乙型脑炎病毒分离株PrM/E基因测序和SA14、SA14-14-2的序列比较     

汤德元  徐健  曾智勇  黄涛  李春燕  李佳蔚 《猪业科学》2008,25(12):71-75

该研究通过RT-PCR扩增乙型脑炎病毒分离株PrM/E基因测序后,将测序结果与GenBanK发表的JEV SA14基因序列和SA14-14-2进行比较分析,结果发现分离株与JEV SA14强毒株的同源性为98.1%,与SA1-14-2株的同源性为97.1%;在477-2477长为2 000 nt决定JEV抗源性的PrM/E区中.分离株与SA14株仅有40个碱基不同,其中12个碱基为错义突变,导致E基因2个氨基酸序列(E135和E232)与SA14的E区两个氨基酸的不同;而分离株与SA14-14-2株有48个碱基不同,导致E基因12个氨基酸序列与SA14-14-2不同.由于确定JEV毒性的10个关键性基酸的位置均在E蛋白上,分离株与SA14强毒株这10个氨基酸的位置完全一致,因此序列的比较结果表明;乙脑病毒分离株为强毒株.由此可以看出基因分析对于病毒毒力的判断具有重要参考意义.  相似文献   

日本乙型脑炎病毒的分离与鉴定   总被引：4，自引：1，他引：3  

徐健  汤德元  黄涛  王彬  李春燕 《畜牧与兽医》2009,41(12)

收集一例疑为乙型脑炎病毒感染的种公猪肿大的睾丸病料,并将其处理制成匀浆过滤后,用乳鼠脑内接毒和细胞接毒相结合的方法盲传并分离病毒,然后设计一对PrM/E基因的特异性引物,采用RT-PCR方法对所分离的病毒进行鉴定,并将其PrM/E基因扩增产物测序,测序结果与乙型脑炎GenBank登陆的SA14-14-2株(AF315119)和SA14株(U14163)进行比较。结果表明,所分离病毒的PrM/E基因序列与JEV强毒株SA14和弱毒株SA14-14-2相应序列同源性分别为98.1%和97.1%,证实分离毒株为乙型脑炎病毒。  相似文献   

乙型脑炎病毒减毒SA14-14-2-B3株基因组全序列分析     

张学涛  赵明秋  琚春梅  赵启祖  康艳梅  沈海燕  陈金顶 《中国预防兽医学报》2010,32(8)

为进一步了解乙型脑炎病毒(JEV)减毒疫苗株基因组变异和分子遗传特性,本研究根据已发表的JEV基因组序列,设计合成了8对引物,应用RT-PCR对SA14-14-2-B3株基因组进行了克隆和序列测定,获得了该株病毒的全基因组序列(10977nt)并推导出其编码的氨基酸序列(3432aa)。序列分析表明:SA14-14-2-B3株与疫苗株SA14-14-2和SA(A)及野毒株SA14的核苷酸和氨基酸相似性较高,分别为99.8%、99.9%、99.4%和99.7%、99.8%、99.1%,与猪源分离株HEN0701和KV1899的核苷酸与氨基酸相似性较低,分别为88.5%、88.5%和97.6%、96.6%,比较显示在SA14-14-2-B3株基因组第10700nt处有一碱基"G"的插入。以全基因组为基础,对SA14-14-2-B3株进行遗传进化关系分析,结果表明:SA14-14-2-B3株与SA14源病毒株SA14、SA14-14-2、SA(A)、SA(V)及分离株Beijing-1、p3、WHe和HW的遗传关系较近,与XJP613株和HEN0701株的遗传关系较远。以E基因为基础,对SA14-14-2-B3株进行遗传进化关系分析,结果表明SA14-14-2-B3株属于JEV基因Ⅲ型。  相似文献   

表达乙脑病毒PrM基因重组伪狂犬病病毒的构建     

李自力  陈焕春  徐高原  方六荣  肖少波  王祥  何启盖 《畜牧兽医学报》2007,38(1):53-58

本研究以乙型脑炎病毒SA14—14—2疫苗株基因组RNA为模板，采用RT—PCR一步法扩增了PrM基因的全长cDNA（558 bp），用BamHI和EcoRI双酶切PrM基因的扩增产物，回收目的基因后将其克隆至经同样酶切的伪狂犬病病毒通用转移载体pPgG-uni中，获得了转移载体pPgG-PrM，并对其外源片段进行了测序。序列分析结果表明：与已报道的乙型脑炎病毒SA14强毒株和SA14-14-2疫苗株的核苷酸序列比较，PrM基因的同源性为100％。以伪狂犬病病毒Ea株TK^-／gG^-／LacZ^＋突变株为载体构建了一株表达乙型脑炎病毒PrM基因的重组伪狂犬病病毒TK^-／gG^-／PrM^＋，为进一步开展猪乙型脑炎与伪狂犬病二价基因工程疫苗的研究奠定了基础。  相似文献   

猪乙脑病毒WHe株的PrM—E、NSl、E—NS2A基因的克隆及序列测定   总被引：2，自引：0，他引：2  

乔宪凤熊东海  郑新民徐涤平赵浩斌  魏庆信 《中国预防兽医学报》2003,25(3):191-194

本文通过RT—PCR扩增了猪乙型脑炎病毒wHe株主要抗原基因NS1(约1．14kb)、prM-E(约2．1kb)、E-NS1-NS2A(约3．0kb)，并将NS1、E-NS1-NS2A、PrM-E基因克隆、测序。与Cenbank发表的JEV基因序列进行序列分析，发现WHe株与其他12种典型的JEV强毒株的同源性在88．3％～99.4％之间。wHe株与K94P05株的同源性最低(88．3％)，与P3株的同源性最高(99．4％)，可认为wHe株是由P3株衍生而来的。在JEV基因组5’端389-3910的长3522nt的决定JEV抗原性的C-prM-E-NS1-NS2A区中，wHe株与P3株仅有21个碱基不同，其中的14个单碱基突变为同义突变，另外7个为错义突变，导致相应的氨基酸序列(1173个)中的6个氨基酸发生了变异，其中的5个氨基政变异出现在含有各关键的抗体中和决定簇的E蛋白内，另一个位于NS1蛋白内。  相似文献   

猪乙型脑炎病毒的PrM-E基因克隆与测序     

彭丽英  潘饶苘  张华弟  徐平  钱忠辉  谢春芳  王晖  赵本进  陈晓清  刘盛 《动物医学进展》2006,27(11):68-71

通过RT-PCR扩增乙型脑炎病毒主要抗原基因PrM-E,并将PrM-E基因克隆及测序后,与GenBank发表的SA14-14(M18370)基因序列进行比较分析,发现试验毒株与乙型脑炎病毒SA14-14毒株的同源性为98%。在乙型脑炎病毒基因组决定乙型脑炎病毒抗原性的PrM-E的2 000 bp序列中,试验毒株与SA14-14株有35个碱基不同,但却不影响它的功能。  相似文献   

猪乙型脑炎病毒E基因的克隆与序列分析     

丛晓燕  吴家强  王怀忠  徐文  张秀美  王金宝  陈溥言 《中国畜牧兽医》2009,36(9)

根据GenBank中猪乙型脑炎病毒SA14-14-2基因序列设计2对引物,从分离的猪源乙型脑炎病毒SD-001株的细胞培养物中扩增出包括E基因全长的两段基因.将扩增的目的片段进行克隆与序列分析.结果表明,所克隆的E基因编码结构域(Domain)区段与SA14-14-2、P3、Beijing-1等毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性分别达97.2%与96.8%以上,属于Ⅲ型乙型脑炎病毒,与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有8个氨基酸位点变异.  相似文献   

乙脑病毒prM/E基因重组伪狂犬病病毒的构建   总被引：1，自引：0，他引：1  

李自力  陈焕春  徐高原  肖少波  王祥  何启盖 《中国兽医学报》2005,25(2):162-165

以乙型脑炎病毒SA14-14-2株基因组RNA为模板，采用RT—PCR一步法扩增prM／E基因的全长cDNA(约2kb)，将其克隆至pMDl8一T栽体，获得了克隆质粒pTprM／E，并对其进行了测序。序列分析结果表明，与已报道的SA14强毒株和SA14-14-2疫苗株的核苷酸比较，prM基因的序列同源性为100％，E发生了4个点突变，其中1个为回复突变，并导致了3个氨基酸的改变。以伪狂犬病病毒Ea株TK^-／gG^-／LacZ^ 突变株为栽体，构建了1株乙脑病毒prM／E基因的重组伪狂犬病病毒TK／gG^-／ΓrM／E^ 。乙脑病毒prM／E基因的克隆及重组伪狂犬病病毒的成功构建，为开展乙脑病毒分子生物学及猪伪狂犬病-乙脑二价基因工程疫苗的研究打下了坚实基础。  相似文献   

猪乙脑病毒WHe株的PrM-E、NS1、E-NS2A基因的克隆及序列测定   总被引：1，自引：0，他引：1  

乔宪凤  熊东海  郑新民  徐涤平  赵浩斌  魏庆信 《中国预防兽医学报》2003,25(3)

本文通过RT-PCR扩增了猪乙型脑炎病毒WHe株主要抗原基因NS1(约1.14 kb)、prM-E(约2.1 kb)、E-NS1-NS2A (约3.0 kb),并将NS1、E-NS1-NS2A、PrM-E基因克隆、测序.与Genbank发表的JEV基因序列进行序列分析,发现WHe株与其他12种典型的JEV强毒株的同源性在88.3 %～99.4 %之间.WHe株与K94P05株的同源性最低(88.3 %),与P3株的同源性最高(99.4 %),可认为WHe株是由P3株衍生而来的.在JEV基因组5'端389～3910的长3522 nt的决定JEV抗原性的C-prM-E-NS1-NS2A区中,WHe株与P3株仅有21个碱基不同,其中的14个单碱基突变为同义突变,另外7个为错义突变,导致相应的氨基酸序列(1173个)中的6个氨基酸发生了变异,其中的5个氨基酸变异出现在含有各关键的抗体中和决定簇的E蛋白内,另一个位于NS1蛋白内.  相似文献   

猪乙型脑炎病毒E基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

丛晓燕  吴家强  王怀忠  徐文  张秀美  王金宝  陈溥言 《中国畜牧兽医》2009,36(9):71-73

根据GenBank中猪乙型脑炎病毒SA14-14-2基因序列设计2对引物,从分离的猪源乙型脑炎病毒SD-001株的细胞培养物中扩增出包括E基因全长的两段基因,将扩增的目的片段进行克隆与序列分析。结果表明,所克隆的E基因编码结构域（Domain）区段与SA14-14-2、P3、Beijing-1等毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性分别达97.2%与96.8%以上,属于Ⅲ型乙型脑炎病毒,与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有8个氨基酸位点变异。  相似文献   

日本脑炎病毒SA14-14-2株E基因的克隆及原核表达     

李玲玲  李晨阳  吴阳  周净  王云龙 《动物医学进展》2007,28(3):23-26

根据GenBank公布的日本脑炎(Japanese encephalitis virus,JEV)SA14-14-2减毒株E基因的核苷酸序列,设计并合成一对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增其E基因全长cDNA,将扩增产物克隆入pUCm-T载体中,测序后亚克隆到原核表达载体pET-32a( ),筛选重组质粒,转化大肠埃希菌BL21(DE3)宿主菌.经IPTG诱导,SDS-PAGE分析表达产物.结果获得了含全长日本脑炎病毒E基因的重组质粒,经测序证实,与GenBank上E基因序列的同源性达到100%.所表达的融合蛋白主要以包涵体形式存在,为制备JEV实验室诊断抗原打下了基础.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒江苏分离株ORF5及Nsp2基因部分序列分析     

迟兰  崔盟  王寿利  吴艳涛  刘秀梵 《中国兽医学报》2010,30(2)

对2006—2007年分离于江苏省部分发病猪场的PRRSV,采用RT-PCR技术,进行ORF5基因序列以及Nsp2基因部分序列的扩增、克隆并测序。应用DNAStar软件将测序结果与已发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果表明,分离的21株病毒ORF5基因大小均为603bp;与国内分离株之间同源性为87.7%～97.0%,与国外美洲型分离株同源性为85.6%～90.5%;21株PRRSV分离株与欧洲型毒株之间的同源性仅为54.1%～56.6%。14株用于扩增Nsp2基因部分序列的PRRSV在全基因组第2778～2780位及第2947～3033位分别缺3个和87个碱基,其中的2个江苏扬州分离株在第2747～2836位又缺失了90个碱基;14个毒株之间同源性为93.2%～99.0%,与VR-2332相比同源性为74.9%～78.5%,与国内河北、河南等地2006年的PRRSV分离株相比同源性为94.1%～99.1%。  相似文献   

从种蛋中分离的新城疫病毒抗原性及其F和HN基因的分析     

陈浩  王景艳  王林  崔治中 《中国兽医学报》2010,30(9)

对3株首次从种蛋中分离到的NDV进行交叉HI试验表明,这3株分离毒的交叉HI同源性为98.1%～100%。对这3株病毒及另1株从输卵管分离到的NDV的F与HN完整基因进行扩增并克隆测序,序列结果登陆GenBank(FJ011441～FJ011448)。氨基酸同源性分析表明:这4个毒株的F与HN基因同源性分别为99.5%～99.8%和99.6%～100%,远高于其与Lasota、F48E8株以及目前国内流行的其他基因Ⅶ型毒株的同源性。分离株F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特征,根据绘制的遗传进化树分析,属于基因Ⅶ型。研究结果显示这4个不同来源毒株其2个基因的同步高度同源性可能与它们均是与生殖道感染有关。  相似文献   

珠江上游地区蚊虫乙型脑炎病毒核酸检测及PrM和E基因序列分析     

吕顺燕  王静林  李楠  胡骑  何于雯  赵德宏  陈红宇  李华春 《中国畜牧兽医》2017,44(2):336-343

试验旨在了解珠江上游地区乙型脑炎病毒（JEV）主要传播媒介蚊虫的种类、分布及携带JEV基因型和分子特征。2013年7月在珠江上游地区师宗县采集蚊虫和库蠓标本,并对蚊虫进行分类鉴定;同时采用黄病毒属引物对采集到的蚊虫和库蠓标本进行检测,阳性标本用JEV PrM和E基因特异引物进行扩增、测序,然后采用生物信息学软件进行序列分析。在4个采集点共采集蚊虫3 705只,分别属于库蚊、按蚊、伊蚊和阿蚊4个属的7种蚊虫,牛圈以中华按蚊、骚扰阿蚊为优势蚊种,羊圈以中华按蚊、骚扰阿蚊为优势蚊种,猪圈以三带喙库蚊、中华按蚊和骚扰阿蚊为优势蚊种。采用JEV PrM和E基因特异引物对采集到蚊虫和库蠓标本分162批进行扩增、测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,4株蚊虫携带的病毒均为基因Ⅰ型JEV,与疫苗株SA14-14-2 E蛋白存在15个氨基酸差异位点,在8个影响病毒毒力的重要位点上未发生突变。以上结果提示珠江上游地区存在多种蚊虫种类,三带喙库蚊和中华按蚊是该地区的优势蚊种,三带喙库蚊是当地JEV的主要传播媒介,在当地的媒介中存在基因Ⅰ型JEV流行,而流行株的毒力并未降低。  相似文献   

1株猪源基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的分离鉴定及遗传进化分析     

《养殖与饲料．饲料世界》2016,(9)

乙型脑炎是由日本乙型脑炎病毒引起的急性、自然疫源性蚊媒传播人兽共患传染病。猪是JEV最重要的宿主,监测和预防猪乙脑的发生对于人乙脑的防控具有重要意义。本研究通过RT-PCR、细胞接种、乳鼠脑内接种、电镜观察等方法,从广西某猪场的猪脑组织样品中分离了1株乙型脑炎病毒,命名为GX1209。全基因组测序结果表明,该毒株基因组为10 965 bp。系统进化分析表明该毒株属基因Ⅰ型,与基因Ⅰ型XJ69毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,达到99%,而与SA14、SA14-14-2、P3等Ⅲ型毒株的氨基酸同源性分别为98%、97%、98%。  相似文献   

云南省种公猪精液中乙型脑炎病毒的监测     

李师师  张文东  吕粤  赵焕云  李昀海  张武林  岳亮  张应国  范泉水  胡述光  张富强 《畜牧与兽医》2012,(2):1-4

应用RT-PCR技术开展云南省种公猪精液中乙型脑炎病毒(JEV)感染监测,进而对阳性样品病毒基因扩增产物进行克隆、测序、比对及系统发育分析。从云南省16个地州797份猪精液中检出JEV阳性样品7份,阳性率0.88%。阳性精液样品中的JEV与基因Ⅰ型毒株PrM基因核苷酸序列同源性为97.5%～98.8%,与其他基因型毒株的同源性介于76.9%～89.8%之间,与疫苗毒株(基因Ⅲ型毒株,S19980008)的同源性为89.1%～89.8%。云南省种公猪精液中JEV属于基因Ⅰ型毒株,与人、猪、蚊虫基因Ⅰ型分离毒株遗传关系密切。  相似文献   

猪瘟病毒石门株不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

赵耘  王在时  王琴  李博  丘惠深 《中国兽医杂志》2002,38(7):7-10

利用RT－PCR及序列测定对猪瘟病毒石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区及同一代次不同年代主要抗原编码区序列进行了分析，结果所有毒株E2基因主要抗原编码区序列呈现较高的同源性，石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为97．7％－100％，97．3％－100％；同一代次不同年代主要抗原编码区序列核苷酸及氨基酸同源性均为98．6％－100％。只有3个代次毒株发生较小的变异，核苷酸及氨基酸呈现1－3个碱基或氨基酸的变异，其他代次的毒株序列完全一致。初步证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性，说明猪瘟病毒的变异可能更多的与种群病毒的优势选择有关。  相似文献   

4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析   总被引：6，自引：2，他引：4  

沈志强  管宇  刘吉山  李峰  吴信明  赵蕾  王艳  徐守振  鲍卫超  王辉暖 《动物医学进展》2005,26(4):78-83

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。  相似文献   

猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析     

张洪勇  吕宗吉  李雪梅  刘海鹏  涂长春 《现代畜牧兽医》2002,(2):1-3

应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2%的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段.经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明,所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高,而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低,基因型差异比较明显,并不归属于同一个基因亚群.本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列和氨基酸序列分析,揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景.  相似文献   

PRRSV河南地方分离株ORF 2～6基因的克隆与序列分析     

党占国  李志勇  陈溥言  崔保安  夏平安 《黑龙江畜牧兽医》2008,(7)

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的ORF2-6基因的核苷酸序列,设计合成4对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出PRRSV河南地方株(命名为HN-2株)的ORF 2～6片段,克隆到pUC-57T栽体并进行测序.应用DNAStar序列分析软件对分离株的ORF 2～6基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的9个PRRSV毒株进行了同源性比较,结果表明:该分离株的ORF 2～6基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%～98.1%和81.4%～96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.9%～61.9%和44.2%～45.0%;同时将分离株ORF 2～6基因的推导氨基酸序列与7个美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了该分离株ORF 2-6基因发生了变异.  相似文献