福建省羊传染性脓疱病毒F1L、B2L和VIR基因的遗传变异分析     

林裕胜  江锦秀  江斌  游伟  胡奇林 《动物医学进展》2017,38(2)

为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。  相似文献   

鹅副黏病毒QY分离株F基因和HN基因的克隆与序列分析     

李福伟张桂红  李惠敏吴玄光 廖明任涛  罗开健 《中国兽医科技》2005,35(12):974-978

根据已发表的鹅副黏病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的5对引物,利用RT-PCR的特异性扩增出了广东省清远分离株（QY株）的F基因和HN基因.然后将其克隆入pMD 18-T载体,经鉴定、测序及拼接,QY株的F基因和HN基因全序列长度分别为1 662 bp和1 716 bp,分别编码553个和571个氨基酸.经与GenBank登录的几株参考毒株F基因和HN基因编码区的核苷酸序列进行比较;结果,QY株与参考毒株SF02株和LaSota株F基因的核苷酸序列同源性分别为98.3%和82.4%,HN基因的核苷酸序列同源性分别为97.2%和75.9%.  相似文献   

鹅副粘病毒NA-1分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：9，自引：0，他引：9  

王学理  丁壮  左玉柱  向华  常爽  黄海楠  宣华 《中国预防兽医学报》2005,27(1):18-21

鹅副粘病毒分离株NA-1经11日龄鸡胚增殖后纯化.提取病毒的基因组RNA,采用RT-PCR扩增出与预期设计的1.7kb大小相符合的特异条带.将扩增产物提纯后克隆入pMD 18-T载体,经纯化、筛选及酶切鉴定后,初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆,并对阳性克隆进行测序.测序后拼接得出HN基因的全序列长度为1 740bp,该基因的ORF总长为1 716 bp,编码571个氨基酸.与GenBank下载的15株参考毒株比较HN基因编码区全核苷酸序列,发现所测NA-1毒株与参考毒株YG97核苷酸序列同源性为97.3%,与F48E9同源性为84.5%,与La Sota为82.2%.同源性分析表明NA-1相对于NDV在HN基因上发生了较大的变异.  相似文献   

Mhp强弱毒株P97基因的克隆与序列测定   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁芳  宁宜宝 《畜牧兽医学报》2004,35(6):698-701

利用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增出猪肺炎支原体弱毒株R659及强毒株F19的P97基因，PCR产物经纯化后，克隆至载体pGEM-Teasyvector，转化DH5a感受态细胞，筛选阳性克隆，提取质粒，对目的片段测序，结果表明：R659的P97全基因大小为3416bp，F19的P97全基因大小为3329bp，强弱毒株间核苷酸同源性为96．9％，弱毒株R659与标准株232A核苷酸同源性为95．6％，强毒株F19与232A株核苷酸同源性为95．1％。  相似文献   

羊口疮病毒湖北株F1L基因克隆与遗传进化分析     

《中国草食动物科学》2015,(6)

为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)F1L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-F1L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株F1L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示:F1L基因PCR扩增产物大小为999 bp,编码333个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为95.0%~98.0%,与福建FJ-GO株同源性高达98%,亲缘关系最近,属于同一分支。  相似文献   

布鲁氏菌内蒙古分离株omp31基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

陆静  关平原  乌日罕  特木尔巴根  马立峰  菊花 《畜牧与饲料科学》2009,30(10):15-17

对三株布鲁氏菌内蒙古分离株的omp31基因进行克隆与序列分析.参照GenBank中布鲁氏菌的omp31基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法扩增布鲁氏菌omp31基因,对PCR产物进行克隆、测序,将测定序列拼接后与GenBank中获得的参考毒株omp31基因序列进行了比较.结果显示,三株布鲁氏菌分离株的omp31基因开放阅读框核苷酸序列同源性均为100.0%;与Brucella ceti B14/94、Brucella neotomae 5K33、Brucella suis 1330三个参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性最高,为100.0%;与Brucella canis RM6/66、Brucella melitensis 183、Brucella melitensis 16M三个参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性为99.9%;与Brucella melitensis Rev1参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性为99.6%;与Brucella ovis ATCC 25840参考毒株omp31基因核苷酸序列同源性最低,为98.8%.  相似文献   

鸽源Ⅰ型禽副黏病毒HN基因序列测定和分析     

赵文华  宋建领  朱建波  肖雷  王金萍  李志华  张念祖 《动物医学进展》2004,25(5):68-71

以分离自云南省的一株鸽源禽I型副黏病毒YN-P1株的基因组RNA为模板,通过RT-PCR的方法扩增出HN基因片段,然后将其克隆至T载体中。经PCR鉴定后,对阳性克隆进行核苷酸序列测定。测序后拼接得出HN基因的全序列。测序结果显示,YNP1毒株HN基因为1 716 nt。通过与参考毒株比较HN基因序列,发现所研究毒株YN-P1与TW95核苷酸序列同源性最高为88.3％;与ZJ1／Go氨基酸序列同源性最高为91.6％。  相似文献   

鹅副粘病毒HN基因的克隆与序列分析   总被引：10，自引：0，他引：10  

赵文华  姚龙涛等 《中国兽医科技》2002,32(2):10-13

以鹅副粘病毒GPV-SF02毒株的基因组RNA为模板，通过RT-PCR方法扩增出HN基因片段，然后将其克隆至T载体中。经PCR鉴定后，对阳性克隆进行测序；测序后拼接得出HN基因的全序列。经分析HN基因编码区核苷酸序列，所测GPV-SF02毒株与参考毒株NL-96核苷酸序列的同源性为86%。  相似文献   

鹅源禽副粘病毒NA-1株HN蛋白基因的遗传变异研究     

王学理  武迎红  陈丽艳  高志刚  丁壮 《中国预防兽医学报》2006,28(5):530-534

鹅副粘病毒分离株NA-1株经11日龄鸡胚增殖后纯化。提取病毒的基因组RNA，采用RT-PCR扩增出与预期设计的1．7kb大小相符合的特异条带。将扩增产物提纯后克隆入pMD18-T载体，经纯化、筛选及酶切鉴定后，初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆，并对阳性克隆进行了测序。测序后拼接得出HN基因的全序列长度为1740bp，该基因的ORF总长为1716bp，编码571个氨基酸。与GenBank下载的15株参考毒株比较HN基因编码区全核苷酸序列，发现所测NA-1株与国内标准强毒株F48E9核苷酸的同源性为84．5％，氨基酸的同源性为89．5％；与传统的疫苗株La Sota核苷酸的同源性为82．2％，氨基酸的同源性为88．5％；与鹅源禽副粘病毒SF02株核苷酸的同源性为97．1％，氨基酸的同源性为97．4％；与鹅源禽副粘病毒YG97株核苷酸的同源性为97．3％，氨基酸的同源性97．4％。说明NA-1株和SF02株、YG97株亲缘关系较近，它们三者可能有着共同的来源。根据基因树分析，NA-1株应属于基因VII型新城疫病毒。由此更进一步证实新城疫可以感染水禽，且对鹅具有高度的致死性。  相似文献   

猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP_1基因的克隆与序列分析     

娄高明  杜伟贤  魏平华  宋长绪  杨傲冰  周秀蓉  张春红  谢明权 《中国预防兽医学报》2001,(5)

本研究根据口蹄疫病毒 (FMDV)VP1基因的序列 ,设计并合成了 1对用于扩增整个VP1基因的引物 (5P、P6 )。从细胞培养液或组织中提取总RNA ,通过PT_PCR扩增 ,从F2 9株、O3I3株和T5 0 9株中均获得了 1条约 740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收 ,插入到相应双酶切的pUC18质粒中 ,获得了重组质粒。通过PCR鉴定 ,证明重组质粒pUCVP1/F2 9、pUCVP1/O313、pUCVP1/T5 0 9均插入了VP1基因。对上述 3个重组质粒进行测序后分析 ,F2 9强毒株与O3I3、T5 0 9弱毒株相比 ,其核苷酸序列同源性分别为 98.75 %和 99.0 6 % ;因F2 9株核苷酸发生 3个碱基缺失与 1个碱基替换 ,故推导的氨基酸序列同源性分别仅为 44 .13%和 41.32 % ;而T5 0 9株与O3I3株相比 ,其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为 99.37%和 95 .31%。通过序列分析发现 ,本研究的 3个毒株与国内大多数毒株 (包括 1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株 ,除O/A/ 5 8株外 )均属于同一基因型 ,核苷酸序列同源性为 85 %～ 94% ;而与国外毒株相比 ,属不同的基因型 ,核苷酸序列同源性仅为 81%～ 82 %。其推导的氨基酸序列 ,除F2 9株与O/HK/ 93株及 1997年台湾暴发FMDV分离的少数毒株的氨基酸序列同源性仅为 45 %～ 6 3%外 ,本研究的 3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1  相似文献   

DP1/02株鸭源Ⅰ型副黏病毒F基因真核质粒构建及免疫试验     

张秀峰  王中华  刘佳旭  刘艳华  母连志  李国江  丁壮 《兽医大学学报》2012,(10):1435-1439

应用RT-PCR方法从鸭源Ⅰ型副黏病毒DP1/02株中扩增F基因并克隆入pMD18-T载体,经序列测定、分析,DP1/02株F基因与鸡新城疫病毒（NDV）国家标准强毒F48E9株的核苷酸、氨基酸序列同源性均达到99%。随后将F基因克隆入真核表达载体pCI-neo,构建真核表达质粒pCI-F,将阳性质粒体外转染Vero细胞,通过间接免疫荧光对真核质粒的表达进行鉴定,利用pCI-F质粒进行动物试验。结果表明构建的真核表达质粒pCI-F能够在Vero细胞中表达,雏鸭免疫14d后在体内可检测到特异性抗体,二次免疫雏鸭后,对NDV强毒的攻毒保护率为73%。本试验为利用F基因构建的核酸疫苗提供了重要的技术支持。  相似文献   

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析     

程龙飞  黄瑜  傅光华  李文杨  施少华  彭春香 《中国兽医学报》2005,25(6):578-580

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.  相似文献   

新城疫病毒F_(48)E_9株P基因的克隆及鉴定     

王海艳  曹殿军  闫丽辉  刘培欣  曲鲁江  李红梅  柴迎梅  张庆玲 《中国预防兽医学报》2001,(4)

根据NDVP蛋白己知基因序列设计合成了一对引物PU/PL ,利用RT_PCR扩增出了F4 8E9株P基因 12 72bp的片段 ,将该片段克隆到pMD18_TVector上 ,并对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定 ,结果证明我们得到了这个基因片段的阳性重组子。为了更充分证实所得阳性质粒的可靠性 ,采用Sanger’s双脱氧末端终止法对阳性重组子从 5’端进行核苷酸序列测定 ,获得了F4 8E9株P基因片段 5’端的基因序列 ,利用DNASIS分析软件 ,将F4 8E9株与LaSota株的相应序列进行比较 ,其核苷酸序列同源性为 83 7%。至此 ,我们获得了F4 8E9株P基因的全长克隆  相似文献   

犬细小病毒昆明流行株的分离鉴定与VP2基因序列分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

赵屹钦  曾梦颖  郭娟  张迪  高洪  严玉霖 《中国畜牧兽医》2019,46(1):206-214

为了解昆明市犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)流行及抗原变异情况,有针对性地筛选疫苗及研发新疫苗,本研究从昆明市部分宠物医院收集6份疑似CPV粪便样品进行病毒分离培养,对获得的疑似病毒液进行PCR、免疫荧光试验(IFA)、血凝效价测定、TCID50测定及VP2基因序列分析。结果显示,分离的1株病毒能使F81猫肾细胞产生明显的细胞病变(CPE),PCR扩增产物大小为164bp,IFA鉴定感染的F81细胞出现绿色荧光,血凝效价为1∶512,病毒TCID50为10-4.375/0.1mL,VP2基因PCR扩增条带大小为1 755bp。对分离株VP2结构蛋白进行测序分析,判定该分离株为CPV-2a亚型,与标准毒株存在5个变异氨基酸位点,属于变异株。将测序结果与商品化疫苗株及国内参考株序列进行比对分析,结果显示与弱毒苗Intervet/vaccine/06和Pfizer/vaccine/06核苷酸同源性均为98.7%;与国内参考毒株序列同源性为98.2%～99.5%,与ANTU-1和WH02/06株同源性最高;与ANTU-1株、WH02/06株及BJ01株亲缘关系最近,位于进化树的同一簇。本研究对监测CPV的遗传变异趋势及疫苗的研制具有重要意义。  相似文献   

新城疫病毒F48E9株F基因主要功能区的核苷酸序列分析   总被引：12，自引：2，他引：10  

苑纯秀  曹殿军 《中国预防兽医学报》1999,21(1):31-34

本试验首先以ＮＤＶＦ４８Ｅ９株的基因组ＲＮＡ为模板,逆转录合成Ｆ基因ｃＤＮＡ第一链,再通过ＰＣＲ技术扩增Ｆ基因的ｃＤＮＡ,然后将其克隆到质粒ｐＵＣ１９中,经分子量比较、酶切分析、ＰＣＲ等方法证明,我们已经获得了ＮＤＶＦ４８Ｅ９株Ｆ基因的阳性克隆。经初步序列分析,ＦＡ段核苷酸序列与参考株（Ｄ２６／７６）序列同源性为８９％,ＦＢ段同源性为９１％。二者的氨基酸序列表明,Ｆ４８Ｅ９株Ｆ蛋白裂解位点与其它强毒株裂解位点氨基酸组成相同,即１１２ＲＲＱＲＲ１１６Ｆ１１７。这两段序列中包含的三个Ｃｙｓ残基和三个潜在的糖基化位点都相当保守。  相似文献   

新城疫病毒贵州不同鸡源分离株F基因的克隆与序列分析     

汪德生  伍祥龙  文明  周碧君  王文亮  温贵兰 《贵州畜牧兽医》2008,32(3)

应用PCR技术扩增NDV贵州不同鸡源分离株,包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株和越南斗鸡源DQ株的F蛋白基因,将该基因片段分别进行克隆和测序,并与国内外NDV参考株的对应序列进行比较分析。结果表明:6株NDV贵州不同鸡源分离株的F基因长度均为1 662 bp,编码553个氨基酸;分离株间核苷酸同源性为86.9%~99.7%,氨基酸同源性为91.0%~99.3%;与国内外NDV代表株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW 2000株)的核苷酸同源性为84.0%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VIId型,而BY株和FW株为基因IX型。这些结果提示贵州省不同鸡群间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同年份间NDV毒株发生基因型改变,而近年来贵州省流行的ND疫情主要是由NDV基因VII型引起。  相似文献   

新城疫病毒HeB02分离株F基因的序列分析     

孙一敏  边艳青  柏佳宁  孙继国  赵宝华 《中国兽医学报》2005,25(1):4-6

根据国外已发表的新城疫病毒F基因序列，设计了1对引物，并以RT-PCR特异性扩增出新城疫病毒HeB02分离株的F基因，基因产物大小为1．63kb，与设计相符。对其进行序列测定后，与其他标准毒株F48E9、LaSota和Clone30的F基因进行了同源性比较，结果表明，HeB02株与国内标准强毒株F48E9及目前广泛应用的弱毒疫苗株LaSota和Clone30的F基因核苷酸序列的同源性分别为88.1％、84.9％和83.8％。由此可以看出，HeB02分离株与标准毒株和疫苗株相比，在F基因上发生了变导。  相似文献   

1株鸡新城疫强毒株的分离鉴定及致病性     

孙静  刁有祥  刘霞  孙杰  李建侠 《兽医大学学报》2012,(5):658-661,709

从山东省一发病率、死亡率高的肉鸡群中分离到1株病毒,经HA、HI试验和动物回归试验确定所分离的毒株为新城疫病毒,命名为新城疫LVCX株。按常规方法测得LVCX株的MDT、ICPI和IVPI分别为47.4h、1.975和2.85,鸡胚半数致死量LD50为10-9.8。F基因分析表明分离株LVCX为基因Ⅶ型,其多肽裂解位点为112-RRQKRF-117,表明LVCX株为新城疫病毒强毒株。该毒株F基因核苷酸同源性与近几年分离的基因Ⅶ型鸡源毒株同源性在93.5%～98.3%之间;与经典强毒株F48E9和Lasota株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.8%、91.3%和83.3%、88.4%;且与近几年分离的几株鹅源、鸭源核苷酸同源性也较高,在95.2%～96.5%之间。  相似文献