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1.
《中国动物传染病学报》2019,(5)
为了解当前山东省猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus, PRV)流行特点,本研究对2018年来自山东省不同地区的10份伪狂犬疑似病料进行PRV的分离鉴定,并对分离株的TK基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果表明,共分离到7株PRV,其TK基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为99.1%～99.8%和98.7%～99.4%,与参考毒株TK基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.8%～99.9%和97.2%～99.7%,而且7株分离株与国内报道的PRV变异株的核苷酸和氨基酸序列的同源性均高于欧美毒株。对TK基因的核苷酸序列分析发现,与欧美参考株相比,分离株和国内变异株在其碱基第644-645位由AC突变为GT,导致其氨基酸第215位由苏氨酸(T)突变为缬氨酸(V)。TK基因的遗传进化树分析结果表明,本研究中7株分离株分别与国内之前报道的JS-2012、He N1、TJ以及ZMD2012等变异株位于两个相对独立的分支上,亲缘关系较近,而都与NIA3、Becker等欧美毒株以及疫苗株Kaplan(Bartha-K61株)的遗传距离较远。结果表明,本研究所得7株分离株均应属于PRV变异毒株。 相似文献
2.
用RT-PCR法,以1株h5N1亚型禽流感病毒RNA为模板,扩增了NP全基因cDNA.将cDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行测序.测序结果表明所克隆的1542个核苷酸的片段包含了核蛋白完整阅读框架,其中编码区为1497个核苷酸,编码498个氨基酸.将其序列与6株A型流感病毒NP基因序列进行比较,各毒株之间NP基因核苷酸序列同源性为92.5%～95.9%,编码的氨基酸同源性为97.0%～98.4%.本研究通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系. 相似文献
3.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
4.
《中国兽医学报》2020,(5)
为了研究当前山西省猪伪狂犬病(PR)的流行特点及遗传变异情况,对山西分离的3株猪伪狂犬病病毒(PRV)分离株(SXQX株、SXTG株和SXYP株)的gE全基因进行了扩增、克隆和测序(已被GenBank收录)。并将gE全基因序列和推导出的氨基酸序列与不同国家和地区的主要流行株进行了遗传变异多样性分析。结果显示,3株PRV分离株的gE全基因序列之间核苷酸及推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%～100.0%和99.5%～100.%,与34株不同国家和地区的PRV参考株之间同源性分别为97.1%～100.0%和94.6%～100.0%,与欧美分离株的同源性分别为97.1%～97.6%和94.6%～95.7%,与2012年以来我国不同省份分离株的同源性分别为98.8%～100.0%和98.1%～100.0%,与2012年以前分离的经典毒株同源性分别为98.4%～99.7%和97.2%～99.3%。PRV gE全基因组序列的进化分析表明,3株PRV分离株属于亚洲基因群中2012年以来国内不同地区相继分离的PRV变异株群,而与2012年前分离的经典强毒株群亲缘关系较远,与欧美基因群亲缘关系最远。进一步进行核苷酸及氨基酸多序列比对分析发现,3株PRV分离株的gE基因均有一些位点发生了突变。本试验为近年来山西地区PRV的流行特点和PRV变异情况提供了依据。 相似文献
5.
为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。 相似文献
6.
参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP6基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1.4 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP6基因全长1320 bp,含有一个1194bp的开放阅读框,编码397个氨基酸。与国内外已知的11个毒株VP6基因的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,同源性分别为76.5%-95.6%和88.7%-99.2%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD毒株与轮状病毒JL94,CN86,OSU毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
7.
根据基因库中新城疫病毒M基因核苷酸序列,设计一对特异性引物,对2000年-2003年期间广西分离的11个NDV毒株的M基因进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定.结果表明,11个NDV广西分离株的M基因都为1 223个核苷酸,含有1个1 095 bp核苷酸阅读框(ORF),编码364个氨基酸.序列分析结果表明,这11个NDV分离株核苷酸的同源性在86%～99.9%之间,推导氨基酸的同源性在89.3%～99.7%之间;11个毒株与国内外其他7个NDV毒株比较核苷酸的同源性在83.3%～98.5%之间,推导氨基酸的同源性在87.4%～98.6%之间. 相似文献
8.
不同源性H5亚型禽流感病毒株HA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究对1株鹅源和一株鸽源的H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行扩增、克隆和序列分析。结果表明，所扩增的片段长均为1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸；该毒株有7个潜在糖基化位点；在HA裂解位点附近有6个碱性氨基酸序列插入。两毒株间核苷酸与氨基酸的同源性均为96．7％。该毒株与参考毒株的序列比较分析结果表明：核苷酸同源率分别为95．3％～99％；氨基酸同源率分别为95．1％～99.3％。 相似文献
9.
《中国兽医杂志》2020,(6)
为了分析2019年禽腺病毒(FAdV)遗传变异情况,通过PCR分段扩增、测序,获得11株FAdV Hexon基因序列。经分析发现,11株腺病毒Hexon基因高变区核苷酸序列同源性为66.1%～100.0%,推导编码的氨基酸序列同源性为56.5%～100.0%;与参考株核苷酸序列同源性为65.4%～100%,与参考株氨基酸序列同源性为56.5%～100.0%。其中9株序列基因长度均为738 nt,编码246个氨基酸;GX-1901001毒株序列基因长度均为750 nt,编码250个氨基酸;HB-1911039毒株序列基因长度均为756 nt,编码252个氨基酸。与目前流行株相比,本试验获得的11株腺病毒Hexon基因存在不同程度的变异或缺失,在进化树中已形成多个小分支。表明我国FAdV在流行过程中已出现变异。本试验结果为监测和分析我国FAdV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。 相似文献
10.
《动物医学进展》2016,(1)
探讨广西地区近期流行猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的变异规律,以及与国内外毒株的基因差异性,为制定有效的猪伪狂犬病防控措施提供科学依据。对广西不同地区流行的PRV gE基因进行克隆和序列测定,并与国内外PRV毒株的gE基因进行同源性比对分析,构建遗传进化树。广西地区流行的PRV与广东Fa株、湖北HD株的gE基因核苷酸的同源性与编码氨基酸序列同源性最高,分别为99.8%和99.7%;广西地区流行毒株间gE基因同源性达99.5%~99.8%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~99.7%,广西地区近期流行PRV毒株的变异不明显。4株PRV毒株与近年国内分离的毒株ZK、NY、QBA、HNXX、MZ1处于同一分支上,遗传关系较近;而与国内经典株Ea、GDSH遗传关系稍远,与国外分离株Yangsan、NiA3、Becker、Rice处于不同的遗传分支,保持较远的亲缘关系。4株PRV gE基因的48位点氨基酸和其中的GXNN1、GXBH1的496位点氨基酸增加1个天冬氨酸的插入,具有变异株的特征。广西地区流行的PRV毒株属于目前我国主要流行的变异株,其氨基酸的插入将对变异株的分子流行病学调查提供重要的参考。 相似文献
11.
12.
参照已发表的扩增伪狂犬病毒gI和gE部分基因的PCR方法,合成了一对引物,以PRV H株细胞毒为模板,扩增出一条约850 bp的片段,并进行克隆和测序。然后与GenBank上国内外其它毒株gE基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分析,构建了遗传进化关系图。结果表明,PRV H株与其他15株PRV核苷酸和氨基酸的同源性分别为 97.0%～99.2%和93.2%～98.5%,其中与SH株最近,分别为99.2% 和98.5%;进化树分析表明,该毒株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外毒株分属不同分支,说明分离的H毒株与目前国内流行的毒株一致。 相似文献
13.
为研究、防控广东地区猪流行性腹泻,首先通过RT-PCR法确定某猪场粪便样品中存在猪流行性腹泻病毒,随后利用Vero细胞进行盲传,最后经核酸类型鉴定、RT-PCR、病毒TCID50的测定、目的基因测序和序列分析等方法,确认分离到2株猪流行性腹泻病毒毒株,命名为PEDV GDKP-2013和PEDV GDKP2-2013,通过ORF3全基因核苷酸序列分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株与经典参考毒株的氨基酸序列一致性为 JX261936-CHGD-01,98.2%,98%;JQ039903-CH-GD-2011,98.6%,98.4%;AF353511-CV777,95.4%,95.1%;KC344845-STPED0810,95.1%,94.8%;EU054929-DR13,95.5%,95.2%;KF272920-USA-Colorado-2013,95.1%,94.8%,表明此2毒株与国内分离株的氨基酸同源性高,与韩国、泰国和美国分离株的氨基酸同源性要低一些,同时,与疫苗参考株的氨基酸同源性也相对较低;基因系统进化分析可知,GDKP-2013株与GDKP2-2013株主要处在Ⅰa分支,均与弱毒疫苗株（Ⅰb分支）相互之间遗传进化关系较远。 相似文献
14.
PRV LA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现 总被引：4，自引：2，他引：2
对猪伪狂犬病病毒鲁A株(PRVLA株)gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：在测序的l453bp的DNA序列中包括着1个l203bp的ORF(即gD基因)，它编码400个氨基酸组成的多肽；在整个gD基因的ORF内PRVLA株与PRV Ea株、Hulbei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因比较，核苷酸的同源性分别为98．3％、98．3％、98．0％、98．1％、98．6％，氨基酸的同源性分别为97．8％、97．8％、97．5％、98．1％、98．6％；发现PRVLA株gD基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因均在802～837nt处有1个C(A)GGCCC的重复高变区，其对应的是gD267～279位氨基酸残基Arg—Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得PRVgD的ORF在l194～l215nt间变化，gD前体的氨基酸残基为398～404个。 相似文献
15.
采用PCR方法对2011-2013年山西省分离的2株猪伪狂犬病病毒（pseudorabies virus, PRV）的胸苷激酶（TK）基因进行了克隆和测序,并将其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外主要流行毒株Bartha株、Becker株、Ea株、Kaplan株、LA株、Min-A株、NIA-3株、SH株、SL株和Yangsan株进行了同源性分析。序列分析结果表明,核苷酸同源性分别为99.7%、99.6%、99.8%、99.7%、99.7%、94.4%、99.1%、57.2%、99.5%、99.7%;氨基酸同源性分别为99.1%、99.1%、99.7%、99.4%、99.4%、90.3%、98.1%、49.7%、98.8%、99.1%。另外在核苷酸序列中起始密码子上游有3段GC box的序列,终止密码子下游有多聚腺苷加尾信号AATAAA;TK基因均由320个氨基酸组成,氨基酸序列中有疱疹病毒TK基因共同的保守序列-R*Y*DG**G*GK*T-和-FDRHP*A***C*P*AR-。 相似文献
16.
为掌握天津地区猪伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）的流行及遗传变异情况,本研究对2015－2020年天津地区分离的20个分离株的gB、gC和gE基因进行扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。相似性分析结果显示,分离株与2012年后中国变异株相比,3种基因核苷酸及编码氨基酸序列相似性分别为：gB基因均为99.9%~100%;gC基因为99.7%~100%和99.4%~100%;gE基因为99.7%~100%和99.6%~100%。遗传进化和序列比对分析结果显示,依据gB、gC、gE基因绘制遗传进化树均可将PRV毒株分为GⅠ型和GⅡ型,天津分离株属于GⅡ型;其中19个分离株与PRV变异株遗传关系较近,属于同一亚分支,并存在相同的氨基酸变异位点;另外1个分离株（TJBD6株）gB和gE基因与PRV变异株遗传关系较近,氨基酸变异位置与PRV变异株一致,但其gC基因与经典株Ea株遗传关系较近,且核苷酸和氨基酸序列相似性为100%。上述结果表明,2015年以来天津地区流行的PRV毒株存在经典株和变异株2种类型,其中变异株为主要流行株。本次研究初步调查了天津地区PRV分子流行特征,可为猪伪狂犬病防控提供依据。 相似文献
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根据GenBank已发表的猪轮状病毒VP7基因保守序列,设计特异性引物扩增猪轮状病毒L1株VP 7全基因序列并进行序列测定及分析。结果显示, L1株猪轮状病毒VP 7基因全长为1062 bp,包含一个982 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸,与G5型参考毒株核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为88．8％～93．7％和93．3％～94．2％,系统进化树分析结果亦显示L1株与G5型参考毒株处于同一个群,由此确定L1株为G5型。与我国近几年流行的G9型毒株NMTL进行抗原表位分析结果显示,两个毒株在 aa25～aa29、aa86～aa102、aa142～aa152、aa211～aa226、aa263～aa286等区域存在明显差异,可能对其免疫保护性存在一定的影响。 相似文献
19.
伪狂犬病病毒Ea株UL31基因克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达 总被引：2，自引：0，他引：2
以伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA为模板,通过PCR扩增含UL31基因的1 000bp片段,扩增产物克隆于pMD18-T中,双脱氧末端终止法序列测定.通过OM1GA2.0软件包分析发现,Ea株UL31基因编码271个氨基酸,蛋白质分子量为30.38 kD,与Ka株UL31基因核苷酸与氨基酸序列同源性均在98%以上.将α-疱疹病毒亚科9个不同成员UL31同源基因编码的氨基酸序列进行多重比对分析,发现4个保守的功能性结构域.将该片段插入原核表达载体pGEX-KG中GST下游,构建的原核表达质粒pGEX-UL31在大肠杆菌BL32(DE3)中获得了高效表达,SDS-PAGE结果显示,表达的融合蛋白质分子量为56 kD. 相似文献
20.
伪狂犬病病毒上海株gE和gI基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
参考Genebank发表的伪犬病病毒（Pseudorabies Virus,PRV）的gI和gE基因序列，自行设计并合成了两对引物，对PRV上海株（PRV－SH）进行PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，均呈现一条约960bp和1740bp的条带，将其克隆入pGEM-T-easy载体中，进行了序旬测定，将PRV－SH株的gI基因与Rice株gI基因比较发现,核苷酸的同源性为94.7%，氨基酸的同源性为91.3%，证实为gI基因，将PRV－SH gE基因序列与Ea株、Ruce株gE基因序列进行比较，结果显示，该序列与PRV Ea株、Rice株gE基因的同源性分别为98.5%、97.5%；的氨基酸序列与Ea株，Rice株和I型单纯疱疹病毒（HSV－1）17株gE的同源性分别为97.2%、94.8%和15.6%。 相似文献