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1.
《中国兽医杂志》2020,(3)
为了解广西猪群猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以PCV3阳性DNA为模板,利用PCR的方法分2段扩增PCV3全基因序列并进行拼接,获得10株PCV3全基因组序列,全长均为2 000 bp。10株广西PCV3全基因组序列之间的核苷酸同源性为98.6%～99.8%。与国内其他毒株的同源性为97.9%～99.8%;与国外其他毒株的同源性为98.8%～99.7%。10株广西PCV3 Cap基因的大小均为645 bp,编码214 aa。PCV3 Cap基因比较保守,10株广西PCV3 Cap基因与参考株相比,仅存在散在的突变位点。基于PCV3全基因和Cap基因构建的遗传进化树显示,两者结果基本相同,10株广西PCV3处于3a和3b两个亚群。本试验表明,广西地区猪群中流行的PCV3至少存在2个亚群,不同亚群PCV3毒株的致病性差异还有待进一步的研究。 相似文献
2.
华南地区猪圆环病毒3型感染的分子流行病学调查与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus 3,PCV3)在我国华南地区的感染情况,从2016年12月到2017年12月期间,从广东、广西、海南、福建、江西和湖南的177家规模化猪场采集1 078份病料,利用PCR技术检测PCV3的流行情况,并对PCV3阳性病料进行全基因组测序分析。结果显示:样品阳性率为29.04%(313/1 078),猪场阳性率为44.63%(79/177);从病料中测得的10株PCV3毒株全基因组核苷酸序列相似性为98.8%~100%,与国内外其他毒株的同源性在98.2%~100%之间;全基因组遗传进化分析显示PCV3遗传进化可以分为PCV3a和PCV3b,其中毒株CHN/HUNAN、CHN/GD-SH和CHN/GD-ZQ属于以美国毒株US/MO2016为代表的PCV3a分支,其余7个毒株属于PCV3b分支。结果表明:PCV3广泛存在于华南地区的猪群中,其基因组在不断进化,对PCV3的流行与致病机理有待进一步研究。 相似文献
3.
旨在分析猪流产胎儿中猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的感染及其遗传进化情况。对2015—2017年采集的湖南省680份猪流产胎儿病料样品进行PCV3检测、扩增和测序,并利用生物信息学软件对获得的序列进行遗传进化分析。结果显示,猪流产胎儿样品中PCV3阳性率为24.4%(166/680),其中,2015—2017年阳性率分别为18.2%(26/143)、22.7%(54/238)和28.8%(86/299)。从PCV3阳性样本中获得了1株PCV3基因组全长序列,命名为PCV3/CN/Hunan-57(GenBank序列登录号为MZ934695),与国内外毒株基因组序列相比,相似性为97.8%~99.2%;获得了5株PCV3 ORF2基因序列,它们的核苷酸和氨基酸相似性为97.5%~98.3%和96.7%~99.7%,与国内外参考毒株ORF2基因序列相比,其核苷酸和氨基酸相似性为96.3%~99.2%和96.8%~100%。基于ORF2基因序列构建遗传进化树和进行多重序列比对,发现获得的PCV3阳性序列分别属于PCV3a(1株)和PCV3c(4株),并鉴定出T100A、G113S和A184S突变位点。综上表明,猪流产胎儿中PCV3感染率较高,且存在不同类型的PCV3毒株感染,为后续深入研究PCV3遗传变异及其相关致病性提供了重要参考信息。 相似文献
4.
《畜牧与兽医》2014,(9):90-93
应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。 相似文献
5.
两株死胎源猪圆环病毒Ⅱ型的分离与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
将两猪场Ⅱ型猪圆环病毒(PCV2)核酸阳性的流产死胎病料,接种猪肾传代细胞PK15,成功分离到2株PCV2。利用1对PCV2特异性引物,成功扩增出这2株PCV2长约1700bp的全基因组序列,并与其他PCV2毒株序列进行相似性比较。结果表明:2个分离株全基因组长度均为1767bp,核苷酸序列相似性为99.9%;ORF2基因核苷酸相似性为99.85%,所编码的衣壳蛋白氨基酸序列相似性为100%;2个分离株与SD-3等国内分离株核苷酸序列的相似性较高,最高可达99.9%。 相似文献
6.
对广东省不同地区新生仔猪先天性震颤猪群中PCV3的流行病学情况进行调查。采集的病料样品,通过常规PCR进行PCV3检测与全基因扩增,分析其全基因的遗传进化关系。将获得的16株PCV3毒株核酸序列与其他环状病毒参考毒株对全基因组和Cap基因进行遗传变异分析,结果显示,新生仔猪的先天性震颤猪群中PCV3样本总阳性率高达58.2%。16株PCV3毒株之间全基因核苷酸序列同源性为99.5%~100%,与美洲代表毒株PCV3-US/MO2015全基因核苷酸序列同源性在98.8%~99.1%之间;16株PCV3毒株之间Cap基因的核苷酸序列同源性为99.7%~100%,与国内外参考毒株的核苷酸同源性为99.1%~100%。遗传进化分析显示,16株PCV3毒株都属于PCV3a分支。PCV3在我国广东省新生仔猪先天性震颤猪群中广泛存在。 相似文献
7.
为了解我国猪圆环病毒2型(PCV2)的流行态势和毒株的基因变异情况,从北京、江苏、湖北等地疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS)患病死亡猪中采集肺脏、脾脏和淋巴结等组织,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到6株猪圆环病毒2型毒株,分别命名为B07、B12、HB、LHW、LPC和NJ。对其全基因组进行克隆和序列分析的结果显示,LPC基因组全长为1766 bp,其余均为1767 bp;6个毒株序列之间同源性高达96.0%~99.9%,6个毒株与参考毒株序列的同源性为94.4%~99.8%。PCV2全基因组的进化分析结果表明,B12、HB、LHW、LPC和NJ为PCV2b亚型,B07为PCV2d亚型,从而证实PCV2b亚型毒株成为我国猪群中分离率较高的流行毒株,并且我国猪群存在PCV2d亚型毒株。 相似文献
8.
北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行检测和测序。根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物,从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段,克隆到pMD19-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列,利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果:北京地区PCV3感染率为30.1%(22/73),PCV3全基因组长2 000bp,GenBank序列登录号为MG546667,将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016。其基因组有3个开放阅读框(ORF),其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(replication-associated protein,Rep)和衣壳蛋白(capsid protein,Cap)同源。PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6%~99.3%,Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015(KX778720)的相似性最高(为100%),与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016(MF589105)相似性最低(为95%),有16个氨基酸变异,全部集中在5-23位氨基酸。Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164(KX458235)的相似性为100%,与其他毒株均有1~4个氨基酸发生变异,其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100aa。以上试验结果表明,成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析,这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。 相似文献
9.
为研究广西地区牛源PCV2流行毒株基因组特性和遗传进化情况,运用PCR技术对广西地区采集的210份牛血清进行检测,结果其中35份样品为PCV2阳性。将3份阳性样品进行全基因组克隆与序列分析,分别命名为PCV2/GX-B2(1 769 nt)、PCV2/GX-B131(1 768 nt)、PCV2/GX-B132(1 767 nt)。同源性显示与猪DK1980PMWS-free株同源性最低(94%),与牛源的Buffalo2株同源性最高(98.6%)。遗传进化分析,3株牛源PCV2毒株均属于PCV2d基因型。本研究报道了PCV2在我国广西地区牛群中的感染情况,并发现广西地区牛群中PCV2的主要流行基因亚型为PCV2d。 相似文献
10.
为了解进口美国种猪中获取的猪圆环病毒3型(PCV3)毒株全基因组序列及遗传变异情况,根据GenBank中收录的PCV3基因组序列,设计2对特异性引物,对确诊感染PCV3的病死猪组织进行全基因组序列扩增、拼接、测序和序列分析。结果显示,获得的PCV3美国毒株(命名为PCV3_USA2021,GenBank登录号OL799306)全基因组序列长度约为2000 bp,与国内外不同地区的38个PCV3参考毒株同源性为98.7%~99.8%。其中,PCV3_USA2021株开放阅读框ORF1和ORF2与国内外38个参考毒株同源性分别为99.1%~99.9%和98.0%~100%。构建的全基因组系统进化树显示,该毒株为PCV3a亚型,与美国毒株(PCV3-US_SD2016)亲缘关系最近。本研究为PCV3的遗传变异、流行病学分析提供了参考,也为相关疫苗的研制打下了基础。 相似文献
11.
为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。 相似文献
12.
为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的来源及与其他地区毒株的关系,从湖南省疑患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMW S)猪群中分离PCV2毒株1株(PCVHunan),提取病毒DNA,进行PCR扩增,扩增产物经克隆与酶切鉴定,获得1.7 kb片段的阳性重组质粒,对其进行全基因组测序分析,与Genbank中已知全基因组序列进行同源性比较。结果,该序列与国内外毒株核苷酸同源性为93.0%~97.7%,其中与美国株(AR145609)及澳大利亚株(AY424405)同源性最高,为97.7%。2个主要阅读框(ORF1与ORF2)氨基酸序列与国内外毒株同源性分别为98.4%~99.4%和88.0%~95.7%。 相似文献
13.
根据GenBank中已发表PCV2全基因序列,设计1对特异性引物,建立扩增PCV2全基因的PCR方法。用该方法从山东、河北、安徽、甘肃4个省份的4份PMWS患病猪的阳性病料和山东德州、南京、北京、甘肃、甘肃泉州和白银5个屠宰场的7份健康猪阳性样品中直接扩增出11个PCV2全基因片段。将扩增片段克隆于pMD18-T载体,并通过双酶切的方法筛选获得了11个阳性重组质粒,分别命名为SDPCV、HBPCV、AHPCV、GSPCV、DZPCV1、DZPCV2、DZPCV3、NJPCV、BJPCV、BYPCV和QZPCV。测序结果分析表明,除了BJPCV和GSPCV2株PCV2基因组全长为1768bp外,其余9株基因组全长均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件,对测定的11个PCV2序列与GenBank中登录的10个不同地区的代表毒株进行同源性比较,发现健康猪群感染毒株的全基因组序列和ORF2及其氨基酸序列同源性比患病猪群略高,ORF1、ORF3及其相应氨基酸序列同源性在2类猪群中则没有明显差异。系统发生进化树显示,DZPCV3与其他10株PCV2亲缘关系较远,但与山东分离株AY556473亲缘关系接近,共同构成一个独立分支;其余10株PCV2之间关系密切,都分布于一个独立的小分支中,并与法国分离株亲缘关系接近。患病猪群和健康猪群感染的PCV2在基因进化树上交错分布,表明2类猪群感染的PCV2在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异。 相似文献
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为了解湖南猪群猪圆环病毒1型（PCV1）的遗传变异情况,以PCV1阳性DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV1全基因序列并进行拼接。结果共获得5个PCV1全基因组,其中3株全基因大小为1 759 bp,另外2株分别为1 758 bp和1 760 bp。5株全基因组同源性为98.4%~99.7%,与国内外的PCV1全基因组同源性为98.1%~99.7%;ORF2序列同源性为97.6%~99.6%,与国内外的PCV1 ORF2同源性为96.1%~99.9%。系统发育树显示,5株PCV1均属于同一分支,并显示出一定的地理差异,但差异较小。结果表明,湖南省流行的PCV1毒株基因较为稳定,分离株间差异较小。本研究为湖南省猪圆环病毒病防控及相关研究奠定了基础。 相似文献
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《中国兽医学报》2018,(12)
疫苗免疫是防控猪圆环病毒2型(PCV2)感染的重要措施,但在疫苗免疫猪场也存在PCV2感染的情况,为了探究免疫猪场出现病毒感染的可能原因,本研究对7个规模化疫苗免疫猪场和2个非疫苗免疫猪场共计262份血清样品进行PCV2抗体和病毒检测,分析比较疫苗免疫猪场和非免疫猪场PCV2分离株的全基因组序列,从基因差异方面探讨免疫猪场发生PCV2感染的可能机制。结果显示,免疫猪的平均血清抗体阳性率为65.17%(116/178),最高为88.89%(24/27),最低为26.67%(8/30),说明不同猪场存在较大差异;非免疫猪的平均抗体阳性率为15.48%(13/84),猪场PCV2阳性率为100.00%(2/2),说明检测的猪场均存在PCV2的感染。通过常规PCR从抗体阳性的6份猪血清中扩增到PCV2全基因组序列(2个来自免疫猪场,4个来自非免疫猪场)。基因分析发现,该6个PCV2毒株的基因组全长均为1 767bp;6个毒株之间Rep基因序列相似性为97.1%～99.8%,与GenBank中收录的国内外24个分离株之间的相似性为94.2%～100.0%,具有较高的保守性;6个毒株之间Cap基因序列相似性为82.7%～99.2%,与国内外24个分离株之间的同源性为78.5%～98.1%,Cap基因的变异程度较大。对免疫猪场分离株和非免疫猪场分离株全基因组序列的比对并未显示出显著性差异,说明这两类猪场感染的PCV2毒株并未出现明显的变异。结果表明,疫苗免疫在PCV2感染的防控中具有重要作用,免疫猪场出现病毒再次感染主要是各种原因造成的免疫失败所致,免疫猪场感染的PCV2毒株并未出现明显的变异,而对PCV2感染的防控中除了要做好疫苗的免疫接种外,良好的饲养管理和兽医卫生措施至关重要。 相似文献
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3株猪Ⅱ型圆环病毒的分离及基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解混合感染中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2009年与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染的病料中分离的3株PCV2通过PCR、免疫荧光等进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar对序列进行拼接和分析。结果表明:分离得到的HUN-09株(GQ449670)、HUB-09株(GQ449671)和SD-09株(GQ449669)3个PCV2毒株其全基因组长度均为1768bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为95%～99.7%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为97.6%～98.5%,与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69%～70%。进化分析表明,本研究2009年分离的3株PCV2属于基因型PCV-2a。 相似文献
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为了解北京地区猪圆环病毒2型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2010年病料中分离的2株PCV2通过PCR、IPMA进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar进行序列分析,用MEGA5进行PCV2ORF2序列比对,构建系统进化树。结果表明,分离得到的BJ2010LC株(登录号为JQ002671)、BJ2010PG株(登录号为JQ002672)2个PCV2毒株其全基因组长度均为1 767bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为94.2%～99.5%,2个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.6%。BJ2010LC株属于基因型PCV2d,BJ2010PG株属于基因型PCV2b。 相似文献