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1.
为了解猪圆环病毒2型（PCV2）当前流行分离株的基因型和进化特征,本研究对PCV2阳性临床样品进行分离鉴定,并对分离毒株进行全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析,利用MegAlign7.0和DNAstar软件对分离株ORF2基因编码的Cap蛋白进行氨基酸变异分析和抗原指数预测分析。测序结果显示,PCV2分离株（SMU-2022）的全基因组序列长度为1 767 nt。全基因组和Cap蛋白的遗传进化树结果均显示分离株属于PCV2d基因型,与国内外46株参考毒株的相似性在91.8%～99.1%之间,其中与QZ1410毒株的相似性最高,亲缘关系最接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有2个氨基酸特异性突变位点,分别是V30L和T232K。抗原指数分析发现,分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第20-30、40-75、90-100、130-140、195-205、210-220位氨基酸这6个区域。 相似文献
2.
【目的】监测当前湖南省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株及其衣壳蛋白(capsid protein, Cap)变异情况,并预测Cap蛋白细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte, CTL)表位,为新型PCV2疫苗研制和病毒净化提供参考依据。【方法】本研究对2019-2021年于湖南省6个地区收集的17份PCV2阳性组织样品进行PCV2全基因组序列扩增及测序分析,绘制系统进化树,利用生物信息学方法分析Cap蛋白氨基酸变异情况,并预测CTL表位。【结果】系统进化树显示,获得的17株PCV2全基因组序列中,1株PCV2a、7株PCV2b和9株PCV2d。Cap蛋白氨基酸序列比对分析发现,共有16个氨基酸残基突变位点位于病毒Cap蛋白表面,且有11个突变位点参与构象型表位的形成。此外,共预测出9个PCV2 Cap蛋白潜在的CTL表位,其中4个表位(16-24、28-36、136-144和179-187位氨基酸)在GenBank的1 610株PCV2不同基因型毒株中高度保守。通过TCR-pMHC复合物3D结构对4个保守性... 相似文献
3.
《中国兽医杂志》2020,(3)
为了解广西猪群猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以PCV3阳性DNA为模板,利用PCR的方法分2段扩增PCV3全基因序列并进行拼接,获得10株PCV3全基因组序列,全长均为2 000 bp。10株广西PCV3全基因组序列之间的核苷酸同源性为98.6%～99.8%。与国内其他毒株的同源性为97.9%～99.8%;与国外其他毒株的同源性为98.8%～99.7%。10株广西PCV3 Cap基因的大小均为645 bp,编码214 aa。PCV3 Cap基因比较保守,10株广西PCV3 Cap基因与参考株相比,仅存在散在的突变位点。基于PCV3全基因和Cap基因构建的遗传进化树显示,两者结果基本相同,10株广西PCV3处于3a和3b两个亚群。本试验表明,广西地区猪群中流行的PCV3至少存在2个亚群,不同亚群PCV3毒株的致病性差异还有待进一步的研究。 相似文献
4.
【目的】了解目前广东省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%～99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%～99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株(Viet Nam,登录号：LC602996)、QZ1410株(江苏,登录号：MG732832)、GXBB1501211株(广西,登录号：MH756609)亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点... 相似文献
5.
《畜牧与兽医》2014,(9):90-93
应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。 相似文献
6.
为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%～99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%～100%,氨基酸同源性为85.9%～100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。 相似文献
7.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2017,(8):1442-1450
为了进一步研究山西猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异多样性情况,对山西2013—2016年间分离的9株猪圆环病毒流行株(SXQX、SXCZ、SXJC、SXJX、SXLL、SXPY、SXPG、SXXY、SXTY2株)的全基因组进行了扩增、克隆和测序,已收录入GenBank中。并将其全基因序列、ORF2序列和推导出的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的28株主要流行株进行了遗传变异多样性分析,结果显示:9株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJX、SXXY、SXJC株为1 768bp,其余均为1 767bp,分别约占33%和67%。9株PCV2流行株之间核苷酸同源性为94.7%~99.8%,与国内外28株参考株同源性为93.9%~99.9%,与国产疫苗株同源性(LG、DBN-SXO7-2、SH株)为95.1%~99.8%;PCV2全基因组序列的进化分析表明:本试验分离的SXJX、SXJC、SXXY株属于PCV2a亚型的2D亚群,SXLL、SXPY、SXCZ株属于PCV2b亚型的1C亚群,SXTY14、SXQX、SXPG株属于PCV2b亚型的1A/1B亚群,可见近几年,山西PCV2流行株以PCV-2b亚型为主。分离的9株PCV2的ORF2之间核苷酸和Cap蛋白氨基酸同源性分别为90.0%~100.0%和87.1%~100.0%,与28株参考株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为87.6%~100.0%和84.1%~100.0%,与国产疫苗株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91.0%~100.0%和89.3%~100.0%,同源性都较高。9株分离株中,有6株分离株(SXQX、SXTY14、SXPG、SXXY、SXJC、SXJX)Cap蛋白氨基酸为233个,其中SXQX、SXTY14、SXPG株的ORF2位于1 033~1 734bp,SXXY、SXJC、SXJX株的ORF2位于1 034~1 735bp,3株分离株(SXCZ、SXLL、SXPY)Cap蛋白氨基酸为234个,其ORF2位于1 030~1 734bp,而与其他基因组序列为1 767bp分离株的ORF2相比,1 030~1 734bp位置多了3个碱基TCA,导致其氨基酸序列在234位置增加1个K(Lys)。另外还发现9株PCV2Cap蛋白除了唯一糖基化位点(NYS)(第143~145位氨基酸)呈高度保守外,还存在较多的氨基酸变异,这为山西地区PCV2的免疫预防等的研究提供理论依据,并为深入开展PCV2的分子致病机理提供基础理论数据。 相似文献
9.
《中国兽医学报》2016,(6):896-901
为了解闽西地区2013-2015年猪圆环病毒2型(PCV2)血清学及流行毒株的遗传变异规律,本研究采集闽西地区规模化猪场1 771份血清样品,应用ELISA方法对其进行PCV2抗体水平检测,结果血清样品的总阳性率为93.00%,其中种猪血清阳性率最高为99.78%,哺乳仔猪、保育猪和育肥前期猪血清阳性率逐渐降低,分别为91.62%,80.78%,77.68%,育肥后期猪血清阳性率上升为100.00%。应用PCR方法对10株PCV2全基因组进行遗传变异分析,结果表明,PCV2基因组全长为1 766~1 768bp,10株PCV2的核苷酸序列同源性为94.6%~99.7%,其与国内外参考毒株的同源性为94.0%~99.2%。系统进化树结果表明,10株PCV2毒株可分为2个大支,1株属于PCV2a,9株属于PCV2b(2株为1A/AB,7株为1C);氨基酸序列分析表明在Cap蛋白的53~91,121~151和185~215位存在3个高度变异区,表明闽西地区PCV2流行毒株主要为PCV2b亚型。 相似文献
10.
《中国兽医杂志》2018,(11)
采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。 相似文献
11.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
12.
为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。 相似文献
13.
两株死胎源猪圆环病毒Ⅱ型的分离与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
将两猪场Ⅱ型猪圆环病毒(PCV2)核酸阳性的流产死胎病料,接种猪肾传代细胞PK15,成功分离到2株PCV2。利用1对PCV2特异性引物,成功扩增出这2株PCV2长约1700bp的全基因组序列,并与其他PCV2毒株序列进行相似性比较。结果表明:2个分离株全基因组长度均为1767bp,核苷酸序列相似性为99.9%;ORF2基因核苷酸相似性为99.85%,所编码的衣壳蛋白氨基酸序列相似性为100%;2个分离株与SD-3等国内分离株核苷酸序列的相似性较高,最高可达99.9%。 相似文献
14.
15.
为了解北京地区猪圆环病毒2型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2010年病料中分离的2株PCV2通过PCR、IPMA进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar进行序列分析,用MEGA5进行PCV2ORF2序列比对,构建系统进化树。结果表明,分离得到的BJ2010LC株(登录号为JQ002671)、BJ2010PG株(登录号为JQ002672)2个PCV2毒株其全基因组长度均为1 767bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为94.2%～99.5%,2个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.6%。BJ2010LC株属于基因型PCV2d,BJ2010PG株属于基因型PCV2b。 相似文献
16.
北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在了解北京地区猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律,为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品,对其中的PCV3进行检测和测序。根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物,从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段,克隆到pMD19-T载体中,经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列,利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果:北京地区PCV3感染率为30.1%(22/73),PCV3全基因组长2 000bp,GenBank序列登录号为MG546667,将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016。其基因组有3个开放阅读框(ORF),其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白(replication-associated protein,Rep)和衣壳蛋白(capsid protein,Cap)同源。PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6%~99.3%,Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015(KX778720)的相似性最高(为100%),与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016(MF589105)相似性最低(为95%),有16个氨基酸变异,全部集中在5-23位氨基酸。Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164(KX458235)的相似性为100%,与其他毒株均有1~4个氨基酸发生变异,其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100aa。以上试验结果表明,成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因,并完成了序列分析,这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。 相似文献
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为了解贵州省猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及遗传变异情况,本文收集2012～2016年间16株贵州PCV2流行毒株和NCBI上报道登录的35株PCV2序列作生物信息学分析。分析结果显示,在本次所分析的各PCV2毒株之间核苷酸变异率较大的分别为ORF6(32. 22%)、ORF10(29. 63%)、ORF2(24. 11%)、ORF5(21. 60%)、ORF7(20. 00%);遗传进化表明,贵州省16株PCV2序列中3株为PCV2a型,5株为PCV2b型,8株为PCV2d型;其中PCV2d型已经逐渐过渡成为贵州省的主要流行毒株,且同种基因型之间ORF2所编码的氨基酸序列保守性相对较高。表明PCV2流行毒株之间由于基因型的不同,可能会导致免疫力或致病力的改变。该结果以期为贵州省PCV2的防控、流行病学的研究提供一定的参考。 相似文献
18.
为了研究吉林省猪圆环病毒3型(PCV3)野毒株遗传变异情况及其衣壳蛋白(Cap)的亚细胞定位特征，本试验对收集到的10株PCV3吉林野毒株进行全基因组序列测定和分析，并构建真核表达载体pcDNA3.1V5/HisA-Cap转染猪肺巨噬细胞(PAM);继而用本实验室已构建的兔源PCV3-Cap多克隆抗体，通过激光共聚焦检测Cap蛋白在PAM中的定位。序列分析结果显示，10株PCV3吉林野毒株与国内外参考株之间的全基因组核苷酸序列同源性为95.8%～99.5%,处于PCV3a和PCV3b两个亚群；基因重组分析结果显示，仅中国参考株MF589102(2016年)、MH445396(2019年)和分离株JL-2在80～303 nt、840～1 196 nt和1 885～2 001 nt处发生3处重组。激光共聚焦检测结果显示，Cap蛋白大部分定位于细胞核，少部分定位于细胞质。结果表明，目前吉林省PCV3比较保守，没有出现较大变异，Cap蛋白在PAM的细胞核和细胞质中均有分布。 相似文献
19.
为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在广西地区健康猪群中的遗传变异情况,对广西某市屠宰场健康猪的181份淋巴结进行PCV3的病原检测,结果 PCV3阳性率为24.31%。这说明在健康屠宰猪群中PCV3的感染率较高,带毒情况较为严重。对其中的阳性样品进行全序列扩增,最终得到6条PCV3全基因组序列。将试验所得PCV3全基因组序列与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组序列相比较,结果发现PCV3全基因组相似性为98.6%~99.9%,变异程度低,较为保守;对PCV3ORF2基因进行遗传演化分析,发现PCV3毒株可分为两大型。通过对PCVs(PCV1、PCV2和PCV3)Cap蛋白相似性进行比对分析,推测PCV2与PCV3不具有交叉保护性。 相似文献
20.
为了解湖南省猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以25份PCV3阳性样品DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV3全基因序列并进行拼接。结果获得7株PCV3分离株全基因组,3株PCV3 ORF2序列。7株PCV3全基因组的核苷酸序列同源性为98.8%～99.7%,10株ORF2的核苷酸序列同源性为97.8%～99.8%。根据系统发育树,PCV3可分为3个分支,所有分离株的遗传关系均较近。ORF2氨基酸序列突变少,发现2个在其他参考毒株中未出现的突变位点。研究获得的PCV3毒株序列与国内外PCV3毒株序列其遗传关系较近,无特殊突变,较为稳定。 相似文献