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黑皮冬瓜LINE逆转座子RT序列的克隆与特征分析 总被引:1,自引:0,他引:1
根据LINE逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增黑皮冬瓜"B98K"基因组DNA,获得580 bp左右目的条带。将PCR产物回收、克隆并测序,获得23条逆转酶序列,利用生物信息学软件分析其长度变异、碱基变化、相似性及系统进化关系。结果表明:这些序列长度在557~593 bp区间变异,同源比对核苷酸序列相似性为39.0%~99.3%,存在高度异质性,主要表现为缺失突变、移码突变与终止密码子突变,核苷酸序列聚类分析分为4个家族,家族1与家族2分别包含15和5个成员,占总序列数的65.22%和21.74%。对推导的氨基酸序列分析发现,第12位氨基酸残基处存在一保守的苯丙氨酸(Phe),多处位置存在半保守氨基酸残基;氨基酸序列相似性在20.0%~99.5%之间;其中8条序列可能具有转录活性,8条与15条序列分别发生移码与终止密码子突变。与已知物种构建系统发育进化树,发现冬瓜LINE逆转座子RT序列较保守,且与拟南芥、李、油菜等有较近的亲缘关系。研究结果为后续利用分子标记研究冬瓜种质遗传变异及基因组进化奠定基础。 相似文献
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为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。
相似文献9.
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