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1.
将虹鳟鱼苗研磨过滤除菌后接种到胖头鱼肌肉细胞系(FHM)后出现了特征性病变(CPE),电镜下观察到IHNV病毒粒子。用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)和传染性胰腺坏死病病毒(IPNV)等水生动物病毒特异性引物对该毒株进行RTPCR试验,结果显示,用IHNV的引物能扩增出阳性片段。将分离株暂时命名为CJ-13。应用DNAStar和MEGA5.2软件,将CJ13的N基因与多株GenBank中已发表的IHNV毒株相应基因进行同源性比对和构建系统树。核苷酸同源性显示CJ-13株与HV7601株的N基因同源性高达97.1%,推导出的氨基酸序列同源性为95.2%。系统进化树表明,CJ-13分离株与HV7601株遗传进化关系较近,属于同一分支。 相似文献
2.
《中国兽医杂志》2017,(3)
为初步了解东北地区某虹鳟养殖场的一株传染性造血器官坏死病病毒株的病原学特征,将该病毒株进行虹鳟鱼苗人工回接感染试验。结果显示,一周内人工感染试验鱼均出现明显的临床症状。将病死虹鳟鱼苗研磨过滤除菌后接种到胖头鱼肌肉细胞系(FHM),出现了特征性病变(CPE),用传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)4组水生动物病毒的6对特异性引物对该毒株进行race-PCR,扩增其全长。结果显示,该病毒基因组全长为11 132 nt,基因组序列中4种核苷酸G、A、T、C含量分别为24.28%、28.67%、19.46%、27.59%。将序列与多株GenBank中已发表的IHNV毒株相应基因进行比较。结果显示,分离株G基因与韩国株ChYa07和PcKw11同源性较高,分别为97.8%和97.5%,其进化树分析结果显示,CJ-13株与韩国株和日本株在遗传进化关系上较近。 相似文献
3.
本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒致鸡胚矮小化试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实分离到鸡传染性支气管炎病毒(AIBV),命名为SDLVS株。根据GenBank上发表的AIBV的S1基因序列,用Oligo6.0设计引物,对分离株SDLVS株S1基因进行序列扩增,测序及序列分析。将分离的AIBV毒株与中国常用疫苗毒株、其他血清型参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。SDLVS S1基因由1611个核苷酸组成,编码含537个氨基酸残基的多肽。SDLVS株与55株参考毒株的同源性比较,核苷酸同源性在72.4%～99.6%之间,推导氨基酸序列同源性在71.2%～99.3%之间。从进化树分析中SDLVS株与Mass型参考毒株核苷酸同源性最高,特别是与H120核苷酸同源性最高为99.6%,进化亲缘关系最近,提示这2株毒株的存在可能与长期使用Mass血清型AIBV疫苗,从而产生疫苗的免疫压力有关。 相似文献
4.
为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究. 相似文献
5.
为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。 相似文献
6.
为确定西藏新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株HN基因结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,本试验应用RT-PCR技术对西藏NDV分离株HN基因进行扩增,然后克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前疫苗株进行比对及系统发育分析。结果表明,NDV分离株HN基因片段长度为1734 bp, 编码577个氨基酸;推导的氨基酸序列均有5个糖基化位点, XZ10和XZ17有12个半胱氨酸残基,XZ20只有11个半胱氨酸残基。NDV西藏分离株HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性在81.1%~93.0%之间,氨基酸同源性在81.1%~93.6%之间;与疫苗株核苷酸同源性在87.8%~98.7%之间,氨基酸同源性在88.0%~98.9%之间。系统进化分析结果表明,NDV西藏分离株HN基因均属于Ⅱ型。 相似文献
7.
根据基因库中新城疫病毒M基因核苷酸序列,设计一对特异性引物,对2000年-2003年期间广西分离的11个NDV毒株的M基因进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定.结果表明,11个NDV广西分离株的M基因都为1 223个核苷酸,含有1个1 095 bp核苷酸阅读框(ORF),编码364个氨基酸.序列分析结果表明,这11个NDV分离株核苷酸的同源性在86%～99.9%之间,推导氨基酸的同源性在89.3%～99.7%之间;11个毒株与国内外其他7个NDV毒株比较核苷酸的同源性在83.3%～98.5%之间,推导氨基酸的同源性在87.4%～98.6%之间. 相似文献
8.
《中国兽医杂志》2013,(8)
为了解近年来禽流感病毒在我国部分地区家禽中的流行情况,深入阐明我国禽流感病毒流行株的HA和NP基因的进化关系及遗传进化过程,本研究采用RT-PCR方法,对我国广西、河北、湖南、河南、山东等地采集的病料进行检测,并对其中19株H5N1阳性分离株进行HA和NP基因测序,将测定的序列与参照序列对比,运用DNAStar软件对核苷酸序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,分离的禽流感流行株因地域的不同、时间的差异、宿主的不同,禽流感病毒HA基因核苷酸序列的同源性在96.0%99.7%之间,推导的氨基酸序列的同源性在95.8%99.7%之间,推导的氨基酸序列的同源性在95.8%99.6%之间;禽流感病毒NP基因核苷酸序列的同源性在68.2%99.6%之间;禽流感病毒NP基因核苷酸序列的同源性在68.2%99.7%之间,推导的氨基酸序列的同源性在65.5%99.7%之间,推导的氨基酸序列的同源性在65.5%99.8%之间。各分离株在遗传进化树上并不集中处于一个分枝中,而是处于遗传进化树的不同位置,说明我国禽流感病毒可能已经发生部分变异,这些禽流感病毒起源于不同的种系,但可能具有共同的祖先。 相似文献
9.
为调查辽宁地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及遗传演化情况,从辽宁某鸡场疑似鸡传染性支气管炎病料中分离得到1株病毒,经分子生物学检测、鸡胚矮小化试验、新城疫病毒血凝特性干扰试验和动物回归试验,确定该毒株为IBV,并命名为CH/LN/2019。扩增该毒株S1基因并进行序列分析发现,分离株S1基因全长1 620 nt,编码540个氨基酸,S1蛋白裂解位点为HRRRR,属于基因Ⅰ型(QX型)毒株;同源性比对发现,分离株与基因Ⅰ型代表毒株QXIBV株的核苷酸和氨基酸序列同源性最高,分别为95.6%和94.8%;与国内常规型疫苗H52、H120和Ma5毒株的同源性较低,核苷酸和氨基酸序列同源性仅为77.2%~76.9%和75.4%~76.2%。本试验为辽宁地区鸡传染性支气管炎的流行病学调查及免疫防控提供了参考。 相似文献
10.
《畜牧与兽医》2016,(4):79-84
应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。 相似文献
11.
利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。 相似文献
12.
LIU Wen-jun YAO Jing-ming WU Xin MENG Fan HAN Yi-chao WANG Juan-ping FAN Zhen-hua XUE Yi-peng MI Rui-juan LI Hong-li ZHAO Yue 《中国畜牧兽医》2017,44(7):1982-1989
In order to investigate the variation in S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), the 4 strains of PEDV S gene nucleotide sequences were obtained, through RT-PCR amplification of tissue samples from Shanxi province. The obtained sequences and the deduced amino acid were analyzed and compared with the other published PEDV strains. Sequence analysis showed that compared with CV777 vaccine, there were 12 nucleotides insertions between 170 to 171 bp, 3 nucleotides insertions between 401 to 402 and 454 to 455 bp, 6 nucleotides deletion between 461 to 468 bp. The nucleotide and amino acid homologies were 99.2% to 99.8% and 98.6% to 99.7% respectively among 4 strains of PEDV S gene; Comparing with the strains isolated from China in 2011 to 2015, CV777 vaccine, attenuated DR13 and CV777, the nucleotide homologies were 95.0% to 98.5%,93.2% to 93.6%,92.1% to 92.9%,93.7% to 94.4%,respectively.The amino acid homology were 96.2% to 98.9%,91.9% to 92.9%,91.9% to 92.6%,92.9% to 94.0%, respectively. Phylogenetic analysis revealed that 4 strains of PEDV S gene belonged to the first group and had high correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated after 2010 in China, and had far correlative genetic relationship with the PEDV strains which isolated before 2010 in China, 2 strains of Japanese, 7 strains of South Korea, 2 vaccine strains. The results suggested that the prevalence of PEDV in Shanxi province had a more obvious variation. Therefore, it was necessary to develop a new vaccine to control the outbreak of PEDV. 相似文献
13.
为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。 相似文献
14.
为掌握天津地区猪伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）的流行及遗传变异情况,本研究对2015－2020年天津地区分离的20个分离株的gB、gC和gE基因进行扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。相似性分析结果显示,分离株与2012年后中国变异株相比,3种基因核苷酸及编码氨基酸序列相似性分别为：gB基因均为99.9%~100%;gC基因为99.7%~100%和99.4%~100%;gE基因为99.7%~100%和99.6%~100%。遗传进化和序列比对分析结果显示,依据gB、gC、gE基因绘制遗传进化树均可将PRV毒株分为GⅠ型和GⅡ型,天津分离株属于GⅡ型;其中19个分离株与PRV变异株遗传关系较近,属于同一亚分支,并存在相同的氨基酸变异位点;另外1个分离株（TJBD6株）gB和gE基因与PRV变异株遗传关系较近,氨基酸变异位置与PRV变异株一致,但其gC基因与经典株Ea株遗传关系较近,且核苷酸和氨基酸序列相似性为100%。上述结果表明,2015年以来天津地区流行的PRV毒株存在经典株和变异株2种类型,其中变异株为主要流行株。本次研究初步调查了天津地区PRV分子流行特征,可为猪伪狂犬病防控提供依据。 相似文献
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为了解山西地区猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法,2013年从山西部分地区分离出5株CSFV流行毒株,并进行了E2全基因扩增、克隆与序列测定,应用DNAStar分析软件对所测定的5株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析,绘制系统发育进化树。结果表明：5株CSFV流行毒株之间E2基因核苷酸序列与所推导氨基酸序列的同源性分别为81.4%~100%和87.9%~100%,与CSFV石门毒株（Shimen株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为82.9%~94.8%和89.0%~94.9%,与CSFV兔化弱毒株（HCLV株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.6%~99.6%和87.9%~99.5%,与17株来自各国不同地区的CSFV参考毒株的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.5%~99.6%和86.3%~99.7%。经系统发育关系分析,4株属于基因2群,且705、713、725、729、734和738位氨基酸发生置换,另外1株属于基因1群。本研究揭示了山西猪瘟流行毒株的遗传变异多样性现状。 相似文献
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北京部分地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解北京地区猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的遗传变异情况,采用套式RT-PCR方法,对从北京部分地区近期分离的7株CSFV流行毒株的E2基因主要抗原编码区进行了扩增、克隆与序列测定,并应用DNA Star分析软件对所测定的7株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明,7株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为96.3%～99.3%和95.6%～100%,与CSFV石门毒株(Shimen株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.7%～83.5%和82.4%～84.6%,与CSFV兔化弱毒株(HCLV株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为80.6%～81.7%和78.0%～80.2%,7株CSFV流行毒株均属于基因2群,且705、713、729和734位氨基酸发生置换。本研究初步揭示了北京部分地区目前流行的CSFV毒株与Shimen株和HCLV株在E2基因主要抗原区上存在较大差异。 相似文献
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为进一步了解福建省H9N2亚型禽流感病毒的基因遗传进化关系,本研究将福建省2011年分离的毒株FZ-04、FZ-11与GenBank上登录的2000～2011年福建省分离的H9N2毒株及国内外典型代表株进行HA、NA基因的序列比对和遗传进化分析。结果表明,分离株FZ-04和FZ-11的HA基因与CK/FJ/G9/09株核苷酸同源性最高,属于国内常见的CK/BJ/1/94亚系。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。NA基因在遗传进化关系上呈现独立的分支,与CK/FJ/10954/05毒株核苷酸序列同源性最高,属于CK/HK/G9/97亚系,且NA基因推导的469个氨基酸序列中没有缺失。同时,从HA和NA基因的遗传进化树上可知,2000～2011年福建省H9N2禽流感病毒进化相对比较稳定,可能有一个共同的起源。 相似文献
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通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,从中国北京分离株牛流行热病毒ＪＢ７６Ｈ基因组ＲＢＡ中扩增出主要保护性抗原糖蛋白Ｇ的cＤＮＡ。采用Ｓanger’s双脱氧末端终 止法测定cＤＮＡ片段的核苷酸序列,并推导出氨基酸序列。Ｇ基因全长为１８７２个碱基,单一的开放阅读框架阅读框架编码６２３个氨基酸的多肽。将测得的序列与澳大利亚六个分离株进行比较,发现我国分离株与渊大利亚分离株间同源性为９１％,低于澳大利亚各分 相似文献
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Hao Zheng Tongling Shan Yu Deng Chunqing Sun Shishan Yuan Yang Yin Guangzhi Tong 《Journal of veterinary science (Suw?n-si, Korea)》2013,14(1):27-36
Japanese encephalitis virus (JEV) is the leading cause of viral encephalitis in Asia and domestic pigs serve as the amplifying hosts. In the present study, the full genomic sequences of two JEV strains (HEN0701 and SH0601) isolated from pigs in China were determined and compared with other 12 JEV strains deposited in GenBank. These two strains had an 88.8% nucleotide sequence similarity and 97.9% deduced amino acid sequence homology. HEN0701 had high nucleotide sequence and high amino acid sequence identity with genotype I (GI) strains, while SH0601 had high nucleotide sequence and high amino acid sequence identity with GIII strains at both the gene and full genome levels. Further phylogenetic analysis showed that HEN0701 belonged to the JEV GI group and SH0601 was classified as a GIII strain. Analysis of codon usage showed there were a few differences between the GI and GIII strains in nucleotide composition and codon usage for the open reading frames. 相似文献