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为研究鸭疫里氏杆菌(RA) 16S rRNA变异与OmpA基因之间的关系,提取了RA吉林分离株JL-RA1和JL-RA3总DNA,并设计特异性引物扩增两株RA保护性抗原OmpA全基因序列.结果显示,扩增出的16S rRNA序列大小均为1478 bp,OmpA片段序列大小均为1164 bp,与预期结果一致.扩增的16S rRNA与GenBank中已知的RA 16S rRNA序列同源性高达99.0％ ～99.9％,扩增的OmpA序列与GenBank中已知的RA OmpA序列同源性达93.3％ ～ 100％,编码蛋白质的氨基酸序列同源性为96％～100％. 相似文献
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《中国家禽》2016,(18)
为了解鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)贵州分离株外膜蛋白A(Omp A)和16 S r RNA基因序列的相关性以及与RA血清型之间的关系,对12株RA贵州分离株通过PCR分别扩增Omp A和16 S r RNA基因,并对其构建系统进化树和分析其系统进化关系。结果显示,12株RA分离株Omp A基因分为2个群,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.9%~100.0%和98.4%~100.0%;Omp A蛋白中有规律的变异位点为100(R/G)、143(S/P)、145(T/I)和268(S/P)。12株RA分离株16 S r RNA基因同属1个群,其核苷酸序列同源性为99.4%~100.0%。结果表明,12株RA贵州分离株Omp A基因和16 S r RNA基因序列所属的基因群无明显相关性,并且与RA血清型的分型也无直接关联。 相似文献
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【目的】了解鸭疫里默氏杆菌的耐药性、基因组结构与遗传变异程度,为鸭疫里默氏杆菌耐药性与基因组研究提供参考。【方法】本研究对1株从病死鸭脑组织分离的鸭疫里默氏杆菌疑似菌株进行了PCR鉴定、耐药性检测及全基因组框架图测序,并基于16S rDNA与管家基因对其进行了遗传进化分析。【结果】测序数据经过质控与过滤后成功组装为1个包含38个contigs的基因组框架,使用Abricate软件、CARD在线数据库共检测出6种不同的耐药基因,其中4种与耐药表型符合;将基因序列提交至MLST数据库,发现了一种新ST型,定为ST93。构建的16S rDNA和管家基因进化树结果表明,分离菌株与2株鸭疫里默氏杆菌具有较近的亲缘关系。【结论】分离鉴定得到1株鸭疫里默氏杆菌,该菌株为多药耐药菌株,其基因组中携带多个耐药基因;鸭疫里默氏杆菌的基因变异程度较大,且存在跨区域流行传播风险。在临床用药时应注意合理用药,及时监控抗性基因的水平转移,防止鸭疫里默氏杆菌跨区域流行。 相似文献
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为了解番鸭源鸭疫里默氏杆菌的耐药性,本研究对疑似鸭疫里默氏杆菌感染的发病番鸭进行细菌分离培养、革兰氏染色镜检、病鸭病原检测、生化试验、16S rRNA序列分析、PCR鉴定、药敏试验和耐药基因检测。细菌分离结果显示,分离菌在鲜血琼脂培养基上长出表面光滑、边缘整齐、有光泽、半透明的奶油状针尖大小菌落;革兰氏染色镜检呈革兰氏阴性短小杆菌,命名为GZQN201907。GZQN201907生化试验中尿素反应阳性,葡萄糖、麦芽糖、乳糖等生化反应呈阴性。其16S rRNA系统进化树与鸭疫里默氏杆菌处于同一分支;并且分离菌鸭疫里默氏杆菌OmpA基因PCR鉴定结果为阳性。其对头孢呋辛、红霉素、头孢他啶等18种抗菌药耐药,对羧苄西林和环丙沙星中度敏感,对新霉素和复方新诺明敏感。而耐药基因能检测出β-内酰胺类耐药基因VIM、TEM,四环素类耐药基因tetB,大环内酯类耐药基因ermB和ermF。药敏试验与耐药基因检测结果说明,GZQN201907对β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类3类药物的耐药表型和耐药基因检测结果一致。动物回归试验中接种GZQN201907的雏鸭在72 h内全部死亡,而对照组雏鸭未出现任何症状,说明GZQN201907对雏鸭有致病力。试验成功分离到1株番鸭源鸭疫里默氏杆菌,为鸭疫里默氏杆菌病的防治奠定基础。 相似文献
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为研究鸭疫里默氏杆菌(R.anatipestifer)血凝素蛋白的功能,本实验克隆表达了鸭疫里默氏杆菌血凝素基因,并对其蛋白定位进行了分析。根据鸭疫里默氏杆菌CH3株血凝素基因序列设计一对特异性引物,采用PCR扩增不同血清型鸭疫里默氏杆菌的血凝素基因,进行序列测定与分析。结果表明其血凝素基因全长1 059 bp,编码352个氨基酸。不同血清型鸭疫里默氏杆菌血凝素间的氨基酸同源性为94.1%～100%,与黄杆菌3519-10株血凝素的氨基酸同源性为68.0%～68.9%。采用表达的血凝素蛋白免疫鼠血清和鸭抗鸭疫里默氏杆菌阳性血清对血凝素在细菌中的定位分析表明,鸭疫里默氏杆菌血凝素可能不是一种膜蛋白,而是存在于胞浆中的一种蛋白。 相似文献
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本研究于2009年7月～2010年4月针对广东、广西、福建等养鸭密集地区进行鸭疫里默氏杆菌(RA)流行病学调查,并分离到5个RA分离株。经形态特征、生化特性和血清学鉴定表明,5个分离株与血清9型RA相似。对16S rRNA部分基因进行序列测定,并与GenBank中登录的菌株16S rRNA基因序列进行比对及系统进化分析显示:该5株分离株与报道的RA H-1785、H-2199、H-2565和P-2123的16S rRNA序列相似性较高,同源性达99.1%～99.7%,进一步证实这5个分离株为血清9型RA。 相似文献
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鸭疫里默氏杆菌OmpA基因的克隆与表达 总被引：2，自引：0，他引：2
利用本实验室分离、鉴定并保存的鸭疫里默氏杆菌血清1型湖北云梦分离株（RA-YM）,根据GenBank上的序列设计了1对引物,用PCR方法扩增了RA-YM株的主要外膜蛋白OmpA基因,并克隆到pMD18-T载体,序列测定结果表明OmpA基因全长1152bp,序列同源性分析表明该基因相当保守,与其他不同RA菌株OmpA基因之间的核苷酸序列同源性为93%～97%。用pGEX-KG构建了原核表达载体pKG-OmpA,在大肠杆菌中进行了高效表达,表达蛋白约占菌体总蛋白的30%,主要为包涵体形式。SDS-PAGE电泳结果显示表达的融合蛋白大小约为68000,Western-blot结果表明该表达蛋白具有抗原性。 相似文献
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分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基因序列进行比较分析,用Phylip 3.67软件构建进化树。结果表明,14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)模式株间的相似性为96.3%～98.0%(gyrB)、97.7%～99.6%(16SrRNA)和97.7%～99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosp.1)参考株间的相似性为88.8%～89.9%(gyrB)、96.2%～97.5%(16SrRNA)和92.6%～93.6%(rpoB)。基于3个看家基因序列的进化分析,均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种;在3个看家基因位点,鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异;gyrB基因序列分析可用于鸡杆菌分离株的种类鉴定,且对14株鸡杆菌与复合群1参考株的区别能力优于另外2个看家基因。 相似文献
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副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从云南某规模化养猪场病猪肺脏分离到1株革兰氏阴性小杆菌,经细菌生化鉴定、PCR鉴定和16S rRNA序列比对鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对四环素、红霉素、氯霉素、头孢噻吩高敏;对庆大霉素、氧氟沙星、诺氟沙星中敏;对磺胺甲唑耐药。16S rRNA分析结果表明,该分离株与GenBank中的Hps参考株AB078973(基因登录号)同源性为100%,将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。16S rRNA遗传进化关系表明,分离株与副猪嗜血杆菌3株血清5型参考株AB078972、AB078973、AB078974的16S rRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性在99.0%~99.4%之间,初步鉴定为血清5型副猪嗜血杆菌,致病性试验结果表明,分离菌株对小白鼠有强致病性,命名为YN-1株。 相似文献
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水貂奇异变形杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从辽宁某貂场发病水貂中分离到1株致病菌,命名为PMSD株,通过形态学观察和生化试验等常规鉴定发现符合奇异变形杆菌特性,进一步经VITEK 2Compact 30全自动细菌鉴定及药敏分析系统鉴定该株细菌为奇异变形杆菌。药敏试验结果显示PMSD株对氨基糖苷类药物、喹诺酮类药物等敏感,而对β-内酰胺类药物和磺胺类药物等不敏感。以细菌16SrRNA基因为模板应用通用引物进行PCR扩增,得到PMSD株的16SrRNA基因序列,长约1 504bp,提交到GenBank中,登录号:KM229530。将该序列与GenBank中序列进行BLAST比对,结果发现与其匹配度最高的均是奇异变形杆菌各株系的16SrRNA序列,均高达99%以上。选取其中前20株作为参考序列,运用生物学软件构建系统发育树并进行同源性比对,结果表明,分离菌PMSD株与20个代表菌株的同源性为98.9%~99.7%,其中与BB2000株、HI4320株、B1株和FCC141株同源性最高,为99.7%。本研究为预防和控制奇异变形杆菌引起的水貂疾病奠定了一定的基础。 相似文献
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鸡卡氏杆菌的分离与16S rRNA基因的分析鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
四川雅安某种鸡场种鸡出现消瘦,腹部膨大,肝脏肿大破裂出血,腹膜和输卵管炎为主要特征的疾病。为诊断和预防此病的发生,通过对细菌分离纯化、形态学观察、生化试验、药物敏感性试验鉴定出1株致病菌,应用通用引物对细菌的16S rRNA基因进行克隆和测序,测序结果于NCBI上进行BLAST比对,选择同源性较高的巴氏杆菌科15个属的29株细菌16S rRNA序列进行比对分析,构建遗传进化树。结果表明,分离纯化的细菌能在血平板上生长,革兰氏染色阴性短杆状,能发酵大多数糖和醇类,对头孢类抗生素敏感,16S rRNA序列与卡氏杆菌属细菌的同源性最高,在92.2%～99.5%之间,特别是与鸭卡氏杆菌同源在97.5%～99.5%之间。遗传进化树分析结果表明,该菌株与卡氏杆菌属细菌属于同一大分类群,与鸭卡氏杆菌位于同一个小分支,最终诊断该鸡场为卡氏杆菌感染。 相似文献
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从病死鸡肝脏中分离到8株革兰阴性多形杆菌,对8株分离株进行形态学和16S rDNA基因鉴定并分析ompA基因及其推导的蛋白序列遗传进化特征。16S rDNA进化分析显示,8株鸡源分离株与22株鸭疫里默杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)参考株形成一个大的进化分支,与RA模式菌株ATCC11845和22株RA参考株之间的同源性分别为99.3%~99.8%和98.8%~100.0%。根据形态学和16S rDNA基因鉴定结果,将8株分离株鉴定为RA。ompA基因进化分析显示,8株鸡源RA分离株与3株鸭源RA分离株KML1、KML2、KML3以及1株鹅源RA分离株KS9901-G形成一个大的进化分支,同源性为94.0%~99.6%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株ompA基因均发生99个核苷酸位点的突变。OmpA蛋白进化分析显示,8株鸡源RA分离株形成一个独立的大的进化分支,同源性为100%。与ATCC11845株相比较,8株鸡源RA分离株OmpA蛋白均发生19个氨基酸位点的突变。8株鸡源RA分离株对青霉素、阿莫西林克拉维酸、头孢噻吩等10种抗生物敏感。本试验在国内分离到鸡源RA,证实鸡RA感染在我国的存在,对鸡RA感染的预防和控制具有重要指导意义。 相似文献
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为调查新疆规模化奶牛场病牛死亡原因并确定病原,本研究无菌采集7份肺炎病死牛病变肺组织样,通过牛支原体液体培养基和固体培养基分离到1株支原体,采用形态学观察和生化试验鉴定该分离株,采用支原体特异性引物和牛支原体16S rRNA通用引物扩增基因序列并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的标准株序列进行同源性比对,采用Mega 6.0软件中的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)依据16S rRNA序列构建分离株系统进化树。结果显示,分离株菌落呈典型的"煎蛋样",菌落中心凹陷深入培养基,周边菲薄而透明,经Dienes染液染色后,菌落中心呈深蓝色。该分离株不分解葡萄糖、尿素、不水解精氨酸,血细胞吸附试验和溶血试验均呈阴性,氯化三苯基四氮唑还原反应呈阳性,产生膜和斑。PCR反应扩增出大小为1 911 bp的牛支原体特异性目的片段;分离株16S rRNA基因序列与牛支原体标准株PG45的序列同源性为99.8%,与牛支原体地方株(Mb NM2012、Mb HB0801、Mb Hubei-1、Mb Ningxia-1、Mb CQ-W70和Mb 08M)的同源性为99.3%～99.7%。系统进化树显示,分离株16S rRNA基因与Mb Ningxia-1株和Mb 08M株亲缘关系较近,处于同一分支。本研究结果证实了引起病牛死亡的病原为牛支原体,为新疆牛支原体病的防治提供了科学依据。 相似文献
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从河北某养鸡场80日龄左右鸡群所发生的禽霍乱病死鸡中，分离到了相应病原菌多杀巴斯德氏菌（pasteurella multocida）。对分离获得的16株菌（HPs-1至HPs-16）进行了形态特征、培养特性、理化特性等方面的鉴定，同时选取代表菌株（HPs-1）进行了16SrRNA基因的分子鉴定，测定了16SrRNA序列，构建了系统发育树。结果表明分离鉴定的16株细菌均为多杀巴斯德氏菌败血亚种（P．multocida subsp．septica），所测代表菌株的16SrRNA基因长度142bp，在GenBank登录号为AY999017，该菌株与检索出的22株巴斯德氏菌属（Pasteurella Trevisan，1887）细菌16SrRNA基因序列同源性均在98％～100％。另外，药敏试验结果显示分离株对供试的青霉素G等33种抗菌药物高敏、对克林霉素敏感、对苯唑青霉素等3种耐药。 相似文献
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致病性猪源肠球菌16S rDNA-RFLP研究及系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨分离自河南滑县、武陟等12个地区的猪源肠球菌的亲缘关系,采用对其16SrDNA基因的RFLP分析、序列分析及系统进化树的构建等方法,对12株疑似猪源肠球菌进行了研究;结果显示,12株分离株均与肠球菌同源性最高,同源率达98.1%～100%;而与猪链球菌同源率最高达85.5%,且进化树中12株菌株均位居与猪链球菌并列的肠球菌主干分支中。HandⅢ、XbaⅠ、EcoRⅠ分别对12株球菌的16SrDNA-RFLP分析发现,它们在该片段上有限制性位点,但没有产生限制性片段长度多态性;而HinfⅠ单酶切结果出现了限制性片段长度多态性,且12株分离株可分为两大rDNA图谱类群,与实际测序分析的酶切位点相一致,且找到鉴定肠球菌的350bp的分子标记。说明所分离12株球菌均是肠球菌,且不同地理种群已出现分化。 相似文献
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Dey S Singh VP Kumar AA Sharma B Srivastava SK Singh N 《Research in veterinary science》2007,83(1):1-4
The phylogenetic relationships of five isolates of Pasteurella multocida serotype B:2 belonging to buffalo, cattle, pig, sheep and goat were investigated by comparative sequence analysis of 16S rRNA gene. The 1468bp fragment of 16S rRNA gene sequence comparison showed that the isolates of cattle (PM75), pig (PM49) and sheep (PM82) shared 99.9% homology with the buffalo isolate (vaccine strain P52) whereas, the goat isolate (PM86) shared 99.8% homology with the vaccine strain. The 16S rRNA gene sequences of these isolates were also found monophyletic with type B reference strain NCTC 10323 of P. multocida subsp. multocida. The present study indicated the close relationships of haemorrhagic septicaemia causing P. multocida serotype B:2 isolates of buffalo and cattle with other uncommon hosts (pig, sheep and goat). 相似文献