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1.
四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism, RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16S rDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16S rDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R. leguminosarum bv. trifolii) ATCC 14480T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
2.
苦马豆(Sphaerophysa salsula)是西北荒漠区重要的豆科植物。本研究采用16SrDNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法,对西北部分地区苦马豆根瘤中内生细菌的遗传多样性及系统发育进行分析。结果显示,115株供试菌株产生了28种遗传图谱类型,对每种图谱类型的代表性菌株进行了16SrDNA全序列分析,其中的根瘤菌分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium);其余的内生菌分别归属于副球菌属(Paracoccus)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、固氮螺菌属(Inquilinus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、沙雷氏菌属(Serratia)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、链霉菌属(Streptomyces)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、短短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、Lysinibacillus、葡萄球菌属(Staphylococcus)和芽孢杆菌属(Bacillus),这表明苦马豆根瘤中内生细菌具有丰富的多样性。 相似文献
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为了筛选出与白三叶(Trifolium repens)共生匹配效果优异的根瘤菌菌株,从四川野外采集到80余份白三叶根瘤样品并从中成功分离出了72株。经菌落形态观察,革兰氏染色镜检初步检验后,对所分离的菌株进行水培法和砂培法结瘤试验筛选高效菌株。结果表明,接种根瘤菌显著提高了白三叶的结瘤数、株高、鲜重、干重、叶绿素和全氮含量(P< 0.05),其中以菌株YA1121和CD1105为最佳。同时,采用16S rDNA序列鉴定菌株YA1121和CD1105,属于三叶草根瘤菌,为四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究奠定了基础。 相似文献
4.
为探究不同生境巨菌草（Pennisetum sp.）内生细菌群落组成多样性,明确促生菌株的促生特性,本试验采用菌株16S rDNA全序列分析法,对5个不同生境的巨菌草中内生细菌的遗传多样性进行系统发育分析,并以溶磷、固氮、产吲哚乙酸（Indoleacetic Acid,IAA）、产铁载体和抑菌活性等为筛选标准,对初筛菌株进行多项促生活性测定。本研究中,从巨菌草植株中共分离得到187株内生菌株,其中86株具有分泌IAA的能力,占全部菌株的46%,菌株XJ-4产IAA的能力最强,分泌的IAA浓度为30.13 mg·L-1;47株具有溶磷能力,占全部菌株的25%,菌株FJ-23,FJ-15溶磷能力最高,分别为7.10 mg·L-1和7.35 mg·L-1;128株可以在Ashby无氮培养基中正常生长,表明64%的巨菌草内生细菌都具有潜在的固氮能力;34株可以在产铁载体的培养基中正常生长,表明18%的菌株产铁载体;试验中,80%以上的内生细菌对1种或者多种指示菌具有抑制作用,其中菌株SX-21,SX-30,SX-1,NY-10表现出对3种指示菌的广谱性抑菌活性,菌株SX-30对玉米大斑病菌的抑制效果最好,抑菌圈达到30 mm。供试菌株共产生了23种遗传图谱类型,通过对每种图谱类型的代表性菌株进行16S rDNA全序列分析,23株菌株分别归属于芽孢杆菌属（Bacillus）、根瘤菌属（Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）和肠杆菌属（Enterobacter）。巨菌草中具促生特性的内生细菌表现出丰富的多样性,可为进一步构建巨菌草促生菌菌群提供良好的种质资源。 相似文献
5.
家蚕肠道细菌种群结构分析 总被引：5，自引：1，他引：4
用普通培养基和稀释培养基从家蚕4龄幼虫肠道中分离到109株细菌,通过16S rDNA-RFLP分析后,得到14个不同类群。从各个类群中随机选取代表菌株进行16S rDNA序列测定和系统发育分析,结果表明,家蚕肠道细菌主要分布在芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、肠杆菌属(Enterobacter)、微杆菌属(Microbacteri-um)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、短杆菌属(Brevibacterium)、纤维微杆菌属(Cellulosimicrobium)、肠球菌属(Entero-coccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、棒状杆菌属(Corynebacterium)10个已知细菌属和另外1个分支中,揭示了家蚕肠道细菌种群的多样性。 相似文献
6.
百脉根根际分离出根瘤菌2株(LC15、LC20)与白三叶根际中分离出根瘤菌RW183基因组DNA经PCR扩增16S rDNA序列、阳性克隆检测、质粒提取测序,并与GenBank中已知序列比对,结果表明,菌株LC15与LC20的16S rDNA序列与多株克雷氏菌属(Klebsiella sp.)的16S rDNA核苷酸序列的同源性均超过99.00%,RW18与勒克氏菌属中的Leclercia adecarboxylata (HQ242722)核苷酸序列同源性为99.79%,结合各菌株的主要生理生化特征,将菌株LC15与LC20初步鉴定为Klebsiella sp.,将菌株RW18鉴定为Leclercia sp.。 相似文献
7.
采用棋盘式取样法,从正茬、重茬、连作2年和连作3年的马铃薯播前、现蕾期、成熟期和收获期4个不同阶段采集马铃薯根围土样。以稀释平板法,用选择性培养基CVP分离软腐欧文氏杆菌,共得到42个菌株。在形态学观察和生理生化特性测定的过程中发现编号为GAUP-b410、GAUP-b492、GAUP-b416和GAUP-d34等4个菌株的主要性状一致,且与其他菌株的性状不同。致病性测定结果显示,这4个菌株均能引起马铃薯薯片腐烂。对其中的2个菌株进行了16S rDNA 序列分析,其PCR产物的序列与GenBank 上登记的18个分离自中国大白菜上的Erwinia carotovora subsp. carotovora菌株的亲缘关系最近,同源性均达99%。利用DNAStar软件绘制系统发育树状图,菌株GAUP-b410亦与这18个E. carotovora subsp. carotovora菌株位于系统发育树的同一分支,聚为一类;菌株GAUP-b492与其中的16个E. carotovora subsp. carotovora菌株位于系统发育树的同一分支,聚为一类;结合生理生化特性和16S rDNA序列分析,确定这4个菌株为胡萝卜软腐欧文氏杆菌胡萝卜亚种(E. carotovora subsp. carotovora)新菌株。 相似文献
8.
为了筛选获得对复合重金属具有耐受能力且能在本地豆科植物根系内定殖共生的抗性根瘤菌,本研究从贵州省内的锰矿区、铅锌矿区采集野生豆科牧草根瘤样品,经分离纯化、菌体形态观察、16S rRNA基因序列比对分析,获得71个根瘤菌保存菌株。系统发育和区系分析结果表明,分离菌株分属7属28种,其中根瘤菌属(Rhizobium)的分布频率高达54.93%,为优势属,木兰根瘤菌(R.indigoferae)的分布频率最高(15.49%),为优势种。选择来自不同尾矿区、不同种类的根瘤菌17株,采用重金属平板法测定各供试菌株对贵州尾矿土分布较多的Pb2+,Zn2+,Cr6+,Mn2+,Cd2+五种重金属的耐受性,结果发现17个菌株对3种或3种以上的重金属都具有不同程度的耐受能力,其中HMZT039-6,HSST042-6,HSST042-1,ZHQT052-1和HXTT050-1对5种重金属离子均有耐受能力,为筛选出的最优抗性根瘤菌株。本研究结果可为本地区土壤重金属污染的修复治理提供共生微生物资源。 相似文献
9.
为提高豆科决明属（Chamaecrista spp.）牧草的结瘤能力和固氮效率，促进决明属牧草在酸性土壤中的应用及推广，本研究以圆叶决明（Chamaecrista rotundifolia）和羽叶决明（Chamaecrasta nictitans）为试验材料，通过分离、纯化、nodA基因鉴定等方法，从酸性土壤里决明属牧草的根瘤中分离到10株候选根瘤菌株系。16S rDNA测序及系统发育树分析表明，这10株根瘤菌均属于慢生型根瘤菌。回接试验表明，上述10株根瘤菌均能与圆叶决明共生，形成根瘤。与不接种的对照相比，其固氮酶活性为0.08~4.65 μmol·g-1·h-1，植株干重、SPAD值和氮含量分别提高了99.17%~372.14%，399.27%~789.05%，235.00%~1043.33%。其中，4株根瘤菌TXR2，TXN1，WYSR1，JYN6对圆叶决明氮营养贡献最大，并且TXN1与宿主共生形成的根瘤数目最多，而JYN6的固氮酶活性最高。说明本研究分离鉴定到4株决明高效根瘤菌，具有较好的应用前景。 相似文献
10.
利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。 相似文献
11.
Sasaki H Kawamoto E Ueshiba H Amao H Sawada T 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2006,68(6):639-641
A 1344 bp fragment of the 16S ribosomal DNA (rDNA) sequence was used to determine the genetic relationship of Pasteurella pneumotropica isolates from laboratory rodents. A total of 30 nucleotide sequences of P. pneumotropica, including 24 wild strains, 3 reference strains, and 3 nucleotide sequences deposited in GenBank, were examined for heterogeneity of their 16S rDNA sequences. Phylogenetic analysis based on 16S rDNA sequence discriminated 5 types of branching lineages. Of these 5 types, 3 types had significant associations with mice or rats, and 2 had significant associations with the beta-hemolytic phenotype. These results suggest that 16S rDNA sequencing of P. pneumotropica isolates demonstrates genetic heterogeneity and phylogenetic discrimination in terms of their hemolytic phenotype and host associations. 相似文献
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通过L9(34)正交试验,研究不同根瘤菌梯度、接种方式和氮肥梯度对岷山红三叶异黄酮含量和产量的影响。结果表明,接种根瘤菌对岷山红三叶异黄酮含量和产量都有显著影响(P<0.05),以每千克岷山红三叶种子接种16g根瘤菌效果较好。接种根瘤菌的方式、氮肥梯度对岷山红三叶异黄酮含量和产量不存在显著影响,但以拌种和不施氮肥效果较好。综合根瘤菌梯度、接种方式和氮肥梯度对岷山红三叶异黄酮含量和产量的影响以A2B2C1效果最优。 相似文献
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根据表型和共生效应,对种内根瘤菌划分生物型,为苜蓿与根瘤菌高效共生育种提供理论依据。以分离自甘肃省3个栽培区域5个苜蓿品种植株不同部位的根瘤菌株为材料,进行16SrRNA测序、多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)、表型数值分类和共生效应测定。结果表明,78株初筛菌经16SrRNA和MLST分析有20株属于Rhizobium radiobacter;表型特征数值分类将其聚为7个群。接种5个苜蓿品种,选择对共生效率贡献率最大的地上干重进行多重比较。当接种处理地上干重显著高于未接种处理CK时标记共生效应为A,与CK差异不显著时标记为B,显著低于CK时标记为C。以苜蓿品种为甘农3号、甘农9号、陇中、清水和WL168HQ的顺序,将各菌株共生效应结合,形成6种共生模式。结合表型和共生模式,20株R.radiobacter被划分为14种生物型,WL168HQ、甘农3号和陇中苜蓿品种内生物型多样性丰富,甘农9号和清水苜蓿品种内生物型单一。综上所述,根据表型特征和共生模型可以进行种内根瘤菌株的生物型划分,苜蓿品种内根瘤菌生物型多样性丰富。 相似文献
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This study was to establish a method for the identification of Ornithodoros lahorensis with molecular biology. The samples of Ornithodoros lahorensis were collected from sheep in Xinjiang region and the morphological characters were screened by stereo microscopy and electronic microscopy. Then the 16S rDNA,18S rDNA and cytochrome oxidase Ⅰ(COⅠ) of samples were amplified by PCR and subsequently sequenced. Then the analysis of genetic divergences and Neighbor-Joining (NJ) phylogenetic tree were carried out based on the sequences acquired from Ornithodoros lahorensis,combined with the reference sequences of GenBank database. In this study,the comprehensive and clear micromorphological traits of ovoid scutum,round fovea of Ornithodoros lahorensis were provided. Besides,the DNA sequences of Ornithodoros lahorensis were assembled together with sequences of Argasidae and form monophyletic clades in the 16S rDNA and COⅠ based Neighbor-Joining trees. According to the intraspecific K2P genetic distances of Ornithodoros lahorensis (0~0.3%),we determined that the molecular biology method based on 16S rDNA and COⅠ could rapidly and accurately identify the species of Ornithodoros lahorensis. 相似文献
16.
试验旨在建立拉合尔钝缘蜱的分子生物学鉴定方法。从新疆地区绵羊体表采集寄生蜱,借助体视显微镜和电子显微镜对其进行形态学特征的准确鉴别,初步筛选出疑似拉合尔钝缘蜱。经PCR扩增、测序获得其18S rDNA、16S rDNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ基因（cytochrome oxidase Ⅰ,COⅠ）序列,结合GenBank数据库中参考序列,比对分析同源性并构建系统进化树,进行遗传距离评估。本研究全面、清晰地揭示了拉合尔钝缘蜱卵圆形背板、背部圆形盘窝等显微形态特征的细节。同时,在基于16S rDNA与COⅠ序列的邻位相接系统进化树中,拉合尔钝缘蜱分布于两大进化枝之一的软蜱科,同种聚类良好,且拉合尔钝缘蜱种内K2P遗传距离为0~0.3%,本研究方法可快速、准确鉴定拉合尔钝缘蜱物种。 相似文献
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采用16S rDNA序列分析及ERIC-PCR对从贵州修文贵长猕猴桃枝条、叶片、花蕾分离到的35株猕猴桃溃疡病菌进行遗传多样性分析。通过16S rDNA序列分析,鉴定所分离的病原菌为Pseudomonas syringae pv.actinidiae,并运用ERIC-PCR分析病菌群体的遗传多样性分析,相似系数为0.808时,35株菌株分为4个类群,85.7%的菌株属于第一个类群,且菌株无明显的采集地、采集部位的聚类;表明修文猕猴桃溃疡病菌具有丰富的遗传多样性;此研究为溃疡病的检测、防治提供科学依据。 相似文献
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为确定导致通辽某鹅场雏鹅败血症的病原,本研究将从病鹅心、肝、淋巴结和脑组织液中分离的革兰氏阳性球菌纯化培养,进行形态学和生长耐受性观察,菌属区别、分群和菌种鉴定试验,16S rDNA检测、系统进化分析和致病性试验。结果表明,分离菌株(HQ831431)为中等致病力粪肠球菌,具有β型溶血特性,可致小鼠急性败血症。分离菌株与参考菌株ATCC29212及国内外分离的其他15株粪肠球菌16S rDNA的同源性均在99.0%以上,位于系统发育树的同一分支。 相似文献