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大黄鱼是我国近海重要经济鱼类,因养殖条件限制,其肉质难以满足消费者的需求。肌纤维组织学特征是鱼类肉质评价中的常用指标,肌纤维平均直径和密度对鱼类肉质有重要影响。为定位肉质相关遗传位点,解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制,并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础,本研究首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本,通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤维直径及253尾的肌纤维密度数据。随后用双消化限制性酶切位点相关的DNA测序（ddRAD-seq）法进行基因分型,获得了25 520和25 309个高质量单核苷酸多态性（SNPs）位点用于全基因组关联分析（GWAS）。最终,在5条染色体上定位到了6个显著位点,并注释到了lpin2、adcyap1、btg1、tcp11l2、lifr、thbs4、gmeb1、slc2a1、myom1、myom2共10个候选基因。对这些候选基因的分析表明,大黄鱼的肉质与肌纤维组成和生长,以及能量代谢有关。lpin2、adcyap1、btg1等基因可能在决定大黄鱼肌肉的物理特性中发挥作用。本研究首次对大黄鱼肌纤维相关性状进行基因组定位,研究结果为大黄鱼分子标记辅助选育提供了重要的理论参考,并为后续开展针对养殖群体大黄鱼肉质性状的遗传改良提供了分子工具。 相似文献
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近日,中山大学和深圳华大基因研究院联合宣布已共同完成了石斑鱼全基因组测序和组装,绘制了石斑鱼全基因组序列图谱。这是继大黄鱼和半滑舌鳎之后我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目睹科石斑鱼类基因组序列图谱．对石斑鱼的基础理论研究和产业化发展具有极大的推动作用。 相似文献
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近日,中山大学和华大基因在中山大学联合召开新闻发布会,项目负责人林浩然院士宣布"石斑鱼基因组序列图谱"绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目、石斑鱼类基因组序列图谱。 相似文献
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大黄鱼雌雄性腺长链非编码RNA的挖掘与差异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。 相似文献
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为了开发适用于我国大黄鱼(Larimichthys crocea)育种的稳定的育种芯片, 本研究在大黄鱼 600 K 高通量单核苷酸多态性(SNP)分型芯片“宁芯 1 号”的基础上, 开发了大黄鱼 55 K 育种芯片“宁芯 2 号”。“宁芯 2 号”选取大黄鱼单倍域(haplotype block)内具有代表性的 SNP 位点, 并集成与大黄鱼刺激隐核虫抗性、耐高温性状相关联的 SNP 位点。开发完成的“宁芯 2 号”最终集成了 54077 个高质量的 SNP 位点, 这些位点在大黄鱼基因组内分布均匀。应用“宁芯 2 号”对来自 6 个群体的 756 尾大黄鱼进行测试, 结果表明该芯片的分型成功率均在 98.4%以上, 多态性位点比例均在 91.2%以上。“宁芯 2 号”具有稳定、准确、快速、价廉的优势, 预计能够在大黄鱼品种定向遗传改良和全基因组分子模块育种研究工作中发挥重要作用。 相似文献
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碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)是一种广泛分布的单脂磷酸水解酶,是动物生物代谢过程中重要的调控酶。实验首次克隆了大黄鱼ALP基因cDNA全序列,命名为LcALP,其全长为2 345 bp,开放阅读框为1 629 bp,编码543个氨基酸。实时荧光定量PCR检测发现,LcALP在大黄鱼雌雄各组织中均有表达,其中在眼和头肾的表达量最高,雌性鳃和脑中LcALP表达量显著高于雄性,而在性腺和脾脏中的表达量则显著低于雄性;胚胎发育过程中,多细胞期、囊胚期和原肠期LcALP基因表达水平相对较低,在卵黄栓形成期明显提高,至孵出期达到峰值,而初孵仔鱼期则显著下调;大黄鱼肌肉细胞系经LPS处理后6 h LcALP表达量降低,12 h显著下调,而poly I:C处理后表达水平持续上升,24 h显著上调至峰值。研究表明,LcALP在大黄鱼胚胎发育调控以及机体免疫防御中发挥重要作用。 相似文献
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为探究UBXN1在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用及其可能涉及的免疫信号通路,本实验采用RT-PCR鉴定了大黄鱼UBXN1基因,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析; 采用实时荧光定量 PCR(qPCR)探究UBXN1在多个组织的表达情况,及盾纤毛虫感染下的表达变化;免疫荧光分析UBXN1的亚细胞定位;转录组筛选UBXN1过表达后的差异表达基因。结果显示：UBXN1基因cDNA全长为915 bp,编码304 个氨基酸。蛋白序列同源比对和结构预测表明UBXN1是一个进化保守的蛋白,包含UBA和UBX结构域。qPCR分析表明UBXN1呈组成型分布表达,脑中表达量最高,其次是肝脏、心脏和肾脏,在肌肉中表达量最低;盾纤毛虫感染大黄鱼,UBXN1在脾脏、脑、肝脏和肾脏表达量早期显著升高,后期逐步恢复至正常水平。亚细胞定位分析表明,UBXN1在大黄鱼肾脏细胞质和细胞核均有表达。在293T细胞过表达UBXN1,转录组分析筛选到12个上调基因,4个下调基因,其中RPL41/RPL39/XIST/RNA45SN4表达量显著增加,而ATP8/ND4L表达量显著减少。这些研究结果表明UBXN1在大黄鱼抗寄生虫免疫应答中发挥重要作用, 并为进一步深入研究UBXN1的免疫调控信号通路奠定基础, 这是目前在鱼类首次报道UBXN1。 相似文献
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根据生物素与链霉亲和素的亲和原理，采用生物素-磁珠富集微卫星，与传统放射性同位素杂交法相结合，构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段（含有接头和大黄鱼微卫星序列），经PCR扩增单链目的片段形成双链，然后连接至T载体上，转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用^32P标记的放射性同位素探针50[γ-^32P]ATP（CA）15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现，阳性克隆率为71.9％，105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库，可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记。 相似文献
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含 C1q 结构域蛋白(C1q domain containing, C1qDC)是经典补体途径的起始分子, 能够识别免疫复合物, 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据, 结合生物信息学方法对 C1qDC 基因进行了鉴定, 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示, 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出 285 个 C1qDC 基因; 根据系统进化关系聚集为 5 个亚类, 不均匀分布在 14 条染色体上; 所有 C1qDC 序列均含有保守基序 1。比较转录组数据分析显示, 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒 4 h 后, 马氏珠母贝 C1qDC 基因家族中有 56 个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中, 上调表达基因 32 个, 下调表达基因 24 个。实时荧光定量 PCR 检测结果表明, 随机挑选的 8 个 C1qDC 基因的表达模式与转录组数据一致。本研究结果为进一步解析马氏珠母贝 C1qDC 基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。 相似文献
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斑点叉尾鮰基因组的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
作为重要的水产养殖种类之一,斑点叉尾(IctalurusPunctatus)的基因组学研究已经取得了较大进展。其众多遗传连锁图以及与表型性状有关的DNA分子标记和基因组资源已经建立;基因组中一些重要的重复片段,已经得到鉴定和辨别,这更有利于对斑点叉尾鮰基因组进行物理学分析;通过基因组学方法,获得了大量基因或全长cDNA序列、以及基因进化和与功能相关基因表达方面的信息。利用细菌人工染色体叠连群技术,创建斑点叉尾鮰基因组物理图谱,开发特定片段分子标记,进行数量性状基因位点(QTLs)分析和高密度基因组绘图。通过比较图谱,可以更有效地进行大范围EST分析和I型分子标记绘图。cDNA微阵列或基因芯片技术的利用,加快新基因发现和鉴定的步伐,为分子标记辅助育种和病害诊断与防治研究奠定了坚实基础。 相似文献
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为研究大黄鱼(Larimichthys crocea)消化道的菌群结构、消化酶和非特异性免疫酶活力特征,本研究采用高通量测序技术系统分析大黄鱼胃、幽门盲囊和肠道中菌群组成及分布,并对比研究工厂化养殖和网箱养殖模式下的消化道菌群;同时,结合生化分析方法解析2种模式下消化道消化酶和非特异性免疫酶活力特征。结果显示,2种养殖模式下,菌群多样性随消化道延伸呈下降趋势;乳杆菌科(Lactobacillaceae(f))、Fructobacillus、黄杆菌属(Flavobacterium)等代表的菌属为共有优势菌群。其中,拟杆菌属(Bacteroides)和Anaerostipes等的丰度随消化道延伸呈下降趋势,而乳杆菌科、E01_9C_26_marine_group(o)所代表的菌属及黄杆菌属等则相反;普氏菌属(Prevotella_9)、乳杆菌科代表的菌属为2种模式养殖大黄鱼的主要差异菌属。工厂化养殖条件下,幽门盲囊和肠道中的菌群组成及其参与营养和免疫相关代谢通路的基因数目差异不显著(P>0.05),但与胃部的菌群组成和相关代谢通路基因数目存在明显差异;而网箱养殖大黄鱼胃部与幽门盲囊和肠道的菌群结构及相关代谢通路基因数目差异相对较小。2种养殖模式下的大黄鱼消化道菌群与饲料菌群相近。另外,胃和幽门盲囊也具有非特异性免疫酶活性,说明,整个消化道还具有一定的化学免疫屏障作用。本研究结果将为大黄鱼健康养殖提供基础参考,并为消化道菌群生理功能探讨提供理论依据。 相似文献
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2021年7月,浙江省象山某养殖场养殖的大黄鱼（Larimichthys crocea）出现类似大黄鱼虹彩病毒引起的疾病。采用鲤上皮瘤细胞培养和病毒主要衣壳蛋白测序分析的方法,从患病的大黄鱼中分离到一株病毒。该病毒接种到鲤上皮瘤细胞（EPC）后出现空斑、脱落的细胞病变症状。根据虹彩病毒MCP和ATPase基因保守序列设计特异性引物对病毒组织样本进行PCR扩增,得到分别为1 367 bp和740 bp的目的基因片段。将MCP基因扩增片段测序,经BLAST对比及系统发育树聚类分析,确定该分离的病毒属虹彩病毒科细胞肿大病毒属。通过蔗糖密度梯度离心纯化,用透射电镜观察该病毒粒子呈正六边形,直径为120～150 nm。用纯化病毒作为抗原免疫小鼠获得抗大黄鱼虹彩病毒的多克隆抗体,效价为1∶7 000;通过SDS-PAGE和Western blotting初步确定3个免疫蛋白。本研究为大黄鱼虹彩病毒纯化提供一种新方法,并初步分离出免疫蛋白,为该病毒相关分子生物学研究、蛋白研究以及疫苗制备等提供理论依据。 相似文献