到61 998个Unigene,其总长度,平均长度,N50以及GC含量分别为53 773 338 bp、867 bp、1 482 bp和43.09%。将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,最终分别有34 250(NR:55.24%),28 010(NT:45.18%)、22 029(Swissprot:35.53%)、13 384(COG:21.59%)、25 754(KEGG:41.54%)、7 731(GO:12.47)以及25 407(Interpro:40.98%)个Unigene获得功能注释。在KEGG数据库中,注释上的与碳水化合物代谢、萜类和黄酮类化合物代谢、以及多糖合成相关的Unigene分别有2 819个、706个和559个。根据注释结果共检测出34 096个CDS,未注释上的Unigene使用ESTScan预测后获得2 108个CDS。检测出7 165个SSR分布于6 264个Unigene中,其中在不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、AT/AT和AGG/CCT。同时,预测出1 234个编码转录因子的Unigene。该转录组测序分析为金钗石斛次生代谢和转录组方面研究提供了一定的理论参考。 相似文献
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我国土壤PAHs污染日益严重且来源较为复杂,为探明煤矿区土壤PAHs的污染情况,确定其污染来源,本试验通过在煤矿区不同点位采集表层土壤样品,并以该区未受PAHs污染的土壤样品作为对照,用气相色谱—质谱方法测定土壤中16种多环芳烃(PAHs)的含量,结合比值法、聚类分析法及其复合分析方法探讨PAHs污染土壤的来源。结果表明:煤矿区各采样点农地土壤中萘(Naph)、苯并(g,h,i)苝(BghiP)、茚并(1,2,3-cd)芘(InP)、二苯并(a,h)蒽(DbA)、苯并(b)荧蒽(BbF)、荧蒽(Flt)、苯并(a)蒽(BaA)、(Chry)、芘(Pyr)、苯并(a)芘(BaP)和苯并(k)荧蒽(BkF)含量基本达到了对照的5倍以上,人为影响较大。在空间分布上,萘(Naph)、芴(Flu)、菲(Phe)、蒽(Anth)和二苯并(a,h)蒽(DbA)为分异型,而其余PAHs则属于强分异型,不同采样点之间PAHs空间差异较大。比值法解析PAHs的来源结果表明,该煤矿区农地土壤PAHs主要来源于焦化厂、钢厂等工厂加工的煤、石油等化石燃料燃烧以及交通车辆燃烧源的燃烧。聚类分析法结果表明,PAHs来源主要包括石油泄漏、化石燃料(石油和煤)燃烧的燃烧源以及交通尾气排放;通过两种方法联合将不同污染水平点位进行功能分类的基础上,对煤矿区不同方位上PAHs的来源进行了细化分析认为,煤矿区北部、中部、南部区域土壤PAHs可能多受石油等化石燃料燃烧影响,而西部偏北方向土壤PAHs可能更多受生物质及煤炭等燃料燃烧影响。 相似文献
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2007年中国部分地区猪圆环病毒2型分子流行病学分析 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】对采集自上海、江西、山东、江苏、河南和湖南等省的257份进行了PCV2的检测,确定中国PCV2感染情况及分子特征。【目的】设计一对针对PCV2 ORF2的引物,利用PCR对其进行PCV2基因组的检测,对PCV2阳性的样品,进行了ORF2的克隆、序列测定和分析。【结果】结果显示PCV2阳性率为24.51%（63/257）,并能从健康猪群中检测的阳性;各PCV2分离株间ORF2核苷酸序列同源性为84.4%～100%,氨基酸同源性为82.5%～100%,与所属群的不同而不同。【结论】中国有2个群的PCV2毒株在流行,以PCV2b群为主（70.97%,22/31）,但也有PCV2a群毒株（29.03%,9/31）的流行,同时PCV2流行的基因型没有明显的地域间差异。部分毒株符合高致病性PCV2的特征,暗示中国已存在高致病性PCV2的流行。 相似文献
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不同品种黑莓在南京地区的生长表现 总被引：4，自引：0，他引：4
为了给黑莓品种的鉴定和栽培措施的制定提供科学依据,对11个黑莓品种在南京地区的生长情况进行了调查和分析。结果发现,黑莓功能叶片中叶绿素含量平均为(40.87±4.84)spad,同一品种在不同生长期其叶绿素含量比较稳定,而不同品种却存在着较大的差异。复叶大小平均为(1.51±0.25)dm2,品种间差异显著,其中Chester品种的最大,Triple Crown的最小,前者是后者的1.65倍。小叶数量和单株叶面积分别平均为(4 815±3 880)片和(7.65±5.94)m2,品种间差异极显著,其中Kiowa品种的叶片数量最多,其单株叶面积最大,单株叶面积平均为(22.92±6.72)m2,远远高于其它品种。枝蔓数量和年生长量分别平均为(26.32±10.92)支和(2.14±1.52)dm3,品种间差异也达到了极显著水平,枝蔓发生数量最多的品种也是Kiowa,最少的品种是Young,后者数量不到前者的1/4;Kiowa和Triple Crown这2个品种的枝蔓年生长量最大,Young品种的年生长量最小,前者是后者的10余倍。 相似文献
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研究2009-2010年我国部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)混合感染的情况。采用PCR和RT-PCR方法对采集自我国安徽、江苏、山东、浙江等7省的227份组织和血清样品进行PCV2和PRRSV检测。PCV2a感染率为15.9%,PCV2b感染率为44.5%,PRRSV感染率为45.8%,其中17份样品表现为PCV2a和PRRSV的混合感染,50份样品表现为PCV2b和PRRSV的混合感染,10份样品表现为PCV2a,PCV2b和PRRSV的混合感染,分别占样品总数的7.5%,22.0%和4.4%。猪群中PCV2和PRRSV的感染比较普遍,混合感染率也较高,加重了疫病防控的难度。 相似文献
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为了明确肠出血性大肠杆菌(Enterohemorrhagic Escherichia coli)O157∶H7大质粒pO157编码的蛋白质ToxB与O157∶H7在肠道黏附、定殖的关系,构建含有toxB基因同源臂的重组自杀性质粒pMEG375-BN-Kan-BC,转化SM10宿主菌获得重组SM10(pMEG375-BN-Kan-BC)。将SM10(pMEG375-BN-Kan-BC)与O157∶H7进行混合培养,通过同源重组,获得杂交toxB基因缺失株。用体外接种的HEp-2细胞和体内感染链霉素处理的小鼠,明确缺失株黏附定殖能力。经PCR和Western blot鉴定,toxB基因被卡那霉素(Kan+)选择标记基因表达盒所代替。O157∶H7(△toxB)生长特性与亲本株相比无明显差异。O157∶H7(△toxB)与亲本株相比,对HEp-2细胞的黏附能力降低了2倍。口服感染小鼠后,O157∶H7(△toxB)第3 d粪便排菌量仅为3.1×105 CFU,持续排菌11 d;而亲本株排菌量高达4.03×107 CFU,持续排菌时间超过14 d。 相似文献
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