共查询到19条相似文献，搜索用时 123 毫秒
1.
从河北某养鸡场80日龄左右鸡群所发生的禽霍乱病死鸡中，分离到了相应病原菌多杀巴斯德氏菌（pasteurella multocida）。对分离获得的16株菌（HPs-1至HPs-16）进行了形态特征、培养特性、理化特性等方面的鉴定，同时选取代表菌株（HPs-1）进行了16SrRNA基因的分子鉴定，测定了16SrRNA序列，构建了系统发育树。结果表明分离鉴定的16株细菌均为多杀巴斯德氏菌败血亚种（P．multocida subsp．septica），所测代表菌株的16SrRNA基因长度142bp，在GenBank登录号为AY999017，该菌株与检索出的22株巴斯德氏菌属（Pasteurella Trevisan，1887）细菌16SrRNA基因序列同源性均在98％～100％。另外，药敏试验结果显示分离株对供试的青霉素G等33种抗菌药物高敏、对克林霉素敏感、对苯唑青霉素等3种耐药。 相似文献
2.
《中国兽医学报》2014,(8):1261-1266
利用THB(Todd-Hewitt Broth)固体培养基和色素试验培养基选择培养无乳链球菌,参照GenBank中无乳链球菌参考菌株(Accession:AF015927.1、JQ289582.1)16SrRNA和种属特异性基因cfb(CAMP因子)序列设计引物,对奶样中分离的12株疑似无乳链球菌进行鉴定。结果显示,经PCR扩增后,被检测的12株细菌均可扩增出预期大小的16S rRNA基因序列,而12株中有8株可以扩增出预期大小的cfb基因序列,条带单一,特异性好。序列BLAST显示,12株菌的16S rRNA基因序列与NCBI上报道的无乳链球菌相应序列高度同源(>99.0%),各分离菌株间的16S rRNA基因序列也高度同源(99.0%～100.0%);cfb基因序列与NCBI上已报道的无乳链球菌相应序列具有高度同源性(>99.0%),各菌株间cfb基因序列也高度同源(100.0%)。经选择培养与PCR鉴定结果可以确定12株疑似菌株中有8株为无乳链球菌。 相似文献
3.
动物园野生动物支气管败血波氏杆菌的分离鉴定与系统发育树的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Biolog和16SrRNA基因序列分析法对分离自北京动物园的8株支气管败血波氏杆菌进行了鉴定。菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明,8株菌株为支气管败血波氏杆菌。菌株经纯化培养,采用菌落PCR方法进行16SrRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后直接进行测序。序列经人工校对后用ClustalX1.83软件进行比对分析,最后用Mega3.1软件构建系统发育树,系统发育分析结果表明,8株菌株与支气管败血波氏杆菌DSM10303的同源性达到了99.9%,并在同一个分支内。 相似文献
4.
宁夏某肉牛场牛支原体分离鉴定及病理组织学观察 总被引：1，自引：0，他引：1
为了分离鉴定宁夏某肉牛场牛支原体和分析该病原对靶器官的损伤,采用Thiaucourt's液体筛选培养基和固体培养基进行病原分离,设计牛支原体16SrRNA通用引物和uvrC特异性引物进行基因序列扩增并测序,使用DNA Star软件将分离菌株测序结果与GenBank中的标准株序列进行同源性比较,采用MEGA6.0软件中的邻接法(Neighbor-joining,NJ)依据16SrRNA和uvrC序列构建分离株系统发育树并进行遗传进化分析,采用石蜡切片,HE染色,病理组织学观察。结果表明,病原菌落呈油煎蛋样,16S rRNA和uvrC扩增片段与阳性对照一致,16S rRNA和uvrC基因序列构建的系统发育树与牛支原体在同一分支;肺组织结构消失,部分肺泡腔实变、塌陷,局灶性肺出血,肺泡腔内可见炎性细胞浸润;肺泡隔增厚、出血,肺泡内有少量脱落的上皮细胞;肺泡壁断裂,肺泡腔可见红色的炎性渗出物,有纤维结缔组织增生。 相似文献
5.
从猪粪便中分离得到一株新饲用乳杆菌,对其16S rDNA基因进行了测序,该段基因序列已提交GenBank,登录号为HQ641209。将该菌株16S rDNA基因序列进行在线BLAST比对并与其他乳杆菌属菌株的16S rDNA序列建立系统发育树,结果显示该菌16S rDNA序列与NCBI公布的约氏乳杆菌Lactobacillus johnsonii (AB295648)的同源性为99.7%,因此该菌鉴定为约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii),将其命名为"Lactobacillus johnsonii Sun001"。经测试,该菌株对E.coli K88、K99菌株的生长有抑制作用,在pH为2.5的模拟胃液中处理3 h存活率为68.8%,在0.3%胆盐浓度的模拟肠液中处理3 h存活率为21.4%。 相似文献
6.
《畜牧与兽医》2016,(2):106-109
从江西省吉安市某规模化养猪场发病仔猪关节液中分离得到1株革兰阳性链球菌,对其进行菌落形态观察、生化鉴定以及16S rRNA序列分子测序鉴定,并构建系统发育树;对分离菌进行药敏试验和健康小鼠的人工感染试验。结果根据分离菌的形态特征、理化特性,结合16S rRNA序列测定与系统发育分析结果,判定为链球菌属的停乳链球菌类马亚种(Streptococcus dysgalactiae subsp.equisimilis),并命名为JXJASD-1株。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对阿莫西林、头孢拉定、利福平表现较高的敏感性,对强力霉素、青霉素G中度敏感,而对庆大霉素、卡那霉素、四环素、红霉素、复方新诺明、磺胺异噁唑表现出耐药性;致病性试验结果表明,分离菌株对小鼠有强致病性。本结果将对江西省仔猪停乳链球菌类马亚种病的防治提供指导。 相似文献
7.
禽源大肠埃希菌Biolog鉴定和系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Biolog和16S rRNA基因序列分析法对中国兽医药品监察所菌种室收集保藏的18株大肠埃希菌(Escherichia coli)进行了鉴定.菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明18株菌株为大肠埃希菌.提取基因组DNA,采用16S rRNA通用引物,用PCR进行16S rRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后进行测序.序列经人工校对后用Clustal X 1.83软件进行比对分析,采用Mega 3.1软件构建系统发育树,结果表明18株菌株为大肠埃希菌. 相似文献
8.
水貂奇异变形杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从辽宁某貂场发病水貂中分离到1株致病菌,命名为PMSD株,通过形态学观察和生化试验等常规鉴定发现符合奇异变形杆菌特性,进一步经VITEK 2Compact 30全自动细菌鉴定及药敏分析系统鉴定该株细菌为奇异变形杆菌。药敏试验结果显示PMSD株对氨基糖苷类药物、喹诺酮类药物等敏感,而对β-内酰胺类药物和磺胺类药物等不敏感。以细菌16SrRNA基因为模板应用通用引物进行PCR扩增,得到PMSD株的16SrRNA基因序列,长约1 504bp,提交到GenBank中,登录号:KM229530。将该序列与GenBank中序列进行BLAST比对,结果发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达99%以上。选取其中前20株作为参考序列,运用生物学软件构建系统发育树并进行同源性比对,结果表明,分离菌PMSD株与20个代表菌株的同源性为98.9%~99.7%,其中与BB2000株、HI4320株、B1株和FCC141株同源性最高,为99.7%。本研究为预防和控制奇异变形杆菌引起的水貂疾病奠定了一定的基础。 相似文献
9.
目的对奶牛温氏支原体16SrRNA基因进行PCR扩增及克隆分析。方法从自然感染体的广西奶牛无菌采集血液,分离温氏支原体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆到PGEM-Teasy载体后进行溺,I序和分析,并与Genebank上搜索的温氏支原体相应序列进行比较,建立系统发育树。结果PCR扩增得到长约1．5kb的扩增片段,测序结果显示该片段全长为1453bp,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏支原体（前称温氏附红细胞体）（AF016546）的16SrRNA基因序列同源性达到97．4％,与系统发育进化树表明本株温氏支原体同本地株的关系较近,而与国外株的新缘关系较远。国内公布的广西株同源性为99．8％。结论结果表明证实该病原为温氏支原体,从分子生物学水平证实了温氏支原体在广西的存在。由于本试验分离得到的牛温氏支原体与国外发表的牛温氏支原体核苷酸序列相差2．6％,因此两者的基因型存在一定的差异,这对该病的分子流行病学分析具有一定的意义。 相似文献
10.
从自然感染附红细胞体的湖北黄牛无菌采集血液,分离附红细胞体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1.5kb的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果表明该片段全长为1 471 bp（GenBank收录号为AY946266）,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏附红细胞体（AF016546）的16S rRNA基因序列同源性达到98.7%,证实该病原为温氏附红细胞体,从分子生物学水平证实了温氏附红细胞体在湖北省的存在.将该序列与5种支原体、14种血营养菌及边缘无浆体等的相应序列进行比较,建立系统发育树,结果表明温氏附红细胞体同边缘无浆体的关系较远,而与肺炎支原体组的亲缘关系较近. 相似文献
11.
为了探讨鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)云南流行株的外膜蛋白A (OmpA)的基因序列差异及其与16S rRNA序列的相关性,PCR扩增18株云南流行株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因及16S rRNA核苷酸序列,分别构建其系统进化树,分析其系统进化关系。结果表明,18株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因分为2个群,其同源性分别为86%~99.2%和92.6%~100%。18株鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因同属1个群,同源性高达96.1%~100%。 RA-1、RA-2、RA-11和RA-39 4株分离株的OmpA基因位于进化树的同一个亚群,其16S rRNA基因也位于进化树的同一亚群,两者呈现出明显的相关关系,其他14株分离株的OmpA基因系统进化树与16S rRNA基因系统进化树无明显的相关关系。 相似文献
12.
为寻求快速、有效检测羊泰勒虫的PCR方法,本试验建立了检测羊泰勒虫18SrRNA基因和表面蛋白基因的两种常规PCR方法和一种检测18SrRNA基因的半套式PCR方法,并从其敏感性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示:上述方法检测羊泰勒虫基因组DNA的最小检测量分别为1.6fg/μL、16fg/μL和0.016fg/μL;检测临床样本阳性检出率分别为31.37%(16/51)、17.64%(9/51)和45.10%(23/51)。3种方法中,检测18SrRNA基因的半套式PCR方法敏感性和临床样本检出率最高,其次为检测18SrRNA基因的常规PCR方法,最后为检测表面蛋白基因的常规PCR方法。结果说明,所建立的半套式PCR方法是一种较好的羊泰勒虫检测方法。 相似文献
13.
Hughes MS James G Taylor MJ McCarroll J Neill SD Chen SC Mitchell DH Love DN Malik R 《Journal of Feline Medicine and Surgery》2004,6(4):235-243
16S rRNA gene sequence analysis provided evidence for two different mycobacterial species, Mycobacterium lepraemurium and a potentially novel species, as causative agents of 'feline leprosy'. Comparison of 16S rRNA gene sequence data obtained for M. lepraemurium and the potentially novel species indicated 12 nucleotide differences over a 446 bp region encompassing the V2 and V3 hypervariable regions. From available 16S rRNA gene sequence data, M. lepraemurium shared greatest nucleotide identity with M. avium subsp paratuberculosis and M. avium. The novel species had a long helix 18 in the V3 region and shared greatest nucleotide identity with M. leprae, M. haemophilum and M. malmoense. The novel species had an additional 'A' nucleotide at position 105 of the aligned 16S rRNA gene sequence, the only other mycobacterial database sequence having this same extra nucleotide being M. leprae. This nucleotide variation was exploited to develop specific PCR assays for the two species. These were found to be effective and specific when tested against a panel of mycobacteria including species found in feline leprosy lesions and closely related mycobacteria and also when applied directly to formalin-fixed, paraffin-embedded tissues from feline leprosy cases. 相似文献
14.
Yu DH Kim HW Desai AR Han IA Li YH Lee MJ Kim IS Chae JS Park J 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2007,69(12):1299-1301
The purpose of this study was to determine if Mycoplasma haemofelis, 'Candidatus Mycoplasma haemominutum' exist in Korea. Three hundreds and thirty one feral cats were evaluated by using PCR assay targeting 16S rRNA gene sequence. Fourteen cats (4.2%) were positive for M. haemofelis, 34 cats (10.3%) were positive for 'Candidatus M. haemominutum' and 18 cats (5.4%) were positive for both species. Partial 16S rRNA gene sequences were closely (>98%) related to those from other countries. This is the first molecular detection of feline hemoplasmas in Korea. 相似文献
15.
Hugh Cai Marie Archambault John F Prescott 《Journal of veterinary diagnostic investigation》2003,15(5):465-469
This study evaluated 16S rRNA gene sequence analysis methods as tools for identification of 22 phenotypically difficult to identify veterinary clinical bacterial isolates in a veterinary diagnostic laboratory. The study compared 16S rRNA gene sequencing and conventional phenotypic identification methods. Using 16S rRNA full-gene sequencing, 95% (21/22) of the isolates were identified to the genus level and 86% (19/22) to the species level. The conventional or commercially available manual identification phenotypic characterization methods presumptively identified 91% (20/22) of the isolates to the genus level and 1 isolate to the species level. However, only 55% (12/22) or 4.5% (1/22) of the phenotypic identifications were correct at the genus or species level when they were compared with the 16S rRNA full-gene sequencing. This study also compared 16S rRNA full-gene and partial-gene sequencing. The results demonstrated that the best 16S rRNA gene-sequencing approach is full-gene sequencing because it gives the most precise species identification. Sequencing of the variable regions 1, 2, and 3 of the 16S rRNA gene could be used for tentative identification because the ability of this sequencing to identify bacteria to the genus level is similar to that of the 16S rRNA full-gene sequencing. This method identified only 14% (3/22) isolates differently to the species level compared with the 16S rRNA full gene sequence. Sequencing of the variable regions 7, 8, and 9 is not recommended because it gives more ambiguous identifications. The cost of a 16S RNA full-gene-sequencing analysis was Can 160 dollars and Can 60 dollars for a partial 16S rRNA gene sequence, i.e., sequencing of variable regions 1, 2, and 3 or variable regions 7, 8 and 9. 相似文献
16.
17.
山东蚕区桑黄化型萎缩病病原物的分子鉴定 总被引：3，自引：1，他引：2
以采自山东省宁阳市桑园的桑黄化型萎缩病发病植株叶脉组织为材料,通过PCR扩增植原体16S rRNA基因及延伸因子基因(tuf)和核糖体蛋白基因(rp),分别得到大小约为1.4、0.8和1.2 kb的目的片段并测定序列。以该病原物的16S rRNA基因与GanBank中相关的植原体16S rRNA基因序列构建系统发育树并进行RFLP分析,结果显示该病原物属于翠菊黄化组的16SⅠr-B亚组,与翠菊黄化组16SⅠr-B亚组典型成员的同源性为99.9%。进一步对延伸因子基因和核糖体蛋白基因构建系统发育树并做RFLP分析,结果显示该病原物与翠菊黄化组的tuⅠf-B亚组典型成员和rpⅠ-B亚组典型成员的同源性分别达到99.6%、99.9%。由此在3个基因水平确定该植原体的分类地位属于16SrⅠ-B、tuⅠf-B和rpⅠ-B亚组。 相似文献
18.
桑黄化型萎缩病病原体16S rRNA基因的序列分析 总被引：9，自引：4，他引：5
用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。 相似文献
19.
一例雏鸡铜绿假单胞菌的分离鉴定及其16SrRNA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为对死亡雏鸡进行病因诊断,通过大体剖检、细菌分离、生化鉴定,证实为铜绿假单胞菌感染。测定了该分离株的16SrRNA基因序列,并与GenBank中收录的序列比较,结果发现所分离的铜绿假单胞茵及参考株的16SrDNA基因序列极其保守,相似性达99％～100％;与大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌的相似性差异约为9％;与鸭疫里默氏... 相似文献