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1.
本研究通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术分别扩增了禽流感病毒A/AfricanStartling/Eng-land-Q/983/79(A.S/E.Q)(H7N1)的8个基因片段即PA、PB1、PB2、NS、NP、M、HA、NA基因,将其分别克隆到PMD18-T载体后进行序列测定;并将克隆到的8个基因片段与GenBank发表的相应序列进行比较分析。结果表明所克窿到的8个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架;HA、NA基因的序列分析表明A.S/E.Q符合低致病力禽流感病毒的特征;与我国H7N2亚型AIV分离株A/chicken/Hebei/1/02的序列比较发现,A/chicken/Hebei/1/02的HA、M、NP、PB1、PA基因与A.S/E.Q同源性最高,说明我国北部分离的AIV起源于A.S/E.Q。 相似文献
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本研究通过反转录-聚合酶链式反应（ILT-PCR）技术分别扩增了禽流感病毒A/African Starfling／England-Q／983／79（A．S／E．Q）（H7N1）的8个基因片段即PA、PB1、PB2、NS、NP、M、HA、NA基因，将其分别克隆到PMD18-T载体后进行序列测定；并将克隆到的8个基因片段与GenBank发表的相应序列进行比较分析。结果表明所克窿到的8个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架；HA、NA基因的序列分析表明A．S／E．Q符合低致病力禽流感病毒的特征；与我国H7N2亚型AIV分离株A／chicken／Hebei／1／02的序列比较发现。A／chicken／Hebei／1／02的HA、M、NP、PB1、队基因与A．S／E．Q同源性最高，说明我国北部分离的AIV起源于A．S／E．Q。 相似文献
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新城疫病毒F48E9株NP基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据NDV NP蛋白已知基因序列设计合成了一对引物，利用RT-PCR扩增出了F48E9株NP基因1598bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T Vector上，并对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，结果证明我们得到了这个基因片段的阳性重组子。为了更充分证实所得阳性质粒的可靠性，采用Sanger's双脱氧末端终止法对阳性重组子进行核苷酸序列测定，获得了F48E9株NP基因片段的基因序列，利用DNASIS分析软件，将F48E9株与La Sota株的相应序列进行比较，其核苷酸序列同源性为88.2%。至此，我们获得了F48E9株NP基因的全长克隆。 相似文献
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根据GenBank中发表的GPMV SF02株的NP基因的核苷酸序列设计合成一对引物,采用RT-PCR扩增出与预期设计的1470bp大小相符的片断,将此扩增产物克隆入PMD18-T载体,进行序列测定和分析.结果表明:所扩增的NP基因的核苷酸长为1 470bp,共编码490个氨基酸.同源性分析表明:JS/1/97/Go与国内的SF02株的NP基因核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为99.6%.由此可见,鹅副粘病毒JS/1/97/Go分离株与SF02株的亲缘关系较近,同属于新城疫Ⅶ型基因.而其与LaSota株的核苷酸同源性为85.2%,氨基酸同源性为90.8%.说明该毒株相对于经典的NDV在NP基因上已发生了较大的变异. 相似文献
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轮状病毒VP4、VP7基因的克隆与核苷酸序列分析 总被引：4，自引：3，他引：4
用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）技术，从轮状病毒感染的细胞中扩增816bp,916bp的VP4，VP7片段中抗原表位区。通过T4DNA连接酶将其直接连接于克隆载体质粒pGEM-T上，转化至受体菌DH5α中，提取质粒经PCR扩增，酶切鉴定，证明重组质粒pT-V4,PT-V7中含有轮状病毒的VP4，VP7基因片段。经核苷酸序列分析。表明克隆了轮状病毒主要保护性抗原VP4，VP7基因中抗原表位区。 相似文献
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设计4对引物，利用RT—PCR技术分别扩增出新城疫病毒（NDV）V4株长约4.2、4.1、4.1、3.5kb的4个互相重叠的核苷酸片段，并分别进行了克隆和序列测定。将这4个片段的核苷酸序列拼接后，得到长为15 061 bp的核苷酸序列。该序列包含有NDVv4株结构基因NP的全部编码区和5’端非编码序列，结构基因P、M、F、HN及L基因的全部编码区和非编码区序列，各结构基因之间的间隔序列以及基因组5’端部分尾巴序列（108bp）。序列比较分析表明，NDVv4株F蛋白裂解位点序列为^112GKQGRL^117，HN基因编码616个氨基酸，符合无毒株的特征；NDVv4株同基因组长度为15 192 bp的毒株一样，在基因组的1647～1648bp间比基因组长为15192bp的毒株少了6个碱基。 相似文献
8.
通过反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株（SY株）的免疫原S1基因cDNA，将该片段连接到克隆质粒载体pUC19的EcoRⅠ/BamHⅠ酶切位点中，测定插入片段核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。序列分析表明，SY毒株S1基因核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H120、N1-62、Gray、6/82、Ark99等毒株的同源百分率都低于80%。 相似文献
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狂犬病无毒疫苗株SRV9G基因主要功能区的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出了狂犬病无毒疫苗株（ＳＲＶ９）糖蛋白（Ｇ）基因膜外主要功能区的两个片段，共约７４０个ｂｐ（４５０￣１１４４），含有可以诱导中和抗体的两个抗原决定簇和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。通过平瑞连续将两片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａＩ位点。采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。将这一序列与已发表的狂犬病病毒 相似文献
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禽流感病毒分离株A／Goose／Guangdong／3／96（H5N1）HA基因序 … 总被引：3，自引：0，他引：3
采用ＲＴ－ＰＣＲ技术,以Ａ/Ｇoose/Ｇuangdong/３/９６（Ｈ５Ｎ１）ＲＮＡ为模板,扩增了１．７３kd的ＨＡ全基因cＤＮＡ。将ＨＡcＤ－ＮＡ克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的１７２８个苷酸片段包含了完整的ＨＡ基因的开放阅读框架和上下游引物序列、蛋白质合成的起始密 码子和终止密码子。核苷酸序列比较分析结果表明：Ａ/Ｇoangdong/３/９６（Ｈ５Ｎ１）与Ａ/Ｇoose/Ｇuangdkng/１/９６（Ｈ５Ｎ１）有１１个核苷核苷 相似文献
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为进一步分析禽流感病毒(AIV)H5N2分离株血凝素(HA)基因的特性,参照已发表H5亚型禽流感HA基因序列设计了1对引物,采用RT-PCR技术,以禽流感病毒A/Ostrich/Denmark/72420/96(D96)RNA为模板,扩增了HA全基因并进行核苷酸同源性比较,氨基酸编码分析,绘制系统发育进化树。结果表明,扩增片段长1737个核苷酸,包含了完整的HA基因的开放阅读框架,与Genbank已发表的H5N1和H5N2分离株的HA基因序列比较,发现与国内H5N1分离株同源性较低,只有80%左右,而与H5N2各株序列具有很高的同源性,最高达97.5%,印证了AIV基因组8个片段间频繁的重组及AIV高变异性的特点。推导的氨基酸序列分析表明,HA蛋白裂解位点上游丢失了4个连续碱性氨基酸(R-R-R-K),裂解位点处氨基酸序列为E-T-R,仅包含一个碱性氨基酸(R-)残基,符合低致病性毒株的特征,证明为低致病性毒株。其HA推导后氨基酸序列与H5N1AIV的同源性接近90%,以其研究的疫苗,可以有效抵御我国流行的H5亚型AIV病毒的感染,同时因为是弱毒株,以其研制的疫苗具有更好的安全性,也更符合公共卫生学的要求。 相似文献
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禽流感病毒分离株A/Chicken/Xinjiang/1/96(H14N5)NP基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对ＲＴＰＣＲ扩增的禽流感病毒Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｘｉｎｊｉａｎｇ／１／９６（Ｈ１４Ｎ５）分离株核蛋白基因进行了序列分析。结果表明：所克隆的基因包含了全部核蛋白阅读框架,编码区为１４９４个核苷酸。比较性研究表明,该毒株与Ａ／Ｍａｌａｒｄ／Ａｓｔｒａｋｈａｎ（Ｇｕｒｊｅｖ）／２６３／８２（Ｈ１４Ｎ５）有很高的同源性,而与人流感病毒株有较大,显示出明显的禽流感病毒特征。 相似文献
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参考GenBank登录的H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的血凝素基因序列,利用DNAStar软件分析其同源性,利用Primer Premier5.0软件设计3对分别针对AIVH5、H7和H9亚型的特异性引物。3对引物所扩增的cDNA片段大小分别为427、228、830bp。结果显示,利用3对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。该方法对H5、H7和H9亚型AIV能同时扩增出3条大小分别为427、228、830bp的cDNA片段,与其他常见禽病病原不存在交叉反应。该方法对H5、H7和H9亚型AIVcDNA的最低检出量分别为10-4、10-2和10-4。结果表明,本试验建立了可同时检测鉴别H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。 相似文献
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为了解一株可引起产蛋鸭产蛋异常的H9N2亚型禽流感病毒A/Duck/Fujian/FQ107/2007（H9N2）（以下简称Dk/FQ107/07）分离株的分子特性及其遗传进化地位,运用RT-PCR方法对其基因组进行扩增,克隆至pMD18-T载体后测序。结果显示,Dk/FQ107/07病毒株的血凝素（haemagglutini,HA）蛋白裂解位点的氨基酸组成为-PARSSR↓GLF-,其静脉接种指数（intravenous pathogenicity index,IVPI）为0.04,符合低致病性禽流感病毒特征;Dk/FQ107/07株HA基因与A/chicken/Shantou/5269/2005（H9N2）同源性最高,为98.9%,和我国首次哺乳动物流感病毒分离株A/Swine/HongKong/9/98（H9N2）有较近的遗传进化关系,三者均属于经典的H9N2/Y280群系;神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因与中国大陆首次分离株A/chicken/Beijing/1/1994（H9N2）相比,在63、64、65位点上缺失3个氨基酸（T、E、I）;核蛋白（nucleoprotein,NP）基因与高致病性鸭源禽流感分离株A/Duck/Fujian/1734/05（H5N1）和A/Duck/Fujian/9713/2005（H5N1）在同一遗传进化分支上,而从聚合酶（polymerase PA,PA）基因的遗传进化分析发现其基因属于H9N2/Y439群系。由此可见,Dk/FQ107/07可能是由不同禽流感病毒基因亚群间发生自然重排的产物。 相似文献
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对反转录－聚合酶链反应扩增克隆的Ｈ７亚型禽流感病毒（ＡＩＶ）Ａ／Ａｆｒｉ．Ｓｔａｒ／Ｅｎｇ－Ｑ／９８３／７９／（Ｈ７Ｎ１）的血凝素（ＨＡ）基因进行了核苷酸序列分析。结果,克隆的ＨＡ基因共１７０７ｂｐ,包括完整的阅读框架;同源性分析表明该毒株起源于欧亚群系;ＨＡ裂解位点只有一个碱性氨基酸,显示典型的低致病力特征。Ｈ７亚型ＡＩＶＨＡ基因的克隆成功为分子诊断和基因工程疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
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本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒血凝试验及血凝抑制试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实已分离到禽流感病毒(avian influenza virus,AIV) H9N2,命名为WUDI-H9N2株。根据GenBank上发表的AIV H9病毒的HA基因序列,用Oligo 6.0生物学软件设计引物,对分离株WUDI-H9N2株HA基因进行扩增、测序及序列分析。将分离的AIV H9毒株与其他血清型代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。WUDI-H9N2株 HA基因全序列长为1708 bp,无核苷酸的插入和缺失,cDNA包含了1个完整的开放阅读框(ORF),编码区由1683 bp组成,共编码560个氨基酸。HA序列与国内参考毒株的核苷酸序列的同源性在92.9%~98.1%之间,其中与安徽分离株A/chicken/China/AH-10-012010(H9N2)同源性为98.1%。 相似文献
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Molecular characterization of low pathogenicity H7N3 avian influenza viruses isolated in Italy 总被引：2，自引：0，他引：2
Di Trani L Bedini B Cordioli P Muscillo M Vignolo E Moreno A Tollis M 《Avian diseases》2004,48(2):376-383
The complete coding regions of the surface glycoproteins, nucleoprotein (NP), polymerase 2 (PB2), and matrix (M) of A/turkey/214845/02 and A/turkey/220158/99 (H7N3) low pathogenicity avian influenza (LPAI) viruses isolated in October 2002 in Italy were amplified and sequenced to determine the epidemiologic relationships with an A/turkey/Italy/4603/99 (H7N1/4603/99) LPAI virus isolated during the 1999-2001 epizootic in Italy. The hemagglutinin (HA) of H7N3 viruses showed 97.8% nucleotide similarity with A/turkey/Italy/4603/99 (H7N1), and NP, M, and PB2 gene similarities were 93.6%, 98.2%, and 96.2%, respectively. Phylogenetic analyses of HA, PB2, and M genes showed that H7N3 and H7N1 viruses were closely related. Sequence analysis revealed a 23 amino acid deletion in the stalk of the neuraminidase of H7N3 viruses and a unique deletion of amino acid glycine in position 17 in the NP gene of H7N1 virus. 相似文献
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Chengmin WANG Jing LUO Jing WANG Wen SU Shanshan GAO Min ZHANG Li XIE Hua DING Shelan LIU Xiaodong LIU Yu CHEN Yaxiong JIA Hongxuan HE 《Integrative zoology》2014,9(3):372-375
Outbreaks of H7N9 avian influenza in humans in 5 provinces and 2 municipalities of China have reawakened concern that avian influenza viruses may again cross species barriers to infect the human population and thereby initiate a new influenza pandemic. Evolutionary analysis shows that human H7N9 influenza viruses originated from the H9N2, H7N3 and H11N9 avian viruses, and that it is as a novel reassortment influenza virus. This article reviews current knowledge on 11 subtypes of influenza A virus from human which can cause human infections. 相似文献