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1.
用RT-PCR法,以1株H5N1亚型禽流感病毒新疆分离株A/Duck/XJ/4为模板,扩增了NP全基因cDNA,克隆至T载体,并进行序列测定.序列分析结果表明:扩增的NP基因全长1518bp,最大的开放阅读框在18～1514bp,编码499个氨基酸.将A/Duck/XJ/4毒株NP基因序列与15株A型流感病毒NP基因序列进行比较,各毒株间NP基因核苷酸序列同源性81.4%～99.0%,编码的氨基酸同源性在92.8%～99.6%. 相似文献
2.
通过RT-PCR技术对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/4(H5N1)的PB1、PB2和PA基因分别进行了扩增及克隆,测序结果表明该毒株的PB2、PB1和PA基因全长核苷酸序列分别为2341 bp、2282 bp和2187 bp.同源性分析表明A/Duck/XJ/4(H5N1)株与禽源、野生鸟类和猪源的禽流感毒株均有很高的同源性(86.3%～99.6%).与人源毒株相比,PB2和PA与A/HK/156/97(H5N1)株的同源性较低(86.3%～88.7%);与A/Vietnam/CL01/2004(H5N1)株和A/human/Zhejiang/16/2006(H5N1)株的同源性较高(93.0%～98.8%);PB1与人源毒株A/HK/156/97(H5N1)、A/Vietnam/CL01/2004(H5N1)、A/human/Zhejiang/16/2006(H5N1)同源性为91.1%～93.2%. 相似文献
3.
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主要是β-折叠和无规则卷曲结构;分离毒株的M蛋白均包含有3个跨膜区。表明IBV分离株M蛋白在基因序列和二级结构上相对保守。 相似文献
4.
C型口蹄疫病毒鼠源毒株3A基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
应用RT-PCR技术克隆获得了一株C型口蹄疫病毒鼠源毒株的非结构蛋白3A基因(C-3A),并对其进行序列测定及分析.结果表明,C-3A编码全基因序列中核苷酸共435 bp,编码氨基酸145个;与12株参考毒株比较发现,C型毒株核苷酸序列在第274~297位发生了缺失,氨基酸在92~99位发生缺失.核苷酸的同源性比较显示,C-3A基因与YNBS/58-3A基因的同源性最高,为82.8%;C-3A基因与TW/97-3A基因的同源性最低,为72.5%.氨基酸的同源性比较表明,C-3A基因与OIC/58-3A基因的同源性最高,为86.9%;与TW/97-3A基因的同源性最低,为72.7%. 相似文献
5.
《山东农业科学》2016,(1)
2014年从山东省某鹅场发病鹅体内分离到一株具有血凝性的病毒,对其进行鉴定,并对其HA基因和NA基因进行克隆测序,分析了解其与其他H9N2各毒株间的变异关系和进化规律。结果表明:经HI交叉抑制试验和基因克隆最终证实该毒株为H9N2亚型流感病毒,将其命名为A/goose/Shandong/XJ/2014(H9N2),简称XJ。XJ分离毒株的HA基因裂解位点序列为PSRSSRGLF,为弱毒毒株的特征序列。其HA基因与其他参考株HA基因的核苷酸序列同源性为87.2%~99.9%,氨基酸序列同源性为87.4%~99.8%。XJ与国内大部分同期分离毒株遗传距离较近,尤其是2013年以后的分离毒株。 相似文献
6.
根据GeneBank上已发表的H3N8亚型禽流感的非结构蛋白基因(NS)序列,设计了一对特异性引物,成功地从A/mallard/SanJiang/167/2006(H3N8)中克隆到NS基因序列,该克隆基因全长860 bp,编码NS1和NS2两种非结构蛋白.与其他H3N8亚型的NS基因进行了同源性比较,核苷酸同源性为65.5%～98.3%,推导的氨基酸序列同源性为65.4%～97.8%.NS基因遗传进化树形成两个分支,该分离株处于等位基因B组.另外,此毒株NS基因在263～277位没有发生15个碱基的缺失.A/mallard/SanJiang/167/2006(H3N8)株149位为丙氨酸,其不能感染哺乳动物. 相似文献
7.
从鸡胚尿囊液中提取H9N2亚型禽流感病毒的RNA,根据已发表的A型流感病毒(AIV)的核苷酸序列,设计一对特异引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)成功地扩增了AIV的M基因。将M基因的cDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的1 192 nt片段包含了完整的M基因的两个开放阅读框。核苷酸序列比较分析结果表明:该毒株与A/Hong Kong/1073/99(H9N2)、A/Duck/Hong Kong/380.5/2001(H5N1)、A/Duck/NY/191255-79/02(H5N2)相比,核苷酸序列的同源性在92.2%~96.1%之间,其相对应的氨基酸序列的同源性在91.7%~96.3%之间。 相似文献
8.
应用RT-PCR方法,对从一只野生白眉鸭(Anas querquedula)中分离出的禽流感病毒分离株A/Grganey/SanJiang/160/2006(H5N2)的HA基因进行了序列的克隆和测定.测序结果显示,克隆的HA基因全长为1 731 bp,共编码565个氨基酸.核苷酸和氨基酸的最大同源性比较结果表明,该毒株的HA基因与其它31株H5N2亚型禽流感病毒HA基因的同源性为71.0%～98.2%,氨基酸序列同源性为84.0%～98.2%;遗传进化关系表明,该毒株属于欧亚群系.通过血凝素裂解位点的氨基酸序列分析可知,该毒株的HA切割位点上未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸,符合低致病力禽流感毒株的分子特征. 相似文献
9.
鸡传染性支气管炎病毒HN99株膜蛋白基因的分子特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中已经公布的鸡传染性支气管炎病毒株M基因序列,设计并合成1对特异引物,利用RT-PCR方法扩增出IBV河南分离株HN99株M基因的全长片段,然后进行克隆、测序,获得了长度为669 bp的HN99株M基因全序列,编码M蛋白222个氨基酸残基,其N端的前60 nt为前导序列,近N端含有1个潜在的N-糖基化位点,M基因编码的膜蛋白中含有9个高度保守的半胱氨酸;HN99株M蛋白点突变较多,且突变位点呈散在分布遍及整个ORF,主要表现为碱基的插入和缺失,在Glu 21～Leu 37,Set 45～Ile 68,Pro 74～Phe 94位氨基酸的区域内形成3个跨膜区域,在39 Try～43 Thr,171 Ile～176 Pro,183 Arg～193 Ser住氨基酸处含有3个潜在的抗原位点;与GenBank中的11个国内外参考毒株相比,IBV-HN99株M基因核苷酸同源性为87.0%～90.3%,推导的氨基酸同源性为89.7%～94.2%;在系统发生进化树中,HN99株M基因与其他参考毒株属于不同的分支,亲缘关系均较远. 相似文献
10.
采用RT-PCR方法对收集的2株猪流行性腹泻病毒(PEDV)临床毒株(D1、D3)的M基因进行克隆,并对其核苷酸和推导的氨基酸序列进行分析。结果表明:2株PEDV流行毒株M基因间核苷酸序列同源性为98.1%,氨基酸序列同源性为97.8%。流行毒株D1与参考株EAS1、SM98、CHM2013分离株亲缘性较近,流行毒株D3与参考株PEDV-LY、PEDV-WS、CH22分离株亲缘性较近。与参考株CV777相比,D1株M蛋白有4个抗原决定簇的位置和序列组成发生了变化。 相似文献
11.
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸存在3个潜在的N 联糖基化位点,可能是形成该蛋白表面抗原决定基的位点。另外,推导蛋白氨基酸序列的疏水性和抗原表位与Insavc 1株M蛋白存在一定差异,提示两者免疫原性可能有差别。 相似文献
12.
为研究新孢子虫的血清学诊断方法,参照GenBank中已发表的新孢子虫NcGRA2基因序列设计了1对特异引物,扩增去掉新孢子虫NcGRA2基因N-末端信号肽的基因（NcGRA2t）。根据NcGRA2t蛋白基因序列和推导的氨基酸序列进行同源性和抗原决定簇分析。结果表明,扩增得到的NcGRA2t基因与Nc-1株同源性为100％,与弓形虫的同源性为49％,NcGRA2t氨基酸有很强抗原性。 相似文献
13.
根据GenBank上发表的牛种布鲁氏菌SP41基因序列,设计合成了一对特异性引物。从牛A19疫苗中提取全基因组DNA作为模板,PCR扩增出SP41基因,连入pEASY-T3载体,测序结果表明,扩增的片段含有1 302个核苷酸,编码433个氨基酸的成熟蛋白,与已报道的布鲁氏菌2308、A-13334、S19、9-941序列的氨基酸同源性为100%;与布鲁氏菌ATCC、CCM4915、M28、M5-90、NI的氨基酸同源性为99.8%。布鲁氏菌SP41基因的克隆,为获得重组SP41蛋白及对其结构和功能的研究奠定了基础。 相似文献
14.
为明确新疆南疆驴是否感染马流感病毒(Equine influenza virus,EIV)及驴源EIV HA基因特征,根据GenBank登录的EIV基因序列,设计合成1对引物,采集新疆南疆地区2个驴屠宰点33份驴肺组织样品,采用RT-PCR扩增驴源EIV HA基因片段,并对扩增产物进行测序与序列分析。结果表明,中国新疆南疆驴源EIV A/donkey/Xinjiang/1/2015(H3N8)株HA基因长1 704bp,编码567个氨基酸。同源性分析结果显示,与国内外H3N8亚型EIV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为88.9%~99.9%和88.3%~99.8%,与国内毒株和哈萨克斯坦毒株在一个进化分支内。与GenBank数据库中唯一1个驴源毒株A/donkey/Xinjiang/5/2007(H3N8)的比对结果显示,2个毒株裂解位点、糖基化位点、抗原位点和受体结合位点氨基酸完全一致,只是错位2个氨基酸。确定新疆南疆存在驴感染EIV,可能为国内疫情的延续或周边国家传入。 相似文献
15.
根据GeneBank中报道的NDV融合蛋白基因(F)序列,设计了一对特异性引物,用该引物对NDVLN-SN株进行了RT-PCR扩增;将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T连接得到重组质粒pGEM-F,用于核苷酸序列测定。结果该基因ORF长1662bp,编码553个氨基酸;将LN-SN毒株与GeneBank中已报道的NDV毒株进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.4%~99.9%之间,推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88.4%~99.8%之间。 相似文献
16.
首次对犬冠状病毒V1野毒株核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定。根据GenBank中报道的CCV Insavc-1株N基因序列,设计了1对特异性引物,对分离的CCV V1野毒株进行了RT—PCR扩增;将扩增得到的阳性PCR片段经纯化后与pGEM—T连接得到重组质粒pTN1,进行核苷酸序列测定,并与GenBank中CCV标准毒株Insavrc—1 N基因进行了比较。结果该基因全长为1146bp,编码382个氨基酸,两者核苷酸的同源性为91．7％;推导的氨基酸序列的同源性为90．2％,显示出较高的保守性。在V1野毒株推导的N蛋白N端156-179位存在一个SRXX富集区,与小鼠肝炎病毒相应区域相同,推测可能是RNA结合区。另外,推导的该蛋白氨基酸序列其疏水性和抗原表位与标准毒株Insavc-1 N蛋白存在一定的差异;在氨基酸组成上,该蛋白丝氨酸和赖氨酸含量高达9．84％,提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构： 相似文献
17.
以日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)肝胰腺组织为实验材料,提取总RNA,通过3′以及5 '-RACE基因克隆技术,首次在日本囊对虾中克隆到载脂蛋白apolipoprotein-14(apo-14)基因的全长序列,包含完整的ORF以及3′-UTR和5′-UTR.日本囊对虾apo-14 cDNA序列全长为784 bp,其中ORF长度为420 bp,编码139个氨基酸.对虾apo-14氨基酸序列与其他鱼类apo-14氨基酸序列有较高的相似性. 相似文献
18.
鸡传染性支气管炎病毒中国分离株LH2/01/10纤突蛋白基因的遗传变异 总被引：7，自引：0，他引：7
对传染性支气管炎病毒LH2/01/10的S1和S2基因分别进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定。结果表明,其S基因由3 495个核苷酸组成,编码的多肽由1 164个氨基酸残基组成。S蛋白的切割识别位点氨基酸组成为组氨酸-精氨酸-精氨酸-精氨酸-精氨酸(HRRRR)。推测其裂解后形成的S1和S2亚单位中,S1由539个氨基酸残基组成,S2由625个氨基酸残基组成。序列分析发现:LH2/01/10与Beau、M41、CU-T2、D1466、DE072、Holte、Gray、Ark99、Conn、H52、KB85 相似文献
19.
猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白的生物信息学分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用生物软件对猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株非编码区及结构蛋白所含的生物学信息进行了分析。结果显示,SC-Y株与TGEV其他参考毒株(Miller M60、Miller M6、Purdue、Purdue P115、PUR46-MAD、TS)5′UTR的二级结构差异显著,预测结构蛋白特性显示,N蛋白没有跨膜区域、糖基化位点及信号肽序列,属于非分泌性蛋白。在4种结构蛋白中,N蛋白的氨基酸变异率最低,为2.14‰。与MillerM60株、Miller M6株和TS株相比,SC-Y株S基因第1 123~1 128位核苷酸缺失6个碱基(AATGAT),在sM基因核苷酸第163~165位,SC-Y株比TFI株和FS772/70株多出3个碱基(ATT)。 相似文献
20.
笃斯越橘CBF基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据近缘植物中同源CBF基因的序列保守区设计引物,采用PCR方法,克隆出野生种笃斯越橘的CBF基因片段,将其克隆到pMD18-T Vector上.序列分析结果表明,笃斯越橘的CBF基因序列全长678 bp,编码225个氨基酸.同源性分析表明该基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他植物CBF类基因具有较高的同源性,与桃... 相似文献