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1.
以分离得到的鹅细小病毒JLDA株基因组DNA为模扳，根据GPVB株的基因序列设计一对扩增GPV VP3基因的特异引物，利用PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，与pMD18 T simple vector连接，转化到感受态大肠杆菌DH5α中，提取重组质粒经PCR鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。分析结果：JLDA病毒株的VP3基因全长1605bp，编码534个氨基酸。与国内外已经发表的鹅细小病毒Goose parvovirus virulent B strain，completegenome（vp3）、GDFSH株、QTH株、Gooseparvovirus capsid protein VP3 gene-YZ、SY株、GD-01株、SCH株和DY株的核苷酸、氨基酸序列同源性在90．90％～98．10％之间，表明这9个毒株之间同源性很高，有共同的保守序列，为开发新型基因疫苗提供依据。 相似文献
2.
鹅细小病毒主要免疫原性蛋白VP3基因遗传变异及其原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
根据鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计并合成了1对特异性引物,采用PCR技术对GPV GD-01株的VP3基因进行扩增,将目的基因克隆到pGEM(R)-T后测序,分析了GPV GD-01株VP3基因的遗传变异情况,并进行原核表达.结果表明,GPV GD-01株VP3基因全长1605bp,编码534个氨基酸(DQ665790),与已发表的GPV、番鸭细小病毒(MDPV)的核苷酸、氨基酸同源性分别为96.15%、80.1%,97.78%、89.13%,说明GPV VP3基因具有较高的遗传稳定性.结合亲水性、表面极性、抗原位点分析比较GPV、MDPV VP3基因,为研究GPV和MDPV感染谱差异的分子机制提供了一定的理论基础.原核表达显示,VP3蛋白的最高表达量占整个菌体蛋白含量的29.9%,经表达条件优化可产生大量可溶性VP3表达蛋白.SDS-PAGE与Western-blot分析显示,表达的VP3蛋白的相对分子质量约60000,并能与鼠抗GPV阳性血清反应,证明具有一定的反应原性,为进一步研制基因工程疫苗及诊断制品奠定了基础. 相似文献
3.
猪萨佩罗病毒(PSV)VP1蛋白是位于病毒粒子表面的结构蛋白,发挥主要的抗原效应。为了弄清PSV HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征,本研究设计针对VP1基因的特异性引物,通过RT-PCR扩增获得VP1基因,并重组到真核表达载体pCAGGS上,经Western blot、间接免疫荧光鉴定,成功表达VP1蛋白。随后基于PSV HNHB-01株全基因序列以及VP1基因序列与其他参考毒株的基因序列构建遗传进化树,分析遗传进化关系。结果表明：实验室分离的HNHB-01株与2017年分离的HNXX-01株亲缘关系最近,与日本株JPSV-1315关系接近;HNHB-01 VP1基因与国内2016-2017年流行的毒株HNXX-01、PSV-A2、JXXY-a2的VP1基因高度同源,与国外2009年流行的日本毒株JPSV1315的VP1基因亲缘关系较近;HNHB-01株VP1氨基酸与HNXX-01株VP1氨基酸同源性最高,同源性为99.32%。三级结构分析表明,VP1蛋白存在3条位于蛋白结构外侧的抗原表位区,对应的氨基酸序列分别为20～30 aa、90～100 aa和265～275 aa。本... 相似文献
4.
为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800 bp,由5'和3'非编码区(UTR)和一个大开放阅读框(ORF)组成。其中,5'UTR和3'UTR的长度分别为652和369 bp;ORF长度为6 756 bp,编码2 251个氨基酸长的多聚蛋白,其编码产物至少有12个(VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D);在分类地位上DHAV GX株属于DHAV-3,其与DHAV-3参考株核苷酸、氨基酸同源性最高;与DHAV-3 FS株亲缘关系最近,在同一较小分支上。DHAV GX株结构蛋白VP1以第195—201、211—221位氨基酸区段为B细胞优势表位的可能性较大。提示,VP1基因可作为研制DHAV基因工程疫苗的优势候选基因。 相似文献
5.
对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。 相似文献
6.
为测定猪源脑心肌炎病毒(EMCV)NJ08分离株全基因序列,本研究应用RT-PCR方法分5个基因片段扩增NJ08分离株的基因组,同时应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增3'-UTR和5'-UTR,分别克隆于pMD18-T载体中进行测序,获得EMCV NJ08株全基因组cDNA序列,并将全基因组及其推导的氨基酸序列与GenBank中登录的国内外参考病毒株进行同源性比较及系统进化分析.结果表明:EMCV NJ08分离株基因组全长7 724bp;属于Ia亚群;与GXLC、GX0602、BJC3、HB1等国内分离株以及BEL-2887A、CBNU、K3、K11、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99%以上;EMCV流行株的非结构蛋白中3D最为保守,2A变异最大,结构蛋白中VP2最为保守,VP1变异最大.本研究丰富了我国EMCV分子流行病学资料. 相似文献
7.
《中国兽医学报》2014,(9):1435-1441
RT-PCR获得兔出血热病毒SQ-1株基因组序列,对非结构蛋白与结构蛋白基因序列进行了遗传演变分析,基于各非结构蛋白核苷酸序列同源性尽管存在微小差异,但原始毒株和变异毒株分类结果一致,SQ-1株归属变异毒株,这与以病毒结构蛋白VP60、VP10蛋白基因的分型结果相同;以VP60蛋白分析SQ-1毒株在时间与空间的遗传进化来源,发现核苷酸、氨基酸序列同源性最高的分别是于2009年报道的俄罗斯毒株与2005/2006年我国分离毒株,同时,氨基酸序列同源性在99.3%以上毒株分布于我国、美国、德国与法国等,有的毒株流行时间久远。这说明该病毒的遗传进化比较复杂,决定其进化来源的因素好像与地域分布、流行时间等无关,而是可能与该类型毒株可以在免疫动物体内存活并同源重组有关。同时,分析了RHDVa群毒株目前和未来的遗传变异趋势及其对抗原性的影响,以及RHDVa群与原始群之间遗传演化氨基酸位点差异相关性,初步阐明了我国流行毒株的特点,这对于深入研究变异型病毒的遗传进化机制、防控该病将发挥重要指导作用。 相似文献
8.
为了解近年鸭圆环病毒流行毒株的基因遗传特点和变异情况,通过采用PCR的方法对我国部分地区的30份鸭圆环病毒阳性样品进行全基因组扩增与克隆、序列测定及遗传进化分析。结果显示:30株DuCV流行毒株之间的全基因序列同源性为85.8%~99.9%,其中26株DuCV的全基因序列长为1993~1995 bp,与德国代表株处于同一进化分支,属于基因1型,4株DuCV的全基因序列仅有1988 bp,与中国台湾代表株属于同一进化分支,属于基因2型;Cap蛋白和Rep蛋白的氨基酸序列的变异分析表明Cap蛋白的变异程度要显著高于Rep蛋白。 相似文献
9.
《中国动物传染病学报》2016,(1)
本研究采用MDCK细胞从养殖场患病猪的鼻拭子样品中分离获得1株猫的杯状病毒(Feline calicivirus,FCV),命名为GX01-2013。采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和分析。结果表明,该毒株基因组全长7704 bp,与哈尔滨分离株HRB-SS较为相近,其核苷酸同源性为82.3%。根据FCV衣壳蛋白构建的遗传进化树分析,发现该病毒与F9、F4、225和2024疫苗株均不在同一分支,氨基酸同源性为84.2%~87.7%,各毒株间无明显地域差异。此外,VP1蛋白的E区(426~521aa)发现有4个中和性抗原位点发生改变。 相似文献
10.
新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析 总被引：4，自引：1，他引：4
根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2对引物，对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定，其基因序列全长均为1662bp，编码553个氨基酸，均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV参考株的F基因序列进行了比较。结果表明，核苷酸序列的同源性为82．6％～98．1％，氨基酸的同源性为87．7％～98．7％。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(^112R—R—Q—K／R—R—F^117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明，10株NDV广西分离株中GX1／00、GX2／00、GX4／00、GX6／02、GX7／02、GX9／03、GX10／03和GX11／03为基因Ⅶd亚型，GX3／00和GX5／00为基因Ⅲ型。 相似文献
11.
HUANG Yun-xiu LI Chuan-feng MENG Chun-chun CHEN Zong-yan LI Lu SONG Kai-jie LIU Guang-qing WEI Tian-chao 《中国畜牧兽医》2015,42(5):1039-1047
In order to investigate the genotypic characteristics and biological characteristics of major capsid protein (VP1) of duck hepatitis A virus (DHAV) GX strain, the whole genome of GX strain was sequenced and compared with 3 serotypes reference strains of DHAV by the molecular biology software.The results showed that the full-length genome of DHAV GX strain was 7 800 bp, including 5'UTR (652 bp), 3'UTR (369 bp) and ORF (6 756 bp) encoding 2 251 aa and its coding products were 12 (VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D) at least.Sequence analysis showed that DHAV GX strain could be ranked DHAV 3 style.This strain shared the highest homology with DHAV-3 reference strains; Furthermore, GX strain and DHAV-3 FS strain were in the same cluster, might come from the same ancestor.Amino acid segments locating in 195 to 201 and 211 to 221 aa could be larvaceous dominant B-cell linear epitopes.It suggested that VP1 gene could be used as a candidate gene for the development of genetic engineering vaccine of DHAV. 相似文献
13.
10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：4，自引：2，他引：4
根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000~2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基。其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点。除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E)。与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%~97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%~98.1%之间。 相似文献
14.
从北京地区疑似细小病毒感染的犬粪拭子中成功分离鉴定出14株犬细小病毒（CPV）毒株,并对其完整的VP2和NS1基因进行了序列分析。结果表明,鉴定到的14株CPV毒株中,7株为New CPV-2a型,7株为CPV-2c型。此外,NS1的19、33、293、588、624和656位氨基酸以及VP2的13、574位氨基酸为新鉴定的氨基酸突变位点。基于VP2、NS1基因的系统进化分析表明,大部分的New CPV-2a型和CPV-2c型毒株与广西南宁和吉林长春地区的分离毒株亲缘关系密切,说明本次分离毒株与广西或吉林地区分离毒株具有相同的起源。本研究为更好地开展犬细小病毒流行病学调查提供了有益借鉴,也为深入研究犬细小病毒变异和传播的分子机制奠定了基础。 相似文献
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为了解牛乳头瘤病毒1型（bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1）广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945 bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株（M20219.1）、BPV-13型参考株（JQ798171.1）同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
17.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。 相似文献
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犬圆环病毒(CanineCV)是近年被发现的圆环病毒属新成员,获取CaineCV Cap蛋白,为研究Cap蛋白的功能以及抗原表位奠定了基础。本研究以CaineCV GX2017株基因组作为模板,使用PCR方法扩增出Cap蛋白的基因序列,对其进行生物信息学分析,并克隆至pET-28a原,进行原核表达。结果表明:GX2017的N端2~26位氨基酸存在一个核定位信号,同时含有3个B细胞表位(aa7~aa14;aa150~aa174;aa233~aa253);第134位氨基酸为N-糖基化位点,第169和第238位氨基酸为O-型糖基化位点;进化分析表明,本研究的CanineCV Cap蛋白基因序列与欧美株同源性较低,且处在不同的分支;SDS-PAGE结果显示,重组Cap蛋白在E.coli BL21(DE3)中不能正确表达,切除了NLS的d(1-26)Cap蛋白能在E.coli BL21(DE3)中大量表达;Western blot 分析表明,该重组蛋白能与Anti-His 标签抗体发生特异性反应。本研究成功构建了pET-d(1-26)Cap重组原核表达质粒,并在大肠杆菌中获得高水平表达,为进一步制备Cap蛋白的抗体奠定了基础。 相似文献
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为全面了解广西分离株GX19／2011的生物学和遗传特性,对分离株的鸡胚平均致死时间（MDT）、1日龄鸡脑内接种致病指数（ICPI）、6周龄鸡胚静脉接种致病指数（IVPI）和对鸭的致病力进行测定,并对其全基因遗传特性进行研究研究。结果显示：该分离株的ELD50为10-9.48/0．1mL、MDT为51．4h、ICPI为1．80、IVPI为2．82。使用该毒株分别感染35日龄和50日龄的鸭,发病率均为100％,死亡率分别为100％,70％。该毒株全长为15192bp,与F48E8和GD09-2等参考毒株的亲缘关系较近,均属于基因IX型。该分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为11R-R-Q-R-R-F117,具有强毒株的典型特征。生物学特性和遗传进化分析结果都表明该毒株为速发型强毒株,同时对鸭具有较强的致病力。 相似文献