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1.
猪脑心肌炎病毒GXLC株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：4，自引：2，他引：2
应用RT-PCR方法扩增猪脑心肌炎病毒GXLC株的VP1基因,扩增产物克隆入pMD18-T载体后进行测序,对获得的VP1基因序列进行分析。序列分析表明,GXLC株VP1基因长度为831 bp,编码277 aa,含有2个潜在的N-糖基化基序和9个抗原表位。同源性分析表明,GXLC株与国内外其他26个EMCV分离株VP1基因核苷酸序列的同源性在78.6%～99.6%之间、氨基酸序列的同源性在95.1%～99.3%之间。遗传进化分析表明,基于VP1基因序列绘制的系统进化树可以将所有EMCV分离株分成两个群,即Ⅰ群和Ⅱ群,Ⅰ群可再细分为Ⅰa亚群和Ⅰb亚群,其中猪源、鼠源EMCV在Ⅰ群和Ⅱ群中均有分布,人源EMCV则分布在Ⅱ群;GXLC株与其他中国分离株均属于Ⅰa亚群。 相似文献
2.
为明确虎皮鹦鹉源鹦鹉幼雏病病毒（budgerigar fledgling disease polyomavirus,BFPyV）福建株（命名为FJ-2016株）结构蛋白VP1基因特征,本研究针对BFPyV VP1基因特点设计特异性引物,利用PCR方法扩增获得FJ-2016株VP1基因全长序列,目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果显示,BFPyV FJ-2016株VP1基因全长为1 032 bp,编码343个氨基酸。所编码VP1蛋白的理论等电点为5.77,不稳定指数为40.91,是不稳定蛋白;脂肪系数为74.72;总平均疏水性指数为-0.366。将获得的VP1基因序列提交至GenBank,登录号为：MG148345。核苷酸同源性分析表明,不同时间、地区和品种BFPyV的VP1基因十分保守,相互之间的核苷酸同源性均在99.1%以上。遗传进化分析发现,不同时间和地域BFPyV相互之间亲缘关系较近,但可细分为两个大的遗传进化分支（Clade 1和Clade 2）。从宿主品种来看,虎皮鹦鹉源BFPyV各分离株的遗传进化与分离时间及地域无明显关系,虎皮鹦鹉源BFPyV分离株在Clade 1和Clade 2分支均有分布。本研究首次证实福建地区虎皮鹦鹉中存在BFPyV感染,相关研究结果为丰富不同地区BFPyV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
3.
为明确虎皮鹦鹉源鹦鹉幼雏病病毒(budgerigar fledgling disease polyomavirus,BFPyV)福建株(命名为FJ-2016株)结构蛋白VP1基因特征,本研究针对BFPyVVP1基因特点设计特异性引物,利用PCR方法扩增获得FJ-2016株VP1基因全长序列,目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果显示,BFPyV FJ-2016株VP1基因全长为1 032bp,编码343个氨基酸。所编码VP1蛋白的理论等电点为5.77,不稳定指数为40.91,是不稳定蛋白;脂肪系数为74.72;总平均疏水性指数为-0.366。将获得的VP1基因序列提交至GenBank,登录号为:MG148345。核苷酸同源性分析表明,不同时间、地区和品种BFPyV的VP1基因十分保守,相互之间的核苷酸同源性均在99.1%以上。遗传进化分析发现,不同时间和地域BFPyV相互之间亲缘关系较近,但可细分为两个大的遗传进化分支(Clade 1和Clade 2)。从宿主品种来看,虎皮鹦鹉源BFPyV各分离株的遗传进化与分离时间及地域无明显关系,虎皮鹦鹉源BFPyV分离株在Clade 1和Clade 2分支均有分布。本研究首次证实福建地区虎皮鹦鹉中存在BFPyV感染,相关研究结果为丰富不同地区BFPyV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
4.
本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005 bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297 ku,理论等电点为7.18;不稳定系数为39.41,属于稳定蛋白质类;脂肪族氨基酸指数为87.10,平均亲水性为-0.242。与其核苷酸同源性最高的是CH/HZ/2011株(GenBank登录号:JX827598),同源性为91.6%;同源性最低的是XX株(GenBank登录号:KC204684),同源性为88.8%。遗传进化分析结果显示,猪嵴病毒非结构蛋白2C在遗传进化树呈3个明显的结构分支,猪源嵴病毒匈牙利株和泰国株处于第Ⅲ遗传进化分支,猪嵴病毒中国分离株分处于第Ⅰ和第Ⅱ遗传进化分支,呈一定的区域流行性。 相似文献
5.
为明确福建省猪细环病毒（porcine torque teno sus virus,PTTSuV）1b型（PTTSuV-1b）ORF3基因的遗传进化特征,本研究根据GenBank中登录的PTTSuV-1b基因组特征设计特异性引物,对福建省某猪场患有仔猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)的猪血清进行PTTSuV-1b分段扩增,并分别对PCR扩增产物进行胶回收后克隆测序,将测序结果经BLAST分析后进行序列拼接。试验结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的PTTSuV-1b ORF3蛋白,全长为600 bp,编码有199个氨基酸。将获得的PTTSuV-1b型福建株与GenBank中PTTSuV-1b型的ORF3基因进行比对分析,其与FJ/China/2010/TTV2/2株核苷酸同源性最高,为99.7%,与西班牙PTTSuV-1b分离株TTV2_G43核苷酸同源性为97.3%,与SC株核苷酸同源性稍低,但也达94.0%;而与猪细环病毒K2型德国家猪分离株472142株核苷酸同源性仅为60.7%,与猪细环病毒1a型西班牙分离株PTTV1_1914株核苷酸同源性仅为46.8%。从遗传进化关系上看,PTTSuV-1b ORF3基因在遗传进化上呈2个大的遗传进化分支（分支Ⅰ和分支Ⅱ）,本研究分离株处于分支Ⅰ。 相似文献
6.
为明确福建地区是否存在鹅出血性多瘤病毒（goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV）感染,本研究对2016年福建省临床送检测19份鸭组织样品进行GHPV检测,结果从1例樱桃谷鸭中检测到GHPV感染阳性（记为GHPV-FJ201601株）。随后根据GenBank中GHPV参考株序列特征,设计针对GHPV的VP3基因特异性引物,利用PCR技术扩增获得GHPV的VP3基因片段。结果显示,GHPV-FJ201601株的VP3基因全长为654 bp,编码217个氨基酸。对编码的VP3蛋白分析发现其理论等电点为9.37,带负电荷氨基酸为23个（Asp+Glu）,带正电荷氨基酸为28个（Arg+Lys）;不稳定指数为38.43,是一个稳定蛋白;脂肪系数64.33,总平均疏水性指数为－0.744;该蛋白无典型的信号肽切割位点;其亚细胞定位类型为核定位;对其进行磷酸化分析发现,该蛋白存在14个氨基酸磷酸化位点。核苷酸同源性分析显示,不同来源GHPV代表株VP3基因相互之间核苷酸同源性均较高,均不低于99.7%。VP3基因遗传进化结果显示,GHPV-FJ201601株和鹅源GHPV分离株（匈牙利14234株与法国Toulouse Goose 2000株）处于同一遗传进化分支,与鸭源分离株（法国Toulouse Muscovy Duck 2008株、法国Toulouse Mule Duck 2008和中国106株）却处于不同的遗传进化分支,但所有GHPV分离株VP3基因遗传进化均较近。本研究首次证实福建地区樱桃谷鸭群中存在GHPV感染,为丰富不同地区与宿主的GHPV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2017,(4)
为明确福建地区是否存在鹅出血性多瘤病毒(goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV)感染,本研究对2016年福建省临床送检测19份鸭组织样品进行GHPV检测,结果从1例樱桃谷鸭中检测到GHPV感染阳性(记为GHPV-FJ201601株)。随后根据GenBank中GHPV参考株序列特征,设计针对GHPV的VP3基因特异性引物,利用PCR技术扩增获得GHPV的VP3基因片段。结果显示,GHPV-FJ201601株的VP3基因全长为654bp,编码217个氨基酸。对编码的VP3蛋白分析发现其理论等电点为9.37,带负电荷氨基酸为23个(Asp+Glu),带正电荷氨基酸为28个(Arg+Lys);不稳定指数为38.43,是一个稳定蛋白;脂肪系数64.33,总平均疏水性指数为-0.744;该蛋白无典型的信号肽切割位点;其亚细胞定位类型为核定位;对其进行磷酸化分析发现,该蛋白存在14个氨基酸磷酸化位点。核苷酸同源性分析显示,不同来源GHPV代表株VP3基因相互之间核苷酸同源性均较高,均不低于99.7%。VP3基因遗传进化结果显示,GHPV-FJ201601株和鹅源GHPV分离株(匈牙利14234株与法国Toulouse Goose 2000株)处于同一遗传进化分支,与鸭源分离株(法国Toulouse Muscovy Duck 2008株、法国Toulouse Mule Duck 2008和中国106株)却处于不同的遗传进化分支,但所有GHPV分离株VP3基因遗传进化均较近。本研究首次证实福建地区樱桃谷鸭群中存在GHPV感染,为丰富不同地区与宿主的GHPV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
8.
根据国内外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株和GD株基因序列,应用DNAstar分子生物学软件设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV XX株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到PGEM-T easy载体上,经菌液PCR鉴定后的重组子进行序列测定。结果表明,MDPV XX株基因大小为1764bp,编码587个氨基酸,其基因序列与国内外发表的FM株、GD株核苷酸序列同源性分别为98.4%和99.8%,而与同属的小鹅瘟病毒B株核苷酸同源性仅为78.2%。可见编码番鸭细小病毒结构蛋白的VP2基因较保守,且和同属的小鹅瘟病毒明显不同,这也是该病毒目前只有一个血清型的分子基础。 相似文献
9.
猪脑心肌炎病毒GXLC株的分离及其3D基因分子特征的分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采集临床疑似脑心肌炎死亡仔猪的组织作为接种材料,接种于BHK-21细胞系,观察细胞病变(CPE),并用RT-PCR和间接荧光抗体试验(IFA)进行鉴定,证实分离到1株脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV),命名为GXLC株。应用RT-PCR方法扩增GXLC株的3D基因,扩增产物克隆入pMD18-T载体后进行测序,对获得的3D基因序列进行分析。序列分析结果表明,GXLC株3D基因全长1380 nt,编码460个氨基酸,含有7个抗原表位。同源性分析结果表明,GXLC株与国内外其它EMCV分离株3D基因核苷酸序列的同源性在84.7%~99.7%之间,氨基酸序列的同源性在96.1%~99.6%之间。遗传进化分析结果表明,基于3D基因核苷酸序列绘制的系统进化树可将所有EMCV分离株分成2个群:Ⅰ群和Ⅱ群,Ⅰ群可再细分为Ⅰa亚群和Ⅰb亚群,其中猪源EMCV在Ⅰ群和Ⅱ群中均有分布,而鼠源EMCV分布在Ⅰ群,人源EMCV分布在Ⅱ群;GXLC株与其它中国分离株均属于Ⅰa亚群。 相似文献
10.
利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。 相似文献
11.
CHEN Ru-jing XIU Jin-sheng CHEN Xiao-luo WU Xue-min CHE Yong-liang WANG Chen-yan YAN Shan WANG Long-bai ZHOU Lun-jiang 《中国畜牧兽医》2015,42(9):2303-2307
In this study, specific primers were designed according to VP0 gene of porcine kobuvirus (PKV), and the full-length coding region of VP0 gene was amplified by RT-PCR method and sequenced, then bioinformatics analysis were conducted to investigate the structure and function of the porcine kubovirus VP0 gene.The results showed that the porcine kobuvirus VP0 gene was 1 098 bp in length, coding an open reading frame (ORF) with 366 amino acids.The isoelectric point, molecular weight and instability index of porcine kubovirus VP0 were 6.71, 38.489 ku, 34.65, respectively.The maximum and minimum hydrophobicity were 2.622 and —2.122, respectively.Compared with the porcine kubovirus VP0 genes published previously in GenBank, the sequenced gene shared the highest homology with HNXX-4 strain, which was 89.1%;And shared the lowest homology with S-1-HUN strain, which was 81.1%.The porcine kubovirus VP0 gene shared two different phylogenetic genotype branches, and the Chinese porcine kubovirus isolates distributed in the two phylogenetic genotype branches. 相似文献
12.
参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
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参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP6基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1.4 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP6基因全长1320 bp,含有一个1194bp的开放阅读框,编码397个氨基酸。与国内外已知的11个毒株VP6基因的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,同源性分别为76.5%-95.6%和88.7%-99.2%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD毒株与轮状病毒JL94,CN86,OSU毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征病毒HS株结构蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲株(VR-2332)基因序列,设计合成了ORF2a、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的引物.利用RT-PCR扩增出PRRSV HS株各基因的cDNA片段,将扩增的各cDNA片段克隆入pMD18-T载体并测序.应用DNA Man软件,将测序结果与国内外已发表野毒株和疫苗株(VR-2332、Resp MLV、16244B、HN1、BJ-4、CH1-a、HB-1、HB-2、LV)的相应基因进行序列比较,并绘制系统进化树.结果表明,PRRSV HS株与美洲型的相应基因核苷酸同源性为83.6%～99.7%,与LV株的相应基因核苷酸同源性为38.9%～49%;推导的氨基酸与美洲型相应基因的同源性为86.6%～99.6%,与LV株的同源性为54.2%～78.2%.系统进化树表明,PRRSV HS株属于美洲型,与HN1、VR-2332、RespMLV、16244B、BJ-4亲缘关系较近. 相似文献
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从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北毒株与多株GenBank中已发表的PRRSV毒株相应基因进行序列比较。结果表明:PRRSV TS株与VR-2332同源性为88.9%-94.7%,与河北省2007年以来发现的8个毒株同源性很强,为98.0%-99.7%;与LV株的亲缘关系较远,同源性为61.2%-69.0%,属于美洲型。遗传进化树表明国内美洲型分离株明显分为2个亚群,所有河北省流行毒株属于同一亚群,且TS株与高致病性代表毒株JXA1关系非常近。本研究将为河北省预防和控制PRRS提供重要的理论数据。 相似文献
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为明确猪博卡病毒福建株非结构蛋白NP1的特征,本研究根据GenBank中登录的非结构蛋白NP1的基因特征,设计特异性引物从一份患有断奶仔猪多系统衰竭综合征的仔猪肺脏和淋巴结基因组DNA中扩增到猪博卡病毒非结构蛋白NP1的全长基因序列。测序结果显示,本试验克隆的猪博卡病毒非结构蛋白NP1的基因全长为675bp,编码有224个氨基酸,其与美国株猪博卡病毒(OH110株)核苷酸同源性最高,达97.3%,但与美国株猪博卡病毒(IN109-1株)核苷酸同源性仅为81.8%;与英国北爱尔兰野猪博卡病毒(F41株和64-1株)同源性均不高,分别为82.5%和80.9%;与猪博卡病毒(H18株)核苷酸同源性最低,仅为43.8%。通过对猪博卡病毒代表株进行核苷酸同源性比对分析发现,猪博卡病毒存在3个主要的基因群,不同基因群非结构蛋白NP1的核苷酸同源性均低于50.0%。结果提示需对猪博卡病毒进行明确的划分,不同来源的猪博卡病毒可细分为3个明显的代表种。 相似文献
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本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献