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采用生化手段对皮氏蛾螺肌肉中营养成分进行检测与分析。结果表明:皮氏蛾螺肌肉中水分含量为75.78%,蛋白质含量为15.70%,脂肪含量为0.50%,灰分含量为1.50%。皮氏嫂螺肌肉氨基酸总含量为58.21 g/100 g,共检测出17种氨基酸:半胱氨酸(Cys)含量最高,含量为11.35 g/100 g,其次是精氨酸(Arg)、天冬氨酸(Asp)和甘氨酸(Gly),组氨酸(His)含量最低,含量为0.39 g/100 g。共检测到6种呈味氨基酸,分别为天冬氨酸(Asp)、丝氨酸(Ser)、谷氮酸(Glu)、甘氨酸(Gly)、丙氨酸(Ala)及脯氨酸(Pro)。呈味氨基酸(DAA)总量为23.07 g/100 g。共检测出25种脂肪酸,其中包括9种饱和脂肪酸(SFA),16种不饱和脂肪酸(UFA)。在所有脂肪酸中,二十碳五烯酸EPA(C20:5i3)含量最高,达19.75%;而十五碳一烯酸(C15:1)含量最低,仅0.26%。 相似文献
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鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。 相似文献
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5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性 总被引：3，自引：0，他引：3
为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442~661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648~661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。 相似文献
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为明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记,并剖析其系统发育信息,从而为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据,测定了鲳属5种鱼类(中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P.cinereus、银鲳P.argenteus、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus)的线粒体全基因组序列,并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示:1)鲳属线粒体基因组全序列长度在16551 bp到18062 bp之间,其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致;比较特别的是,银鲳和镰鲳具有两个tRNA;结构,珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2)银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构,灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3)ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开,可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4)东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种,灰鲳可能为翎鲳的同物异名。 相似文献
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本文采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法构建并获得玻璃缺鳍鲶Kryptopterus vitreolus线粒体基因组全序列,分析其全序列特征和结构,为鲇形目鱼类的系统进化研究提供基础数据。结果表明,玻璃缺鳍鲶线粒体基因组全长16 662bp,碱基组成具有高AT含量的偏向性,结构组成和排列顺序和其他硬骨鱼基本一致,包括13个蛋白质编码基因、22个t RNA、2个r RNA和1个D-loop区。全基因组中除COX1以GTG为起始密码子外,其余12个编码蛋白的基因都以ATG开头。7个编码蛋白基因(ND1、Cox1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6)以TAA终止,其余6个编码蛋白的基因没有完整的终止密码子。对玻璃缺鳍鲶线粒体基因组D-loop区的终止序列区、中央保守区和保守序列区的结构分析,识别5个保守序列(CSB-1、CSB-2、CSB-3、CSB-D和CSB-E)和一个潜在的终止序列E-TAS。利用玻璃缺鳍鲶分别与其他4种鱼的线粒体基因组全序列及13个编码蛋白基因的核苷酸序列进行比对分析。结果表明,玻璃缺鳍鲶与南方鲇Silurus meridionalis同源性最高,5种鱼线粒体基因组中COX1基因相对最保守,相似度为78.98%~92.78%。基于5个科12种鱼与2个外群物种的线粒体控制区(D-loop区)的核酸序列构建的系统进化树表明:玻璃缺鳍鲶独自一支且与鲇Silurus asotus和南方鲇亲缘关系最近。 相似文献
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头足纲线粒体基因组结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306 bp,基因组编码链的A+T含量为59.58％～78.12％,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致. 相似文献
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采用PCR方法从剑尾鱼(Xiphophorus helleri)线粒体基因组中扩增到1段约15．5kb的片段，测定了其中627个碱基的序列。经测序分析表明，该扩增片段包括486bp的D—环的部分序列以及D—环5端的tRNA^trh和tRNA^pro基因的完整序列。其中486bpD环序列包含3段保守的终止相关序列TAS、与TAS互补的序列以及类似其他鱼类线粒体CSB序列。tRNA^trh由线粒体DNA的H链编码，长度为72bp。tRNA^pro由线粒体DNA的L链编码，长度为69bp。并绘制了这2种tRNA的二级结构图。本研究所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库，序号为AF489918。 相似文献
8.
中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对... 相似文献
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本研究通过高通量测序技术对引入养殖的俄罗斯红参(Apostichopus japonicus)线粒体全基因组进行随机测序并分析,结果显示,俄罗斯红参线粒体基因组全长为16111 bp,共含有37个基因,包括22个tRNA、2个rRNA (l-rRNA和s-rRNA)和13个蛋白编码基因。全序列共存在24处基因间隔和5处基因重叠区。蛋白编码基因与全序列的碱基使用均表现出A、T偏倚。13个蛋白编码基因的密码子完整,除ND1以GTG为起始密码子外,其他均以ATN为起始密码子;终止密码子都是完整密码子,除ND2与ND4的终止密码子分别为TTG与TAG外,其他终止密码子以TAA为主;氨基酸频率最高为丝氨酸Ser(S),其次为亮氨酸Leu(L)。22个tRNA长度范围为66~72 bp,2个基因存在重复,且21个基因能预测其三叶草结构。l-rRNA与s-rRNA的长度与位置不同,对碱基的使用相似。蛋白编码基因的基因排列与海参纲(Holothuroidea)、海胆纲(Echinoidea)排列顺序相同,并与海星纲(Asteroidea)及蛇尾纲(Ophiuroidea)共享基因模块。BLAST分析表明,俄罗斯红参与仿刺参(Apostichopus japonicus)同源性最高。不同海参遗传距离分析发现,俄罗斯红参与3个海域仿刺参最为接近。基于最大似然法分别根据氨基酸与核苷酸序列构建的系统发生树显示,基于核苷酸序列的建树结果更符合亲缘关系较近的海参种类间的分析。引入养殖俄罗斯红参线粒体全序列结构与分析可为后续俄罗斯红参的遗传研究及种质应用提供支持。 相似文献
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以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 4个序列在我国几种牡蛎的种类鉴别及相关研究的应用潜力 相似文献
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珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究 总被引：6，自引：3，他引：6
对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600bp左右,测序结果表明,ITS2长211～254bp,两端的5.8S和28S分别长84bp和272bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。 相似文献
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基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系 总被引：2，自引：0，他引：2
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种贝类的相关序列进行比对,ITS1的比对长度包括501个位点,其中有364个变异位点和99个简约信息位点;ITS2的比对长度包括381个位点,其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)为外群,采用邻接法(NJ)分析6种贝类的系统发生关系,贝类明显聚合为3个类群:类群Ⅰ包括三角帆蚌(H.culingii)和背瘤丽蚌(L.leai),类群Ⅱ包括扭蚌(A.lanceolata)和圆顶珠蚌(U.douglasiae),类群Ⅲ由背角无齿蚌(A.woodiana woodiana)和褶纹冠蚌(C.plicata)组成。 相似文献
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ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。 相似文献
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罗非鱼种间,尤其是尼罗罗非鱼与杂种尼奥罗非鱼之间,很难区分。本文对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和杂交种尼奥罗非鱼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和红罗非鱼的核糖体DNA内部转录间隔子1（ITS1）序列及其两侧的18S和5．8s部分序列特征进行分析,以筛选种间鉴别标记。PCR扩增产物大小约700bp,测序结果表明,（去除引物后）18S长146bp,5．8S长66bp,不同种类之间无差异;ITS1长383-483bp,因种类不同而异,其GC含量大于AT含量,达到67．1％。序列比对分析结果表明,18S和5．8s片段高度保守,但各有3个变异位点可以把上述几个种和杂种相互区分开;18S序列上有一个UnbI限制性酶切位点,可作为尼罗和尼奥罗非鱼的鉴别标记。ITS1序列种间变异大,系统发育分析表明,所研究的5个种聚成2个类群,尼罗与尼奥罗非鱼为一组,莫桑比克-红罗非鱼-奥利亚罗非鱼为另一组。组内种间遗传距离较小,尼罗和尼奥罗非鱼的种间遗传距离为0．006;莫桑比克、奥利亚和红罗非鱼的种间遗传距离在0．007-0．009之间;两组罗非鱼之间的遗传距离较大,在0．030-0．035之间,表明罗非鱼ITS1序列多态性较高,适合于种类区分。结合部分18S和5．8S序列,细胞核rDNA具有鉴别罗非鱼及其杂种的潜力。 相似文献
15.
Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献
16.
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1 208~1 219 bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160 bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区（包括ITS1和ITS2）序列都存在一定差异,序列同源性在95.82％~99.73％之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7％~95.0％之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。 相似文献
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Shaheed Reza Satoshi Furukawa Toshitaka Mochizuki Hisashi Matsumura Shugo Watabe 《Fisheries Science》2008,74(4):743-754
Abstract: Sequence analyses of mitochondrial (mt) and nuclear genes were performed for genetic comparison between two Takifugu pufferfish species: torafugu T. rubripes and karasu T. chinensis . With a sequence coverage of 20% in mtDNA, 640, 308, 344, 522 and 697 bp encoding mt 16S ribosomal RNA (rRNA), adenosine triphosphatase 6 ( ATPase 6 ), nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase subunit 4 ( ND4 ), ND5 and cytochrome b (cyt b ), respectively, among 24 wild torafugu, 24 wild karasu and six hybrid-like samples, 15% of the torafugu identified by external color patterns showed nucleotide sequences consistent with karasu. Meanwhile, sequences of 60% karasu were consistent with those registered for torafugu (AJ421455). As for the hybrid-like samples, two possessed karasu-specific sequences in some base positions while torafugu-specific sequences in others. The remaining hybrid-like samples possessed torafugu-specific sequences. On the other hand, the mt control region did not show such type of consistency. Analysis of nuclear melanocortin receptor genes ( MC1R , MC4R ) among 54 samples showed 99–100% inter- and intraspecific sequence identity. Partial nuclear 18S rRNA, complete internal transcribed spacer 1 ( ITS1 ), partial 5.8S rRNA and ITS2 genes showed similar levels of identity, indicating a very low level of variation in their respective gene fragments between the two Takifugu species. 相似文献