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1.
为研究广西小土窝螺不同地理株线粒体大亚基(large subunit ribosomal rRNA,rrnL)基因的遗传多态性,对广西大片吸虫6个流行地区96个小土窝螺样品的rrnL基因进行PCR扩增,通过单链构象多态性(single strand conformation poly-morphism,SSCP)技术筛选出具有代表性的样品进行克隆、测序,并用DNAStar 5.0及MEGA 4.0软件加以比对分析。结果显示,6个地区小土窝螺rrnL基因PCR扩增长度约500 bp,在长度为273 bp的序列中检测到15个变异位点,占核苷酸总数的5.49%。百色、南宁和桂林3个地区相同地理株间存在较大的遗传差异。种系发育分析表明,线粒体rrnL基因在一定程度上不是研究小土窝螺种群遗传变异的良好分子标记。本研究为阐明片形吸虫中间宿主—小土窝螺的种群遗传关系提供了基础数据。 相似文献
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为研究我国东北地区华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)ITS1基因的变异情况及多态性,本研究以采自宾县、大庆、海伦、双城、泰来、同江和长春7个地区的华支睾吸虫为研究对象,PCR扩增ITS1基因,并与GenBank登录的麝猫后睾吸虫、猫后睾属吸虫、东方次睾吸虫、广西株华支睾吸虫、沈阳株华支睾吸虫和韩国株华支睾吸虫的ITS1基因进行比对分析.结果表明,各地区华支睾吸虫样品ITS1基因大小均为661bp,同源性在99.4%～100%之间.构建的系统发生树显示,分支情况与地区距离呈正相关,广西株与其它地区华支睾吸虫所属分支相隔较远,韩国株与东北地区各株相隔较近,海伦株与泰来株,大庆株与沈阳株,长春株与同江株,双城株与宾县株分别位于同一分支.结果显示,ITS1片段除了可作为遗传标记用以鉴定华支睾吸虫科内属间遗传关系,还可以区分属下种间的遗传关系. 相似文献
3.
用γ^33P对引物进行标记，首次对来自国内不同地区、不同宿主的片形吸虫线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位Ⅰ基因部分序列(pnad1)进行PCR扩增及DNA单链构象多态性(PCR-SSCP)分析，结果76个虫体均成功地扩增出约200bp的基因片段；76个样品经过PCR-SSCP分析后，筛选出11个代表性样品进行测序。测序结果显示我国片形吸虫pnad1序列种间差异大于种内变异，表明nad1序列可以作为片形吸虫种内和种间遗传多态性研究的标记。 相似文献
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我国片形吸虫(Fasciola)线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(cox1)部分序列的多态性 总被引：4，自引：0，他引：4
用γ^33P对引物进行标记，对来自国内不同地区不同宿主的片形吸虫(Fasciola)的线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基I基因(pcox1)部分序列进行PCR扩增及DNA单链构象多态性(SSCP)分析，结果76个虫体均成功地扩增出约450bp的基因片段；SSCP分析显示，不同地区或同一地区的不同样品在pcox1的SSCP带型上存在多态性；代表性样品的测序结果表明，其碱基序列存在差异。试验结果显示，我国片形吸虫pcox1序列种内变异不明显，种间变异显著．表明cox1序列可以作为片形吸虫分类鉴定中一个可靠的遗传标记。 相似文献
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欧氏对盲囊线虫(Contracaecum ogmorhini)是一种重要的人畜共患寄生虫病-异尖线虫病的病原之一.来自南北半球三个不同种群的C.ogmorhini有着明显的地理分布差异和宿主特异性.应用PCR-SSCP技术分析了三个不同地理株的C.ogmorhini在线粒体DNA(mtDNA)细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)部分序列的差异及种群遗传关系.用同位素(γ33P)对保守引物进行标记,通过PCR从单个欧氏对盲囊线虫DNA中扩增出一条长为441 bp的cox1基因片段,取阳性PCR扩增产物,对三个不同地理株的C.ogmorhini进行SSCP分析,结果显示:三个不同地理株的C.ogmorhini 441 bp的cox1基因片段存在着一定的多态性,其中南半球的不同地理株其SSCP带型差异很小,而北半球和南半球的带型差异则略微明显.将SSCP分析筛选出的代表性样品进行克隆、测序,序列分析表明:南半球的样品序列同源性很高,而北半球种群与南半球种群的序列同源性则相对较低,它们之间存在着3个可作为其遗传标记的基因位点,从而说明北半球的C.ogmorhini相对于南半球的C.ogmorhini来说确实存在着遗传差异,很可能代表着一个新种. 相似文献
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本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基（cox3）基因部分序列（pcox3）的遗传变异情况。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pcox3,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析,再用Phylip 3.67程序MP法绘制系统发育树,并与GenBank中已知猬迭宫绦虫相应基因序列进行比对分析。结果显示,所获得的pcox3序列长度一致,均为264 bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,来自湖南省的猬迭宫绦虫pcox3序列有微小差异。本研究结果为猬迭宫绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础 相似文献
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用斑点杂交试验检测苏、皖７县市肝片吸虫中间宿主小土窝螺（Ｇａｌｂａｐｅｒｖｉａ）的感染情况,共检测小土窝螺７７７个,阳性３３个,阳性率为４．２５％,其中江苏省小土窝螺的阳性率为４．３３％,安徽省小土窝螺的阳性率是４．１１％,结果表明本地水牛肝片吸虫感染率与小土窝螺阳性率呈正相关趋势,斑点杂交试验检测中间宿主小土窝螺可预测牛羊感染肝片吸虫的严重程度,是流行病学调查中值得采用的新技术。 相似文献
10.
以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。 相似文献
11.
基于线粒体CO2和ND4基因对四川省豆状带绦虫种群遗传多样性的分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR扩增了中国四川省7个不同地理区域(雅安、攀枝花、乐山、广元、泸州、广安和阿坝)23株家兔体内豆状囊尾蚴的CO2(Cytochrome oxidase subunit 2,468 bp)和ND4(NADH dehydrogenase subunit 4,1 077 bp)基因的部分序列,并进行分析.结果显示,7个种群23个分离株中CO2和ND4基因序列中分别有21个和32个变异位点,分别检测出了5个和7个单倍型,2个基因的种群分析结果显示乐山种群最为保守；CO2分析结果显示攀枝花和雅安种群内变异最大,且高于种群间变异.2个线粒体基因构建的NJ/MP树显示7个种群的系统发生与他们分布的地理区域没有直接的相关性,还未形成显著的地理种群结构.结果表明,四川省7个地理种群间和种群内豆状囊尾蚴均存在一定的遗传变异和遗传多样性,为豆状带绦虫的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础. 相似文献
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《中国预防兽医学报》2017,(11)
为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对其序列分析并构建种系发生树,探讨其遗传进化关系。结果显示pcox1和pnad1基因片段长度分别为699 bp和492 bp,且基因长度均一致。pcox1基因种内变异率在0~0.7%,种间变异率在12.2%~15.8%;pnad1基因种内变异率在0~0.2%,种间变异率在12.7%~23.3%,种间变异要大于种内变异。分子进化树结果显示,3个地区的东方次睾吸虫聚集在一起,次睾属的另两个成员聚集在同一分支,且系统发生树中的Bootstrap值均较高。本研究表明线粒体cox1基因和nad1基因可以用于东方次睾吸虫的种系发育分析,本研究为东方次睾吸虫进一步的分子流行病学和数量遗传学研究奠定了实验基础。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2015,(12)
为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。 相似文献
14.
为了探讨我国绵羊痒螨兔亚种的遗传变异特征和种群结构,利用PCR技术对我国5个地理区域(华北、华东、华中、西南、西北)的83个绵羊痒螨兔亚种株的线粒体16SrRNA全序列进行扩增和遗传多样性分析。结果显示,83个样品的16SrRNA全序列长度均为1 025bp,共存在83个变异位点和52个单倍型;样品所代表的5个地理区域种群间的Fst值为-0.037 59~0.587 63,基因流值为-6.900 7~31.117 62;进一步用NJ树和单倍型网络图分析显示,52个单倍型构成2个大的分支,但却呈现出杂乱的分布格局,即地理区域、温度带和兔的品种特征性种群结构不显著。我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性较高,遗传分化不明显,尚未形成地理种群结构。 相似文献
15.
参照已发表的扩增伪狂犬病毒gI和gE部分基因的PCR方法,合成了一对引物,以PRV H株细胞毒为模板,扩增出一条约850 bp的片段,并进行克隆和测序。然后与GenBank上国内外其它毒株gE基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分析,构建了遗传进化关系图。结果表明,PRV H株与其他15株PRV核苷酸和氨基酸的同源性分别为 97.0%～99.2%和93.2%～98.5%,其中与SH株最近,分别为99.2% 和98.5%;进化树分析表明,该毒株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外毒株分属不同分支,说明分离的H毒株与目前国内流行的毒株一致。 相似文献
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基因多态性与经济性状的相关分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用外周血淋巴细胞培养制备染色体标本,对13/17罗伯逊易位猪的3种杂交组合的394头后代猪进行分群;应用PCR RFLP技术在〖STBX〗POU1F1〖STBZ〗基因的扩增片段（1746 bp）中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点A（3种基因型）;应用PCR SSCP技术检测1个〖STBX〗POU1F1〖STBZ〗基因第5内含子上的突变E（2种基因型）,同时结合生长和胴体品质测定记录研究基因型对生产性状的遗传效应。结果表明,位点A的基因型对生长有显著影响（P<0.05）,位点E基因型对生长和眼肌面积有显著影响（P<0.05）。研究结果初步揭示POU1F1多态性与生长、眼肌面积等存在相关,推测POU1F1多态性可作为罗伯逊易位杂合优势遗传机制的一种分子水平上的解释。 相似文献
17.
本试验旨在研究奶牛结核分枝杆菌rpoB和katG基因突变与耐药性之间的关系。将临床分离的30株牛源结核分枝杆菌,利用噬菌体生物扩增法（phage amplified biologically assay,PhaB）检测其对利福平（RFP）和异烟肼（INH）的药物敏感性,采用聚合酶链式反应—DNA直接测序法（PCR-DS）扩增rpoB和katG基因并测序,分析rpoB和katG基因突变及其耐药相关性。15株表型耐药菌株中4株单耐RFP,PCR产物直接测序后发现3株在rpoB基因531位点发生突变,突变率为75.00%（3/4）;9株单耐INH菌株中7株发生突变,6株katG基因315位点基因突变,突变率为85.71%(6/7),1株发现463位点密码子基因突变,突变率为14.29%（1/7）;2株耐RFP的同时也对INH耐药,测序发现2株均在rpoB基因的531位点〖JP2〗和katG基因的315位点发生突变。所有菌株均未发现rpoB和katG基因的缺失。rpoB基因531位点和katG基因315位点的突变是RFP和INH产生耐药性的主要机制;检测牛源结核分枝杆菌RFP耐药性的同时可以初步筛选耐多药结核分枝杆菌。 相似文献
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本研究旨在阐明中国豆状带绦虫囊尾蚴河南分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)部分序列(prrnL)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的遗传变异情况,并用prrnL和pnad5序列重构豆状带绦虫与其他带科绦虫的种系发育关系。采用聚合酶链式反应(PCR),扩增豆状带绦虫囊尾蚴分离株的线粒体prrnL和pnad5,将所测的序列用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树,利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析。所获得的豆状带绦虫线粒体prrnL长度约为847 bp,pnad5为602 bp。所获rrnL序列与GenBank中豆状带绦虫相应序列的相似性为99.1%~100%,nad5为99.2%~100%;河南分离株之间rrnL序列的相似性为99.65%,nad5为99.5%;与GenBank中其他带科绦虫序列的相似度rrnL低于83.4%,nad5低于85.7%。种系发育分析结果表明,所有豆状带绦虫分离株和已知豆状带绦虫位于同一分支。由于豆状带绦虫分离株的线粒体rrnL和nad5基因序列种内很保守,种间差异较大,故可作为带科绦虫种间遗传变异研究的标记。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2021,(3)
为了解鸡新勋恙螨的种群结构,本研究从广东云浮、佛山、鹤山及广西梧州4个地区采集了46份鸡新勋恙螨样品,PCR扩增其线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第5亚基基因部分序列(pnad5),分析其核苷酸序列的种内差异,并与已报道的恙螨科其他属恙螨的相应序列进行同源性比较和遗传演化分析。结果显示,获得的46条鸡新勋恙螨pnad5基因片段大小均为310 bp,共有9个变异位点,未见碱基插入和缺失;比对分析发现46条pnad5基因序列形成4个单倍型(Hap-1~Hap-4),单倍型指数为0.724,表现出较高的遗传多样性(π=0.01284)和单倍型多样性(Hd=0.724),且以种群间的遗传变异为主(76.36%)。系统发育树显示,本实验中扩增的不同地理种群的鸡新勋恙螨单独聚为一支,同恙螨科内其他属间的nad5基因序列同源性较低。序列分析表明,鸡新勋恙螨种群虽有一定程度的遗传分化,但未形成明显的地理遗传结构,且线粒体pnad5基因适合作为分子标记对鸡新勋恙螨进行遗传变异研究。本研究在国内外首次扩增并分析了鸡新勋恙螨pnad5基因序列,为鸡新勋恙螨的分子鉴定和种群遗传研究提供基础资料。 相似文献