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1.
目前国内对猪轮状病毒的研究较少,作者旨在对猪A群轮状病毒进行分离与鉴定,为后续猪轮状病毒致病机理和分子生物学特性研究奠定基础.用胰蛋白酶处理RT-PCR检测猪A群轮状病毒病原阳性的临床腹泻粪样,然后接种长成单层的MA-104细胞,进行病毒分离传代.再对分离毒株进行常规RT-PCR鉴定和电镜观察,并对分离毒株的VP6、VP7和VP8基因进行测序及序列分析.结果成功分离猪A群轮状病毒TM-a株,经序列同源性分析发现,与TM-a株VP6、VP7和VP8基因同源性最高的毒株分别为中国北京人源LL3354株、印度人源RMC321株和日本野猪源GUB-71株,其相似性为96.0％、95.1％和97.0％.该TM-a株轮状病毒不同基因表现出与人源轮状病毒和猪源轮状病毒的高度同源性,推测猪A群轮状病毒可能在人畜间传播,发生基因重组现象. 相似文献
2.
《中国兽医学报》2014,(9):1435-1441
RT-PCR获得兔出血热病毒SQ-1株基因组序列,对非结构蛋白与结构蛋白基因序列进行了遗传演变分析,基于各非结构蛋白核苷酸序列同源性尽管存在微小差异,但原始毒株和变异毒株分类结果一致,SQ-1株归属变异毒株,这与以病毒结构蛋白VP60、VP10蛋白基因的分型结果相同;以VP60蛋白分析SQ-1毒株在时间与空间的遗传进化来源,发现核苷酸、氨基酸序列同源性最高的分别是于2009年报道的俄罗斯毒株与2005/2006年我国分离毒株,同时,氨基酸序列同源性在99.3%以上毒株分布于我国、美国、德国与法国等,有的毒株流行时间久远。这说明该病毒的遗传进化比较复杂,决定其进化来源的因素好像与地域分布、流行时间等无关,而是可能与该类型毒株可以在免疫动物体内存活并同源重组有关。同时,分析了RHDVa群毒株目前和未来的遗传变异趋势及其对抗原性的影响,以及RHDVa群与原始群之间遗传演化氨基酸位点差异相关性,初步阐明了我国流行毒株的特点,这对于深入研究变异型病毒的遗传进化机制、防控该病将发挥重要指导作用。 相似文献
3.
本研究采集湖北省某猪场腹泻发病仔猪的肠道内容物,并对其进行分离与遗传进化分析。将病样接种MA-104细胞,分离获得1株能产生明显细胞病变的病毒,命名为HuB2020。对分离毒株进行多重RT-PCR方法检测,并对分离毒株的VP6和VP7基因进行扩增测序及遗传进化分析。结果表明,HuB2020分离株为猪A群轮状病毒,VP6基因（I5型）与山东分离株DZ-1的同源性最高（97.82%）;VP7基因（G9型）与四川分离株SWU-1C的同源性最高（95.51%）。近几年,猪轮状病毒的G9基因型增多,该病有再次流行暴发的潜在威胁。 相似文献
4.
《畜牧与兽医》2016,(9):32-37
将1份经RT-PCR检测猪轮状病毒阳性的临床腹泻粪样感染Vero细胞,连续盲传8代,出现病变,成功分离到1株病毒,经RT-PCR检验和电镜观察,鉴定该病毒为轮状病毒,命名为GD-01-2015。扩增该病毒的VP4和VP7基因进行分型和系统进化分析,结果发现,其VP4基因为P[7]型,与来自韩国的猪源毒株K71同源性达到99.8%;其VP7基因为G5型,与来自韩国的猪源毒株06-6-1同源性达到99.7%。由此可以推测GD-01-2015株与韩国猪源毒株有相似的进化来源。根据轮状病毒分类委员会(RCWG)提出的A群轮状病毒的最新分类方法,GD-01-2015株基因型为G5P[7]。本研究为监测轮状病毒的流行状况及其疫苗的研制提供了理论依据。 相似文献
5.
6.
《畜牧与兽医》2016,(4):87-93
为了解贵州省猪轮状病毒(PoRV)VP7蛋白的结构及功能,根据Gen Bank发表的猪轮状病毒VP7基因序列设计1对特异性引物,扩增1株猪轮状病毒贵州流行株VP7基因全序列并进行序列测定及生物信息学分析。结果显示:VP7基因全长为1 062 bp,包含一个981 bp的开放发阅读框,编码326个氨基酸,氨基酸突变主要发生在高变区。与已知的14个国内外参考毒株VP7核苷酸和推导的氨基酸序列比较,同源性分别为71.5%~97.0%和72.4%~98.7%,与G4型毒株核苷酸同源性及推导的氨基酸同源性分别为86.6%~97.0%和92.9%~98.7%。核苷酸系统进化树结果显示,贵州流行株与G4型毒株CMP070/09属同一个分支,因此推测贵州流行株为G4型猪轮状病毒。预测PoRV VP7蛋白理论相对分子质量为37.2 ku,等电点为4.75,半衰期为30 h,不稳定系数为31.22;跨膜结构及信号肽分析表明VP7蛋白有2个跨膜区,无信号肽区域;抗原表位预测显示VP7蛋白在第69~104、145~150、176~183、210~224、311~321位及其附近肽段可能为其优势抗原表位;结构预测显示,VP7蛋白存在1个N-糖基化作用位点、14个磷酸化位点,不存在O-糖基化位点。 相似文献
7.
兔出血症病毒CD株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆、核酸及氨基酸序列比较分析 总被引：6，自引：0，他引：6
以兔出血症病毒 CD株人工感染家兔 ,发病死亡后 ,取肝脏匀浆 ,用 Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒 RNA。根据 Gen Bank已发表序列保守区设计并合成引物 ,采用 RT- PCR方法扩增了 RHDV衣壳蛋白 VP6 0基因。将所扩增片段克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了序列测定 ,测序结果表明 ,CD株 VP6 0基因全长 174 0 bp。该序列与已发表的其他分布于世界各地的 14株 RHDV序列进行了比较和基因进化树分析。无毒株与各强毒株之间的同源性为 85 .3%～86 .5 % ,强毒株间的同源性较高 ,为 92 .1%～ 10 0 %。根据进化树可把强毒株分为 2大群 ,一群为 CD株、Iowa2 0 0 0株、0 0 - 139株、99- 0 5株 ,其余的为另一群。进一步细分 ,还可以分为 4个亚群和 7个组。但毒株之间的地域性差异并不明显。同时根据 15株 RHDV VP6 0基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列 ,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析。结果显示 ,各毒株氨基酸之间的的同源性在 90 .5 %～ 10 0 %之间 ,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为 90 .5 %～ 91.9% ,强毒株间的同源性在 95 %～ 10 0 %之间 ;氨基酸变异分析未发现突变造成的 VP6 0蛋白高级结构的根本性变化 相似文献
8.
为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。 相似文献
9.
根据GenBank已发表的猪轮状病毒VP7基因保守序列,设计特异性引物扩增猪轮状病毒L1株VP 7全基因序列并进行序列测定及分析。结果显示, L1株猪轮状病毒VP 7基因全长为1062 bp,包含一个982 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸,与G5型参考毒株核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为88．8％～93．7％和93．3％～94．2％,系统进化树分析结果亦显示L1株与G5型参考毒株处于同一个群,由此确定L1株为G5型。与我国近几年流行的G9型毒株NMTL进行抗原表位分析结果显示,两个毒株在 aa25～aa29、aa86～aa102、aa142～aa152、aa211～aa226、aa263～aa286等区域存在明显差异,可能对其免疫保护性存在一定的影响。 相似文献
10.
为分析鸽星状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽市场分离的鸽星状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因大小为6 872 bp,具有与其他星状病毒相似的结构和基因顺序;5'端有一段非编码区,3'端为聚A尾。与15株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析证实,该病毒与挪威2003年分离的鸽星状病毒同源性高,属于GroupⅠ基因群禽星状病毒,而与我国2011年报道的鸽星状病毒存在差异。分析结果表明,我国鸽群中的星状病毒较为多样。 相似文献