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1.
ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。 相似文献
2.
核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18S,5.8S,28S)和两个间隔区ITS1(internal transcribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2)。目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道。为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)5科11种鱼类5个片段的核糖体基因进行研究,包括尖吻鲈科(Latidae)、射水鱼科(Toxotidae)、军曹鱼科(Rachycentridae)、剑鱼科(Xiphiidae)、鲹科(Carangidae)。获得了1651个单克隆序列,通过分析并比较已有的其他硬骨鱼序列片段的GC含量变化特征,结果发现:本研究鱼类的18S的GC含量为52.6%~57.1%(平均54.6%),5.8S为55.6%~58.9%(平均57.4%),28S为64.2%~65.8%(平均64.6%),ITS1为56.5%~73.0%(平均65.0%),ITS2为62.3%~77.5%(平均69.1%)。编码区的GC含量相对较保守,变异范围较小,18S和5.8S变化范围明显小于间隔区,28S则位于间隔区的最低值和最高值之间。因此,我们发现硬骨鱼核糖体ITS高于60%的GC含量是该类群的一个特征,并且高GC含量的ITS1和ITS2序列中不存在明显的高GC富集区,其含量高低的变化与序列长度也没有相关性。本研究11种鱼类的ITS1和ITS2的GC含量在种内的相似性既有大于也有小于种间相同片段的相似性,因此GC平衡现象只存在部分种类中。本研究结果可为鱼类核糖体基因序列特征的进一步研究及利用提供科学依据。 相似文献
3.
5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较 总被引：1，自引：1，他引：0
核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长的为眼斑豹鳎(585 bp)。碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势:CGAT,且GC含量为69.5%,远高于AT含量。聚类分析显示除眼斑豹鳎外,所有鳎类均单独聚为一支,种类区分度非常明显,表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记。但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支,这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰,因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量,避免因数据不充分而得到不正确的结论。 相似文献
4.
亚口鱼科鱼类分子系统学研究 总被引：4，自引：0，他引：4
用PCR方法得到了亚口鱼科7个代表属种核DNA 18S-ITS1-5.8S部分序列。以中国胭脂鱼为中心,比较了18S-ITS1-5.8S部分序列变异情况,并以此序列为分子标记,进行了亚口鱼科鱼类系统关系研究。中国胭脂鱼与大口胭脂鱼成对遗传距离为12.3%,与短鼻胭脂鱼成对遗传距离为22.0%。大口胭脂鱼与中国胭脂鱼的ITS1区域长度明显比其它5种鱼大,分别为289、285bp。 相似文献
5.
鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议，本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基，结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列，并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群，生成供系统发育分析的序列矩阵，利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等，应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科）阶元的分类系统；（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元；（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近，16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异，未达到分属水平，应同属于副叶鲹属的两个不同种，并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。 相似文献
6.
为了验证 DNA 条形码在鲹科(Carangidae)鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性, 本研究自测 6 属 7 种 17 条序列, 同时筛选了 BOLD 数据库中的有效序列, 共获得 25 属 95 种 273 条鲹科鱼类 DNA 条形码序列, 通过 BLAST 比对、遗传距离和系统关系树, 构建了鲹科鱼类的 DNA 条形码分类系统。结果表明: (1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为 0.186、0.169、0.090 和 0.008, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 21 倍, 可见 DNA 条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定; (2)运用 DNA 条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种, 表明 DNA 条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性, 可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正; (3)鲹科鱼类 DNA 条形码分析表明, BOLD 数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象, 建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性; (4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解, 即拟鲳鲹 (Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近, 支持将二者均归为鲳鲹亚科(Trachinotinae)。本研究旨在为丰富鲹科鱼类 DNA 条形码数据, 完善鲹科 DNA 条形码分类系统, 并为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供分子证据。 相似文献
7.
比较分析了分子标记核DNA ITS1序列和Cyt b基因序列在凤鲚遗传多样性分析和凤鲚与其他鲚属鱼类（以刀鲚为例）间亲缘关系研究中的特征。研究发现凤鲚其 ITS1序列的 GC 含量（71．19％）显著高于Cyt b基因序列（42．96％）,ITS1序列的单倍型多样性（0．900）和核苷酸多样性（0．00997±0．01116）也显著高于Cyt b基因序列（0．400/0．000369±0．000469）。基于ITS1序列所得的凤鲚与刀鲚间的MCL和K2P遗传距离可明确区两种鲚属鱼类,与Cyt b基因序列的结果相一致。通过ML和UPGMA系统树的构建发现,凤鲚和刀鲚分别形成独立的分支。本研究显示ITS1序列与Cyt b基因序列所得结果一致性较好,可考虑将ITS1序列作为凤鲚的遗传多样性分析及其与其他鲚属鱼类间亲缘关系研究中有效的分子标记。 相似文献
8.
对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾3个野生群体共计62个个体的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,对序列特点进行分析,并结合GenBank数据库中已有的长臂虾亚科ITS1同源序列虾类进行系统分析。结果显示,脊尾白虾的ITS1序列具有长度多态性,其长度为345~384 bp,62条序列GC的平均含量显著高于AT含量;共检测到79个变异位点,39种单倍型,多态位点比例为21.7%;海洲湾群体遗传多样性指数最高,象山湾群体次之,莱州湾群体最低。在脊尾白虾ITS1序列中发现微卫星序列共有8处,重复序列类型为(GC)n、(AG)n、(GGC)n、(GGA)n、(AT)n、(GA)n,以(GA)n类型最多。AMOVA分析结果显示3个群体间的遗传分化较弱或只有中度分化。另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,探讨长臂虾亚科几个种的系统进化关系,系统树显示同种的不同个体、同属的不同种聚在一起,与形态学的分类吻合。 相似文献
9.
10.
采用同源克隆和末端快速扩增（RACE）方法,得到1330bp的军曹鱼（Rachycentroncanadum）MHC-Ⅰα全长cDNA片段。该序列包括76bp的5’末端非编码区（UTR）,189bp的3’UTR及1065bp的开放阅读框（ORF）,编码354个氨基酸,预测其蛋白质分子量约40．10kDa,等电点5．70。构建MHC-Ⅰα氨基酸序列的系统进化树并进行氨基酸相似性比对,结果表明,军曹鱼和已知鱼类及人类（Homosapiens）MHC-Ⅰα氨基酸的同源性在27．9％～67．1％之间。所推测的蛋白序列具有一些重要特征,包括前导肽、α1、α2、α3区、CP／TM／CYT区和保守的半胱氨酸等。Real—timePCR检测结果显示,MHC-Ⅰα基因在各个正常军曹鱼组织中均表达,但表达量各有不同,其中较强的表达于头肾;中等程度表达于鳃、脾和肠;在心、脑和肌肉中表达较弱。 相似文献
11.
Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献
12.
Changsheng Chen Chaotian Xie Dehua Ji Yan Liang Lingmin Zhao 《Aquaculture International》2010,18(6):1045-1060
To select a reliable and sensitive method for discriminating strains of Porphyra haitanensis, the nucleotide sequence of the internal transcribed spacer 1 to internal transcribed spacer 2 regions (ITS-5.8S) of nuclear
ribosomal DNA and the intergenic spacer region of RUBISCO were compared in five wild and five cultivated Porphyra haitanensis strains. Based on molecular analyses, sequences of ITS-5.8S (about 1,210 bp) could be divided into three regions: ITS1, 5.8S,
and ITS2. The ITS1 and ITS2 sequences of each strain differed, even between individuals collected from the same site. In contrast,
5.8S rDNA and RUBISCO spacer sequences were identical among the ten P. haitanensis strains, although differences were found among different Porphyra species. Phylogenetic analysis also supported these conclusions. These sequence features of highly conserved regions and
diversified regions that occurred repeatedly in ITS-5.8S could be useful in discriminating germplasm of P. haitanensis strains or Porphyra species. In contrast, the RUBISCO spacer is only suitable for identifying Porphyra species. New coupled primers were designed to amplify only the 5.8S rDNA and ITS2 region of Porphyra. The sequences of these amplified fragments can be readily used to identify germplasm or to perform phylogenetic analysis
of Porphyra spp. 相似文献
13.
ABSTRACT: Four species of Chattonella , which are well known to form red tides that are lethal to fish, were subjected to phylogenetic analysis on the basis of the ribosomal RNA genes (rDNA), 5.8S rDNA, 18S rDNA, 28S rDNA, and the flanking internal transcribed spacers 1 and 2 (ITS1 and ITS2). The 18S rDNA sequences of C. antiqua , C. marina , and C. ovata isolated from different regions in Japan were compared. They were found to be identical with each other in a sequence 1818 bp long. The sequences of the D1/D2 region in the 28S rDNA, 5.8S rDNA, and ITS region that are known to be more variable regions were also found to be identical. These homogeneities of the rRNA gene family revealed the extremely close relatedness of C. antiqua , C. marina , and C. ovata . The sequences of C. verruculosa were different from those of these three species , resulting in an 89.2% homology in the 18S rDNA sequences, 70.4% homology in the D1/D2 region in the 28S rDNA sequences, and an 81.5% homology in 5.8S rDNA sequences and the ITS regions. Chattonella verruculosa was grouped within a single cluster composed of Dictyochophyceae rather than the other species of Raphidophyceae. 相似文献
14.
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1 208~1 219 bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160 bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区（包括ITS1和ITS2）序列都存在一定差异,序列同源性在95.82％~99.73％之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7％~95.0％之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。 相似文献
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鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。 相似文献
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裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局, 在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆。线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 I(CO I)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码, 分析 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 作为分子标记的有效性, 可以加深理解和认识前人用这些数据所做的研究工作, 也为今后更合理地使用这些数据提供参考依据。本研究对 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因的分子标记有效性进行分析评估, 通过同源性比对、参考序列间遗传分歧的估算和系统发育关系重建等方法, 判断 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因序列的同源性、序列所属鱼种鉴定的准确性, 以及序列信息对系统发育关系的解析力。通过对下载的 1431 条序列进行多重比对发现, 有 3 条序列与其他序列存在显著差异, 同源性存疑, 数据信息经 BLAST 相似性搜索和核查确认为, 以 CO I 基因的互补链形式提交的序列, 比对前应先进行互补链转换。全部序列的比对结果显示, GenBank 数据库中裂腹鱼类的 CO I 基因片段序列均为该基因近 5?端至中部的序列。权衡序列的数量和长度后, 舍弃较短的 35 条序列, 保留长度为 527 bp 的 1396 条序列进行分析, 结果共定义了 228 个单倍型, 在有多条序列的鱼种中, 普遍存在种内共享单倍型, 还有 41 个单倍型为种间共享。裂腹鱼类 CO I 单倍型的平均 p-距离为 9.5%, 与鱼类的属级水平相当, 原始、 特化和高度特化类群各自的平均 p-距离值更低, 体现近期辐射演化的特征, 可能与它们随着青藏高原演化成种的历史较短有关。GenBank 中一些裂腹鱼类 CO I 基因序列的鱼种鉴定存在错误, 在使用时应先与参考序列对比, 或从系统发育分析的角度做出判断。总体来看, CO I 基因序列能够有力解析裂腹鱼类各演化等级裂腹鱼类之间的亲缘关系, 可用于分类和演化的初步分析。结合形态学、生态学、线粒体和核基因的多样性及系统发育关系等进行综合分析, 将有助于更准确地界定裂腹鱼种类, 同时也为深入探讨杂交和成种过程等问题奠定基础。 相似文献