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1.
《中国兽医学报》2016,(11):1836-1841
从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。 相似文献
2.
为了对2020年我国华南地区牛结节性皮肤病(lumpy skin disease, LSD)疫情进行溯源调查，本研究采用商品化检测试剂盒和透射电镜对2份华南地区疑似感染的牛皮肤结节组织样本进行鉴定，利用高通量测序技术进行病毒全基因组测序，并对其进行序列比对、遗传进化和病毒重组分析。qPCR检测结果显示2份样本均为牛结节性皮肤病病毒(lumpy skin disease virus, LSDV)阳性，电镜观察到典型LSDV病毒粒子形态，将其命名为China/GD02/2020株和China/GX01/2020株，获得全基因组序列上传GenBank获得登录号分别为OM803091和OM803092。对病毒全基因组序列比对及遗传进化分析显示GD02和GX01株的核苷酸相似性达到99.99%,并与2020年中国台湾、中国香港和越南的LSDV分离株处于进化树的同一小分支，且均归属为重组病毒。病毒重组分析表明2株病毒的主要亲本为南非疫苗株(Neethling vaccine LW 1959),次要亲本为摩洛哥从牛分离的田间株(LSD/KSGP 0240/Morocco/2017)和南非野毒株(Ne... 相似文献
3.
《现代畜牧兽医》2021,(10)
研究对目前发现的典型A型塞内卡病毒(SVA)毒株进行遗传进化分析,旨在了解该病毒的进化路线,为相关疫苗开发和疾病防控提供参考。研究从NCBI网站中选取220株SVA全基因组序列作为分析对象,使用RDP5软件剔除重组病毒,利用MEGA7和MrBayes软件将符合要求的184条全基因组序列构建进化树。结果显示,SVA遗传进化历程以时间跨度分为3个进化支。随着时间推移,每个进化分支中的毒株数量逐渐增加,流行扩大化。研究表明,SVA的进化树体现了地域上的屏障,每个国家的SVA分离株大多聚类在一起;该病毒由美国始发,向加拿大、巴西、哥伦比亚、中国、泰国等地扩散,并有向其他国家流行的趋势。 相似文献
4.
一株Class Ⅰ新城疫病毒中国分离株分子特性的研究 总被引：1，自引：1，他引：1
对从健康家鸭中分离到的一株Class I新城疫病毒分离株Duck/China/08-004/2008进行了遗传进化特性研究。利用RT-PCR扩增了该分离株F基因的主要功能区片段,并进行了克隆与序列分析。序列测定结果已经登录到GenBank,登录号为EU589149。该分离株F蛋白裂解位点的组成为112E-Q-Q-E-R-L117,具有典型新城疫弱毒株的分子特征。同源性分析表明其与国内普遍使用的弱毒疫苗株LaSota和V4核苷酸的同源性较低(分别为55.4%和57.7%)。通过构建F基因的遗传进化树,结果表明该分离株在分类地位上属于ClassI,与我国目前普遍使用的弱毒疫苗株LaSota(Class II中的基因II型)和V4(Class II中的基因I型)处在不同的进化分支。通过构建57株ClassI新城疫病毒的遗传进化树,表明本分离株与近年来香港活禽市场分离株较为类似,同属于基因3型。 相似文献
5.
为了解猫传染性腹膜炎病毒（FIPV）的基因组特征和遗传变异情况。本试验利用RT-PCR方法从患病猫组织中鉴定出1株Ⅰ型FIPV病毒,通过RT-PCR扩增18个片段的目的基因,连接到p CE-TA克隆载体后测序,对测序结果进行拼接获得FIPV NJ-20-a株的全基因序列,对获得的全基因序列和编码区序列以往毒株进行同源性分析,并构建S基因系统进化树。结果显示NJ-20-a株与以往毒株同源性较低,新分离毒株基因组变异较大,通过编码区序列同源性分析发现S基因和3a、3b、3c基因是变异的主要区域,S基因系统进化树发现NJ-20-a株处于Ⅰ型FIPV分支内的单独分支,与以往毒株进化差异较大,表明猫冠状病毒在不同地域遗传进化过程中差异较大。本研究通过对FIPV NJ-20-a毒株进行全基因测序和分析,为猫冠状病毒的分子生物学研究和流行性学的调查提供了一定基础。 相似文献
6.
对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型. 相似文献
7.
本试验旨在对北京1株犬源狂犬病病毒株(BJ2012ZW株)在全基因组水平上进行分子进化研究,比较与全国流行株及疫苗株之间的差异.试验采集犬脑组织以直接免疫荧光技术和内基氏小体检查方法进行检测,以RT-PCR扩增病毒核酸覆盖全基因组,对产物测序后进行遗传学分析.结果显示,BJ2012ZW株狂犬病病毒属于基因1型,与目前中国的主要流行株全序列同源性为83.9%~99.7%.与同样分离自北京的毒株BJ2011E和CNM1101C的核苷酸全序列同源性最高(99.7%),进化关系近.G蛋白主要抗原位点分析结果表明,BJ2012ZW株与国内疫苗株相比有部分抗原位点发生了替换.BJ2012ZW株属于中国目前的流行株,与目前国内所使用的疫苗株存在一定的差异. 相似文献
8.
为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增... 相似文献
9.
《中国预防兽医学报》2015,(8)
2011年以来我国多个省份免疫过Bartha-K61弱毒疫苗的猪场相继发生猪伪狂犬病(PR)疫情。为分析PR病毒(PRV)流行株的变异情况,本研究对其中一株PRV He N1分离株进行了全基因组测序,并对PRV感染相关基因(g B、g C、g D和g H)和毒力相关基因(TK、PK、RR1、RR2、g E和g I)进行比较分析。结果显示,国内分离株之间的序列同源性很高(96.2%~100%),而与国外分离株的同源性较低(92.9%~99.7%);国内分离株与国外分离株在感染和毒力相关基因编码上存在氨基酸突变和插入/缺失特征;并且序列分析表明部分插入/缺失与微卫星序列重复单元数量的变化相关。遗传进化分析表明,国内外分离株间具有显著的遗传差异,处于两个独立的遗传分支。此外,国内分离株相对于国外分离株在g C蛋白中存在7个连续氨基酸的插入(63AAASTPA69),该插入突变可以作为PRV国内外病毒株的分子特征。本研究为有效防制PR提供实验依据。 相似文献
10.
为了解广西新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus, NDRV)流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段进行全基因组序列扩增,经克隆、测序、拼接后,获得1株NDRV全基因组序列(命名为GX01-2020株)。结果显示,GX01-2020株基因组全长23 353 bp,分为10个片段,大小从1 194 bp(S4)至3 958 bp(L1)不等。同源性分析显示,GX01-2020株10个片段核苷酸同源性与NDRV代表毒株最高,为86.2%～99.4%,其中μB片段核苷酸同源性最低的毒株为番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus, MDRV),其他片段则为鸡源禽呼肠孤病毒(chicken-origin reovirus, CRV),说明不同片段来源祖先不完全相同。遗传进化分析显示,10个片段遗传进化树中,L2、L3片段中MDRV参考毒株及σA片段中NDRV参考毒株均形成两个进化分支,与其他片段不同,说明不同片段与参考毒株的遗传关系不尽相同。重组分析显示,GX01-2020株的L1片段存在重组信号,重组亲本毒株分别为北京MDRV＿J18株和福建DRV＿N... 相似文献
11.
根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列，设计3对扩增RHDVCD株的特异性引物，扩增了RHDV CD株包含全序列的3个片段，并分别克隆到pMD18-T载体上。根据引物上唯一的交叉酶切位点，把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上，获得了RHDV CD株全基因组克隆，测定了全基因组序列（GenBank accession number AY523410）。进行了CD株全序列与GenBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析。发现除CD株外，其余6株（西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚Czech V351株）之间的同源性均很高，在93．9％～100％之间，而CD株与其他6株之间的同源性均较低，在89．0％～89．6％之间。德国的2个分离株序列完全相同，应为同一毒株：进化树分析表明，此7株病毒可形成2个明显的分支，中国CD株形成一个分支，其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支，具有明显地域差异特征． 相似文献
12.
为了解析番鸭细小病毒(MDPV)分离株JH10的分子特征,本研究对该毒株全基因组进行了扩增、测序、重组分析及遗传进化树的构建。结果显示:JH10株基因组由5071个核苷酸组成,P9启动子区和VP3基因内部约1.1 kb区域经历了重组,GPV鹅胚化弱毒株SYG61v参与了P9启动子区的重组,而GPV强毒株LH、B和SYG61v不同程度地参与了VP3基因内部的重组;以VP3基因重组片段构建遗传进化树,JH10株与8个经典型GPV株处于同一个进化分支中,而以毗邻的上下游非重组区片段分别构建的遗传进化树中,JH10株则与4个经典型MDPV株处于同一分支。本研究结果表明,JH10株为经典型MDPV和GPV之间的重组产物,该研究结果为进一步阐明重组型MDPV的致病机理奠定了基础。 相似文献
13.
《中国兽医学报》2017,(5)
本研究收集闽西不同地区的17株猪伪狂犬病病毒(PRV)分离株,并对其gD基因进行遗传变异分析,探讨2013—2015年闽西地区PRV流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律。结果显示,17株PRV分离株与7株PRV国内分离株核苷酸及氨基酸序列的同源性较高均为99.0%~100.0%;与4株国外PRV经典株的核苷酸及氨基酸序列同源性相对较低,分别为98.6%~99.3%,97.0%~99.0%。核苷酸多序列比对结果显示,17株PRV分离株最具有特征性的变化是在831~836bp插入了连续的6个碱基CCGGCC,进而导致gD氨基酸序列275~276位增加了2个氨基酸RP。抗原性分析结果显示,这2个氨基酸还位于gD蛋白的抗原表位区内。遗传进化树分析结果显示,17株PRV分离株与7株国内分离株、韩国Yangsan株及美国Becker株位于一个相对独立的遗传分支内,亲缘关系较近;与Bartha及Kaplan 2株匈牙利分离株位于不同的大遗传进化分支中,亲缘关系较远。 相似文献
14.
《中国兽医学报》2019,(1)
自2011年下半年以来全国多个省份使用Bartha-K61疫苗(gE/gI双缺失)免疫的猪场陆续出现了母猪繁殖障碍、仔猪神经症状及死亡、伪狂犬gE抗体阴性猪群突然转阳的问题。同时有的猪场内出现犬、猫、鼠等死亡的现象,经检测都是由变异伪狂犬病病毒(vPRV)引起。为了解山东省猪伪狂犬病病毒(PRV)近期流行特征,本试验对2017年上半年来自山东省不同地区的12份伪狂犬疑似病料进行了PRV的分离鉴定,并对分离株的gE基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果表明,共分离到9株PRV,其核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%～99.4%和97.2%～99.1%,与参考毒株其核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%～99.8%和96.8%～99.2%,并且9株分离株与国内报道的PRV变异株的核苷酸和氨基酸序列的同源性均高于欧美毒株。gE基因的遗传进化树分析表明,本试验中9株分离株相互之间遗传距离较近,与国内PRV变异株处在同一分支,而与欧美毒株遗传距离较远。 相似文献
15.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
16.
我国部分地区新城疫病毒的流行现状分析 总被引：4，自引：0，他引：4
从近年来由我国不同地区、不同宿主分离到的新城疫病毒(NDV)野外分离株中，选取其中具有代表性的16株，用RT—PCR技术扩增其F基因重要的功能区片段，进一步进行克隆和序列测定。参照国内外已发表的部分毒株的F基因序列，构建了59株NDV的遗传进化树，分析其毒株间的遗传进化关系。序列分析表明，所扩增的目的片段长度为535bp，所分离的毒株在分裂位点的氨基酸顺序为^112R—R—Q／R—K／R—R—F^117，均相当于NDV的强毒株。通过遗传进化树分析表明，16株分离株中有13株为基因Ⅶ型NDV，说明目前基因Ⅶ型NDV所引起的新城疫在国内呈流行趋势。 相似文献
17.
本研究2012年底从辽宁省某屠宰场猪鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒,经HA—HI试验和RT—PCR鉴定为H1N1亚型猪流感病毒株,命名为A／swine/Liaoning／01／2012（H1N1）,通过对病毒的8个基因片段克隆并测序,并利用分子生物学软件进行遗传演化分析。结果表明,分离株HA基因裂解位点附近的氨基酸序列为IPSIQSRjG,符合低致病力流感病毒的分子特征。全基因组进化树结果表明,分离株的8个基因片段与A／swine／Jiangsu／40／2011（H1N1）株核苷酸同源性最高,分离株处在类禽型H1N1亚型遗传进化分支上;由于类禽型H1N1猪流感病毒具有潜在感染人的潜力,在国外和国内均有感染人的报道,因此,辽宁省首次分离到该型猪流感病毒对全省养猪业和公共卫生安全具有重要意义,值得深入研究。 相似文献
18.
为了解猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)与牛源BVDV在遗传特性上的差异,本试验对实验室分离保存的1株猪源BVDV(SH-28)进行了全基因组测序.利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分段扩增了SH-28分离株的18条cDNA片段,分别克隆于pGEM-T质粒载体并进行测序,用CLUSTX(1.8)和Lasergene软件进行序列的剪切和拼接,最终获得SH-28基因组序列全长为12 279个核苷酸(nt),开放阅读框(ORF)长11 685 nt,编码3 895个氨基酸(aa),5'-UTR和3’-UTR分别长385 nt和206 nt.全基因组进化树结果表明,虽然SH-28与HLJ-10同处于一个分支上,但其与XJ-04的全基因组核苷酸同源性最高(92.3％),而与另外2株猪源BVDV-1(ZM-95、SD0806)的亲缘性较远(70.0％、70.1％).5’-UTR进化树结果显示,SH-28分离株属于BVDV-2a2基因亚型,而HLJ-10和J-04株属于BVDV-2a1.由此,我们推测SH-28很有可能是由牛源BVDV-2进化而来的,但不同于已发表的BVDV-2分离株. 相似文献
19.
《畜牧与兽医》2015,(7):17-20
从福建省某猪场采集疑似猪伪狂犬病的病料接种PK-15细胞,通过PCR法、动物试验证实所分离的病毒为猪伪狂犬病毒(PRV),命名为FZ-2012,经测定该病毒株TCID50为10-9.40/0.1mL。根据Gen Bank已公布的PRV gE基因序列设计了1对特异性引物,将PCR扩增片段进行克隆测序,与国内外已发表的2012年以来15个新分离毒株、11个经典毒株进行同源性比对分析,并构建遗传进化树。结果表明:FZ-2012株gE基因序列全长1740 bp,编码579个氨基酸,与新分离毒株gE基因氨基酸序列的同源性为97.6%~99.3%,与经典毒株的氨基酸序列同源性为95.0%~98.6%;遗传进化关系表明,FZ-2012毒株与新分离毒株同属一分支,而与经典毒株分属2个不同分支。本研究首次报道福建省存在PRV新流行毒株,为丰富福建省猪伪狂犬病的分子流行病学和开发猪伪狂犬病新型疫苗奠定基础。 相似文献
20.
《中国预防兽医学报》2016,(10)
为探究2013年~2014年福建省新流行的猪伪狂犬病病毒(PRV)gB基因的遗传进化情况,根据Gen Bank已公布的PRV gB基因序列设计了2对特异性扩增引物,对4株新分离的PRV的gB基因进行克隆、测序及拼接,与国内外已发表的14个毒株进行同源性比对分析,并构建遗传进化树。结果表明:福建省新流行毒株gB基因序列全长2 742 bp,编码913个氨基酸,与其它参考毒株的核苷酸序列的同源性为98.3%~99.2%;在aa75~aa77处存在连续的3个氨基酸缺失;遗传进化树表明,4株新流行毒株与国外分离毒株同属一分群,分属两个分支,而与国内分离毒株亲缘关系较远。本研究为丰富福建省猪群PRV的分子流行病学和掌握PRV的分子遗传进化规律奠定基础。 相似文献