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1.
山东潍坊地区某鸭场养殖的21日龄樱桃谷鸭突然发病,病鸭主要表现翅腿瘫痪等神经症状,排黄绿色或黄白色稀粪,病死率5%左右。为了确定发病鸭群感染病原的种类,首先采集病死鸭肝脏,处理后接种9日龄~11日龄SPF鸡胚进行病原分离。其次,对分离的病原RT-PCR扩增和序列测定,MEGA5绘制系统发育进化树,DNA Star软件分析核苷酸同源性。结果表明,通过SPF鸡胚分离到一株坦布苏病毒(TMUV),命名为TMUV-SDWF。该病毒株基因组全长为10 990nt,编码1个含3 426个氨基酸的多聚蛋白。系统发育进化树分析显示,TMUV-SDAG毒株属于Ⅰa分支。核苷酸同源性分析表明,TMUV-SDSG与GenBank上公布的16株不同TMUV分离株核苷酸同源性高达97.0%~99.8%。成功分离鉴定一株鸭坦布苏病毒并对其进行了遗传进化分析,为鸭坦布苏病毒弱毒或灭活疫苗的筛选制备及该病毒分子流行病学的研究奠定了基础。 相似文献
2.
坦布苏病毒鸡源分离株全基因组及遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解引起鸡产蛋骤降的坦布苏病毒全基因组分子特征,本试验运用RT-PCR技术克隆测定了2株坦布苏病毒鸡源分离株全基因组序列,其基因组为10 990nt,包含1个10 278nt的开放阅读框架,与GenBank数据库中登录的坦布苏病毒参考株一致,与2010年以来的坦布苏病毒毒株核苷酸及推导氨基酸同源性均在98%以上,与2010年前的坦布苏病毒核苷酸和氨基酸序列同源性仅分别为88%和96%左右。基于坦布苏病毒全基因组序列的分子系统进化分析,发现2株鸡源坦布苏病毒与2010年以来分离的各种禽源坦布苏病毒株均处于同一大的进化分支,且相互间的遗传距离均小于2%。以上研究结果表明,坦布苏病毒鸡源分离株与其他禽源病毒分离株的基因组差异不明显,各分离株亲缘关系非常近。 相似文献
3.
从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到1株坦布苏病毒,命名为SDS株,并对分离毒株进行毒力测定。应用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序,将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在Gen Bank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因组序列进行遗传进化分析。结果表明,该株坦布苏病毒的基因组全长为10 990 nt,包含94 nt的5'端非编码区、618 nt的3'端非编码区和一个开放阅读框(3 425个氨基酸),编码11种病毒蛋白;与Gen Bank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.4%,其中与鸭源WFZ株(KC990545.1)的核苷酸序列同源性最高为99.5%,与鹅源坦布苏病毒(duck eggdrop syndrome virus strain goose,JQ920424.1)和鸡源坦布苏病毒(CJD50,JF926699)的核苷酸序列同源性较低为98.9%。用Net NGlyc 1.0 Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测,结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点,分别位于5个不同病毒蛋白中。 相似文献
4.
为了解福建省鸡黄病毒(CFV) CJD05株来源及其遗传进化关系,根据鸭黄病毒(DFV) BYD-1株E基因全序列设计合成1对引物,特异性扩增CFV CJD05株的E基因,并对其序列进行分析.结果表明克隆获得CFV CJD05株1 503 bp的E基因特异性目的条带,同源性分析表明CFV CJD05株E基因核苷酸序列与DFVBYD-1株、鹅黄病毒(GFV) JS804株的同源性分别为99.2％、99.3％,氨基酸的同源性分别为99.0％、98.6％,表明CFV CJD05株、DFV BYD-1株和GFV JS804株高度同源,与坦布苏病毒(TBSV)的同源性高于其它虫媒介黄病毒. 相似文献
5.
用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。 相似文献
6.
2010年以来,我国部分省市的蛋鸭群突然出现了一种新的产蛋下降病,大量研究表明该病由黄病毒科黄病毒属的一种新病毒引起[1-3],由于该病毒的核苷酸序列与黄病毒属恩他耶病毒群的蚊媒坦布苏病毒印尼株和泰国株的同源性达87％-91％[2],因此将其命名为鸭坦布苏病毒.由于该病是近年来新发的一种传染病,本文将鸭坦布苏病毒病的流行特点及诊断要点简要介绍如下,供参考.分类号：S858.32 文献标识码：B文章编号：1005-7307（2013）06-0031-003 相似文献
7.
从江苏徐州地区分离到的以引起樱桃谷鸭产蛋下降和死亡为特征的1株病毒,命名为XZ株。对该病毒进行电镜观察、血凝试验、ELD50测定、RT-PCR扩增特异性目的基因、序列比对分析和动物回归试验。结果显示,分离毒株能致死鸭胚和鸡胚,电镜下观察到球形病毒粒子,不具有血凝性,对病料和接毒鸭胚尿囊液进行RT-PCR,均可扩增出基因片段,其核苷酸序列与坦布苏病毒奉贤株的相似性最高,为98.7%,与其他坦布苏病毒的毒株也具较高同源性,为86%~98%。用鸭胚分离毒株接种健康产蛋鸭,能复制出同样的疾病。结果表明分离病毒为鸭黄病毒属的坦布苏病毒。 相似文献
8.
对不同亚群禽白血病病毒(avian leukosis virus,ALV) 5'LTR序列及其启动子活性进行了比较分析,以探讨LTR对ALV复制和致病力的影响。通过PCR分别扩增克隆了中国分离株GD08(ALV-A)、CD08(ALV-B)、HN06(血管瘤病变型ALV-J)和NX0101(骨髓瘤病变型ALV-J)毒株基因组5'LTR片段。与国内外不同亚群ALV分离株5'LTR核苷酸序列比较发现,NX0101株和HN06株与ALV-J国内外分离株的同源性最高,达90.8％~97.5％;GD08株与ALV-A国内分离株SDAU09C1的同源性最高,为94.6％;CD08株与GD08株和ALV-J各株的同源性高达90％以上。LTR中的R区具有较高的保守性,但CD08株U3区缺失11 bp,GD08株U5区与其它毒株的U5区差异较大。将LTR片段插入到pCAT-Basic载体的CAT报告基因前,通过转染DF-1细胞和测定CAT表达量来评价LTR的启动子活性。HN06株和NX0101株之间,以及GD08株和CD08株之间LTR启动子活性有差异,但差异不显著;而ALV-J毒株与GD08株和CD08株之间的LTR启动子活性差异显著。 相似文献
9.
为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究. 相似文献
10.
为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010-2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集的187份家禽病料中检测出42份阳性样品,阳性率为21．6％,而2011年采集的252份样品中检测出37份阳性样品,阳性率为13．9％。对部分毒株的NS5基因测序表明,本研究分离的禽坦布苏病毒与已发布的同时期分离的禽坦布苏病毒NS5基因同源性在98％以上,与2010年前分离的鸡源及蚊媒坦布苏病毒的同源性介于83．8％-85．8％之间;所有2010年后分离的禽坦布苏病毒毒株在系统进化上共同构成了一个进化分支。结果表明,2011年禽坦布苏病毒仍在中国沿海及周边的9个省的家禽中流行,病毒NS5基因的测序分析表明,到目前为止在家禽中流行的禽坦布苏病毒未出现明显的分子变异。 相似文献
11.
应用RT PCR方法从实验室分离的两株高致病性PRRSV SX、ZQ株中扩增出ORF6和ORF7,将其分别克隆、测序。用DNAStar 软件分析所测序列,并与VR 2332株、LV株、周边国家及国内分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树,结果ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型的同源性为91.1％～100％,与欧洲型的同源性为66.2％～70.7％,推导氨基酸与北美洲型的同源性为91.2％～100％,与欧洲型的同源性为62.3％～82.3％。证明新分离到的PRRSV SX株、ZQ株仍属北美洲型。SX株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.8%、100%;ZQ株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.6%、99.7%。 相似文献
12.
为了对一起死亡率高达91．3％、急性死亡的鸿雁病例进行病原学分析,通过细菌分离排除法和病毒分离方法获得致鸭胚死亡病毒（暂命名为FJ-017株）。该病毒无血凝活性,用鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭甲肝炎病毒1型、鸭瘟病毒、鸭坦布苏病毒特异引物分别进行扩增,电泳结果显示,仅鸭甲肝炎病毒1型引物可扩增出条带。将扩增产物回收后克隆,序列分析表明FJ-017株与22株DHAV-1参考株的同源率为93．5％-99％,而与DHAV-2和DHAV-3参考株的同源性均为79．9％。遗传进化分析表明FJ-017株与DHAV-1关系密切,在进化树中共处一分支,表明FJ-017株为鸭甲肝炎病毒1型,此为国内外首次报道。 相似文献
13.
《中国动物传染病学报》2017,(6)
本文采集2015年浙江省2个鸭养殖场中疑似鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)感染的雌麻鸭卵巢病料,经组织研磨处理,DF-1细胞纯化,成功分离了2株鸭坦布苏病毒(DTMUV),分别命名为ZJ201501和ZJ201504。利用9对两两相互重叠的PCR引物,对这2株病毒的全基因进行分段PCR扩增,经序列测定和拼接,得到病毒的全基因组序列。核苷酸序列和E蛋白氨基酸序列比对分析发现:ZJ201501和ZJ201504的核苷酸同源性高达99.9%,全长氨基酸仅有2个位点差异;与选取的19株DTMUV参考序列相比,在核苷酸水平和E蛋白氨基酸水平上,其同源性分别大于97.1%和98.4%,而ZJ201501和ZJ201504与早期分离的DTMUV FX2010遗传距离最远,这表明DTMUV在鸭群中发生了一定的变异。本研究为进一步了解DTMUV的遗传进化提供了理论依据。 相似文献
14.
2017年10月,安徽六安某朗德鹅养殖场鹅群出现精神沉郁,采食下降,陆续死亡。对送检病死鹅组织观察,可见肝脏肿胀、质脆、颜色变淡,脑组织水肿、充血、出血。将脑组织研磨后接种SPF鸡胚进行分离病毒。收集死亡鸡胚尿囊液、离心后进行电镜负染发现直径约为40 nm的病毒粒子。利用黄病毒E蛋白基因特异性引物进行的RT-PCR以及序列分析证明该分离株为黄病毒属坦布苏病毒,命名为AHRD2018。将AHRD2018株全基因组进行PCR分段扩增、克隆、测序发现,AHRD2018全基因组全长为10 992 bp。AHRD2018株全基因组与国内鸭源坦布苏病毒分离株同源性最高可达97.7%,处于同一进化分支;与鸽源TMUV同源性为96.7%;与鹅源TMUV同源性为96.7%左右。这一鹅源坦布苏病毒的分离及其全基因组的测定为进一步探究坦布苏病毒的跨宿主传播机制及其致病分子机理提供了材料、打下了基础。 相似文献
15.
为了解山东地区鸭坦布苏病毒(DTMUV)的流行及其分子的遗传变异情况,本研究自山东的菏泽、泰安、济宁、枣庄等9个地区搜集临床样品,利用RT-PCR、荧光定量PCR等方法进行检测,并进行分离株E基因及全基因的遗传进化分析;同时,采用阻断ELISA方法检测不同地区未免疫DTMUV病疫苗的不同品种鸭群的血清样品。结果显示,临床样品中DTMUV检出率为13.3%(36/270)。对分离株E基因的序列分析表明,本研究分离的DTMUV与已发布的禽坦布苏病毒基因的同源性在96.5%以上。两株分离株的全基因序列分析表明,部分氨基酸位点发生了变异。血清抗体检测结果显示,不同地区及品种的DTMUV感染情况差别较大,肉鸭在德州和滨州未检测到阳性,而在泰安的阳性率为42.2%,后备种鸭和蛋鸭在各地区的阳性率高低不一;从鸭的品种来分析,蛋鸭是感染最严重的鸭群,阳性率为55.6%。结果表明,坦布苏病毒对山东水禽养殖仍有一定的危害,目前山东地区流行的DTMUV与之前分离的禽坦布苏病毒同源性较高,未出现明显的分子变异。 相似文献
16.
为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势. 相似文献
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2010～2011年中国部分地区禽坦布苏病毒感染调查及分子变异分析 总被引：7，自引：0，他引：7
为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010～2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集的187份家禽病料中检测出42份阳性样品,阳性率为21.6%,而2011年采集的252份样品中检测出37份阳性样品,阳性率为13.9%。对部分毒株的NS5基因测序表明,本研究分离的禽坦布苏病毒与已发布的同时期分离的禽坦布苏病毒NS5基因同源性在98%以上,与2010年前分离的鸡源及蚊媒坦布苏病毒的同源性介于83.8%～85.8%之间;所有2010年后分离的禽坦布苏病毒毒株在系统进化上共同构成了一个进化分支。结果表明,2011年禽坦布苏病毒仍在中国沿海及周边的9个省的家禽中流行,病毒NS5基因的测序分析表明,到目前为止在家禽中流行的禽坦布苏病毒未出现明显的分子变异。 相似文献
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从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)和1株鸽源NDV.经血凝HA试验鉴定,NDv分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均口J被NDV阳性血清所抑制.而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制.本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定.序列分析表明,5株NDV的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分别编码553、528、553、520和553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明.鸡源XJ/10/08株属于强毒株.XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5个NDV新疆分离株与La Sota疫苗株的核苷酸同源性在83.7%～99.8%之间,与TaiWan95株核苷酸同源性在84.7%～93.3%之间;遗传发育进化树分析表明,分离到的4个弱毒株与La-Sota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型. 相似文献
19.
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根据国内外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株和GD株基因序列,应用DNAstar分子生物学软件设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV XX株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到PGEM-T easy载体上,经菌液PCR鉴定后的重组子进行序列测定。结果表明,MDPV XX株基因大小为1764bp,编码587个氨基酸,其基因序列与国内外发表的FM株、GD株核苷酸序列同源性分别为98.4%和99.8%,而与同属的小鹅瘟病毒B株核苷酸同源性仅为78.2%。可见编码番鸭细小病毒结构蛋白的VP2基因较保守,且和同属的小鹅瘟病毒明显不同,这也是该病毒目前只有一个血清型的分子基础。 相似文献