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应用RT-PCR技术对贵州省不同时期不同禽源NDV分离株(肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株、越南斗鸡源DQ株、鸵鸟源TN株及鸽源GZ株)F蛋白基因进行扩增、克隆和测序分析,结果表明:8株NDV贵州分离株F基因长度均为1 662 bp,可编码553个氨基酸;NDV贵州分离株间核苷酸同源性为84.0%~99.7%,氨基酸同源性为87.5%~99.3%;与国内外NDV参考毒株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2 000株和TW2 000株)的核苷酸同源性为84.2%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;GZ株和TN株为基因II型,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VII型(均为VIId亚型),BY株和FW株为基因IX型。表明,不同时期NDV贵州分离株的基因型不同,近年流行的ND疫情主要是由基因VII型NDV引起,与国内其他省市ND流行趋势基本一致。 相似文献
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应用PCR技术对1株鸵鸟源新城疫病毒TN株融合蛋白基因(F基因)进行扩增,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定,并与国内外NDV毒株对应序列进行比较分析.结果表明,TN株F基因的长度为1 662 bp,可编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,为1株新城疫弱毒株;与贵州省其他禽源(包括肉鸡、蛋鸡、越南斗鸡、七彩山鸡和鸽子等)毒株间的核苷酸同源性为84.0%～89.6%,氨基酸同源性为87.5%～92.1%;与国内外NDV代表株(Lasota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.4%～98.6%,氨基酸同源性为88.3%～98.0%.经系统发生树分析,TN株与NDV弱毒株Lasota株和B1株在同一分支上,属于基因II型NDV. 相似文献
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RT-PCR对新城疫病毒强弱毒株的快速鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
根据新城疫病毒(NDV)F蛋白基因结构的特点及强、弱毒株F蛋白基因裂解位点的序列差异设计了4条引物,并将其配成3对引物,采用RT-PCR试验对来自鸡和七彩山鸡的9株NDV野毒分离株,F48E8和LaSota 2株标准强、弱毒株进行了快速鉴定;并将RT-PCR鉴定结果与NDV常规致病性试验结果进行了比较。结果表明,RT-PCR试验能够快速将11个参试毒株区分为强毒株和弱毒株,其结果与传统致病性试验测定结果基本一致,该方法可以用于ND的快速诊断和强、弱毒株的快速鉴定。 相似文献
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β干扰素(IFN-β)具有重要的抗病毒生物学功能,为了研究从江香猪源IFN-β生物活性,试验设计1对扩增切除信号肽序列的香猪源IFN-β编码区引物,以pUCm-T-IFN-β为模板进行PCR扩增,经菌液PCR筛选、测序鉴定后,获得重组质粒pColdⅠ-CJ-poIFN-β,将其转入大肠埃希菌BL21(DE3)感受态细胞中,IPTG诱导表达后用SDS-PAGE蛋白电泳,Western blot方法对重组表达蛋白进行分析。结果:切除信号肽序列的从江香猪源IFN-β序列编码区长为498 bp,表明该片段已正确插入原核表达质粒pColdⅠ中;SDS-PAGE蛋白电泳在预期位置未见蛋白条带,但Western blot检测显示带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,显色后条带为18.26 ku,与预期大小相符。结果显示:试验成功构建了携带切除信号肽序列的香猪源IFN-β基因的原核表达质粒,但重组蛋白表达量极低,试验结果为进一步研究从江香猪源-β干扰素的生物活性奠定基础。 相似文献
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试验旨在研究从江香猪γ干扰素（interferon gamma,IFN-γ）基因克隆与序列分析。试验提取贵州从江香猪肝脏组织总RNA,反转录生成cDNA,采用2对特异性引物进行巢式PCR扩增从江香猪IFN-γ（CJ-poIFN-γ）基因编码区,将其克隆至pUCm-T载体上,获得重组质粒pUCm-CJpoIFN-γ,并测序鉴定;利用NCBI、SOPMA、SignalP-4.1等在线服务器软件、DNAStar软件对CJ-poIFN-γ进行序列分析。结果表明,CJ-poIFN-γ基因编码区长501 bp,编码166个氨基酸;核苷酸序列比对结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪、荣昌猪、印度猪、长白猪、内江猪同源性为99.4%~100.0%;进化树分析结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪亲缘关系较近;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白不存在跨膜结构,为分泌蛋白,前23个氨基酸为信号肽序列;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白二级结构主要以α-螺旋（50.60%）和无规则卷曲（33.14%）为主,B细胞表位主要位于62-65、84-87、113-115、144-156和162-166位氨基酸。试验结果为进一步研究IFN-γ的生物活性、加快从江香猪品种资源的有效利用奠定基础。 相似文献
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为分析LSm1基因的特点,预测其编码蛋白的生物学功能,试验利用巢式PCR方法对Marc145细胞源LSm1基因进行扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学方法对Marc145细胞源LSm1基因进行序列分析,并对其编码蛋白进行二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,经过两轮的PCR扩增,成功获得402 bp的Marc145细胞源LSm1基因,编码133个氨基酸。Marc145细胞源LSm1基因核苷酸序列与人类、灵长类同源性较高,其次是海洋哺乳动物类,最后是陆地野生动物及家畜,同源性为92.8%~99.8%,而其编码的氨基酸虽没有此规律,但氨基酸序列同源性均较高,为97.8%~99.3%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源LSm1基因与人类LSm1基因亲缘关系较近,处在同一分支,其次是灵长类。LSm1蛋白二级结构中α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,分别为45.11%和24.06%。预测此蛋白存在4个B细胞优势抗原表位,具有Sm超家族保守结构域,无跨膜区域,无信号肽区域。结果表明,LSm1蛋白在细胞内转录及表达水平可能较低,细胞cDNA需通过巢式PCR扩增两轮才能出现目的条带,本试验方法为LSm1基因的扩增提供了参考。同时,LSm1生物学功能预测结果为获得LSm1人工表达蛋白与针对LSm1蛋白的特异性抗体制备,以及在细胞水平研究LSm1的功能机制及其在病毒复制中的作用奠定基础。 相似文献
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为了解贵州高脚鸡源的禽白血病病毒的gp85基因变异情况,试验采用ALV p27抗原ELISA试剂盒对贵州省高脚鸡的26份血样进行检测;并采用RT-PCR方法对其中一份血样进行ALV-A/B/J亚型鉴定,然后用gp85基因引物进行RT-PCR扩增、克隆及测序分析。结果表明,26份高脚鸡血样ALV p27抗原ELISA检测阳性率为0（0/26）;ALV-A/B/J引物RT-PCR扩增的条带为422 bp,与ALV-J目的大小相符;以ALV-J阳性样品为模板,用ALV-J-gp85引物扩增出大小为931 bp左右的产物,命名为GZAS20200701。经克隆测序后与ALV参考株进行比对分析,同源性分析中GZAS20200701与ALV-J亚型中的LYJ195株同源性最高,达99.5%,与ALV-B亚型中的GD08株同源性最低,为48.5%,与A、B、C、D、E、K亚型的同源性为48.5%~50.8%。系统进化树中GZAS20200701与ALV-J中的LYJ15株属于同一个分支,亲缘关系最近,说明GZAS20200701属于ALV-J。试验为贵州高脚鸡ALV-J-gp85基因的遗传变异情况提供数据,丰富了贵州地方品种鸡ALV-J-gp85的资料。 相似文献