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从病猪肿大的跗关节中分离了1株疑似肠球菌菌株,经过常规方法进行染色特性、培养特性观察以及敏感性和致病试验,利用Vitek-32全自动细菌鉴定系统进行生化特定,并用PCR方法扩增分离株的16S rRNA基因克隆测序,与GenBank上登录的相关菌株及3个粪肠球菌标准菌株进行16S rRNA序列比较、同源性分析并构建系统发... 相似文献
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利用16S rRNA基因序列分析方法对1株临床分离乳源菌进行鉴定并确定菌株的进化位置。抽提细菌DNA基因进行16S rRNAPCR扩增,并对扩增产物测序。成功扩增出长度为1 432 bp的核苷酸序列。该临床分离的乳源菌与GenBank上的已知序列进行了同源性比较,克隆到的序列与Y15856的同源性最低,为99.6%;与AB305019、D83353.1和FM875711.1的同源性最高,达99.9%。该试验菌为金黄色葡萄球菌且16S rRNA基因是高度保守的。利用16S rRNA基因序列分析鉴定细菌是一种快速、准确、方便的方法。 相似文献
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16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株 总被引：3，自引：1，他引：2
根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。 相似文献
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从传统发酵酸肉中分离出一株乳酸杆菌(XC10001),利用API鉴定系统、16S rDNA同源性分析以及recA基因多重PCR特异性扩增3个方法对该菌株进行鉴定,API鉴定结果和16S rDNA同源性分析结果都表明该菌株同植物乳杆菌的同源性最高;多重PCR扩增后发现一条约300 bp的recA基因特异扩增片段,对该片段测序后发现同植物乳杆菌ATCC14917序列完全相同,因此将该菌确定为植物乳杆菌.菌株XC10001的16S rDNA序列的国际基因序列注册号为HM446157. 相似文献
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天津某规模化鸡场出现一批疑似大肠杆菌（Escherichia coli,E. coli）感染的病鸡,为分离该鸡病的病原菌并分析其致病性,研究通过临床综合诊断、病料采集、细菌分离培养、鉴别培养基和生化鉴定、16SrRNA检测、系统进化树与同源性分析、药敏试验、毒力基因检测、小鼠致病性试验及病理组织学观察等综合分析。结果显示,临床剖检可见典型的腹膜炎、肝周炎、心包炎等症状;分离菌株革兰氏染色为阴性短小杆状菌,培养基和生化鉴定结果与大肠杆菌的生长特性一致;16S rRNA特异性引物PCR扩增和系统进化树及同源性分析发现,分离菌株与大肠杆菌亲缘关系为同一分支,同源性高达99.99%以上;药敏试验显示该分离菌株对氟苯尼考高度敏感,对四环素、多西环素中度敏感;PCR扩增出fimC、hlyF、ompT和iroN4种大肠杆菌毒力基因;动物致病性试验中接种分离菌株的小鼠在16h内全部死亡,且在小鼠肝脏和血液中均检测到细菌;病理组织学观察发现感染小鼠的肝脏、心脏、肺脏、肾脏、脾脏以及肠道均受到不同程度损伤。研究结果表明,该病鸡分离菌株为大肠杆菌,且该菌株具有多重耐药性并携带多种毒力基因,对动物有较强的致病... 相似文献
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利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌 总被引：2，自引：0，他引：2
对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357. 相似文献
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对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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鸭疫里氏杆菌广西分离株16S rRNA基因序列的测定和系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16S rRNA基因序列进行比较、系统进化关系分析发现:3株RA分属两个基因群,I群(GXRA 01)与AY 871818和AY 871819的16S rRNA序列的同源性达99.9%,Ⅱ群(GXRA 07、GXRA 09)与G enB ank中16S rRNA序列的同源性达99.3%-99.6%,GXRA 07与GXRA 09之间的同源性为100%,表明这3株菌株应为鸭疫里氏杆菌。 相似文献
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湖南省柑橘溃疡病菌gyrB和16S rRNA的扩增和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2016,(5)
为了解湖南省不同地区柑橘溃疡病菌遗传多样性,从湖南省黔阳、祁阳、衡山、道县、茶陵、永兴、沅江、零陵8个柑橘主产区采集样本,分离病原菌,PCR扩增其gyrB基因和16S rRNA序列,阳性样品送样测序。利用生物信息学软件,将测序结果与GenBank中柑橘溃疡病菌相近的黄单胞杆菌构建系统发生树,对比2个不同序列扩增的分辨率。结果表明,gyr B基因比16S rRNA序列分辨率高;利用gyr B基因除了能分析亲缘较近的外源菌株,还能对同属但是生长地区有异的菌株进行更深入的区分。 相似文献
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2015年6月,内蒙古某牛场爆发疑似气肿疽疫病,为了有效防控该病,无菌采集炎性气肿的肌肉进行需氧和厌氧菌的分离鉴定和药敏试验,结果在厌氧条件下从患病牛肌肉内分离出无荚膜,革兰氏染色呈阳性两端钝圆的杆菌。经表型特征和生化鉴定表明分离菌株与气肿疽梭菌相符,进一步对16S rDNA通用引物扩增得到的基因测序结果分析表明,其与气肿疽梭菌株同源性最高达95.8%,毒素检测表明含有α毒素。以上结果证明该菌株为气肿疽梭菌。分离菌株对蒽诺沙星、环丙沙星等药物高度敏感。为该病的防制提供了理论依据和物质基础。 相似文献
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酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定. 相似文献
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【目的】对福清一山羊养殖场发生的山羊肺炎病原进行确诊,为福建山羊溶血性曼式杆菌的分离鉴定及检测提供研究基础。【方法】对剖检采取的组织进行细菌分离培养,随后对溶血性曼氏杆菌、羊口疮病毒、绵羊肺炎支原体和丝状支原体簇等羊常见呼吸道病原进行PCR检测,对分离菌进行16S rRNA基因克隆测序,并对分离株进行药物敏感性研究。【结果】细菌分离培养结果显示:从病死羊肺脏中分离到1株细菌;PCR检测结果显示,除溶血性曼氏杆菌有扩增条带外,未检测到其他病原;16S rRNA测序结果显示:分离株16S rRNA基因序列与GenBank上公布的其他溶血性曼氏杆菌的同源性为97.1%～100.0%,与溶血性曼氏杆菌美国D171参考株同源性高达100%;以上结果表明分离菌为溶血性曼氏杆菌,命名为FJ-FQ2018。药物敏感性试验表明分离株对氟苯尼考、恩诺沙星、头孢噻吩、头孢唑啉、环丙沙星等高敏,对氨苄西林中敏,对多粘菌素B、林可霉素低敏。【结论】福建某养殖场引进的山羊发生肺炎后经病原分离鉴定确诊为溶血性曼氏杆菌感染,分离菌株对8种抗生素的耐药性存在差异。 相似文献
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从盐田样品中分离到1株中度嗜盐菌HBCC-4,为革兰氏阴性,杆状.采用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的HBCC-4进行16S rRNA基因扩增、克隆及序列分析.PCR扩增目的片段长约1.5 kb,测序后得到1条长度为1466 bp的核苷酸序列,并登陆GenBank(序列号:EU409294).利用Clustalx1.8、MEGA 4.0软件对其进行同源性比较和系统发育学分析,结果表明,HBCC-4与志贺氏菌属(Shigella)中的痢疾志贺氏菌Shigella dysenteriae FBD013T 亲缘关系最近,序列相似性为99%. 相似文献
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[目的]研究C型产气荚膜梭菌α毒素基因核苷酸序列的遗传变异特点。[方法]设计产气荚膜梭菌α毒素基因特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后测定核苷酸序列并与NCBI登录的参考序列通过DNAStar软件进行同源比对。[结果]序列分析表明,所测菌株α毒素基因核苷酸组成中腺苷酸含量较高,胞苷酸含量较低。所测菌株与13、C57-1、CER 89L43、S01、S08、T01以及T16菌株的核苷酸序列同源性分别为98.7%、98.7%、98.6%、98.8%、98.7%、97.0%、98.6%,推导的氨基酸序列同源性分别为98.6%、98.6%、98.9%、98.9%、98.9%、98.6%、98.6%。[结论]所测C型产气荚膜梭菌α毒素基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列与参考序列同源性均较高。 相似文献
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研究旨在获得猪肺炎支原体山西地方株,以期补充猪肺炎支原体山西地方株的菌株信息,为山西猪支原体肺炎的诊断及防治提供理论依据。将具有猪支原体肺炎典型病理特征的肺脏剪成米粒大小,放入KM2液体培养基,盲传培养后在固体培养基中纯化培养,用16S rRNA和种特异性基因P36进行PCR检测,对P36扩增结果测序与登录NCBI GenBank的猪肺炎支原体进行同源性比较,并构建系统发育树。结果显示,液体培养基变色提示培养基中含有猪肺炎支原体;菌落中间暗、边缘光滑,呈典型的"煎蛋样",大小0.2μm左右,生理生化特性符合支原体特性;16S r RNA和P36基因经PCR扩增确认分离菌株为猪肺炎支原体,并命名为JZ01株。JZ01株是从山西最近发病且致病性严重的猪肺中分离而来,其不仅能成功适应人工培养基,而且传代生长良好,为潜在的疫苗菌株。 相似文献
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为鉴定从内蒙古通辽市某马术俱乐部发病及死亡赛马体内分离出的一株病原菌,本研究对分离菌株进行革兰氏染色镜检、动物致病性试验、全自动微生物分析系统检测、16S rRNA基因扩增、系统进化树分析及部分毒力基因PCR检测。结果显示:分离株生化特性符合蜡样芽孢杆菌的特性;其对克林霉素、庆大霉素等药物敏感,对头孢西丁、环丙沙星等药物中度敏感,对氨曲南、头孢唑林等药物耐药;16S rRNA基因序列与GenBank中已登录的蜡样芽孢杆菌序列同源性为100%;系统进化树分析表明,分离株与蜡样芽孢杆菌等亲缘关系最近;毒力基因PCR检测结果显示,8种潜在的毒力基因entFM、cytK、hblA、hblC、hblD、nheA、nheB、nheC均呈阳性。试验结果表明,该分离菌株为具有严重致病性的蜡样芽孢杆菌。 相似文献