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1.
《中国预防兽医学报》2017,(2)
为建立同时快速鉴别检测牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛传染性支气管炎病毒(IBRV)和口蹄疫病毒(FMDV)的方法,本研究根据高度保守的BVDV的5'UTR基因、IBRV的g B基因和FMDV的3D基因,分别设计了3对对应的特异性引物和3种不同发光基团标记的Taq Man探针,建立了同时检测这3种病毒的多重荧光定量PCR的方法。并对其反应条件进行优化。结果表明,该多重荧光定量PCR方法能够特异性检测出BVDV、IBRV和FMDV,而对BTV等检测结果均为阴性,对BVDV、IBRV、FMDV的最低检测量分别为194拷贝/μL、208拷贝/μL和150拷贝/μL。而且组内和组间变异系数均低于0.85%。本研究所建立的多重荧光定量PCR具有方便、快速、特异性好、灵敏度高、重复性好等优点,能够用于BVDV、IBRV和FMDV的同时检测。 相似文献
2.
为建立检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的恒温隔绝式荧光PCR(iiPCR)方法,本研究采用文献报道的引物和探针,通过优化反应体系,首次建立了检测IBRV核酸的iiPCR方法。结果显示该方法仅特异性检测出IBRV,而对牛病毒性腹泻-黏膜病病毒、牛副流感3型病毒、牛呼吸道合胞体病毒、牛腺病毒3型、牛冠状病毒、牛支原体、多杀性巴氏杆菌和溶血性曼氏杆菌等病原则不能检出。该方法的检测下限为2.4拷贝/μL质粒标准品,并具有良好的重复性。对临床样品的检测结果与OIE推荐的荧光定量PCR方法的检测结果一致;该方法配合PetNAD核酸萃取试剂盒,从核酸提取到报告检测结果仅需1h,具有操作简便、快速、可现地化的特点。对9个省29份商品化冻精检测结果显示,IBRV阳性率为24%(7/29),表明我国流通的商品化冻精携带IBRV情况普遍。本研究为IBRV的现地检测提供了一个可靠的方法。 相似文献
3.
《中国预防兽医学报》2017,(7)
为建立牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的双重荧光定量PCR检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的IBRV g E和g B基因序列,设计2对特异性引物及Taq Man探针。结果显示,以含有gB、gE基因的重组质粒为模板绘制标准曲线,其相关系数(R~2)均为0.999,有良好的线性关系。该方法仅对IBRV检测为阳性,而对牛支原体、牛副流感病毒3型、牛病毒性腹泻病毒、巴氏杆菌、牛、羊布鲁氏菌检测结果均为阴性,表明其特异性强。该方法的敏感度约为2拷贝/μL,重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于2%。根据被OIE采纳的作为国际贸易规定的检测该病毒的荧光定量PCR方法与本实验建立的方法分别对30份牛肺样品进行检测,符合率可达81.8%。研究表明所建立的荧光定量PCR检测方法具有快速、敏感、准确等优点,可以用于IBRV的检测。 相似文献
4.
建立针对牛腺病毒5型六邻体(Hexon)基因的实时荧光定量TaqMan PCR检测方法。根据牛腺病毒5型Hexon基因高度保守区设计引物和TaqMan探针,绘制标准曲线,对其灵敏度、特异性、重复性进行验证,建立牛腺病毒5型实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法。结果显示,构建的重组质粒pUC57-BAV5,标准曲线在10~2～10~7拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.975 2,建立检测方法的最低检测限为32拷贝/μL;应用建立的方法检测牛传染性鼻气管炎病毒、牛轮状病毒、牛呼吸道合胞体病毒无交叉反应;重复性试验表明,同一浓度的20个平行样品的变异系数为1.4%。牛腺病毒5型TaqMan探针荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可以用于牛腺病毒5型的快速、准确的检测。 相似文献
5.
《中国预防兽医学报》2018,(10)
为建立牛病毒性腹泻病毒(BVDV)和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV) TaqMan双重荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中已登录的BVDV 5'-UTR基因序列和IBRV gB基因序列,设计了2对特异性引物和2条TaqMan探针。结果显示以含有BVDV 5'-UTR基因和IBRV gB基因的重组质粒为模板绘制的标准曲线,其相关系数(R~2)均大于0.990,线性关系较好。特异性试验结果显示,该方法仅对BVDV和IBRV检测为阳性,而对口蹄疫病毒、牛流行热病毒、牛副流感病毒、牛轮状病毒、牛巴氏杆菌、猪瘟病毒、牛支原体、牛、羊布鲁氏菌检测结果均为阴性,表明其特异性强。该方法的检测下限约为10拷贝/μL,重复性试验结果显示该方法的组内和组间变异系数均小于2%,利用OIE采纳的BVDV、IBRV荧光定量PCR方法与本实验建立的方法分别对47份牛病料样品进行检测,二者对BVDV和IBRV检测的符合率分别可达97.87%和100%。研究表明所建立的荧光定量PCR方法具有快速、敏感、准确等优点,可以用于BVDV和IBRV的双重定量检测。 相似文献
6.
《中国预防兽医学报》2016,(11)
为建立一种快速、敏感检测水貂阿留申病毒(AMDV)的方法,本研究根据AMDV的VP2基因保守区设计特异性引物和MGB探针,并优化检测反应条件,建立了AMDV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,以重组质粒为标准品建立的标准曲线在1.0×10~2拷贝/μL~1.0×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,相关系数(R~2)为0.998。该方法仅对AMDV的靶基因扩增呈阳性,而对猪细小病毒、犬细小病毒、水貂肠炎细小病毒等相关病毒检测结果均为阴性,特异性良好。该方法对AMDV检测的灵敏度为10拷贝/μL,为普通PCR灵敏度的100倍;组内和组间重复性试验表明该方法的组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。应用建立方法和普通PCR方法分别对40份疑似临床组织病料样品进行检测,该方法检出率比普通PCR高约7.5%。本研究结果表明建立的AMDV TaqMan-MGB荧光定量PCR方法灵敏、快速、特异性强、重复性好,适用于对AMDV的快速定量检测。 相似文献
7.
多杀性巴氏杆菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
为建立一种多杀性巴氏杆菌(Pm)快速敏感的检测方法,本实验根据Pm70株kmt1基因保守区设计特异性引物和TaqMan探针,建立了该菌的TaqMan荧光定量PCR检测方法,并优化了检测反应条件。本实验建立的荧光定量PCR方法可以特异性检测Pm,而对鸭疫里默氏杆菌、支气管败血波氏杆菌等菌株检测结果均为阴性,表明该方法具有良好的特异性。该方法对C48-1株标准品的检测灵敏度为1.75×10~1拷贝/μL,优于常规PCR检测方法(1.75×10~3拷贝/μL) 100倍;组内和组间重复性试验的变异系数均小于2%,具有良好的重复性。对20份疑似感染的临床病料样品(鸡肝脏、牛肺脏)进行增菌培养和分离鉴定,结果分离到8株多杀性巴氏杆菌;以建立的荧光定量PCR方法与常规PCR方法对增菌培养液进行检测,阳性率分别为40%(8/20)和25%(5/20),且荧光定量PCR方法与常规细菌分离鉴定的符合率为100%。对C48-1株感染致死的20份小鼠肝脏和脾脏组织研磨液进行检测,阳性率均为100%。本研究建立的方法能够快速、敏感的检测Pm,对于其临床和实验室的快速诊断具有重要意义。 相似文献
8.
为建立基于TaqMan探针的双重荧光PCR技术检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的方法,根据IBRV gB基因序列和BVDV 5′端非编码区序列的保守区域,分别设计1对IBRV的特异性引物和1条FAM标记的TaqMan探针,1对BVDV的特异性引物和1条ROX标记的TaqMan探针,建立双重荧光定量PCR检测IBRV和BVDV的方法。对建立的检测方法进行特异性和敏感性测定,并用临床样品进行检测验证。特异性试验结果显示,该方法检测参试的IBRV毒株,在波长530μm(FAM)时收集到特异性荧光信号曲线,检测参试的BVDV毒株,在610μm(ROX)时收集到特异性荧光信号曲线,无交叉信号出现,对照的毒株无论是在530μm(FAM),还是610μm(ROX)处,均无荧光信号曲线出现,方法的特异性好;敏感性试验结果显示,该双重荧光定量PCR可检测到100个拷贝的IBRV和BVDV质粒DNA模板;临床样品检测结果表明,对保存在-70℃的127份牛病料样品核酸进行检测,IBRV阳性12份,BVDV阳性26份,IBRV和BVDV同为阳性2份,为混合感染,检测的拷贝数分别为6.24×105和6.32×104拷贝/μL。阳性样品经序列比对分析,分别与IBRV和BVDV的序列100%同源。建立的双重实时荧光定量PCR方法检测IBRV和BVDV具有特异、敏感等优点,可用于临床样品的鉴别检测。 相似文献
9.
《中国兽医杂志》2019,(11)
根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区和牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)gB基因保守区基因序列,参考文献分别合成了2对特异性引物和探针。利用构建的包含BVDV和IBRV目标基因片段的阳性质粒,对退火温度、引物和探针的浓度以及反应条件进行了优化,构建了实时荧光定量PCR(qPCR)标准曲线,并对双重qPCR方法的特异性、敏感性和重复性进行了评价。试验结果显示,qPCR最适退火温度为54.0℃,BVDV引物浓度为0.2μmol/L,IBRV引物浓度为0.3μmol/L,BVDV探针浓度0.2μmol/L,IBRV探针浓度为0.1μmol/L。BVDV的RNA最低检测限为100拷贝/μL,IBRV的DNA最低检测限为1拷贝/μL,并具有良好的特异性和重复性,为BVDV和IBRV的同时、快速、定量检测提供了有效的方法。 相似文献
10.
为建立检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的荧光定量检测方法，本研究根据IBRV gE基因的序列设计了相应的探针和引物，分别建立TaqMan-MGB探针和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法，并对2种方法进行了综合比较。结果显示，TaqMan-MGB探针和SYBR GreenⅠ定量荧光PCR方法的灵敏度分别达到1.0×101 copies/μL和1.0×102 copies/μL;2种荧光定量方法对除IBRV的其他牛病毒和细菌检测结果均为阴性；重复性检测中变异系数均小于2.3%;检测了130份来自西藏的牦牛样品，2种荧光定量PCR阳性检出率均为100%。以上结果表明，2种荧光定量方法都可用于检测IBRV,且TaqMan-MGB荧光定量PCR敏感性高于SYBR GreenⅠ荧光定量PCR。 相似文献
11.
为实现牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)精准的定量检测，以IBRV gB基因为靶基因，建立IBRV微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法，进行了ddPCR退火温度、引物和探针浓度的优化、特异性和灵敏性试验。结果显示，建立的ddPCR方法最佳退火温度为56.5℃;反应体系中最佳引物、探针浓度分别为900和250 nmol/L;能够实现IBRV的特异性检测，与其他常见的牛呼吸系统疫病病原无交叉反应；以重组质粒pMD19-T-gB为模板，ddPCR方法的检出限为1.8 copies/μL,是实时荧光PCR方法敏感性的10倍。对119份具有呼吸道症状的牛鼻拭子样本分别进行ddPCR方法和实时荧光PCR方法进行检测，结果显示，ddPCR方法和实时荧光PCR方法的检出率分别为(15.13%,18/119)和(12.60%,15/119)。本研究建立的ddPCR方法特异性强、灵敏度高，可作为牛呼吸道临床样品中IBRV精准定量检测的有效手段。 相似文献
12.
《中国预防兽医学报》2017,(8)
为建立猪细小病毒7型(PPV7)的快速定量检测方法,本研究根据PPV7(KU563733.1)基因序列设计一对特异性引物,扩增155 bp的PPV7衣壳蛋白基因,构建重组质粒pClon007-PPV7,以其作为标准品建立了PPV7的SYBR GteenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在5.00×10~9拷贝/μL~5.00×10~3拷贝/μL范围内呈良好的线性关系。该方法对猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病毒、乙脑病毒、口蹄疫病毒常见病原的检测均无特异性扩增,仅PPV7出现特异性扩增;该方法检测灵敏度可达5.00×10~1拷贝/μL;批内和批间变异系数均低于1%,具有较高的重复性和稳定性。对临床样品的检测结果显示,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为71.88%,比普通PCR法检测的阳性率提高了约4.55%。该研究方法的建立为PPV7提供了一种新的快速定量检测技术。 相似文献
13.
《中国预防兽医学报》2016,(9)
为建立一种快速、敏感的弓形虫检测方法,本研究根据弓形虫GRA7基因保守序列设计特异性检测引物和TaqMan-MGB探针,建立了弓形虫荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法能特异地检测弓形虫DNA,而对新孢子虫、牛巴贝斯、马驽巴贝斯等虫DNA的检测均为阴性,具有良好的特异性;经3D数字PCR判定,其最低检测限为4.58拷贝/μL,灵敏度是常规PCR的1 000倍;重复性试验的组内、组间变异系数均小于5%;对62份疑似弓形虫感染流产的胎牛脑组织DNA进行检测,荧光定量PCR阳性检出率为24.19%(15/62),常规PCR为19.35%(12/62),阳性样品均包含于荧光定量PCR阳性样品中。本研究建立的荧光定量PCR检测方法可用于弓形虫病的早期诊断和日常监测,为监控弓形虫"带虫宿主"提供了良好的技术支持。 相似文献
14.
《中国预防兽医学报》2018,(11)
为建立同时快速鉴别检测羊痘病毒属病毒(CaPV)的方法,本研究设计了一对针对CaPV的通用引物和3条特异性的TaqMan MGB探针,并对其反应条件进行优化,建立了单管同时鉴别检测3种病毒的多重TaqMan MGB荧光定量PCR方法。结果显示,该多重荧光定量PCR方法仅对牛结节性皮肤病病毒(LSDV)、山羊痘病毒(GTPV)和绵羊痘病毒(SPPV)有特异性扩增,而对牛痘病毒等其它相关病毒核酸无扩增。在10~2拷贝/μL～107拷贝/μL浓度范围内有良好的线性关系;对LSDV、 GTPV、SPPV的最低检测限分别为14.8拷贝/μL、32.9拷贝/μL、26.7拷贝/μL。标准曲线相关系数(R2)均为0.999。批内及批间变异系数均小于1.5%。应用本研究建立的方法和OIE陆生动物手册推荐普通PCR方法分别对185份临床样品和67份模拟样品进行检测,该方法检出率比普通PCR方法高约1.6%。本研究建立的CaPV多重TaqMan-MGB荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好、操作简便快速等优点,适用于CaPV临床样品的快速鉴别检测。 相似文献
15.
根据GenBank登陆的IBRV保守基因gB序列,利用分子生物学软件Primer Express3．0分别设计2对特异引物及其相应的TaqMan探针,优化反应体系后,建立牛传染性鼻气管炎病毒TaqMan探针荧光定量PCR检测方法。本方法利用10倍稀释的标准品进行扩增确定该方法的灵敏性,通过对伪狂犬病病毒（PRV）、马立克病病毒（MDV）等检测验证特异性,并进行临床检验。结果显示,建立的IBRVgB基因TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的灵敏度为11个拷贝／μL,而且与PRV等非IBRV无交叉反应。本研究所建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏、准确、等优点,可用于IBRV的检测。 相似文献
16.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为建立特异灵敏的检测牛冠状病毒(BCoV)的Taq Man荧光定量RT-PCR方法,并对犊牛腹泻粪便样品进行检测。本实验根据牛冠状病毒(BCoV)聚合酶基因nsp10核苷酸序列分别设计了1对引物和探针,通过反应体系和条件的优化,建立了检测BCoV的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在3.36×10~1拷贝/μL～3.36×10~9拷贝/μL,质粒标准品与Ct值呈现良好的线性关系,相关系数R~2=0.9996,扩增效率E=109%;该方法只特异性检出BCoV,而不能检出其它常见腹泻病原,特异性较强;对质粒标准品的检测下限为33.6拷贝/μL,与所比较方法的敏感性数量级相同,敏感性较高;批内与批间重复性试验的变异系数均小于5%,重复性较好。该方法对腹泻粪便样品中BCoV检出率高于国外文献报道的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法。利用该方法对采集自新疆和辽宁的16个养殖场153份犊牛腹泻粪便样品进行了BCoV的检测,BCoV阳性率为71.24%,场阳性率为100%,表明犊牛感染BCoV的现象普遍。本实验首次建立了靶向BCoV聚合酶基因的荧光定量RT-PCR检测方法,其特异性和稳定性好,灵敏度较高,为BCoV的快速检测和流行病学调查提供了有力的手段。 相似文献
17.
为建立一种针对牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinortracheitis virus,IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的双重PCR检测方法,根据GenBank中IBRV gB(UL27)和BVDV 5’-UTR基因序列分别合成特异性引物,优化反应条件,建立了能够同时检测IBRV和BVDV的双重PCR方法,并对其特异性、敏感性、重复性进行了测试。结果显示：该方法对IBRV、BVDV和IBRV/BVDV可分别扩增出500、198、500/198 bp的特异性目标条带,对牛呼吸道合胞体病毒、牛冠状病毒、牛细小病毒、牛纽布病毒和牛支原体检测结果均为阴性;对混合液中IBRV、BVDV的最低检测限分别为104和103 copies/μL;3次重复性试验结果一致。采用建立的方法对79份临床可疑牛血清样品进行IBRV、BVDV和IBRV+BVDV检测,阳性率分别为12.66%、17.72%和8.86%,与IBRV和BVDV单重PCR检测结果符合率分别为90.00%... 相似文献
18.
以牛支原体p80基因为靶基因,设计特异性引物与探针,优化反应体系,建立了牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR(TaqMan real-time PCR)检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性评估以及临床样本检测。结果显示,特异性试验中,牛支原体2个菌株Cq值均小于18,其余13个非牛支原体菌株Cq值均大于36;敏感性试验中,最低可检3.89拷贝/μL靶DNA,是普通PCR的10~4倍(普通PCR 3.89×10~4拷贝/μL);重复性试验中,组内、组间重复的变异系数均小于1%;44份牛的临床样品利用TaqMan real time PCR检出6份阳性(阳性率为13.64%),分离培养鉴定检出7份阳性,普通PCR检测全部阴性。本研究建立了一种敏感、特异、稳定的牛支原体TaqMan real time PCR检测方法,可用于牛支原体的快速诊断和核酸定量检测。 相似文献
19.
《中国预防兽医学报》2021,(5)
为建立可以同时检测多杀性巴氏杆菌(Pm)及其荚膜A型的快速敏感检测方法,本研究在建立的Pm kmt1基因的荧光定量PCR基础上,设计了该菌capA基因特异性引物和Taq Man探针,经优化反应条件建立了双重Taq Man荧光定量PCR检测方法。本实验从荚膜A型Pm C48-1菌株中扩增了capA基因,构建了重组质粒pMDcapA;以pMD-capA重组质粒为标准品,建立的标准曲线在9.83×10~3拷贝/μL～9.83×10~9拷贝/μL内与Ct值具有良好的线性关系,相关系数(R~2)为0.9873,扩增效率(E)为1.032。建立的双重荧光定量PCR方法可以同时检测Pm及其荚膜A型,而对B型、D型Pm、鸭疫里默氏杆菌、支气管败血波氏杆菌等细菌检测结果均为阴性,具有较强的特异性;对重组质粒标准品的检测灵敏度为101拷贝/μL,高于常规PCR检测方法(103拷贝/μL)100倍具有较高的敏感性;组内和组间重复性试验的变异系数均小于2%,具有较好的重复性。本实验建立的双重荧光定量PCR方法可以同时快速敏感地检测Pm及其荚膜A型,对于其临床和实验室的快速诊断具有重要意义。 相似文献
20.
《中国预防兽医学报》2018,(10)
为建立支气管败血波氏杆菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,本研究根据波氏菌属毒力基因DNT设计一对特异性引物,通过优化,确定最佳反应条件,建立了支气管败血波氏杆菌荧光定量PCR检测方法。并对其进行敏感性、特异性、重复性试验以及临床样品的检测。以支气管败血波氏杆菌标准质粒为模板,建立标准曲线结果显示:标准品浓度在1.13×10~8拷贝/μL～1.13×10~2拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,相关数R~2=0.997;该方法的灵敏度可达1.13×10~1拷贝/μL。建立的荧光定量PCR方法与副猪嗜血杆菌、猪链球菌、金黄色葡萄球菌等12种细菌和伪狂犬病毒、猪瘟病毒等4种病毒无交叉反应,具有良好的特异性;批内变异系数(CV)均小于2%,批间变异系数均小于4%,具有良好的稳定性。对临床样品的检测结果显示该方法检测的阳性率为57.7%,与普通PCR的符合率为93.24%。本研究建立的方法可以用作支气管败血波氏杆菌感染的早期诊断、快速检测与定量分析。 相似文献