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马传染性贫血驴强毒gp90基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以EIAV驴强毒株D-AmRNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增了约1．4kb的gp90基因。将其克隆后进行了测序。测序结果表明所扩增的1338个核苷酸片段含有完整的gp90基因全序列。核苷酸和氨基酸序列比较分析结果表明：D-A EIAV与国内分离株辽系强毒L株差异率仅有1．8％，而与国外毒株(克隆1369，WENVl7、WENVl6、PSPEIAVl9)核苷酸差异率在35．5％～37．2％之间；D-A株与国内分离株L株氨基酸水平差异率在2．9％，而与国外毒株氨基酸水平上的差异率在42．6％—46．0％；D-AEIAV有19个N-连接糖基化位点，L株、WENVl7和WENVl6是18个，克隆1369、WENVl6和WENVl7亲本毒株PSPEIAVl9是12个。 相似文献
2.
本试验对2012年从北京地区约克夏犬体内分离得到的伪狂犬病病毒(PRV)BJ/YT株主要毒力基因gE和TK的分子特征和进化关系进行了分析。结果显示,BJ/YT株gE基因与参考序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%～100.0%和98.3%～100.0%;TK基因核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%～99.9%和99.0%～100.0%。BJ/YT株与同期河北猪源分离株进化关系较近,各毒株之间同源性高,并且存在一致的核苷酸突变位点;与其他参考序列比对分析结果显示,BJ/YT株主要毒力基因存在变异位点,但这些位点均不在已知的主要功能区和抗原表位区内。因此,从分子流行病学角度来看,BJ/YT毒株是近年北京及其周边地区PRV流行毒株,但gE和TK基因的变异对流行毒株的毒力无明显影响。 相似文献
3.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。 相似文献
4.
本研究扩增出猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV) TH- 98株 S基因 5′端 6 72 bp片段 (TS1) ,包括 B、C两个主要抗原位点。将该片段克隆到 p MD 18- T载体上 ,经鉴定 TS1片段正确插入 p MD 18- T载体上。序列测定和分析表明 ,该片段的核酸序列与国外 TGEV毒株 Miller,Purdue15 ,FS772 /70等有很高的同源性 ,达 96 .88%以上 ,氨基酸同源性为 95 .0 9%以上 ,抗原位点 C(S蛋白第 4 8位氨基酸 )的丝氨酸变为脯氨酸。本研究首次克隆国内分离株 TH- 98株 S基因含有抗原位点 B、C且在 PRCV中缺失的片段。为进一步揭示 TGEV强弱毒株差别的分子机制和分子诊断的研究奠定了重要基础。 相似文献
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为研究中国马传染性贫血病毒(EIAV)弱毒疫苗致弱过程中基因组的进化特征,作者对EIAVFDDV前病毒的囊膜基因env进行了分析。使用PCR方法体外扩增EIAVFDDV前病毒DNA的env,并随机挑取PCR的阳性克隆子进行测序和序列比对分析。结果表明,随机挑取的PCR阳性克隆中,29/30的克隆子在第2 128-2 130位核苷酸处存在TGG→TGA(翻译中止密码)的突变。该基因对应的EIAV穿膜蛋白gp45的氨基酸数在突变株中较未截短株中减少154,变成259个aa。对EIAVFDDV进行Western blot分析时发现,EIAVDLV45 ku的gp45条带被约35 ku的条带取代。由此推测,EIAVFDDV疫苗株绝大多数病毒颗粒的gp45是截短型。对该代次疫苗株免疫马匹第15和40天体内EIAV前病毒DNA和基因组RNA的序列进行分析,结果表明该截短毒株具有在体内和体外进行复制的能力。由于已有研究表明细胞嗜性改变与gp45的截短有关,因此,推断EIAVFDDV的gp45的截短是其适应在体外培养的驴胎皮肤细胞上复制传代的结果。综上所述,本研究发现EIAVFDDV的gp45存在高比例截短突变,证明该截短突变毒株具有在体内和体外进行复制的能力。但该截短突变是否可通过改变EIAVFDDV在免疫马体内的细胞嗜性,进而影响其毒力和免疫原性,还有待进一步验证。 相似文献
6.
利用RT-PCR技术,将从江苏省分离到的2株鸽源NDV的融合蛋白(F)和血凝素神经氨酸酶(HN)基因重要功能区片段进行扩增和序列分析,发现F蛋白多肽裂解位点的氨基酸序列为112K-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株序列特点.F基因分型及同源性比较显示,分离到的2株鸽源NDV PG-CH-JS-1-05,PG-CH-JS-1-06属基因Ⅵ型.与国内参考毒株YN-P1 F基因推导的氨基酸序列同源性最高为96.4%,与LaSota的同源性为84.1%～84.2%,与F48E9的同源性为86.0%～86.2%;与国外参考毒株Warwick66的同源性为92.7%～93.3%;HN基因氨基酸序列同源性比较显示,与PB9601的同源性最低,只有3.4%～3.7%,与LaSota的同源性也较低,为88.5 % ～88.7%.而与国外参考毒株IT-227-82的氨基酸序列同源性为95.4%～95.6%,与Pigen-NY-US-1984的同源性为94.8%～94.9%,与248 V B的同源性为92.5%～92.7%,说明与国外鸽源NDV分离毒株的遗传距离较近. 相似文献
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家蚕核型多角体病毒p35基因的核苷酸序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对家蚕核型多角体病毒苏州株 (BmNPVsu)p35基因的序列分析表明 :BmNPVsup35编码序列为 897nt,编码 2 98aa。同源性分析表明 :BmNPVsup35与BmNPVT3、AcNPV、SlNPV在核苷酸水平上同源性分别为 99.5%、95.1 %、89.3% ,在氨基酸水平上的同源性分别为 98.7%、89.4 %、76.4 % ,显示了杆状病毒p35基因在进化上的保守性。BmNPVT3中位的N14 6、S2 0 2 、E2 0 4 、K2 4 4 ,在BmNPVsu中分别被G、N、Q、N取代 ,BmNPVT3中S2 2 2 ,在BmNPVsuP35中发生了缺失。推测BmNPVsuP35蛋白的功能及抑制细胞凋亡的能力与BmNPVT3P35蛋白的相似 相似文献
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为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD... 相似文献
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根据GenBank已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)全基因组序列设计引物,对793/B型IBV分离毒株TA03M基因进行克隆与序列分析.结果表明,793/B型IBV的M基因由669 bp组成,与GenBank已发表的15株IBV的M基因相比较,793/B型IBV的M基因在第4～15位发生了3～12个核苷酸的缺失,对应1～4个氨基酸的缺失,共有30多处点突变.与其他各毒株M基因的核苷酸同源性为84.2%～93.6%,氨基酸同源性为82.1%～96.0%;进化分析显示TA03株与H52和IBN毒株之间的亲缘关系较近.该研究为进一步探讨793/B型IBV M基因(蛋白)在遗传变异和免疫等方面的作用奠定了理论基础. 相似文献
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对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%～92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%～89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69～81和142～150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性. 相似文献
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Soutullo A García MI Bailat A Racca A Tonarelli G Malan Borel I 《Veterinary immunology and immunopathology》2005,108(3-4):335-343
Equine infectious anemia virus (EIAV) is a lentivirus causing a persistent infection in horses characterized by recurrent febrile episodes and high levels of viremia associated with a novel antigenic strain of the virus. The virus contains two envelope glycoproteins, gp90 and gp45, and four internal proteins, p26, p15, p11 and p9. Considering that the most infected horses are able to restrict EIAV replication to very low levels and that gp45 and p26 contain highly conserved epitopes among lentiviruses, it would be necessary to identify those conserved epitopes stimulating cellular and humoral responses. The aims of this study were to determine if the synthetic peptides identified as gp45 (aa 523-547) and p26 (aa 318-346) representing two highly conserved and immunodominant regions of EIA virus are recognized by PBMC and antibodies to EIAV adult mixed-breed naturally infected carrier horses, and if these peptides are able to induce immune responses in mice. Antibodies from 100% of carrier horses, evaluated by ELISA, recognized both peptides; PBMC from 80% of carrier horses, evaluated by lymphoproliferation assay, recognized, at least, one peptide. Furthermore, immunization with 100 microg of each peptide elicited humoral and cellular responses in BALB/c mice, antibodies appeared at 48 or 63 days of immunization with gp45 or p26, respectively. Although the kinetics of gp45- and p26-specific antibody responses were similar, percentage of positivity was higher for gp45. The lymphoproliferation assay, evaluated by BrdU uptake, was higher in mice immunized with gp45 or p26 than in the control group (P<0.05). Based on our findings, we consider that both peptides could be included in an effective vaccine design to induce long-term immunological memory. 相似文献
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马传贫病毒白细胞弱毒疫苗毒株反转录酶基因克隆及序列？… 总被引：1，自引：0，他引：1
本从商品化马传贫弱毒疫苗培养物提纯马传贫疫苗病毒粒子并抽提病毒ＲＮＡ后,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增并首次克隆了马传贫驴强毒反转录酶基因。经核苷酸序列测定得出反转录酶工一长１６６８ｂｐ,编码５５６个氨基酸。通过与已发表其它马传贫病毒反转录酶基因序列比较,发现在氨基酸和核苷酸水平差异率分别为１４．０％和１６．６％。变异氨基酸随机分布于整个基因上,无明显规律。在反转录病毒高度保守的酶基因上发现这样大的差异 相似文献
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Design and validation of an ELISA for equine infectious anemia (EIA) diagnosis using synthetic peptides 总被引：3，自引：0，他引：3
Three peptides derived from the equine infectious anemia virus (EIAV) surface proteins were synthesized to design and validate an ELISA for EIA diagnosis. Peptides identified as gp90-I and gp90-II correspond to the N- and C-terminal part of the surface glycoprotein gp90. Peptide gp45-1 overlaps the immunodominant epitope CIERTHVFC of the transmembrane glycoprotein gp45, and includes a hydrophilic chain close to the N-terminal end of this nonapeptide loop. Serum samples from 140 naturally infected horses with EIAV and a panel of 167 non-immune equine sera obtained from non-infected animals were used. Differences in reactivity between positive and negative serum samples were clearly distinguished. Samples considered weak positive to the agar gel immunodiffusion (AGID) test were "true" positive in the ELISA. These results are consistent with the improved sensitivity of the ELISA in comparison with the AGID test. The cyclic peptide that mimics the immunodominant sequence of gp45 showed excellent reactivity, thus suggesting that its functional activity depends significantly on its conformation, since very low reactivity was observed in the linear form of the peptide. The detectability indices of positive and negative sera reached 98% when gp90-II and gp45-I synthetic peptides were used in the same assay, illustrating the high specificity and sensitivity of the assay. Our study represents a first approach for the design of a diagnostic kit, which would allow the rapid analysis of a large numbers of serum samples from horses, and could be applied in endemic areas with different prevalence of infection. 相似文献
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马传染性贫血病毒(EIAV)减毒疫苗是世界首例慢病毒疫苗,但其作用机理尚不明了。我们的前期研究发现EIAV疫苗株EIAVFDDV12编码跨膜蛋白gp45的基因在马体内发生高频率G2230A点突变形成终止子,使该蛋白C末端出现154个氨基酸的截短。为了探讨该截短蛋白对EIAV疫苗株生物学特性的作用,本研究以EIAV弱毒疫苗株感染性克隆基础上,构建了gp45截短型感染性克隆,脂质体转染细胞,增殖传代,获得病毒株EIAVFDDVTM-36,接种到马体内。在接种后167 d内未观察到临床症状,连续注射10 d地塞米松以暂时抑制免疫系统,并用迟发性超敏反应和淋巴细胞增殖实验评价免疫抑制效果。结果显示,截短型跨膜蛋白疫苗株EIAVFDDVTM-36接种组免疫抑制前后病毒载量和中和抗体效价差异不显著,而完整型跨膜蛋白疫苗株感染性克隆EIAVFDDVTM-45接种组4匹马中3匹免疫抑制后病毒载量显著上升,同时组内中和抗体效价明显提高。以上结果表明,马体特异性免疫压力对EIAVFDDVTM-36复制无影响,而对亲本株EIAVFDDVTM-45复制有抑制,显示跨膜蛋白截短型EIAV作为疫苗更为安全。但免疫抑制造成的gp45跨膜蛋白未截短型疫苗株感染性克隆体内病毒载量升高,可以促使机体产生更高的中和抗体效价,提示该疫苗的安全性和有效性在一定程度内呈负相关(相互制约)。因此,安全性和有效性的平衡是慢病毒减毒疫苗研发需注意的重要因素。 相似文献
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伪狂犬病病毒Fa株gp63（gI） 基因核苷酸序列测定及分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对我国最早分离的伪犬病病毒（pseudorabies virus,PRV)Fa株糖蛋白gp63(gI)基因核苷酸序列及的氨基酸序列作了测定与分析，完整的gp63(gI)结构基因从起始密码子ATG到终止密码子TGA共有1050个核苷酸残基，编码由439个氨基酸残基构成的多肽链，4种核苷酸残基的构成比分别为：G35．9％，11.33%,T11.81%,C40.95%,G C含量达76．85％，PRV Fa株gp63基因核苷酸序列与Nice株的相比，两者同源性达98．13％，仅存在3个核苷酸残基的缺失变异，氨基酸推导序列分析表明，糖蛋白gp63具有典型膜蛋白特征，与Nice株相比，同源性为97．42％，gp63基因起始密码子由3个连续的ATG组成，ATG上游区域内无启动子调控区序列。 相似文献
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分别以EIAV辽宁马强毒株（EIAVliao）前病毒DNA和马传染性贫血驴白细胞弱毒疫苗株（EIAVDLV）前病毒DNA为模板,从免疫接种后不同时期马血清中利用nested—PCR技术,扩增了约1．4kb的gp90基因。将其克隆后进行了测序,测序结果表明,免疫EIAVDLV后的第1时期至第5时期,与EIAV—liao比较核苷酸序列平均差异率分别为3．2956％、3．1456oA、3．36％、3．1856％和3．6456％。EIAVliao有20个N-连接糖基化位点,EIAVDLV平均是17．2个,其中有11个N-连接糖基化位点是高度保守的。 相似文献
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马传贫驴白细胞弱毒疫苗株基质蛋白基因的克隆与表达 总被引：5，自引：0，他引：5
从感染驴白细胞的马传贫驴白细胞弱毒疫苗株前病毒DNA中克隆了编码基质蛋白（p15)的基因，并在大肠杆菌中进行了表达，所表达的蛋白是一种可溶性的融合蛋白，其氨基端带有6个组氨酸的标签，因此可以用固定化金属离子亲和层析法在非变性条件下进行纯化，在间接ELISA和免疫印迹试验中，重组的基质蛋白可与马传贫阳性血清样品发生反应，而与健康马血清无任何反应，这表明该重组蛋白具有良好的抗原性和特异性，可用于马传贫弱毒疫苗株在体内外复制及在接种马体人免疫应答的研究中。 相似文献
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为进一步研究马传染性贫血病毒(EIAV)弱毒疫苗的减毒机制,本实验对EIAV弱毒疫苗的原始种毒EIAVLN40、亲本病毒株EIAVDV、驴白细胞弱毒疫苗EIAVDLV121和EIAVDV减毒过程中的3个中间代次病毒(EIAVDLV32、EIAVDLV62和EIAVDLV92)的gp90基因进行测序分析。结果显示,适应白细胞培养的病毒株的进化距离更接近,与亲本病毒株处于进化树的不同分支。与强毒株相比,适应白细胞培养的病毒株在9个位点发生优势氨基酸的转换和V3区糖基化位点191NSSN194的缺失。此外,伴随EIAV毒力减弱的过程,有8个位点出现优势氨基酸残基的转换,在各代次病毒株中V4区具有糖基化位点237NNTW240和246NETW249的克隆所占的比例逐渐降低,其中EIAVDLV121的糖基化位点237NNTW240完全缺失。 相似文献