马氏珠母贝C1qDC基因家族成员的鉴定及表达分析     

王菁  李桂英  林楷琪  刘付柏  李金凤  黄宝松  王忠良 《中国水产科学》2022,29(1):1-12

含 C1q 结构域蛋白(C1q domain containing, C1qDC)是经典补体途径的起始分子, 能够识别免疫复合物, 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据, 结合生物信息学方法对 C1qDC 基因进行了鉴定, 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示, 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出 285 个 C1qDC 基因; 根据系统进化关系聚集为 5 个亚类, 不均匀分布在 14 条染色体上; 所有 C1qDC 序列均含有保守基序 1。比较转录组数据分析显示, 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒 4 h 后, 马氏珠母贝 C1qDC 基因家族中有 56 个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中, 上调表达基因 32 个, 下调表达基因 24 个。实时荧光定量 PCR 检测结果表明, 随机挑选的 8 个 C1qDC 基因的表达模式与转录组数据一致。本研究结果为进一步解析马氏珠母贝 C1qDC 基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。  相似文献   

军曹鱼NHE3和NKAα1a基因克隆、表达模式及相关miRNA的靶向调控          下载免费PDF全文

王忠良  刘付柏  黄宝松  李桂英  王菁  王蓓  陈宗发 《水产学报》2023,47(5):059103-059103

为了解军曹鱼NHE3与NKAα1a的序列特征、盐度胁迫下的基因表达模式以及相关miRNA的靶向调控作用，实验应用cDNA末端快速扩增技术克隆了NHE3与NKAα1a的全长cDNA序列；应用实时定量PCR (qPCR)技术分析了NHE3和NKAα1a的组织特异性和盐度适应性表达模式；采用双荧光素酶报告实验检测了NHE3和NKAα1a与相关miRNA的靶向调控关系。结果显示，军曹鱼NHE3与NKAα1a基因的开放阅读框长度分别为2 718和3 075 bp，分别编码905和1 024个氨基酸；NHE3、NKAα1a在鳃、肠、心脏等9种组织中均有表达，其中以鳃组织中的表达丰度最高。随着盐度升高，NHE3在鳃中表达量下降，低盐和高盐适应后均呈显著差异。NKAα1a基因表达量随着盐度升高出现不同趋势，在鳃和肠中受低盐和高盐影响后均显著上调，而高盐环境下其在体肾中的表达水平显著下调。在不同盐度适应过程中，NHE3、NKAα1a均以鳃组织中的表达水平最高。NHE3-pmirGLO-WT与miR-1335-3p共转染时，较对照组相对荧光素酶活性下降，并存在极显著差异；NKAα1a-pmirGLO-WT...  相似文献