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遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较 总被引：1，自引：0，他引：1
利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流（Nm）,并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明：基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类：轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）;在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。 相似文献
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12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析 总被引：24，自引：4，他引：24
利用29对微卫星引物对我国的12个地方鸡种进行群体遗传结构及遗传多样性评估，结果表明：每个座位的等位基因数从2到23不等，所有的12个群体均显示较高水平的杂合度，固始鸡最低，为0．4532，大骨鸡最高，为0．6271。鸡种间存在较大的遗传分化，16．7％的遗传变异源于品种间的差异。基于Reynolds’遗传距离的邻近（NJ）聚类图显示，12个群体可以分为2个主要的类群：重体型的鸡种首先聚在一起，然后轻体型鸡种加入。structure程序同时也被用于评价鸡种间的遗传关系，结果与NJ聚类法相似，重体型的鸡种首先与轻体型鸡种分成两类。 相似文献
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中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量（PIC）、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明：16个微卫星座位均为中度或高度多态位点（PIC〉0．25,PIC〉0．50）,10个地方鸡种群体总近交系数（Fit）为0．147,群体间基因分化系数（Fst）为0．134,群体内近交系数（Fis）为0．015,且3个指标均达到显著水平（P〈0．05）。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1．7932,茶花鸡的品种贡献率最大（16．59％）,其次为固始鸡（14．01％）、白耳鸡（11．44％）、狼山鸡（11．34％）、北京油鸡（11．30％）、大骨鸡（8．90％）、仙居鸡（7．03％）、藏鸡（6．28％）、鹿苑鸡（5．81％）,萧山鸡的品种贡献率（5．00％）最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。 相似文献
4.
以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布。结果表明：Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异。Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种（包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡）和重体型的鸡种（包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡）两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合。9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中。 相似文献
5.
华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异 总被引：7，自引：3，他引：7
应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）进行了遗传多样性分析，计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数，并用类平均法进行了聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是河田鸡，为0．6870，最低的是狼山鸡，为0．6170；27个地方鸡品种（品系）的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短；UPGMA的聚类分析将27个品种（品系）聚为10类：丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类，白耳鸡为第2类，浦东鸡为第3类，崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类，狼山鸡与寿光鸡为第5类，鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类，鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类，漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种（品系）遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，应促进资源优势向经济优势转化。 相似文献
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利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。 相似文献
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以16个中度或高度多态性微卫星标记,运用基于模型分类法的 Structure程序推断9个地方鸡品种群体遗传结构,构建聚类图分析相互间亲缘关系,并鉴定群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布.结果表明:Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出9个地方鸡种群体所属类别,揭示按照体型外貌、地理分布等为依据划分的9个地方鸡品种类型,也真实反映了其在遗传上的差异.Structure聚类图在K=2时将9个地方鸡种分为轻体型的鸡种(包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡)和重体型的鸡种(包括大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡)两个类别;K=4、5、6时北京油鸡、固始鸡、大骨鸡分离出来形成独立类群;仙居鸡与白耳鸡在K=6、萧山鸡与鹿苑鸡在K=7、藏鸡与茶花鸡在K=8时仍聚在同一类别中,这与9个地方鸡种的地理分布及形成历史相吻合.9个地方鸡品种群体中均有具有复杂遗传基础的个体分布,迁移个体只分布在藏鸡、萧山鸡和鹿苑鸡群体中. 相似文献
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江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析 总被引：5，自引：1，他引：5
选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。 相似文献
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以中国2个新发现鸡种资源金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡及地方鸡种狼山鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidase Ⅰ,COⅠ）基因序列,揭示2个新发现资源COⅠ基因的遗传多样性及其与地方鸡种的遗传关系。结果显示,选择的这段COⅠ基因序列在2个新发现资源和狼山鸡中有10个突变位点,为7个单倍型,其中有3个为特异性突变位点,5个特异性单倍型。金湖乌凤鸡、安义瓦灰鸡和狼山鸡群体内平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.068%;0.051%和0.0369%,单倍型多样度（H）分别为0.4167、0.3030和0.9000。狼山鸡的遗传多样性大于2个新发现资源。3个地方鸡群体间的Kimura双参数遗传距离范围为－0.002～0.236;种间遗传距离小于种内遗传距离。结果表明,利用COⅠ这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定具有方便、快捷、经济、准确等优点,是可行和有效的。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2019,(11)
为研究新昌宫廷黄鸡的遗传多样性及遗传结构,本实验利用STR分型技术对新昌宫廷黄鸡在26个微卫星位点上的遗传多样性进行检测,并分析其与仙居鸡、萧山鸡、龙游麻鸡、丝羽乌骨鸡和白耳黄鸡的遗传距离。结果显示:新昌宫廷黄鸡平均有效等位基因数为4.03个,多态信息含量变幅为0.41～0.85,平均为0.67,观察杂合度平均为0.60,期望杂合度平均为0.72,Shannon信息指数平均为1.50,表明宫廷黄鸡26个遗传位点具有高度多态性,即该群体具有较高的遗传多样性;基于遗传距离NJ系统进化树将6个不同群体聚为两大簇,其中白耳黄鸡单独成一簇,其他5个品种聚为一簇,与宫廷黄鸡遗传距离从小到大依次为丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、萧山鸡、仙居鸡、白耳黄鸡,基于FCA分析结果与遗传距离NJ系统进化树结果一致。 相似文献
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旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了... 相似文献
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鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
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利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测。利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种（9个家兔群体）样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量（PIC）、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析。结果表明：所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0．569905。平均杂舍度范围在0．5885～0．6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。 相似文献