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1.
为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。 相似文献
2.
In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province. 相似文献
3.
猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与系统进化分析 总被引：2，自引：1，他引：1
应用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的死亡仔猪组织病料中扩增出PCV-2全基因组（1767bp）,将此基因片段克隆入pMD20-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV2并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,PCV-2分离毒株与参考株的全基N组同源性介于94％～98．4％之间,ORF1的同源性介于97．0％～98．8％,ORF2的同源性略低,介于91．9％～98．4％之间。该毒株与荷兰株、广西株和上海株等在一个进化分支上。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究病毒基因功能奠定一定基础。 相似文献
4.
为分离鉴定流行于重庆某猪场的猪圆环病毒2型,本研究从断奶仔猪多系统衰竭综合征猪的淋巴结病料中进行病毒学检测,病毒利用PK-15细胞增殖,其基因组序列经克隆、测序、拼接获得,并完成对全序列的生物信息学分析鉴定。结果获得了1株猪圆环病毒2型(命名PCV-2CQ1),该毒株的全序列大小为1 767bp,同源性分析发现该病毒与国内公布的PCV-2毒株同源性超过了90%,尤其与广西分离株同源性达100%;系统进化分析本分离病毒与浙江株(EU257511)、黑龙江株(HM038032)聚类到一起,形成一个进化分支,同属于PCV-2b型;对编码的衣壳蛋白分析发现,PCV-2CQ1Cap氨基酸发生了较大变异,与强毒株同源性较高,考虑到本病毒源自PMWS病猪,推测该毒株属于强毒株。 相似文献
5.
6.
根据 GenBank 中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV- 2)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR从疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出 ORF2 基因(702 bp)。将此基因片段克隆入 pMD -18 T载体,筛选获得重组质粒 pMD ORF2 并对其测序,结果表明所克隆的ORF2基因与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性为99.5%与其它PCV- 2 的 ORF2 核苷酸序列同源性在92.1%~99.9%之间,推导的氨基酸序列同源性在90.2%~99.5%之间。 相似文献
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Eun-Jin Choi Chang-Hee Lee Bang-Hun Hyun Jae-Jo Kim Seong-In Lim Jae-Young Song Yeun-Kyung Shin 《Journal of veterinary science (Suw?n-si, Korea)》2012,13(4):377-383
No information is currently available on porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) infection in wild boars (Sus scrofa) in Korea. In this study, the status of PRRS in wild boars was investigated. Blood samples were collected from 267 wild boars from eight provinces in Korea. Four of the samples tested (1.5%) were positive for PRRSV antibodies and eight (3.0%) were positive for antigens. Of the virus-positive samples, three and five samples were typed as containing European (EU, type 1) or North American (NA, type 2) viruses, respectively. Two amplicons (one from type 1 and one from type 2) were used to analyze the PRRSV open reading frame 7 (ORF7) sequence. The nucleotide sequences of type 1 PRRSV ORF7 had identities between 96.1% and 98.4% with PRRSVs from domestic pigs in Korea. The sequences of type 2 PRRSV ORF7 had identities of 100% with the PRRSV strain VR-2332, which was prototypic North American strain. These results show that PRRSVs are present in wild boars in Korea, and effective PRRSV surveillance of the wild boar population might therefore be useful for disease control. 相似文献
8.
Characterisation of Hungarian porcine circovirus 2 genomes associated with PMWS and PDNS cases 总被引：4，自引：0，他引：4
The authors report the data of the first survey on the incidence of post-weaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) and porcine dermatitis and nephropathy syndrome (PDNS) in Hungary. A PCR method specific for the detection of porcine circovirus 2 (PCV-2) was developed, which proved to be suitable for diagnostic purposes. PCR screening of organ samples from pigs suspected to be affected with PMWS or PDNS revealed the presence of PCV-2 in 80% of the cases. Six PCV-2 genomes from Hungarian isolates were completely sequenced. Phylogenetic comparison with all the available PCV-2 sequences showed that porcine circoviruses circulating in Hungary are more variable than in several other European countries. Two Hungarian strains clustered together with the Spanish strains forming a distinct group; two others fell in a common group with the French, UK, and Dutch strains, whereas another two strains showed the closest relationship to two of the three known German PCV-2 sequences. 相似文献
9.
采集上海及周边地区猪内脏样本,进行猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV-2）病原学检测,并对阳性样本的ORF2序列进行分析和比对。结果显示,发病猪群PCV-2阳性率为39.06%（25/64）,健康猪群阳性率为13.51%（5/37）,PCV-2总阳性率为29.70%（30/101）。30份阳性样本中PCV-2a亚型为2株,检出率为1.98%（2/101）,其余28株均为PCV-2b亚型,检出率为27.72%（28/101）。PCV-2的ORF2序列与已登录的ORF2序列的同源性在90.7%~100%。2株PCV-2a株相互间的同源性为99.6%;28株PCV-2b株的同源性在94.4%~100%,PCV-2b株中只有4株与已登录株DQ141322、AY321984和AY484413株同源性关系最近,处于同一分支中,而另外24株与Q151643中国株同源性关系最近且处于同一分支中。研究结果表明上海及周边地区PCV-2感染比较普遍,发病猪场的感染率远高于健康猪场,且感染率比往年有升高,PCV-2在猪场疫病的爆发和传染中起着重要的协同作用;在PCV-2的感染病例中,PCV-2b亚型为感染的优势毒株;绝大多数PCV-2b ORF2片段的同源性与已登录的一株中国株同源性关系密切,在基因进化树上处于同一分支,但是否可以推断其为PCV-2的另一个亚型有待进一步考证。 相似文献
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两株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一对引物,从分离的PCV-2 GZ株、HN株的细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-ORF2,并对其测序.结果表明,所克隆的ORF2基因与其他PCV-2的ORF2基因核苷酸序列同源性在90.6%～99.6%之间,推导的氨基酸序列同源性在88.9%～98.7%之间. 相似文献
12.
为确诊广东省阳江市某规模化猪场（存栏800头母猪）保育猪发病死亡的原因,本试验对从该发病猪场采集的3份肺脏、肝脏、脾脏临床样品进行细菌学检测及药敏试验,采用PCR/RT-PCR检测临床样品中猪伪狂犬病病毒（PRV）、猪瘟病毒（CSFV）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪圆环病毒3型（PCV3）和猪肺炎支原体等病原。对特异性扩增的3株PRRSV的ORF5基因产物进行序列测定,与VR2332、HuN4、JXA1、CH-1a等代表毒株进行核苷酸序列同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,试验分离鉴定出1株副猪嗜血杆菌（Hps）,对7种临床常用药如阿莫西林、头孢拉定等均有较强的敏感性。同源性比对结果表明,3株PRRSV （LJW1、LJW2和LJW3）ORF5基因核苷酸同源性为99.3%~99.8%,与欧洲型代表毒株Lelystad核苷酸同源性为64.0%~64.2%,与HP-PRRSV毒株JXA1、HuN4、CH-1a和TJ核苷酸同源性较高,分别为99.2%~99.5%、99.0%~99.3%、94.5%~94.9%和98.8%~99.2%;与中国河南和广西分离的HP-PRRSV毒株HeNzm1-16和GXLZ05-2015核苷酸同源性较高,分别为99.3%~99.7%和99.2%~99.7%,与美洲型经典疫苗株MLV、美洲型标准株NC、美洲型经典株VR2332核苷酸同源性较低,分别为88.5%~88.8%、85.2%~85.5%和82.3%~82.6%。PRRSV ORF5基因系统进化树分析表明,3株PRRSV均属于美洲型毒株,与国内HP-PRRSV代表毒株JXA1、HuN4和TJ等处于同一分支,亲缘关系较近。本研究揭示了该场保育猪发病病原,并从分子水平上明确了分离的3株PRRSV与不同代表毒株的亲缘关系,为弱毒疫苗的合理选择使用和综合防控PRRSV提供了参考依据。 相似文献
13.
通过PCR方法对采自四川省某规模化猪场一批疑似断奶仔猪多系统衰弱综合征病例的肺脏、淋巴结进行PCV-2的抗原检测,并将检测结果为阳性的对应组织研磨、过滤除菌后接种无PCV-1污染的PK-15细胞,盲传15代后,IFA方法检测出有明显的特异性荧光,将该毒株命名为PCV-2-SC株,并对PCV-2-SC病毒基因组全长进行扩增及克隆、测序与比对分析。测序结果显示该病毒基因组全长1 767bp,分离株与国内外参考毒株核苷酸序列相似性在95.2%～99.5%之间,进化树分析表明,PCV-2分离毒株在进化上存在地域相关性。PCV-2四川株的分离鉴定为其诊断试剂的研制及检测方法的建立奠定了基础。 相似文献
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FRRSV和PCV-2双重PCR检测方法的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCCVR-2332)的ORF7保守序列和猪圆环病毒2型(PCV-2)(AF381175)的ORF2基因保守序列,设计合成了两对特异性引物。用这两对引物,通过优化的PCR条件,对PRRSV阳性毒株反转录后的cDNA模板和PCV-2毒株的DNA模板进行双重PCR扩增,同时得到两条与试验设计相符的432bp(PRRSV)和630bp(PCV-2)特异性条带,建立了同时检测PRRSV和PCV-2的双重PCR方法。并用此方法对在安徽省不同地区所采集的72头份病猪的淋巴结、肺、肝、脾、肾等组织进行检测,证明建立的PCR方法可用于临床诊断。 相似文献
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The emergence of a new strain of porcine circovirus-2 in Ontario and Quebec swine and its association with severe porcine circovirus associated disease — 2004–2006 
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下载免费PDF全文 Susy Carman Hugh Y. Cai Josepha DeLay Sameh A.Youssef Beverly J. McEwen Carl A. Gagnon Donald Tremblay Murray Hazlett Peter Lusis Jim Fairles Hazel S. Alexander Tony van Dreumel 《Canadian journal of veterinary research》2008,72(3):259-268
In the late fall of 2004 more severe lesions of porcine circovirus-2 associated disease (PCVAD) than usual occurred during an outbreak of porcine circovirus-2 (PCV-2) infection in Ontario nursery and grower/finisher pigs. The lesions were of unprecedented severity and included diffuse bronchointerstitial pneumonia, granulomatous enteritis, vasculitis, interstitial nephritis, and new lesions of splenic infarction. Some affected herds had up to 50% mortality. The outbreak correlated with the sudden emergence of a variant PCV-2, with PCR restriction fragment length polymorphism (RFLP) type 321. Phylogenetic comparison of ORF2 sequences and full genome sequences showed the new variant to be different from the previously dominant RFLP type 422 viruses, and similar to viruses that had occurred in France and other European and Asian countries. A subsequent retrospective study showed a statistically significant increase in the frequency of histological lesions in lymph node, spleen, lung, small intestine, colon and kidney, for pigs spontaneously infected with RFLP type 321, compared with the older RFLP type 422 strain. Viral burden, based on IHC staining in lymph node, also showed a statistically significant increase in pigs infected with the newer variant RFLP type 321, compared with the older RFLP type 422 strain. This enhanced virulence in pigs infected with PCV-2 RFLP type 321 strain may be related to the genetic differences in this new strain of PCV-2. This virus is now the dominant strain of PCV-2 virus found in Ontario and Quebec swine. 相似文献
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2株猪圆环病毒ORF2基因的克隆测序 总被引：1，自引：0，他引：1
对分离到的2株猪圆环病毒PCV-2型的ORF2基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与T载体连接,获得了2个毒株的ORF2基因阳性克隆。序列分析表明,这2个分离株与其他中国分离株同源性高达99%以上,同处于一个基因簇,但和中国BF分离株同源性却只有92.3%。而荷兰分离的NL-PMWS-2株与中国分离株的同源性却在99%以上,表明中国流行的PCV-2和国外分离株有密切关系。 相似文献
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猪圆环病毒2型广西株的分离和全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从广西表现为断奶仔猪多系统衰竭综合征的猪群中分离到1株猪圆环病毒2型(PCV-2),命名为GXB株.对GXB株的全基因组进行PCR扩增,扩增产物克隆至PMD18-T载体.测序结果表明,全基因组为1 767 bp,与GenBank上已知的8株PCV-2参考株序列的同源性在95.0%～99.6%之间.序列分析表明,GXB株基因组包含11个读码框(ORF),其中ORF1和ORF2是最主要的读码框,分别编码314个和233个氨基酸,与其他PCV-2毒株的ORF1、ORF2氨基酸的同源性分别为97.8%～100%、91.5%～98.7%.对GXB株ORF2编码的Cap蛋白基因进行功能分析,表明含有1个潜在的糖基化位点,3个明显的亲水区,有较强的抗原性和亲水性,为作为主要的免疫原性蛋白基因提供了依据. 相似文献
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为了解山东省PRRSV流行毒株的遗传变异情况和分子流行病学背景,对2007~2009年分离到的14株山东省内的PRRSV流行毒株进行了Nsp2和ORF5基因序列的测定和分析。结果显示,与参考毒株JXA1相比,14株PRRSV Nsp2与ORF5基因的核苷酸同源性分别达到96.1%~99.8%和98.0%~99.8%,氨基酸序列同源性分别达到92.9%~100%和97.5%~99.5%。序列分析结果表明,14株毒株在Nsp2蛋白内部均存在编码30个氨基酸的碱基对的不连续缺失;ORF5基因编码的GP5蛋白不存在缺失,但存在点突变。遗传进化分析表明,07年分离毒株JQ与参考毒株JXA1亲缘关系很近;09年分离的12株PRRSV,2株仍与国内2006~2007年间的分离株在同一分支,9株已经处在不同分支,1株单独处在一个分支。2007~2009年山东地区流行的PRRSV分离株具有年度特征,无明显的地域特征。 相似文献
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参照国外发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从上海市临床病料中提取PCV-2基因组DNA,进行PCR全基因扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的国内外PCV-2毒株进行同源性比较。结果显示,PCV-2上海株与国内外毒株的核苷酸同源性高达95.0%～100%。进化树分析结果显示,其中9株PCV-2病毒属于PCV-2b亚型,3株PCV-2病毒属于PCV-2a亚型,且9株PCV-2b亚型毒株部分核苷酸位点显示其属于强毒力毒株。研究表明,上海市PCV-2感染以PCV-2b亚型为主,且氨基酸位点表明其具有较高的毒力。 相似文献