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1.
首次对犬冠状病毒V1野毒株核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定.根据GenBank中报道的CCV Insavc-1株N基因序列,设计了1对特异性引物,对分离的CCV V1野毒株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的阳性PCR片段经纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pTN1,进行核苷酸序列测定,并与GenBank中CCV标准毒株Insavc-1 N基因进行了比较.结果该基因全长为1 146 bp,编码382个氨基酸,两者核苷酸的同源性为91.7%;推导的氨基酸序列的同源性为90.2%,显示出较高的保守性.在V1野毒株推导的N蛋白N端156-179位存在一个SRXX富集区,与小鼠肝炎病毒相应区域相同,推测可能是RNA结合区.另外,推导的该蛋白氨基酸序列其疏水性和抗原表位与标准毒株Insavc-1 N蛋白存在一定的差异;在氨基酸组成上,该蛋白丝氨酸和赖氨酸含量高达9.84%,提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构. 相似文献
2.
首次对犬冠状病毒(CCV)V1株纤突蛋白(S)基因进行了克隆和测序。根据GenBank中报道的CCV V54株S基因序列，设计了一对特异性引物，对CCV V1野毒株S基因进行了RT-PCR扩增。将扩增得到的PCR产物纯化后克隆到pGEM-T中得到重组质粒pTS，用于序列测定。结果该基因全长4362bp，编码1453个氨基酸，N端前18个氨基酸为推测的信号肽序列，后1435个氨基酸构成成熟蛋白。将V1株S全基因与GenBank中已发表的6个CCV毒株S基因进行了比较，结果核苷酸序列同源性在91．0％～99．0％之间；推导的氨基酸序列同源性在93．0％～99．0％之间；同时发现CCV变异区主要集中在S基因前1／2处，其中350-370、439-478、1718-1818三个区域碱基变异较大，而1060-1700区碱基却十分保守。基于S全基因聚类分析结果表明，S基因分型结果与CCV毒力强弱并不一致；V1野毒株推导的S蛋白潜在的N-联糖基化位点与CCV V54强毒相同，均为34个，比Insavc-1弱毒多一个；其中第566-568位糖基化位点是多数强毒拥有而弱毒Insavc-1没有的。推导的V1株S蛋白疏水性及抗原表位与Insavc-1株有一定的差异，这些差别对病毒致病性和免疫原性等影响需进一步的研究。 相似文献
3.
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸存在3个潜在的N 联糖基化位点,可能是形成该蛋白表面抗原决定基的位点。另外,推导蛋白氨基酸序列的疏水性和抗原表位与Insavc 1株M蛋白存在一定差异,提示两者免疫原性可能有差别。 相似文献
4.
参考已发表在GenBank中CSFV Alfort毒株的E2蛋白基因序列，选择其抗原编码高变区作为扩增的靶区域，设计了一对特异性引物。用异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法提取猪瘟病料细胞总RNA，对其进行了RT—PCR扩增。结果得到了与设计大小272bp完全相符的核酸带，并对PCR产物直接进行了核苷酸序列测定。将所测序列与中国C株同段序列进行了比较和分析。结果发现与中国C株核苷酸的同源性均为82．8％；推导的氨基酸同源性为88．3％；两野毒株均有33个碱基发生改变。并用此病料对加日龄易感仔猪成功进行了人工感染试验，结果发现能引起比较典型的猪瘟临床症状和病理变化，表明新疆南疆存在着中等或倔强毒力的野毒株。 相似文献
5.
对SARS病毒核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定。根据GenBank中已发表的SARS全基因组序列，设计合成了1对特异性引物，对SARS病毒N蛋白基因进行了RT—PCR扩增。将PCR产物纯化后与pGEM—T连接得到重组质粒pGEM—N，进行核苷酸序列测定。结果该基因全长1269bp，编码422个氨基酸。与Tor2、Urbani和TW1株相比，核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性均为100％。将pGEM—N双酶切．回收目的基因片段并克隆到大肠杆菌表达载体pE328a中，构建了重组质粒pET—N；将其转化表达菌BI21(DE3)用IPTG进行诱导表达。SDS—PAGE结果表明：重组菌可表达相对分子量约为53kD的蛋白。Westem—blotting证实，重组N蛋白可以与SARS免疫血清发生特异性反应。经凝胶薄层扫描分析，重组N蛋白表达量约占菌体蛋白的43％。 相似文献
6.
通过PCR技术分段扩增小鹅瘟病毒(Goose parvovirus,GPV)扬州分离株GPV-YG的2个主要开放性阅读框架(open reading frame,ORF)基因,对扩增产物进行核苷酸序列测定,其结果在GenBank登录。将上述序列与登录的国外参考株GPV—B株作比较,GPV-YG主要ORF核苷酸序列与GPV—B的同源性为94％,显示二者亲缘关系密切。在此基础上,分别确定了GPV-YG编码结构蛋白和非结构蛋白的基因组序列,并推导出GPV-YG结构蛋白和非结构蛋白的相应的氨基酸序列,GPV-YG与GPV-B结构蛋白的氨基酸序列同源性为96．4％,非结构蛋白同源性为97．9％,由此进一步分析了GPV-YG结构蛋白和非结构蛋白的氨基酸序列与功能特征。同时,将GPV-YG主要ORF与番鸭细小病毒(Muscovy Duck Parvovirus,MDPV)-FM作比较,核苷酸序列同源性为80％,非结构蛋白推导氨基酸序列同源性为89．6％,结构蛋白为84．6％。 相似文献
7.
根据GeneBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用该引物对NDVLN-SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果该基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN-SN毒株与GeneBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.4%~99.9%之间,推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.4%~99.8%之间。 相似文献
8.
采用RT-PCR和重组PCR扩增猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)TSX毒株纤突蛋白(spike protein,S)基因全长cDNA序列,分离纯化PCR产物,连接到pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆pGEM-S,并对其进行酶切鉴定和测序,对测序结果及推导氨基酸序列进行同源性分析。结果表明,S基因全长为4 350 bp(GenBank登录号DQ001167),编码1 449个氨基酸,N端前16个氨基酸为推测的信号肽序列,其后1 433个氨基酸构成成熟蛋白;与GenBank中已发表的9个TGEV毒株S基因进行比较,核苷酸序列同源性为95%～98%,推导的氨基酸序列同源性为95%～98%。基于S基因及其推导氨基酸序列的聚类分析表明,TSX株与Miller、T014、TS和HN2002株亲缘关系较近。S基因变异是由于碱基突变造成10处氨基酸发生改变,但主要抗原部位未发生任何变异,为进一步研制猪传染性胃肠炎基因疫苗提供了良好的候选基因。 相似文献
9.
H5N1亚型禽流感病毒核蛋白基因的克隆及分子进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用RT—PCR法,以1株H5N1。亚型禽流感病毒RNA为模板,扩增了NP全基因cDNA。将NP cDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行测序。测序结果表明：所克隆的NP基因全长1542bp,该核苷酸的片段包含了核蛋白完整阅读框架,其中编码区为1497个核苷酸,编码498个氨基酸。将其序列与6株A型流感病毒NP基因序列进行比较,各毒株之间NP基因核苷酸序列同源性为92．5％～95．9％,编码的氨基酸同源性为97．0％～98．4％。通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系。 相似文献
10.
根据GenBank上发表的口蹄疫（foot-and-mouth disease，FMD）全基因序列数据，设计了多对引物，采用RT-PCR的方法，分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增，将各片段克隆至pMD18-T载体，进行核苷酸序列测定．按顺序拼接各基因的序列，将结果序列与GenBank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析．序列的比较和分析表明，R株编码区全长为6966个核苷酸，共编码2322个氨基酸；非编码区5’端内部核糖体结合位点（intemal ribosome entry site，IRES）长约450个核苷酸，3’非翻译区（untranslatable region，UTR）从TAA始至Poly（A）前长度为94个核苷酸，所测出Poly（A）尾长度为18个核苷酸．与GenBank世界流行毒株的序列比较，编码区核苷酸序列同源性为88％～90％，推导氨基酸序列同源性为88％～95％． 相似文献
11.
基因序列分析鉴定犬冠状病毒分离株 总被引：1，自引：0，他引：1
采用双脱氧末端终止法测定了克隆于重组质粒YS1pUC、CI1pUC上的2株因内分离病毒CCV YS1、CI1部分纤突蛋白基因序列．以计算机软件推导氨基酸序列．进行核苷酸和氨基酸序列的多重比较。绘制系统进化树。分析重要抗原位点氨基酸残基的变化情况。预测蛋白质疏水性和二级结构。结果表明：重组质粒中含有571bp的外源基因。核苷酸和氨基酸序列与国外发表的K378等5株CCV相应序列的同源性分别为91．7％--99．4％和92．O％--99．4％。而与猪传染性胃肠炎病毒PUR46株和猫传染性腹膜炎病毒1146株的同源性为90．2％和88．O％--90．O％。A抗原的Ab亚住点上的氨基酸残基与备株CCV相同。不同于其他冠状病毒。由此进一步证明。2株国内分离病毒CCV YS1、CI1为犬冠状病毒。 相似文献
12.
用套式PCR法检测犬冠状病毒的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank中Wesseling 发表的犬冠状病毒K378株纤突蛋白基因序列,设计合成了能扩增372 bp 基因片段的套式引物.用异硫氰酸胍-酚-仿一步抽取法提取细胞总RNA进行反转录,再以此产物进行套式PCR扩增,并筛选出最佳套式PCR扩增条件.结果经套式PCR扩增能得到与设计大小相同的产物,并且不扩增犬细小病毒、犬瘟热病毒、犬Ⅰ型腺病毒、狂犬病病毒的核酸.敏感性试验表明,此法能扩增出犬冠状病毒强毒细胞培养物(毒价为10-4.2TCID50/0.1 ml)10-6稀释的反转录产物,远高于常规RTPCR.经初步应用表明,此法可用于犬冠状病毒的临床诊断和实验研究. 相似文献
13.
以RT－PCR方法扩增出犬冠状病毒（CCV）YS1、CI1 2株国内分离病毒的部分纤突蛋白基因，经酶切鉴定为CCV特异性核苷酸片段。采用平端连接法将Wizard^TM PCR纯化试剂盒纯化的PCR产物克隆于pUC19 Sma I酶切位点上，获得YS1pUC19、CI1pUC19重组质粒。琼脂糖凝胶电泳鉴定表明：重组质粒大于蓝斑菌质粒。以BamHI、Kpn I双酶切重组质粒可获得比原PCR产物略大的核苷酸片段，并从中以PCR方法扩增出与原PCR产物大小相同的核苷酸片段。 相似文献
14.
犬瘟热病毒小熊猫株核蛋白和融合蛋白基因克隆及序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白基因全长1989bp,预测编码662个氨基酸,F蛋白氨基酸序列中含有5个潜在的N-联糖基化位点。聚类分析提示,CDVLP株是一株与CDV强毒株亲源关系很近的毒株。用DNAstar软件对CDVLP株和Onderstepoort弱毒株N蛋白和F蛋白进行了疏水性及抗原表位预测分析。抗原表位差异提示CDVLP毒株N和F蛋白的免疫原性可能要优于Onderstepoort弱毒株。在分子水平上阐明了CDVLP株的N和F蛋白基因更适合作为构建基因疫苗和重组活载体疫苗的目的基因。 相似文献
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3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低. 相似文献
17.
柔嫩艾美耳球虫YZ株SO7基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对柔嫩艾美耳球虫(E im eria tenella)YZ株折光体SO 7基因进行克隆,并对其核苷酸及氨基酸进行序列分析。以纯化的发育7 h的E.tenella YZ株卵囊孢子提取的总RNA为模板,设计特异性引物,应用两步法RT-PCR技术扩增出SO 7基因特异性片段。将扩增出的片段插入pUCm-T载体,随机选择经蓝白斑筛选、PCR及酶切鉴定为阳性的两个克隆分别进行测序分析,并对结果进行验证。结果表明:两个阳性克隆所含插入片段的DNA序列完全一致,含全长为651个核苷酸的开放阅读框,富含AGC和CTG重复序列,编码区核苷酸与LS18株和B J株的同源性都为99.5%,与HB株同源性为99.4%,与GD株同源性为99.7%。其推测的氨基酸序列与LS18株和GD株的同源性都为99.1%,与B J和HB株同源性为98.6%。通过对其蛋白抗原性、表面可能性、亲水性、柔性区、二级结构等参数预测表明,YZ株核苷酸的变异未引起其蛋白主要特性和B细胞表位的变化。该结果为研制E.tenella的基因工程疫苗奠定了基础。 相似文献
18.
以分离的犬瘟热病毒（CDV）株感染Vero细胞后提取病毒RNA，经反转录后，用犬瘟热病毒的1对引物扩增出融合蛋白融合区的基因片断。经序列分析显示：分离株CDV－YZ－0101与CDV－YZ－0103在核苷酸和氨基酸水平上同源性一致，与CDV－YZ－0102、CDV－A75／17、CDV－ONPPDV2、PDV1在核苷酸和氮基酸水平上的同源性分别为99.6%、97.9%、92.9％、98.9%、76.2%、93.3%和98.9%、97.9%、98.9%、83.0%、97.9%，表明分离株和相关毒株的融合区基因存在差别。 相似文献
19.
[目的]为分离犬细小病毒（CPV）.[方法]采集疑似CPV感染病死犬的组织病料,用胎猫肾细胞（F81）进行病毒分离,并对分离的病毒进行回归动物试验、间接免疫荧光（IFA）及VP2基因PCR扩增鉴定.[结果]经盲传3代后FS1出现明显细胞病变（CPE）,分离病毒可导致2～3月龄犬出现典型犬细小病毒病（CP）的临床症状和特征性病理变化,通过IFA观察到特异性的绿色荧光,PCR扩增到VP2基因全长为1 755 bp,编码584个氨基酸.它与国内外具有代表性的18株CPVVP2基因的核苷酸同源性为98.0％ ～ 99.8％,氨基酸同源性为96.1％ ～99.8％.[结论]用F81细胞成功分离到1株强毒CPV,命名为YBYJ株. 相似文献