大花君子兰叶绿体基因组及其特征   总被引：3，自引：0，他引：3  

郑祎  张卉  王钦美  高悦  张志宏  孙玉新 《园艺学报》2020,47(12):2439-2450

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。  相似文献   

桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA克隆及其生物信息学分析          下载免费PDF全文

王颢  段文波  李芬  李为争  吴少英 《中国生物防治学报》2020,36(3):443-451

克隆获得桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA序列，明确钠离子通道的典型特征，为研究桃蚜抗性分子机理奠定基础。采用实验技术主要有RT-PCR和PCR，克隆桃蚜钠离子通道基因cDNA序列，利用相关软件对其序列进行生物信息学分析。克隆得到两段cDNA序列MpNa_v-1（NCBI登录号：MN124170）和MpNa_v-2（NCBI登录号：MN176136）。MpNa_v-1长度为2945 bp，包括2877 bp的完整开放阅读框，共编码958个氨基酸；MpNa_v-2长度为3546 bp，包括3486 bp的完整开放阅读框，共编码1161个氨基酸。MpNa_v-1和MpNa_v-2共同组成桃蚜的钠离子通道α亚基，MpNa_v-1包含同源结构域Ⅰ和同源结构域Ⅱ，MpNa_v-2包含同源结构域Ⅲ和同源结构域Ⅳ。同源比对发现，桃蚜与豌豆蚜和高粱蚜钠离子通道基因相似度分别高达97.67%和97.65%，所克隆序列包含昆虫钠离子通道α亚基典型特征，具有MFM模块，并含有蚜虫类钠通道特有模块DENS。成功地克隆桃蚜钠离子通道基因，为阐明其对拟除虫菊酯类药剂产生靶标抗性的分子机制奠定基础。  相似文献   

广东果树上17种拟茎点霉的RAPD分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

姜子德  梅曼彤  戚佩坤 《植物病理学报》2003,33(1):35-39

 自320个随机引物中筛选出适于拟茎点霉属真菌种间亲缘关系分析的15个随机引物,并优化了RAPD分析的扩增体系,在此基础上,对广东果树上17种拟茎点霉进行了RAPD分析。各菌株间的Nei相似系数UPGMA法聚类结果表明:来源于不同地区的2个Phomopsis mangiferae Ahmad菌株和2个P.macadami Z.D.Jiang et P.K.Chi菌株都分别以0.636和0.589的相似系数两两首先聚在一起,而不同的种则只在小于0.54的相似系数范围内聚类,体现了种间及种内的亲缘关系差异程度;聚类群与寄主植物不具相关性,同种植物上的不同拟茎点霉,即使是分自相同寄生部位也不能聚在一类;支持形态学上将生于柑桔枝和黄皮茎、沙梨叶和果、杨梅叶和枝以及同是生于龙眼叶的共8个拟茎点霉分别鉴定为不同的种,而不支持将P. cytosporella Penz.et Sacc.与P. mangiferae合并为一个种的观点;RAPD技术可作为拟茎点霉属真菌种间的亲缘关系分析的重要手段。  相似文献   

The Complete Nucleotide Sequence of a Japanese Isolate of White clover mosaic virus Strain RC     

Hitomi NAKABAYASHI  Yasuyuki YAMAJI  Satoshi KAGIWADA  Masashi UGAKI  Shigetou NAMBA 《Journal of General Plant Pathology》2002,68(2):173-176

The complete nucleotide sequence was determined for genomic RNA of White clover mosaic virus (WClMV-RC) isolated from red clover (Trifolium pratense) in Japan, It is 5843 nucleotides in length, excluding the poly(A) tail at the 3' terminus. Similar to other potexviruses, it contains five open reading frames (ORFs 1 through 5), which putatively encode an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) (147 kDa), a triple gene block (TGB) (26 kDa/13 kDa/7 kDa), and a coat protein (CP) (22 kDa), respectively. The deduced amino acid sequence of the WClMV-RC CP was identical to that of WClMV-O, one of two New Zealand isolates, but only 85% identical to that of WClMV-M, the other New Zealand isolate, because of heterogeneity in the C-termini of CP amino acid sequences. The implication of this CP heterogeneity is discussed. Received 30 August 2001/ Accepted in revised form 11 January 2002  相似文献   

Phylogenetic relationships between rice dwarf phytoreovirus isolates from five countries     

B.C. Lee  Y.K. He  K. Murao  M. Isogai  G. Dahal  I. Uyeda 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》1997,103(6):493-499

Rice dwarf virus isolates were collected from several locations in Japan, the Philippines, China, Nepal and Korea. Genomic dsRNA segment profiles in polyacrylamide gel electrophoresis differed among the isolates. There were less differences in the profiles between isolates from Japan and Korea than in those between these two Countries and others. Nucleic acid hybridization was used to examine the extent of genomic variation. Full-length cDNAs to all genomic segments encoding non-structural proteins (S4, S6, S9, S10, S11 and S12) were synthesized from two Japanese isolates, and were used for dot-blot hybridization. Hybridizations using probes generated from the full-length cDNA clones failed to differentiate isolates from different geographical areas. However, cDNA probes covering a variable region of S12 were able to distinguish Japanese and Korean isolates from those of other countries. Phylogenetic tree analysis based on the amino acid sequence of P12 encoded by S12 grouped Japanese and Korean isolates together. The Chinese isolates from two different locations (Yunnan and Fujian) were closely related to each other, and were the most distantly related to Japanese and Korean isolates.  相似文献   

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析   总被引：11，自引：3，他引：11  

张浩吉  谢明权  张健騑  覃宗华  顾万军  蔡建平 《畜牧兽医学报》2005,36(6):596-601

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场，无菌采集血样，抽提猪附红细胞体基因组DNA，采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增，对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明，3个猪场样品所测序列一致性达99．52％以上，具有相同的基因型，但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95％，属于同一基因群，但基因型不同；所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支，这类血营养菌与支原体科，支原体属的病原最靠近(75％)，而与立克次氏体目的病原较远(70％)。上述研究证实，广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体，建议命名为猪附红细胞体广东株型；为反映进化关系，猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。  相似文献   

峨眉山野生茶树资源农艺性状多样性分析     

刘东娜  李兰英  龚雪蛟  罗凡  王勤 《中国农学通报》2020,36(13):103-109

为挖掘峨眉山野生茶树和群体种中的优良资源,利用因子分析、聚类分析和感官审评等方法,对峨眉山40份野生茶树种质资源农艺性状进行遗传多样性分析和资源评价。结果表明,峨眉山茶树种质资源丰富,且多以灌木型为主;18个芽叶形态性状的变异系数为7.70%~60.99%,变异系数最大的性状是芽叶色泽(60.99%)。因子分析表明,18个芽叶形态性状综合为6个公因子,前6个公因子的特征值大于1且累计贡献率达80.74%,主要代表性指标为叶片大小、叶片锯齿和叶面特征等。聚类分析将研究材料分为5个大的类群,显示了复杂的亲缘关系和丰富的遗传多样性。适制性研究表明,初步筛选的11份种质资源制绿茶适制性较好,感官审评总分在92分以上,大体表现为香气鲜香带花香、清香高长带花香或栗香浓郁带花香,滋味鲜爽、鲜甜或鲜浓醇。  相似文献   

Identification and tissue distribution of odorant binding protein genes in Harmonia axyridis(Coleoptera: Coccinellidae)          下载免费PDF全文

Cheng QU  Ran WANG  Wu-nan CHE  Feng-qi LI  Hai-peng ZHAO  Yi-yun WEI  Chen LUO  Ming XUE 《农业科学学报》2021,20(8):2204-2213

  相似文献   

毛薯的营养成分分析和聚类分析     

黎丹  吴文嫱  黄东益  谢俊  赵景梅  黄小龙  许云 《热带作物学报》2018,39(3):575-580

为选育出优良的毛薯种质,本研究以海南大学薯蓣种质资源圃里的80份毛薯为材料,以河南焦作温县的垆土铁棍山药为对照,采用苯酚硫酸法、考马斯亮蓝法以及蒽酮比色法对其干物质、粗多糖、蛋白、可溶性糖和淀粉含量进行测定和比较分析。结果表明:毛薯的干物质含量介于18.62%~38.88%,粗多糖含量介于2.88%~15.82%、蛋白含量介于5.14%~10.71%、可溶性糖含量介于0.1%~13.84%、淀粉含量介于11.94%~64.28%。与对照山药相比,Ds96所测品质均优于对照,可优先选择推广。此外,毛薯各营养品质之间存在着一定的相关性,干物质与糖类存在显著负相关,与蛋白和淀粉表现为正相关。通过对80份毛薯的营养品质进行聚类分析,在欧式距离为3.17时,可将其分为八类,按类群来看,类群Ⅳ各营养价值适中,其他类群在某些营养上比较优秀,可根据需要进行优良资源选择。   相似文献   

基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化     

周昱行  胡承哲  周群  王何欣  董沙沙  刘娟  张丹丹  任玉鹏  张斌 《畜牧兽医学报》2020,51(1):109-119

最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。  相似文献