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1.
为构建缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒（PERV）5＇非编码区（5’UTR）克隆，分析5’UTR的转录调控规律，以质粒WZSP-293—5’UTR为模板，应用重组PCR方法分别扩增5’UTR与缺失引物结合区及前导序列（PBS—Leader），即51UTR（5＇长末端重复区）、U3区、R区、U3区中重复序列的51UTR等5种PCR片段，并分别将其克隆至T载体上，挑取阳性克隆，酶切鉴定插入方向，选择正确方向插入的克隆，删序并进行序列分析。结果表明，构建了系列功能区缺失的5种51UTR克隆，分别命名为UTR—PMD、LTR—PMD、UTR—U3-PMD、UTR-R—PMD、UTR—U—PMD以备后用。结论：在PERV5＇UTR的不同功能区中含有一系列可能的转录因子结合位点；中国五指山猪内源性反转录病毒（WZSP—PERV）在293细胞中传代时，不仅U3重复区数目增加，重复亚型也发生了一定的改变。 相似文献
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利用CDNA末端快速扩增技术（RACE）成功扩增了广西巴马小型猪近交系连续4代次及封闭群的猪内源性反转录病毒（PERV）3UTR,共获得8条序列（GenBank登录号分别为：GQ475493、GQ475494、GQ475495、GQ475496、GQ475497、GQ475498、GQ475499、GQ475500）,分为638、749bp 2种不同的类型,都属于PERV-A亚型。以PERV-3UTR构建遗传进化树,PERV-A,B,C分群清晰,3UTR可作为PERV亚型区分的另一基因序列。对调控元件定位分析,推测具有749bp类型3UTR的PERV病毒转录水平更高。在所获得序列的209～227bp位置,发现了＂CTTGAAACTT＂10个碱基的1.9个重复。模拟RNA二级结构,广西巴马小型猪PERV-3UTR 2种类型无论从空间构型、自由能,还是茎环数量都存在明显的不同。这些结果为全面评价广西巴马小型猪来源的PERV病原安全性提供了参考。 相似文献
3.
猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1可能是异种移植(从猪到人)中的有害因子。众所周知,长末端重复序列(LTRs)是强启动元件,能够控制PERV元件和邻近功能基因片段的转录活性。本试验通过生物信息学和试验分析对猪组织中PERVγ1 LTRs的转录活性进行了研究。经RT-PCR扩增及测序鉴定出69个不同的LTR转录元件。并根据种内变异将69个LTR元件分为6个类型(15个亚型),包括串联重复序列,插入和缺失(INDEL)。更值得注意的是,所有的种内变异都发生在LTR元件的U3区域。本试验结果表明,不同PERV LTR转录体的分子特性及鉴定为进一步研究PERV及其转录奠定了基础。 相似文献
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作者介绍了国内外猪内源性反转录病毒（PERV）研究进展,简述了中国不同品种小型猪PERV存在情况、PERV前病毒全基因克隆与序列分析、细胞水平鉴定方法、感染HEK293细胞研究平台的创建、猪A3F对PERV的抑制作用研究,以及从分子遗传学上揭示不同品系PERV特异性等创新性研究成果,分析了五指山小型猪近交系具有PERV基因拷贝少且没有PERV-C等特异性,以及展望培育中国PERV阴性猪新品系方法等研究,以期为人类异种器官移植和生物医用材料产品安全性研发,解决小型猪PERV疾病传播危险性提供科学对策和新的方向。 相似文献
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猪THRSP基因5'侧翼区序列转录调控活性的鉴定 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究旨在对猪THRSP基因5′调控区TP526序列进行转录调控活性的鉴定,以鉴别THRSP基因调控区的功能。提取猪耳组织基因组,利用PCR技术克隆THRSP基因5′调控区TP526序列,将其插入荧光素酶报告载体中(pGL3-Basic),构建猪THRSP基因5′调控区TP526序列调控的荧光素酶报告载体(pGL3-TP526/promot-er),经PCR鉴定后,转染293T细胞,利用双报告基因检测TP526序列的启动子活性。结果显示,pGL3-TP526/promoter调控的表达载体,其萤火虫与海肾荧光素酶荧光强度之比(1.816 2±0.253 3)显著高于pGL3-Basic(0.126 7±0.020 3),呈高效表达(P<0.01)。THRSP基因5′调控区TP526序列具有启动子调控活性。 相似文献
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以猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）北美株感染性克隆pCBC2为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR获得在病毒基因组5′非编码区（5′UTR）和ORF1起始密码子之间插入NdeⅠ的全长克隆pTLNd4,并以此为基础将5′UTR替换为欧洲株的5′UTR,获得全长克隆pTLV8。以体外转录的RNA转染MARC-145细胞。结果显示,pTLNd4产生了细胞病变（CPE）,而pTLV8未产生。通过RT-PCR和Northern blot试验,分别对这2株突变病毒的基因组RNA复制和亚基因组mRNA转录水平进行了分析,同时还对pTLNd4进行了病毒学试验。证实,它们与亲本病毒无论从分子生物学水平或病毒学水平都无明显差异;pTLV8虽未产生CPE,但在病毒传代细胞中检测到了基因组RNA,说明替换不同基因型5′UTR的突变病毒虽然丧失了复制能力和感染性,但仍然能够提供病毒RNA合成所需要的顺式调控因子。 相似文献
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中国巴马小型猪内源性反转录病毒的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
目的 :对我国特有巴马小型猪内源性反转录病毒 ( porcine endogenous retrovirus,PERV)的存在与 m RNA的表达情况进行检测 ,了解巴马小型猪内源性反转录病毒的携带情况。方法 :根据以往建立的 PCR、RT-PCR检测方法 ,对来自于巴马小型猪外周血淋巴细胞的 DNA和RNA样品进行 PERV核心蛋白基因 ( gag)、多聚酶基因 ( pol)及囊膜基因 ( env)的存在与表达进行检测 ;同时 ,根据目前通用的 env基因分型方法检测 PERV env-A、env-B、env-C的存在与表达。结果 :在 1 2个被检的 DNA样品中均检出了PERV特异性 DNA的存在 ;同样 ,在 1 2个被检的 RNA样品中均有 PERV特异性 RNA的表达 ,且所表达的 PERV均为 A型和 B型 ;其中有9个 DNA样品检测出 PERV-C型的存在 ,所有样品中均未检出 C型 PERV的表达。结论 :检测结果表明 1 2个被检巴马小型猪基因组中存在着内源性反转录病毒序列 ,且能以 m RNA的形式表达 ,这一结果为我国特有小型猪的开发、利用及其病毒安全性评价奠定了基础。 相似文献
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为分析近交系连续3代次五指山小型猪内源性反转录病毒囊膜基因(PERV-env)变异特征,本研究采用PCR方法对该基因进行扩增、克隆和序列测定,将其与参考序列比对和遗传进化分析.序列分析显示:PERV-env核苷酸序列与参考序列之间的同源性为98.3 ％～99.3％,具有明显G→A突变,并且偏好发生于GA、GG.进一步分析表明,在PERV-env序列190 bp和1 875 bp位置均有G→A突变发生.PERV-env基因遗传进化树分析表明,五指山来源的PERV与国外小型猪PERV-A亲缘关系较近,但仍存在差异.本实验将有助于PERV分子特性的研究,为进一步开展异种移植中PERV的安全性评价奠定基础. 相似文献
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为了扩增并分析猪卵泡颗粒细胞中血管内皮生长因子A(VEGFA)基因3编码区(3′UTR)序列、构建VEGFA 3′UTR荧光素酶报告质粒以及利用双荧光素酶报告基因验证miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系,试验通过RT-PCR扩增VEGFA 3′UTR,并用生物信息学方法分析预测其保守性及潜在的互作miRNA,最后将扩增的VEGFA 3′UTR序列克隆至荧光素酶报告载体中,与miR-361-5p mimics(试验组)或NC mimics(对照组)共同转染293细胞,通过双荧光素酶报告系统检测两组细胞的荧光素酶活性,从而鉴定miR-361-5p与VEGFA 3′UTR的靶向关系。结果表明:在猪卵泡颗粒细胞中成功扩增了VEGFA基因3′UTR序列,其在哺乳动物中保守性较高,有多个潜在miRNA结合位点;成功构建了VEGFA基因3′UTR荧光素酶报告质粒,证明了miR-361-5p可以直接作用于VEGFA基因3′UTR,抑制其荧光素酶活性。 相似文献
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为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据reBD-1cDNA的已知序列,设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,克隆reBD-1cDNA的5′末端序列。结果成功的克隆出了reBD-1cDNA的3′和5′末端序列,从而得到372bp的reBD-1cDNA全序列,其中包含44bp5′非翻译区(UTR)、192bp的开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′UTR和poly(A)15。reBD-1cDNA全序列的获得为进一步研究其基因结构、基因表达和基因功能奠定了基础。 相似文献
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聚合酶链反应检测4种猪源细胞系中的内源性反转录病毒 总被引：5，自引：0，他引：5
为了建立检测猪内源性反转录病毒（porcine endogenous retrovirus,PERV)的特异性方法，根据巳发表的PERV的序列，设计并合成了针对PERV核心蛋白（gag）、多聚酶（pol)、囊膜蛋白（env）基因的3对引物，预期扩增片段分别为361、150、265bp。应用PCR技术检测了PERV在4株猪源细胞中的整合情况。结果表明，在所有被检细胞的基因组中均存在有PERV的前病毒序列，应用RT-PCR检测上述4株猪源细胞中PERV特异性MRNA的表达，结果均为阳性。试验还对建立的上述2种方法的特异性进行了探讨，结果表明试验建立的PERV检测法具有较高的特异性。该方法的建立为进一步研究PERV奠定了基础，还可对异种移植动物模型及异种移植受体进行病原安全性监测。 相似文献
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为了解猪内源性反转录病毒(Porcine endogenous retrovirus, PERV)在海南地方猪种五指山猪和海南猪基因组中的存在状况。试验利用猪内源性反转录病毒特异性引物对这两种猪的基因组进行PCR检测。结果显示:PERV普遍存在于海南地方猪基因组中,其中在五指山猪中PERV-A、PERV-B、PERV-C存在率分别是100%、100%、20.69%;在海南猪中PERV-A、PERV-B、PERV-C存在率分别是100%、100%、25.49%。该研究为海南地方猪的开发、利用及其病毒安全性评价奠定了基础。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2010,(11)
以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆为平台进行反向遗传操作,利用突变PCR将5′非翻译区(5′UTR)中部分一级序列进行系列突变,以改变5′UTR二级结构中的一保守茎部结构,从而解析PRRSV5′UTR中结构与功能的关系。通过DNA转染MARC-145细胞观察突变体克隆的感染性,并通过免疫荧光及Northern blot来研究拯救后突变病毒的复制、转录特性,以及通过空斑形态学分析突变病毒的生长特性。结果表明,PRRSV5′UTR中保守茎部结构的二级结构与病毒的拯救无直接关系,但其一级核苷酸序列却是PRRSV病毒复制所必需的,作者还找到直接调控病毒复制的核心位点。由此证实了5′UTR中调控PRRSV复制过程的必需序列,为进一步解析PRRSV复制过程的调控元件奠定了基础。 相似文献
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中国巴马小型猪封闭群内源性反转录病毒存在状况分析 总被引：4，自引：0，他引：4
检测分析猪内源性反转录病毒(porcine endogenous retrovirus;PERV);PERV)在中国巴马小型猪封闭群中的携带情况.根据本实验室已建立的PCR、RT-PCR检测方法,对来自于巴马小型猪外周血淋巴细胞的DNA和RNA样品进行PERV核心蛋白基因(gag)、多聚酶基因(p0l)及囊膜基因(env)的存在与表达进行检测;同时根据目前通用的env基因分型方法检测PERVenv-A、env-B、env-C的存在与表达情况.所有被检样品不仅存在PERV gag、pol、env特异性DNA,而且都能够转录为RNA;所有样品同时存在PERV A、B亚型的前病毒,且有70%个体还同时存在PERV-C亚型前病毒,但仅有90%样品检测到PERV-A亚型的表达,50%检测到PERV-B亚型的表达,而所有的样品均未检测到PERV-C型的表达.巴马小型猪封闭群外周血淋巴细胞基因组中存在PERV-A、B、C 3种亚型,但仅有A、B两种亚型能够表达.PERV-A、B、C 3种亚型的同时存在,预示着巴马小型猪封闭群中存在不同亚型病毒重组的可能性. 相似文献
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猪内源性反转录病毒使异种移植猪细胞、组织和器官存在风险,猪内源性反转录病毒A和猪内源性反转录病毒B都出现在猪基因组中,并能在体外感染人.猪内源性反转录病毒C只感染猪细胞,并可整合到大多数猪基因组中,但不是全部.猪内源性反转录病毒A和C的重组能感染人细胞,并大量复制.为了避免这种重组,猪内源性反转录病毒C阳性动物不能用于异种移植.为检测猪内源性反转录病毒C阳性猪,建立了多种不同的方法,如用不同引物建立的特异性PCR技术、异种高灵敏度的巢氏PCR技术和可定量前病毒拷贝数的实时定量PCR技术.实时定量PCR技术可用于区分污染和真正的前病毒分子.这些PCR方法经过优化,具有稳定的检测灵敏性.首先进行PCR1,如果检测结果为阴性,则进行PCR2或PCR5或巢氏PCR；如果检测结果是阳性,则进行实时定量PCR来排除污染.使用这些方法可评估猪内源性反转录病毒C的流行程度和识别未感染猪内源性反转录病毒C的动物.由于可能从其它动物细胞带来污染,不是使用耳活体检测,而是采用血细胞检测. 相似文献
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人们广泛认为动脉炎病毒的基因组5′非翻译区（untranslated region,UTR）在病毒基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录和蛋白翻译过程中发挥关键作用,然而其结构与功能仍然在很大程度上不为人知。现基于2型猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）感染性克隆pAPRRS的基础,构建了一系列5′UTR的5′末端缺失突变体,利用RNA和DNA转染,分析了拯救病毒的遗传学与病毒学特征,发现拯救病毒的5′末端突变位点被一些不知来源的AU-rich外源序列所修复。基于T7启动子与CMV启动子转录起始位点的不同,我们人为引入一段GC-rich的序列以研究病毒的自我修复是否为模板依赖性,结果发现病毒的外源序列修复机制是非模板依赖的。通过二级结构预测分析发现,在PRRSV5′UTR中的第一个茎环结构是病毒感染性必不可少的。 相似文献
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参照GenBank中Purdue株全序列对5′和3′非编码区各设计一对特异性引物,经RT-PCR分别获得了2 957 bp和516 bp大小的片段,与预期结果大小相符。猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TS株与Puedue株、TH-98和FS772/70株的5′UTR核苷酸序列同源性分别为99.4%,99.3%,99.0%,TGEV TS株的3′UTR与Miller、Purdue、Niigata、h-5株的核苷酸同源性均为100.0%,与Aomori和Ogawa的同源性为99.3%。对非编码区的二级结构进行分析发现其具有复杂的二级结构。 相似文献
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为了解近两年在中国东北地区出现的J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的分子生物学特性,作者从东北地区不同养禽场先后分离鉴定12株ALV-J,并对其env基因、3′UTR和3′LTR区序列进行测定和比较分析。结果显示,12株ALV-J分别位于env基因遗传进化的3个不同分支(group),其中group2和group3中毒株在env基因分别出现大片段氨基酸缺失和与其他亚群毒株重组现象;12株ALV-J在3′UTR区仍存在较大差异,具有完整E组件的ALV-J占主导地位;12株ALV-J在3′LTR区的变异主要集中于U3区,但是位于U3区的C/EBP、CArGbox、Y box、PRE box和TATA box等转录调控元件却高度保守。以上结果表明,目前中国ALV-J的基因变异仍主要集中在env基因和3′UTR区,且env基因已出现缺失或重组等新的变异趋势,并可能是ALV-J流行范围扩大、组织嗜性和致肿瘤作用明显改变的重要遗传基础。 相似文献