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相似文献
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1.
对3株H1N2亚型猪流感病毒(SIV):Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素(HA)、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因进行克隆和序列分析.结果显示:3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91.3%~98.0%、98.4%~98.8%、97.4%~98.3%、98.8%~99.8%和98.1%~98.4%.遗传进化分析显示:分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV具有较近的亲缘关系;在HA、NP、M和NS基因进化树中,3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群,在NA基因进化树中,3株分离毒株则位于人流感病毒群.HA和NA基因推导氮基酸序列分别与代表毒株古典H1N1 SIV A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1)和人H3N2流感病毒A/Buenos Aires/4459/96(H3N2)比较分析显示:HA(95.4%~96.1%)和NA(96.6%~97.2%)具有较高的氨基酸同源性;糖基化位点、抗原位点和受体结合位点(HA)处氨基酸存在一定的差异,这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究.  相似文献   

2.
《中国兽医学报》2017,(2):266-271
为了解广东地区猪流感病毒(SIV)的流行和变异情况,本研究于2013年10月至2014年1月从广东省4个不同地区采集猪鼻拭子和肺脏病料共203份,对样品处理之后进行鸡胚分离和RT-PCR检测,从中分离得到5株SIV,对其进行病毒纯化、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明,5株SIV分离毒株其中3株为H1N1亚型,2株为H1N2。分离毒株HA裂解位点位于PSIQSR↓GL,具有典型的低致病性流感病毒特征。HA基因序列比对结果显示,5株SIV分离毒株与A/Jiangsu/ALS1/2011(H1N1)株同源性最高,核苷酸相似性为97%~99%。遗传进化分析结果显示,5株分离毒株的PB2、PB1、PA和NP基因片段属于PDM/09分支,M基因片段以及外部基因片段HA属于欧亚类禽分支,NS基因片段属于北美三元重组分支,3株H1N1亚型的NA基因属于欧亚类禽分支,2株H1N2亚型的NA基因属于人季节性流感分支。抗原位点分析结果表明,分离毒株的抗原位点基本保守,但YJ28分离株HA1蛋白上发现3个氨基酸突变,分别是L69S、S137P、E222G。本研究通过对广东省不同地区分离到的SIV进行鉴定分析,掌握SIV的变异趋势,为猪流感的防控提供切实有效的理论依据。  相似文献   

3.
用SPF鸡胚从广西地区猪群中分离到1株H9N2型猪流感病毒(SIV),经鸡胚接种3代后出现稳定的鸡血红细胞凝集效价为27,且凝集性能被H9亚型阳性血清抑制,而不被其他亚型流感病毒阳性血清所抑制.分离株的HA基因及NA基因扩增结果显示,该毒株HA基因与流感病毒H9亚型同源性最高,NA基因与流感病毒N2亚型同源性最高,说明...  相似文献   

4.
为对2012年广州规模化养猪场疑似流感病料中分离鉴定的2株猪流感病毒A/swine/Guangdong/1519/2012(H3N2)(简称GD1519)和A/swine/Guangdong/1520/2012(H3N2)(简称GD1520)进行遗传进化及分子特征分析,对两株病毒进行了全基因组的测序分析。通过对其8个基因片段的基因来源进行分析,构建系统进化树,遗传进化分析结果显示GD1519 HA、PB2、PA和NP基因片段均来源于近期人源H3N2亚型Moscow/99-like亚分支;其NA和PB1基因片段来源于早期人源H3N2亚型Victoria/75-like亚分支;其M和NS基因片段来源于近期人源H3N2亚型New York/99-like亚分支。GD1520病毒的HA基因片段来源于近期人源H3N2亚型Moscow/99-like亚分支;其NA和PB1基因来源于近期人源H3N2亚型New York/99-like亚分支;其PB2、PA、NP、M和NS基因片段均来源于早期人源H3N2亚型Victoria/75-like亚分支。分析结果暗示2株病毒可能均由不同时期的类人源H3N2亚型流感病毒间基因重排而产生的新型H3N2亚型猪流感病毒。本研究结果进一步证明猪可能是不同来源流感病毒的基因"混合器",开展猪流感病毒相关分子流行病学研究具有重要的公共卫生意义。  相似文献   

5.
通过鸡胚接种分离到3株猪流感病毒,经HI、RT-PCR鉴定,其中GXHZ株为H1N2亚型毒株,GXLZ、GXXY株为H3N2亚型毒株,并对分离株进行EID50测定及GXHZ株的猪体攻毒试验。所扩增分离到3株SIV病毒NA基因与A/Sw/Hainan/1/2005(H1N2)的核苷酸和氨基酸序列同源性最高。3株SIV分离株的NA基因在氨基端胞浆尾区均由K6→R6,在非极性跨膜区均由V20→M20。系统发育分析表明本试验所分离的3个SIV毒株与H1N2亚型毒株亲缘性最相近,且来源于猪源H1N2亚型流感病毒。从时间上也发现,3个分离株的NA基因与1996年以后获得的H3N2毒株亲缘关系很近,都隶属于一个亚分支。  相似文献   

6.
猪流感病毒的分离及NA基因的遗传进化分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
通过鸡胚接种分离到3株猪流感病毒,经HI、RT-PCR鉴定,其中GXHZ株为H1N2亚型毒株,GXLZ、GXXY株为H3N2亚型毒株,并对分离株进行EID50测定及GXHZ株的猪体攻毒试验。所扩增分离到3株SIV病毒NA基因与A/Sw/Hainan/1/2005(H1N2)的核苷酸和氨基酸序列同源性最高。3株SIV分离株的NA基因在氨基端胞浆尾区均由K6→R6,在非极性跨膜区均由V20→M20。系统发育分析表明本试验所分离的3个SIV毒株与H1N2亚型毒株亲缘性最相近,且来源于猪源H1N2亚型流感病毒。从时间上也发现,3个分离株的NA基因与1996年以后获得的H3N2毒株亲缘关系很近,都隶属于一个亚分支。  相似文献   

7.
对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。  相似文献   

8.
从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析。采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化。采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察。运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析。结果表明,获得1株猪流感病毒,经血凝、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3。基因组序列比较分析显示,SIV CQ3 8个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV。然而NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95%、89%和90%;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征。此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异。最后,系统进化树分析显示NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变。  相似文献   

9.
用RT-PCR方法扩增了H9N2亚型猪流感病毒河南株(Swine/Henar/Y1/09)和H9N2亚型猪流感病毒上海株(Swine/Shanghai/Y1/09)的8个基因片段,进行测序分析.结果表明,这两株猪流感病毒HA基因长度均为1701 bp,编码566个氨基酸,HA切割位点序列均为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;这两个毒株的HA蛋白均有8个潜在的糖基化住点.两个分离株的NA基因长度为1401 bp,编码467个氨基酸,这两个毒株均在茎区63、64、65位发生氨基酸缺失.两株猪流感病毒HA基因的同源性为96.6%,NA基因的同源性为98.6%.两株毒株的8个基因片段系统发生树分析表明它们均为重组体,与2008年上海地区健康鸡群中分离的H9N2亚型毒株(Ck/Shanghai/Y 1/2008)8个基因片段均分别属于同一个基因群.  相似文献   

10.
为鉴定上海地区猪流感病毒的流行株及其分子生物学特征,本研究从上海地区养殖场采集疑似流感症状的猪咽拭子样品40份,采用套式PCR结合鸡胚分离鉴定方法,从中分离到1株H1N1亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)。经全基因组测定和遗传进化分析结果显示该分离株的8个基因节段与欧亚类禽H1N1 SIV同源性最高,其PB2、PB1、PA基因节段可能来源于A/swine/Jiangsu/49/2012(H1N1)病毒,NA、NP和M基因节段可能来源于A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)病毒。该分离病毒的HA蛋白裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI,为低致病性流感病毒的分子特征。该分离株NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变,M2蛋白S~(31)N突变表明该病毒可能对金刚烷胺类药物具有一定的耐药性。PA蛋白~(224)S和PB2蛋白~(701)N突变提示该分离株对哺乳动物的适应性增强,可能导致其致病性增强,需要加强对此类SIV的监测。结合近年来的监测表明,上海地区猪群中H1N1亚型SIV持续存在,需要持续跟踪监测SIV变异趋势。本研究为防控猪流感提供实验依据。  相似文献   

11.
猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立   总被引:2,自引:3,他引:2  
对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。  相似文献   

12.
猪流感病毒H1、H3、N1、N2亚型分型 RT-PCR方法的建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据GenBank中H1N1和H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和M基因保守序列,分别设计合成了5对特异性引物,利用RT-PCR技术对SIV的型和亚型进行鉴定。结果表明,该方法的型RT-PCR可以检测出104 EID50病毒量所提取的RNA;H1、H3、N1和N2的亚型RT-PCR均可以检测出104 EID50病毒量所提取的RNA。除每对特异性引物所对应的亚型外,对其他亚型及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测均为阴性,应用该方法对临床样品进行检测,其结果与病毒分离结果符合率为100%。结果表明,该方法特异性好、敏感性高,有望成为SIV的一种特异、敏感、快速的分型检测方法,为猪流感分子流行病学的调查奠定了良好的基础。  相似文献   

13.
H3N2亚型猪流感病毒HA基因序列测定及抗原性分析   总被引:5,自引:3,他引:2  
采用RT-PCR技术对4株H3N2亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与pMD18-T克隆载体连接,进行序列测定。测序结果显示,4个毒株均含有完整的开放阅读框,并且均未发现核苷酸插入或缺失现象;分离毒株间核苷酸同源性为99.4%~99.7%,氨基酸同源性为98.2%~99.3%。同源性分析表明,4个毒株与2003年的猪流感病毒广东分离株有很高同源性(均在99%以上),说明近段时间我国H3N2亚型的猪流感病毒变异不大,重组的频率不是很高,同时又与人流感病毒香港分离株有较高的同源性(均为99.4%)。交叉血凝抑制试验显示,S3株与其他3毒株抗原性差异明显。鉴于猪在流感病毒传播与复制间的特殊地位,应密切监测猪流感。  相似文献   

14.
15.
本研究从广东省某猪场采集37份疑似猪流感症状的猪鼻拭子样品,接种于9日龄SPF鸡胚并收集尿囊液,通过血凝试验、血凝抑制试验和RT-PCR鉴定,分离得到一株猪流感病毒,经RT-PCR分别扩增8个基因片段,进行基因测序及序列分析,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树。结果显示,分离毒株为H1N1亚型猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/2/2018(H1N1)。遗传进化分析显示,分离株8个片段的核酸序列与A/swine/Guangdong/L3/2009(H1N1)对应序列的同源性均达99%以上,与经典型H1N1亚型猪流感病毒处于同一分支。分离毒株HA的裂解位点为PSIQSR↓GL,符合低致病性流感病毒分子特征。HA基因受体位点为190D、225G和226Q,表明本毒株既可以结合SAα-2,6-Gal型人类流感病毒SA受体,也有结合SAα-2,3-Gal型禽类流感病毒SA受体的可能,在28、40、104、304、498、557位氨基酸处有6个潜在糖基化位点;NA蛋白在50、58、63、68、98、146、235位氨基酸处有6个潜在糖基化位点,NA蛋白氨基酸序列活性中心位点为119E、199D、223I、275H、293R、295N,氨基酸分析位点未出现突变,表明本分离株对神经氨酸酶抑制剂类药物的敏感性较高,但在M2蛋白中,31位氨基酸由敏感型的(S)突变为抗药的(N),提示可能对金刚烷胺类药物产生耐药性。开展猪流感病毒分离鉴定与遗传进化分析将为广东地区的猪流感流行和变异情况提供重要信息。  相似文献   

16.
To investigate whether the 2009 pandemic H1N1 influenza A virus was still being transmitted in swine, a total of 1029 nasal swab samples from healthy swine were collected from January to May 2010 in Jiangsu province of China. Eight H1N1 influenza viruses were isolated and identified, and their full length genomes were sequenced. We found that all eight of the H1N1 viruses shared higher than 98.0% sequence identity with the 2009 pandemic virus A/Jiangsu/1/2009 (JS1). In addition, some of these viruses had D225G (3/8) mutations in the receptor binding sites of the hemagglutinin (HA) protein, indicating enhancement of their binding affinity to the sialic α2, 3Gal receptor. In conclusion, the 2009 pandemic H1N1 influenza A virus has retro-infected swine from humans in mainland China, and significant viral evolution is still ongoing in this species.  相似文献   

17.
为了建立适用于临床诊断的H1N1亚型猪流感病毒快速检测方法,本研究根据GenBank已登录的H1N1亚型猪流感病毒HA和NA基因序列设计RT-PCR扩增引物,以H1N1亚型猪流感病毒、H3N2亚型猪流感病毒、猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒为试验对照,通过优化RT-PCR反应条件和反应体系,建立了H1N1亚型猪流感病毒HA和NA基因双重RT-PCR定型检测方法。同时,运用H1N1亚型猪流感病毒血凝和血凝抑制试验方法和本研究建立的方法对165份猪病料样品进行了对比验证。结果表明,本研究建立的H1N1亚型猪流感病毒双重RT-PCR具有良好的特异性、敏感性、重复性,所扩增的目的基因片段大小分别为428 bp和678 bp左右,可检出最小基因组RNA浓度为2.9×10-5μg/μL。本研究建立的方法和H1N1亚型猪流感病毒血凝和血凝抑制试验方法均从同一份猪肺脏样品中检测出H1N1亚型猪流感病毒,其余样品中均未检出H1N1亚型猪流感病毒,两种方法符合率为100%。本研究建立的方法适用于H1N1亚型猪流感病毒双基因定型检测,可在H1N1亚型猪流感病毒流行病学调查和临床诊断中应用。  相似文献   

18.
Hemagglutinin protein plays an important role in disease prevention and treatment of the swine influenza virus (SIV).In order to clone and express subtype H3N2 SIV A/swine/Henan/1/2010 (H3N2) HA1 and HA2 genes with chicken embryo allantoic fluid containing the H3N2 SIV after extraction of RNA.The HA1 gene and HA2 gene were amplified from the total RNA using RT-PCR and they were inserted into prokaryotic expression vector pET-28a (+) to construct recombinant expression vector.Then the vector was transformed and expressed in E.coli BL21 (DE3) pLyS.Then the bacteria were induced by IPTG and their lysates were analyzed by SDS-PAGE and Western blotting,respectively.The monoclonal antibody 1C10,which was specific to HA protein,was used as primary antibody in Western blotting analysis.It was found that the expressed recombinant HA1 protein was 34.8 ku and recombinant HA2 protein was 23.2 ku analyzed by SDS-PAGE.As demonstrated by Western blotting,this HA1 expressed products showed the capacity of reacting with monoclonal antibody 1C10.All the results suggested that the expressed HA1 and HA2 proteins of H3N2 influenza virus would be very helpful in the development of rapid diagnosis method and vaccine development,which would facilitate further study on the function of HA at the same time.  相似文献   

19.
血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白是猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的一个重要蛋白,在疾病预防和治疗中具有重要作用。本试验旨在克隆和表达H3N2亚型猪流感病毒A/swine/Henan/1/2010(H3N2)的HA1和HA2基因。用含有H3N2亚型SIV的鸡胚尿囊液提取RNA,RT-PCR扩增后将目的基因定向克隆到pET-28a(+)原核表达载体上,并将其转入宿主菌BL21(DE3)pLyS进行表达,IPTG诱导后经SDS-PAGE检测并用该病毒重组HA蛋白制备的特异性单克隆抗体1C10作为一抗对两种蛋白进行Western blotting分析。SDS-PAGE结果显示,得到HA1和HA2大小分别为34.8、23.2 ku的重组蛋白,Western blotting结果表明,HA1蛋白与1C10单克隆抗体具有良好的反应原性,且1C10单克隆抗体表位在HA1蛋白上。本试验结果为进一步研究血凝素蛋白的结构和功能,以及建立快速诊断方法和基因工程疫苗提供材料。  相似文献   

20.
通过鸡胚接种、MDCK细胞培养、血凝及血凝抑制试验、RT-PCR等方法,笔者在四川首次分离并鉴定了1株既能在鸡胚上稳定传代又能在MDCK细胞上稳定产生CPE的H3N2亚型猪流感病毒,命名为A/swine/Sichuan/01/2006(H3N2);NS基因的测序结果表明:该病毒分离株与A/swine/HongKong/4361/99(H3N2)、A/NewYork/429/2003(H3N2)、A/Queensland/6/2000(H3N2)、A/New South Wales/4/1999(H3N2)等具有代表性的标准毒株的同源性都达到99%;从MDCK细胞中抽提流感病毒基因组进行全基因克隆,构建了11个包含全基因8个基因片段的文库。全基因测序结果表明,A/swine/Siehuan/01/2006(H3N2)共8个节段,全基因序列共计13577bp;基于HA、NA推导蛋白的无根进化树结果显示,四川分离株与人流感标准株A/Queensland/6/2000(H3N2)、A/South Australia/81/2000(H3N2)有较近的亲缘关系,而与猪流感标准株A/swine/Spain/42386/2002(H3N2)的亲缘关系较远。  相似文献   

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