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1.
扁蓿豆遗传多样性的SSR分析 总被引：5，自引：1，他引：4
应用SSR分子标记对内蒙古野生扁蓿豆4个地理种群进行了遗传多样性研究.结果表明,扁蓿豆具有较高的遗传多样性,12对引物共扩增出66个位点;物种水平上Nei's基因多样性指数为0.2222,Shannon多样性指数为0.3639,种内总基因多样性为0.2223;种群内基因多样性为0.2153,96.88%的遗传变异存在于种群内,3.12%的遗传变异存在于种群间;种群间的遗传分化系数为0.0312,基因流为15.5256;4个种群间有一定遗传分化,但遗传漂变不会引起遗传分化.UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的种群优先聚集. 相似文献
2.
《中国草地学报》2016,(4)
应用AFLP标记对采自中国7个省市自治区的49份野生扁蓿豆种质材料进行遗传多样性及遗传结构的分析。研究结果显示:(1)利用4对条带清楚且稳定的AFLP引物组合共扩增出298个条带,其中多态性条带有219个,多态性条带比率为73.5%,每个引物扩增多态性条带数平均为54.8条。(2)49份野生扁蓿豆种质间多态性比率平均为32.70%,Nei’s基因多样性指数平均为0.115,Shannon多样性指数平均为0.172,表明供试种质材料间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。(3)河北省的扁蓿豆种质遗传变异最丰富,辽宁省的扁蓿豆种质变异幅度最小,不同地理类群间的扁蓿豆种质遗传多样性指数有显著差异。(4)种质材料间基因分化系数为0.6436,说明64.36%的遗传变异来源于不同种质材料间;地区间基因分化系数为0.2895,说明28.95%的遗传变异来源于不同地区间。表明地区间差异小于种质材料间的遗传变异。(5)UPGMA方法的聚类分析和主成分分析结果表明,49份种质材料间的遗传相似系数(GS)为0.5849~0.9904,遗传距离(GD)为0.0096~0.5363,49份扁蓿豆种质分为6大类,表现出明显的地域性。 相似文献
3.
利用青藏高原及其毗邻地区的7个青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai),以及来自上述地区和内蒙古的3个扁蓿豆(M.ruthenica)野生群体,根据叶绿体trnL-trnF基因间隔区序列,对其遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。对161个个体的trnL-trnF序列的分析,共检测到11个核苷酸变异位点,定义了14种单倍型。对单倍型在不同群体中的分布分析显示,青藏扁蓿豆在青藏高原东南边缘地区可能存在避难所,同时在青藏高原边缘地区可能发生了青藏扁蓿豆向扁蓿豆群体的基因入侵。空间分子变异分析和基于K-2P遗传距离的群体聚类均支持将上述群体分为扁蓿豆和青藏扁蓿豆两组,组间的遗传分化程度很大。分子变异分析表明,群体内的遗传变异明显大于群体间的变异,但部分群体间存在较高水平的遗传分化;错配分布和中性检验表明,在采样范围内两种扁蓿豆都没有经历明显的近期种群扩张。研究认为,青藏高原复杂的地形结构、冰期时的气候波动以及扁蓿豆本身的进化历史可能是造成其现今遗传结构形成的主要原因。 相似文献
4.
青藏扁蓿豆(Medicago archiducis-nicolai)广泛分布于青藏高原及其毗邻地区,对高海拔极端环境具有极强的适应性。本研究利用高通量转录组测序数据,对青藏扁蓿豆的EST-SSR标记进行了开发。结果发现,随机选取的477对引物中,350对可在青藏扁蓿豆中有效扩增,其中346对引物在扁蓿豆(M.ruthenica)中可实现跨物种扩增。利用其中64对独立遗传且符合哈迪–温伯格平衡的标记引物对青藏扁蓿豆和扁蓿豆野生群体的遗传多样性和群体遗传结构分析发现,两个物种存在明显的种间和种内的遗传分化,且提示种内群体间的遗传分化与地理隔离或环境选择有关。本研究所开发的EST-SSR标记为今后进一步评价青藏扁蓿豆和扁蓿豆的遗传多样性以及解释其适应极端环境的遗传机制提供了重要的研究工具。 相似文献
5.
本文利用ISSR标记技术,选取15对引物,对分布于西北荒漠区12个裸果木种群的遗传多样性以及与地理气候因子的相关性进行了分析。结果表明：群体内多态性位点百分率（PPL）为88.81%,种群水平为69.93%;Nei’s基因多样性指数（He）变化范围为0.2356~0.2697,Shannom信息指数（I）变化范围为0.3509~0.4057,具较高的遗传多样性水平。基因分化系数（Gst）为0.2790,种群间遗传分化较小,种群内存有丰富的遗传变异。经Mantel检验,种群遗传距离与地理距离有相关性（R2=0.2144）。利用NTSYSpc-2.1软件进行UPGMA法聚类,各种群样品间的遗传相似系数在0.81～0.99之间,按照遗传距离远近,裸果木12个种群可分为4大类群。经相关性分析,种群遗传多样性与纬度、海拔存在正相关（P<0.05）与年均温存在负相关（P<0.05）。 相似文献
6.
桑树种群遗传结构变异分析 总被引：6，自引：2，他引：4
基于探讨桑属植物种群间遗传变异规律 ,采用显性分子标记RAPD技术 ,对我国桑树现行分类的 15个种、4个变种及近缘属的 4 8份供试材料进行了桑属种群的遗传结构分析。结果表明 :桑树具有丰富的遗传多样性 ,多态位点百分率为 78 95 % ;Nei′s基因多样性指数 (h)与Shannon多样性指数 (I)具有相同的群体遗传多样性评价结果 ,即种群组成差异越大 ,h与I指数越大 ,桑属种群的h指数为 0 1893,I指数为 0 30 91;桑属种群总基因流值Nm<1(0 5 2 2 0 ) ,基因分化系数Gst为 0 4 75 3;AMOVA分析表明种群内的变异百分率为 72 6 5 % ,种群内的变异大于种群间 ;UPGMA聚类结果与基因流值、基因分化系数有密切的关系 相似文献
7.
退化梯度对克氏针茅种群遗传分化的影响 总被引：8，自引：1，他引：7
对重度退化、轻度退化和正常样地的克氏针茅种群进行RAPD研究。结果表明,3个种群扩增条带总数、多态位点比率、种群内稀有位点数、遗传多样性和基因多样性均是正常种群>轻度退化种群>重度退化种群。用Shannon指数估算3个种群的遗传多样性,其中72.39%的遗传变异存在于种群内,26.89%存在于种群间。重度退化与轻度退化种群,重度退化与正常种群间的遗传相似系数分别为0.8993和0.8159。在重度退化情况下克氏针茅种群遗传结构发生了一定的遗传分化。 相似文献
8.
对91份不同产地扁穗冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn)样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。采用叶绿体cpDNAtrnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对91份扁穗冰草样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:物种水平上单倍型多样性(Hd)指数为0.608,核苷酸多样性(Pi)指数为0.00295;种群水平上Hd介于0~0.9722,Pi指数介于0~0.00749。分子方差分析表明,扁穗冰草大部分遗传变异(91.63%)发生在居群内,居群间的基因流(Nm=5.474)较高,群体内变异是扁穗冰草的主要变异来源;NJ树表明,受试的6个野生种群可分为4大类群。扁穗冰草的遗传多样性居群内遗传分化较大。 相似文献
9.
《畜牧兽医学报》2015,(12)
为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。 相似文献
10.
利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。 相似文献
11.
内蒙古地区栽培及野生蒙古黄芪遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
选取9个栽培蒙古黄芪种群和6个野生蒙古黄芪种群,采用11条ISSR引物进行遗传多样性和遗传变异研究。结果表明:11条引物共扩增出225条带,多态性225条,多态位点百分率为100%;Nei's基因多样性指数为0.366,Shannon's信息指数为0.543。9个栽培蒙古黄芪种群基因多样度(HT)为0.314,种群内的基因多样度(HS)为0.235,遗传分化系数(GST)是0.250,基因流(Nm)为1.500;6个野生种群HT为0.383,HS为0.240,GST为0.374,Nm为0.837。对蒙古黄芪种群的遗传距离和地理距离进行Mantel检验,结果显示两者间无显著相关性;逐步回归分析表明,无霜期和土壤速效磷是影响栽培及野生蒙古黄芪种群遗传多样性指数的主要环境因子。 相似文献
12.
甘肃红砂不同种群遗传多样性的ISSR分析 总被引：4，自引：1，他引：3
本实验采用ISSR分子标记技术,对甘肃地区5个种群共50个单株的红砂遗传多样性水平和遗传结构进行了研究。通过实验,从50个引物中筛选出12个重复性高,条带清晰的引物。12条引物共检测到69个位点,其中多态位点有60个,多态位点比率(P)为86.96%。用MarkerⅢ作为分子量标准,检测到甘肃红砂PCR产物的分子量在500～3 000 bp。应用遗传多样性分析软件Popgen 32 进行分析计算得出:在物种水平上,Shannon多样性指数(I)为0.542 9,Nei基因多样性指数(H)为0.379 0;基因分化系数Gst为0.096 4,基因流Nm为4.685 1,表明甘肃红砂种群遗传分化大部分存在于种群内。在种群水平上, I为0.489 3,H为0.342 4。P、H及I都表明甘肃红砂种群具有较高的遗传多样性。聚类分析还表明甘肃红砂种群的遗传距离与地理距离之间无显著的相关性;甘肃红砂遗传多样性与其本身特性和所处不同种群有关。 相似文献
13.
内蒙古野生华北驼绒藜种群遗传多样性和遗传分化研究 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究利用ISSR分子标记技术对内蒙古6个群落野生华北驼绒藜种群的遗传多样性和遗传变异进行了分析,结果表明,内蒙古不同种群野生华北驼绒藜种水平遗传多样性较高,多态位点百分率(PPB)达到98.05%,Nei’s基因多样性指数(h)和Shannon多样性指数(I)分别为0.298 4和0.455 7;依据PPB、h和I估计的各种群内平均遗传多样性的变化趋势一致,依次为PA＞PB＞PD＞PC＞PE＞PF。华北驼绒藜遗传变异主要存在于种群内。种群间的基因流(Nm)为4.333 2,大于1。根据聚类分析,大致可以将6个群落华北驼绒藜种群分为荒漠化草原种群和典型草原种群。生境片断化目前尚不足以导致华北驼绒藜特定基因丢失,发生遗传漂变的可能性很小。 相似文献
14.
为探讨西北地区红色型豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum(Harris)(Pink form)) 不同地理种群的遗传结构,了解其遗传多样性,采用微卫星技术(simple sequence repeat,SSR),用15对引物,对5个地理种群进行了测定和聚类分析.结果表明:共检测出46个多态性位点、多态性条带百分率(PPB)为100％、等位基因数1.7391、有效等位基因数1.33380基因多样性指数(Nei's)在0.1488～0.3132之间,其中新疆呼图壁种群的多样性最高.Shannon信息指数(I)为0.3256、多态位点百分率73.91％.种群基因分化系数Gst为0.3198,表明种群间遗传分化程度较大.AMOVA分析表明,种群间变异占39％,种群内变异占61％.聚类分析表明在相似系数为0.56时,固原、民和、兰州、临夏的种群聚为一类,呼图壁种群独自聚为一类. 相似文献
15.
应用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析。从38个10bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47．11％、58．40％;两群体内个体间平均遗传距离分别为0．1745、0．1963,群体间遗传距离为0．2503。研究表明：因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大。 相似文献
16.
12个无芒雀麦种群遗传多样性的RAPD分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用RAPD分子标记对12个无芒雀麦种群进行遗传多样性分析,结果表明:选用的9条多态性引物共扩增出87个条带,平均每个引物扩增9.67条,其中多态性条带45个,多态性条带百分率为51.72%.无芒雀麦物种水平上的多态性条带数为76个,多态性条带百分率为87.36%,Shannon信息指数为0.2933,Nei s基因多样性指数为0.1843.种群间遗传分化系数为0.2735,说明无芒雀麦的遗传分化主要发生在种群内.聚类结果显示,部分种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但也有例外,这可能与人类的广泛栽培加大了种群间的基因交流有关. 相似文献
17.
扁蓿豆不同品系ISSR标记遗传差异和遗传多样性 总被引：4，自引：1，他引：3
采用ISSR分子标记技术对扁蓿豆4个品系的遗传多样性、遗传差异和遗传结构进行了研究。用7个有效引物对4个品系进行PCR扩增,共获得73个等位基因位点,每条引物平均检测出10.4个位点,其中多态性位点69个,多态位点百分率为94.5%。各品系的Nei’s遗传多样性为0.2569,Shannon’s信息指数为0.4046。Nei’s指数估算和分子方差分析均表明,扁蓿豆4个品系的遗传多样性主要存在于品系内,4个品系间亦出现了较大的遗传分化(Gst=0.1324)。品系00-61、90-36、00-81和93-21的多态位点百分率分别为73.97%、79.45%、82.19%和83.56%;Nei’s遗传多样性(H)分别为0.2050、0.2153、0.2264和0.2474;Shannon’s信息指数(I)分别为0.3222、0.3396、0.3538和0.3821。各品系的遗传参数大小排序均为品系93-21品系00-81品系90-36品系00-61。采用系统聚类和主坐标分析(PCA)两种方法所获得的聚类结果一致,即品系00-61和00-81遗传差异相对较小,其次是品系90-36,品系93-21与各品系的遗传差异较大。 相似文献
18.
利用ISSR分子标记,分析宁南山区6个本氏针茅（Stipa bungeana）自然种群的遗传分化及其群体遗传结构,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。主要结果如下,在本氏针茅6个种群中,15条ISSR引物共扩增出244条可统计条带,其中多态性条带239条,多态性位点比率（PPB）为97.95%,Nei’s基因多样性指数（H）为 0.254 4,Shannon信息指数（I）为0.396 6,各种群之间具有较高的遗传差异。分子方差分析（AMOVA）表明本氏针茅遗传变异的58.06%发生在种群内,41.94%的遗传变异发生在种群间。Mantel检测结果显示本氏针茅6个种群间的遗传距离和地理距离之间均无显著相关性。 相似文献
19.
斑翅山鹑(Perdix dauuricae)是具有很高经济价值的猎用禽.为了获得其群体遗传多样性及遗传变异信息,为我国斑翅山鹑进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究共采用了8个微卫星标记位点对分布于我国北方的斑翅山鹑23个地理种群285个个体进行了群体遗传多样性及遗传结构分析.结果表明,我国斑翅山鹑为遗传多样性较丰富的群体,且每一群体均表现出较高的遗传多样性,其中柴达木盆地地区的种群拥有最高的遗传多样性.遗传分化分析显示组间及组内种群间均表现为遗传分化显著,遗传分化系数(FST)值表明大部分种群间表现出显著的遗传分化.系统树构建和贝叶斯聚类分析结果均显示斑翅山鹑23个地理种群被分化为明显的两个组群.另外,通过BOTTLENECK对各地理种群的分析显示斑翅山鹁种群曾经历过近期瓶颈效应.本研究结果表明,柴达木盆地地区种群、华北平原地区种群、静宁种群、张家川种群以及六盘山地区种群应予以相应关注,以保证有足够的种群大小来保持这些种群的遗传多样性. 相似文献
20.
《中国草地学报》2020,(3)
采集我国荒漠区重要的防风固沙植物准噶尔沙蒿5个地理种群,利用ISSR和RAPD两种方法进行遗传多样性与遗传结构的研究。结果表明:12个ISSR引物扩增出254个条带,其中多态条带为253个,多态条带百分率(PPB)达99.61%,Shannon指数为0.3321;10个RAPD引物扩增出170个条带,其中多态条带169个,PPB为99.41%,Shannon指数为0.4109;说明准噶尔沙蒿有着很高的遗传多样性。采用AMOVA分析种群间的遗传分化,ISSR标记的结果为19.98%,RAPD标记的结果为13.19%,均表明大多数的遗传变异存在于种群内部,种群间分化较小。聚类分析显示,位于分布区东部的甘肃嘉峪关种群与内蒙古的额济纳种群聚到一起,来自新疆的阜康、吉木乃、布尔津种群聚到一起。通过Mantel法检验地理距离与遗传距离的相关性,ISSR与RAPD的结果分别为极显著正相关(P0.01)和显著正相关(P0.05)。 相似文献