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1.
参照已发表的A型禽流感核蛋白(NP)、基质蛋白(M1)基因序列及其基因组特性,设计合成了一条通用反转录引物和两对特异性引物,采用RT-PCR法,成功克隆了禽流感病毒国内分离株A/chicken/Mudanjiang/0823/2000(H9N2)株的NP、M1基因.序列测定结果为NP基因cDNA全长1497bp,编码498个氨基酸.M1基因cDNA全长759bp,编码252个氨基酸.将其序列与数株A型流感病毒(H9N2)NP及M1基因序列进行比较,NP基因同源性为90.51%～98.46%,氨基酸序列同源性为95.38%～98.59%.M1基因同源性为90.78%～97.36%,氨基酸序列同源性为95.63%～99.60%. 相似文献
2.
一株H9亚型禽流感病毒HA基因的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对2006年采集的1份禽流感病鸡组织进行RNA抽提后,采用A型流感病毒通用引物进行禽流感病毒HA基因的扩增,并进行T载体克隆及测序,获得了一株H9亚型禽流感病毒的HA序列。序列分析表明,此血凝素基因的ORF由1683个核苷酸组成,编码560个氨基酸,属A／Chicken／Beijing／1／94系。将其在GenBank中Blasl后发现,其与1株珍珠鸡H9N2病毒（A／Guineafowl／Hongkong／NT101／03）和1株鸡H9N2病毒（A／Chicken／Hongkong／AP45／03）的同源性和分值最高,同源性可达97％,较中国2006年前的分离株进化相对稳定,核苷酸的变异不大。切割位点的序列为-PARSSRGLF-,仍属于低致病力毒株。但Gln226Leu的变异,使其成为一种潜在的可感染人的禽源毒株。 相似文献
3.
为从分子水平上了解福建省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化情况及其与其他亚型禽流感病毒之间的遗传进化关系,对2015年分离自福州市某活禽市场的一株鸡源H9N2亚型禽流感病毒A/chicken/Fujian/05/2015(H9N2)进行了全基因组扩增、克隆、测序,并对所获得的全序列与参考株进行了8个基因片段的同源性比较和遗传进化分析。结果显示:该分离株的HA基因与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC40/2015(H9N2)的核苷酸同源性最高,裂解位点处氨基酸序列为-PSRSSR↓GLF-,符合低致病性裂解位点序列特征,其226位氨基酸为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2~6受体结合的特性;NA基因颈部63、64和65位点氨基酸有缺失,与鸡源病毒A/chicken/Zhejiang/SIC32/2014(H9N2)的核苷酸同源性最高;M2基因的31位氨基酸为N,表明该病毒已经对金刚烷胺类药物产生耐药性;分离株的基因组由3个亚系的基因重组产生,其中HA和NA基因来源于BJ/94亚系,PB2和M基因来源于G1亚系,PB1、PA、NP和NS基因来源于F98亚系;该分离株的6个内部基因PB2、PB1、PA、NP、M、NS与H7N9、H10N8、H5N6亚型禽流感病毒的内部基因存在复杂的交叉重组现象。因此需加强对H9N2亚型禽流感病毒的流行病学监测。 相似文献
4.
本研究通过反转录-聚合酶链式反应（ILT-PCR）技术分别扩增了禽流感病毒A/African Starfling／England-Q／983／79（A．S／E．Q）（H7N1）的8个基因片段即PA、PB1、PB2、NS、NP、M、HA、NA基因，将其分别克隆到PMD18-T载体后进行序列测定；并将克隆到的8个基因片段与GenBank发表的相应序列进行比较分析。结果表明所克窿到的8个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架；HA、NA基因的序列分析表明A．S／E．Q符合低致病力禽流感病毒的特征；与我国H7N2亚型AIV分离株A／chicken／Hebei／1／02的序列比较发现。A／chicken／Hebei／1／02的HA、M、NP、PB1、队基因与A．S／E．Q同源性最高，说明我国北部分离的AIV起源于A．S／E．Q。 相似文献
5.
禽流感病毒A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank公开发表的H9N2型禽流感病毒血凝素(HA)基因序列设计1对引物,用RT-PCR方法成功扩增出H9N2型禽流感病毒分离株A/Chicken/Yangzhou/N/2005(H9N2)HA基因,凝胶电泳结果显示,扩增产物为1.7 kb的单一条带,与预期结果相符.将PCR扩增片段连接到pCR2.1-T载体上,重组质粒酶切鉴定正确.序列测定分析结果显示,所获序列与GenBank中收录的H9N2亚型分离株核苷酸同源性最高达99%,与原型毒株A/Furkey/Wisconsin/1/1966(H9N2)氨基酸同源性为89%.对HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明,此毒株为低致病力毒株. 相似文献
6.
H9亚型禽流感病毒分离株A／Chick／Shandong／6／96的基因序列分析 总被引：4，自引：1，他引：3
对1株H9N2亚型禽流感病毒（AIV）A／Chick/Shandong/6/96（H9N2）进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因的核苷酸序列皆与1994年分离株A／Chicken/Beijing/1/94（H92）具有很高的同源性（96．0％－98．6％）；推导其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为A－R－S－S－R，完全符合H9 AIV欧亚分支中的类A／Chicken/Beijing/1/94亚分支的特征；虽然其神经氨酸酶（NA）基因与A／Rhicken/Beijing/1/94（H9N2）相比，出现了9个核苷酸的缺失，然而其同源性仍然较高，为97．3％；而与欧亚分支中的类A／Chicken/Korea/323/96和类A／Quail/HongKong/G1/97亚分支的同源性却相对较低，分别为92．0％和84．2％；其它基因的比较情况也大体相近。提示该毒株是由1994年分离株进化而来，在遗传演化上属于H9亚型流感病毒欧亚分支中的类／A／Chicken/Beijing/1/94(H9N2)亚分支。 相似文献
7.
为研究一株天鹅源H5N8亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,本研究对2016年从山西省疾控中心送检天鹅样品中分离到的一株H5N8亚型流感病毒(A/swan/Shanxi/6/2016)的全基因组序列进行高通量测序及遗传演化分析。结果显示,分离的病毒为Clade 2.3.4.4分支高致病禽流感病毒(HPAIV);BLAST分析显示该分离株的NP基因与H3N8亚型AIV的NP基因具有较高同源性,而其它基因节段则分别与来自其它国家的H5N8亚型AIV的相应基因节段同源性较高,进一步选取与各基因节段核苷酸同源性较高的病毒株作参考序列构建其系统进化树,推测该分离株为一株重组病毒株。特殊氨基酸位点分析显示,其具有典型的禽型受体结合位点和典型的人型受体结合位点。并且M1蛋白、NS1蛋白和PB2蛋白具有H5N1亚型AIV对鼠致病性增强的分子标志,提示该株野鸟源流感病毒可能具备感染哺乳动物的能力。本研究对H5N8亚型AIV的综合防控具有一定的指导意义。 相似文献
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9.
为了解厦门市H9N2亚型禽流感病毒的分子生物学特性,从而为科学防控禽流感提供依据,对2015年的2株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株(A/chicken/Xiamen/09/2015分离自活禽交易市场、A/chicken/Xiamen/10/2015分离自某养殖场)进行全基因序列扩增、测定及分子生物学分析。结果显示:2株分离株的8个基因片段来自3个不同亚群;M、NP基因与安徽、江西、江苏(泰州)H7N9亚型禽流感分离株高度同源;6个基因出现毒力增强,以及与耐药性、哺乳动物嗜性相关的突变。研究结果提示,H9亚型与H7亚型流感病毒间存在基因重组风险,H9N2亚型禽流感病毒的流行会对公共卫生产生潜在安全隐患。 相似文献
10.
禽流感病毒分离株 A/Chicken/Wangcheng/4/2001(H9N2)核蛋白基因(NP)的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用无特定病原体 (ＳＰＦ)鸡胚增殖禽流感鸡体分离株Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｗａｎｇｃｈｅｎｇ／４／２００１(Ｈ９Ｎ２)(ＷＣ２００１),提取病毒总ＲＮＡ。根据已发表的Ａ型流感病毒株ＮＰ基因序列 ,设计一对引物 ,运用反转录 -聚合酶链反应(ＲＴ -ＰＣＲ)扩增该病毒分离株的ＮＰ基因 ,克隆后进行序列测定。序列分析表明 ,扩增的ＮＰ基因为相应的开放阅读框架。ＷＣ２００１株ＮＰ基因序列与数株Ａ型流感病毒ＮＰ序列进行比较 ,相互间同源性在８０%左右 ,其中与Ａ／Ｄｕｃｋ／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／Ｙ２８０／９７(Ｈ９Ｎ２)有很高的同源性 ,而与人流感病毒株和猪流感病毒株差异较大 ,显示禽流感病毒特征。 相似文献
11.
从有肺炎症状的病猪中分离到1株H9N2亚型猪流感病毒（SIV）A／Swine／Shandong／1／02，对其进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因片段的核苷酸序列均来自禽流感病毒（AIV），与我国目前家禽中流行的H9N2亚型AIV毒株具有很高的同源性，与A／Duck／Hong Kong／Y280／97（H9N2）的同源性为94．1％～98．9％，与A／Chicken／Beijing／1／94（H9N2）的同源性为94．5％～98．2％；推导的其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为P—A-R—S-S-R，完全符合H9亚型AIV欧亚分支中的类A／Chicken／Beijing／1／94亚分支的特征；基因分析结果表明，该分离株的所有基因片段均来源于H9N2亚型AIV，它可直接感染猪，并导致发病，但它并未在猪体内发生重组。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2017,(11)
为了研究H9N2亚型禽流感病毒的基因组变异情况,试验以一株2015年在河南省分离的H9N2亚型Ck/HN/12/15为研究对象,用RT-PCR方法扩增病毒基因组的8个基因片段并进行克隆和测序,将测序结果与Gen Bank公布的H9N2参考毒株序列进行比对分析,绘制各基因片段的进化树。结果表明:分离株的PB1、PA、NP、NS基因与1998年中国上海鸡源毒株Ck/SH/F/98(H9N2)归于同一进化分支,核苷酸序列同源性分别为93.57%、90.48%、87.66%和86.64%。分离株的HA、NA基因与1997年中国香港鸭源毒株Dk/HK/Y280/97(H9N2)属同一个进化分支,核苷酸序列同源性分别为87.62%和85.32%。该毒株裂解位点处的序列是PSRSSR,符合低致病性禽流感病毒的分子特点。该株HA基因的226位(对应H3亚型位置)氨基酸为Leu,更易与哺乳动物唾液酸受体结合。说明应该做好对此类H9N2亚型禽流感病毒免疫防控工作,避免在人和禽类之间传播。 相似文献
13.
《中国动物传染病学报》2015,(2)
2012年从南京市某宠物医院采集的20份犬鼻拭子中分离到1株犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV),命名为A/Canine/Nanjing/11/2012(H3N2)。该病毒分离株的血凝素(hemagglutinin,HA)效价为28,鸡胚半数感染量(median embryo infective dose,EID50)和最小致死量平均死亡时间(mean death time,MDT)分别为10-7.60/0.1 m L和69.6 h/10-4。血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因和核蛋白(necleoprotein,NP)基因的系统发育进化树均显示该分离株CIV位于禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)亚群中,并与H3N2亚型CIV辽宁分离株和黑龙江分离株位于同一分支上,具有最近的亲缘关系(HA基因的同源性为99.5%~99.6%,NA基因的同源性为99.0%~99.2%,NP基因的同源性为99.1%~99.3%)。氨基酸序列分析显示,该病毒分离株与其他犬流感病毒分离株的HA、NA和NP氨基酸序列存在个别位点的突变。 相似文献
14.
本研究对2014年从新疆额敏县分离到的一株野鸟源H3N8亚型流感病毒A/wild bird/Xinjiang/S3525/2014(H3N8)进行了全基因序列和进化分析。序列分析显示,HA裂解位点序列为~(339)PEKQTR-GLFG~(348),为典型的低致病性禽流感病毒特征,NA基因具有6个潜在的糖基化位点,与病毒株A/mallard/Czech Republic/14333-1K/2011(H3N8)核苷酸高度同源(97.7%)。该毒株的内部基因来源较复杂,其PB1、NP基因分别与A/ruddy shell duck/Mongolia/921C2/2009(H7N1)和A/wild duck/Korea/MHC39-26/2011(H7N9)的同源性最高,其余内部基因与H2、H3、H6、H7等亚型禽流感病毒分离株同源性最高,呈现明显的异源性。除PB2基因外,其余基因片段均来源于野鸟源禽流感病毒。 相似文献
15.
为了解山东省H9亚型禽流感病毒变异情况和流行规律,于2013年从山东省潍坊、淄博、青岛、临沂、济南、滨州和烟台等地区疑似禽流感病鸡病料中分离到14株病毒,通过病毒分离培养、血凝与血凝抑制试验、RT-PCR技术进行了鉴定,并对获得病毒的HA基因和NA基因序列进行了同源性和遗传进化分析。结果显示,分离病毒均能凝集鸡的红细胞并能被禽流感病毒H9标准阳性血清抑制,RT-PCR方法从分离株中扩增出HA基因和NA基因保守片段,序列比对表明分离株与山东日照分离株A/Chicken/Rizhao/853/2013(H9N2)具有较高同源性,达94.4%以上,证实分离毒株为H9N2亚型禽流感病毒。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。HA、NA基因遗传进化分析表明,分离株与代表株DK/Y280/97亲缘关系最近,核苷酸同源性分别达90.3%和93.6%以上,属于国内常见的CK/BJ/94分支中的Y280-like亚分支。 相似文献
16.
从陕西地区疑似流感发病鸡分离到4株流感病毒,经国家流感中心鉴定均为A型流感病毒H9N2亚型。将其中1株A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的血凝素基因核蛋白基因和神经氨酸酶基因进行克隆和测序,与GenBank收录的其它流感H9N2亚型的相关基因进行比较,结果表明,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)的NA序列与A/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)的NA序列同源性较高,为98.9%,但其HA序列与香港人流感病毒A/HongKong/1073/99、A/HongKong/1074/99(H9N2)的HA序列同源性较低,为85.9%。另外,氨基酸进化树分析结果显示,A/Chicken/Shaanxi/3/2002(H9N2)与A/chicken/HongKong/CSW153/03(H9N2)的亲缘关系最近,两者形成独立的分支。 相似文献
17.
从福州市某活禽市场采集的鸡泄殖腔棉拭子样品中分离出1株病毒,经血凝抑制试验(HI)和聚合酶链反应(PCR)方法鉴定为H9N2亚型禽流感病毒。在GenBank基因库中对该病毒株的3个基因片段的测序结果进行BLAST比对分析表明,3个基因片段均属于H9N2亚型禽流感病毒的基因。HA基因遗传进化分析表明,该病毒分离株与代表株DK/HK/Y280/97处于同一分支,与上海的鸡源分离株A/chicken/Shanghai/06/2015(H9N2)同源性最高,同源性为99.5%。 相似文献
18.
2株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株遗传演化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧与兽医》2018,(12)
对2015年活禽交易市场和养殖场的健康鸡群分离到的2株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因组序列测定和遗传演化分析。结果显示:分离株的部分基因与1999年3株感染人的H9N2亚型同源性较低(86.3%～94.6%),与H7N9、H10N8、H10N6亚型同源性较高; A/chicken/Xiamen/10/2015分离株的NP基因与2013年感染人的H7N9毒株A/Shanghai/4664T/2013同源性高达99.9%,说明分离株的进化程度主要与时间相关,与宿主和地理位置关系不大。 相似文献
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一株绿鹭源H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解野生水禽绿鹭(Butorides striata)中分离到的1株H9N2亚型禽流感病毒(A/striated heron/Yunnan/2018)的生物学特性;对其进行全基因组序列扩增、测序、进化分析;序列分析显示:该分离株HA、NA基因位于Y280-like分支、PB2、M基因位于G1-like分支、PA、PB1、NP、NS基因位于F98-like分支,分别与H9、H7、H10等多种亚型的AIV同源性较高,该分离株不同基因片段来源较复杂。HA裂解位点氨基酸序列为333PSRSSR↓GL340,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)氨基酸序列特征;S145N突变增加了一个糖基化位点,提示该位点出现可能会使毒株致病性提高,免疫原性发生改变;HA受体结合位点发生Q234L突变,表现出人流感病毒受体结合特性;NA基因出现第63—65位氨基酸缺失,M1发生N30D,T215A突变,M2发生S31N的突变,PB2、PB1、NS、NP、PA关键位点未发生变化,分析结果提示当前分离株已出现耐药性、致病性增强的变化。本研究表明该分离株呈现遗传演化的多样性及基因重组的复杂性,因此加强对野生水禽类禽流感病毒的监测和研究具有重要的公共卫生意义。 相似文献