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本研究旨在建立小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨它们的系统发生关系。在新疆、内蒙古从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增测序获得3种璃眼蜱的16S rRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)序列后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,亚洲璃眼蜱、小亚璃眼蜱样本16S rRNA序列与GenBank中已知相应蜱虫16S rRNA序列聚类,而残缘璃眼蜱COⅠ序列与GenBank中已知残缘璃眼蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱。 相似文献
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本研究旨在建立草原革蜱和边缘革蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨其系统发生关系。在新疆从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增获得2种革蜱的16S rRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,测序后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,草原革蜱16S rRNA序列与GenBank数据库中已知草原革蜱16S rRNA序列聚类,而边缘革蜱COⅠ序列与GenBank数据库中已知边缘革蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。本研究结果表明,在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定草原革蜱和边缘革蜱。 相似文献
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选用通过常规生理生化特性鉴定的疑似粪肠球菌菌株3株,采用16S rDNA的通用引物对其可变区基因进行克隆、测序和同源性比对,并用CLUSTAL和MEGA软件分析其遗传距离并构建系统进化树.结果表明,此3株菌株通过同源性比对,与GenBank数据库中粪肠球菌的同源性均大于99.8%,经遗传距离分析和系统进化树的构建均表明为粪肠球菌.肠球菌属细菌有40个种,各种之间的生化生理特性差别甚微,在无法通过生化生理特性准确鉴定到种的情况下,用粪肠球菌的16S rDNA全序列的测定及系统进化树的分析是鉴定该菌的一个科学可靠的方法. 相似文献
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为探究赣南地区柑橘黄龙病菌的遗传多样性。从赣南16个县市区采集32个具典型柑橘黄龙病症状的脐橙样品，运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究了柑橘黄龙病菌16S rDNA序列、16S/23S rDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的遗传多态性；并对三个基因片段进行测序，分析其序列的碱基含量、转换与颠换、同源性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。RFLP结果表明：赣南16个县市区柑橘黄龙病菌XbaⅠ酶切图谱均与亚洲韧皮部杆菌（Candidatus Liberibacter asiaticus, CLas）的一致；进一步分析显示，三个基因片段各自之间的RFLP指纹图谱一致，并未表现多态性。序列分析结果表明：32个分离物三个基因片段各自的同源性均在98%~100%，与CLas的同源性最大，且与CLas的遗传距离最小。系统进化树展示赣南地区柑橘黄龙病菌与CLas处于同一分支，结合酶切图谱、序列同源性及系统进化分析结果表明： 赣南地区柑橘黄龙病菌均为CLas。结论：赣南地区柑橘黄龙病菌的16S rDNA序列、16S/23S rDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因未表现遗传多样性，表明赣南地区柑橘黄龙病菌间遗传多样性不显著。
关键词：柑橘黄龙病；16S rDNA序列；核糖体蛋白基因；16S/23S rDNA间隔区；RFLP；序列分析 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(18)
为了了解西藏绵羊体外寄生虫羊蜱蝇的遗传进化,更好地认识和防控羊蜱蝇,减少牧民经济损失,试验采集西藏日喀则地区岗巴县、江孜县某牧场和林芝市巴宜区某绵羊屠宰场绵羊体外寄生虫羊蜱蝇,通过形态学进行虫体鉴定,对3对相对保守的基因(12S rDNA、16S rDNA、18S rDNA)进行PCR扩增、部分测序,并将序列中羊蜱蝇进行遗传进化分析。结果表明:利用立体显微镜能够清晰辨别羊蜱蝇体态和雌雄结构,且雄虫背侧末端与腹侧相比有明显的凹陷,阴茎裸露。将PCR产物测序结果上传GenBank数据库,并获得登录号(12S rDNA 4个,16S rDNA 4个,18S rDNA 6个);羊蜱蝇12S rDNA序列与中国云南羊蜱蝇(KU664532.1)的基因序列相似性高达100%;16S rDNA序列(MK729023、MK732970)与中国新疆羊蜱蝇(KY224146.1、MH119054.1)和捷克共和国羊蜱蝇(MF4959411.1)的基因序列相似性高达100%;18S rDNA序列与英国(FN66411.1)羊蜱蝇的基因序列相似性高达100%。说明将形态学和分子生物学技术两种方法结合能准确鉴定西藏羊蜱蝇,可促进了解该地区羊蜱蝇基因遗传进化情况。 相似文献
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为了探讨松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri)的病原学特性,本试验从耗儿鱼(Corydoras)分离出菌株YDE0916,并对其进行生理生化鉴定、16S rDNA基因PCR扩增、序列分析及耐药性分析。结果显示,该菌株为革兰氏阳性球菌,呈串形,无芽孢,无荚膜。该菌不运动,β-半乳糖苷酶、VP反应为阴性,蔗糖、麦芽糖为阳性。扩增的16S rDNA基因序列长度为1 476 bp (GenBank登录号:KP031644),与GenBank中的松鼠葡萄球菌16S rDNA基因序列的相似性达99%。系统进化树显示,菌株YDE0916和松鼠葡萄球菌聚为一簇,由此判定菌株YDE0916为松鼠葡萄球菌。药敏试验结果显示,该菌株对诺氟沙星、杆菌肽耐药,对美满霉素、庆大霉素、氨苄西林等22种药物高度敏感。本研究为松鼠葡萄球菌的分离鉴定及预防积累参考依据。 相似文献
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菲莱氏温扬球虫是鸭球虫病的重要病原之一,为了寻找种特异性的遗传标记,本研究采集广东省某鸭场的新鲜鸭粪,通过Sheather’s蔗糖漂浮法收集球虫卵囊,经形态学鉴定为菲莱氏温扬球虫;提取该球虫DNA样品,经过PCR扩增,首次获得了该虫的18S rDNA基因部分片段;对该基因进行了克隆和测序,比较了该虫株与其他原虫的亲缘关系。结果显示,对菲莱氏温扬球虫序列与艾美耳科其他球虫关系较近,系统进化树分析属于艾美耳科的另一分支。表明18S rDNA基因在鸭菲莱氏温扬球虫的分类鉴定上是一种有效的分子标记。 相似文献
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This study was to establish a method for the identification of Ornithodoros lahorensis with molecular biology. The samples of Ornithodoros lahorensis were collected from sheep in Xinjiang region and the morphological characters were screened by stereo microscopy and electronic microscopy. Then the 16S rDNA,18S rDNA and cytochrome oxidase Ⅰ(COⅠ) of samples were amplified by PCR and subsequently sequenced. Then the analysis of genetic divergences and Neighbor-Joining (NJ) phylogenetic tree were carried out based on the sequences acquired from Ornithodoros lahorensis,combined with the reference sequences of GenBank database. In this study,the comprehensive and clear micromorphological traits of ovoid scutum,round fovea of Ornithodoros lahorensis were provided. Besides,the DNA sequences of Ornithodoros lahorensis were assembled together with sequences of Argasidae and form monophyletic clades in the 16S rDNA and COⅠ based Neighbor-Joining trees. According to the intraspecific K2P genetic distances of Ornithodoros lahorensis (0~0.3%),we determined that the molecular biology method based on 16S rDNA and COⅠ could rapidly and accurately identify the species of Ornithodoros lahorensis. 相似文献
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为阐明西北部分地区三叶草属(Trifolium L.)根瘤菌遗传多样性及系统发育地位,于2007年12月采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析,对50株分离自新疆和陕西地区的三叶草属根瘤菌进行系统研究。结果表明:所有供试菌株产生了5种16S rDNA基因型,归属于根瘤菌属(Rhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)3个系统发育分支,表现出较为丰富的共生固氮体系多态性。其中,CCNWXJ0140在系统发育树中与三叶草叶杆菌模式菌株P.trifolii PETP02关系较近,序列相似性为98.9%,也扩大了可与三叶草形成共生关系的根瘤菌种类的范围。通过不同地区同一寄主的三叶草根瘤菌的比较,发现其共生关系因地理分布不同而具有多样性,因此,对于丰富三叶草根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
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10株桑黄菌基于rDNA ITS序列的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组DNA模板PCR扩增出目的片段,将扩增产物割胶纯化、克隆并测序,获得10个菌株的rDNAITS序列,并结合GenBank中已登录桑黄菌的rDNAITS同源序列,应用MEGA4.1软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明10株桑黄菌均为针层孔菌属(Phellinus),其中:S1、S4、S6、Rh、Sc菌株初步鉴定为鲍氏针层孔菌(Phellinus baumii);S2、S3、S5、S7、Gy菌株初步鉴定为裂蹄木层孔菌(Phellinus linteus)。 相似文献
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应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。 相似文献
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广州桑树植原体分子检测及多样性初探 总被引：3，自引：1，他引：2
采用植原体16S-23S rDNA区段的通用引物对P1/P7和巢式引物对Rm16F2/Rm16R1,建立了快速准确的桑树植原体巢式PCR检测技术。对广州的两个桑树品种资源圃中的部分桑树品种进行了植原体分子检测,结果在两个资源圃中均发现有植原体存在。对巢式PCR的扩增产物(16S rDNA片段)进行了限制性片断长度多态性(RFLP)分析,显示出3种RFLP带型,暗示桑树植原体存在多样性。对所得植原体16S rDNA片段进行序列测定,并与其它植物植原体作亲缘关系分析,结果表明该植原体的16S rDNA序列与其它植物病原植原体之间的同源性为83.3%~99.9%,并初步判断所检测到的桑树植原体属于16S rI组。 相似文献
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根据NCBI中已报道的嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,对两株来源于猪“高热病”病料中的疑似嗜麦芽窄食单胞菌PSM-5、PSM-6进行PCR扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体上,并转化到DH5α中。抽取质粒模板,进行PCR和双酶切鉴定并测序,从分子水平上予以鉴定。两株菌的16S rDNA基因扩增片段的核苷酸序列（GenBank登录号为GQ267816和GQ267817）与已经报道的嗜麦芽窄食单胞菌分离株的16S rDNA序列的相似性均在96.78%以上,最高达99.93%。本试验对通过16S rDNA鉴定嗜麦芽窄食单胞菌提供一定参考,同时对猪“高热病”的诊断治疗奠定细菌学方面的基础,对其发病机制的探讨提供依据。 相似文献
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家蚕核糖体18S RNA基因的序列分析及分子系统学研究 总被引：4，自引：0，他引：4
为研究家蚕18S DNA基因的特点及分子进化,以家蚕丝腺为材料提取家蚕基因组DNA,通过PCR扩增、测序鳞翅目家蚕(Bombyx mori)核糖体小亚基18S RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与等翅目、直翅目、衤责翅目、鞘翅目、膜翅目、双翅目、捻翅目、弹尾目、蜉蝣目各一种昆虫的18S rDNA进行了比较。用DNAstav软件分析并进行序列比对,结果表明,昆虫18S rDNA有4段序列较为保守,以18S rDNA比对的第2保守区段构建的分子系统发育树表明鳞翅目和双翅目、膜翅目、鞘翅目进化关系最近,等翅目、直翅目、衤责翅目进化上较为接近,捻翅目昆虫与弹尾目昆虫的亲缘关系较为接近,捻翅目在分类上应是一种古老的昆虫。 相似文献