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1.
本研究根据口蹄疫病毒 (FMDV)VP1基因的序列 ,设计并合成了 1对用于扩增整个VP1基因的引物 (5P、P6 )。从细胞培养液或组织中提取总RNA ,通过PT_PCR扩增 ,从F2 9株、O3I3株和T5 0 9株中均获得了 1条约 740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收 ,插入到相应双酶切的pUC18质粒中 ,获得了重组质粒。通过PCR鉴定 ,证明重组质粒pUCVP1/F2 9、pUCVP1/O313、pUCVP1/T5 0 9均插入了VP1基因。对上述 3个重组质粒进行测序后分析 ,F2 9强毒株与O3I3、T5 0 9弱毒株相比 ,其核苷酸序列同源性分别为 98.75 %和 99.0 6 % ;因F2 9株核苷酸发生 3个碱基缺失与 1个碱基替换 ,故推导的氨基酸序列同源性分别仅为 44 .13%和 41.32 % ;而T5 0 9株与O3I3株相比 ,其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为 99.37%和 95 .31%。通过序列分析发现 ,本研究的 3个毒株与国内大多数毒株 (包括 1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株 ,除O/A/ 5 8株外 )均属于同一基因型 ,核苷酸序列同源性为 85 %～ 94% ;而与国外毒株相比 ,属不同的基因型 ,核苷酸序列同源性仅为 81%～ 82 %。其推导的氨基酸序列 ,除F2 9株与O/HK/ 93株及 1997年台湾暴发FMDV分离的少数毒株的氨基酸序列同源性仅为 45 %～ 6 3%外 ,本研究的 3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1 相似文献
2.
猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了1对用于扩增整个VP1基因的引物（5P、P6）。从细胞培养液或组织中提取总RNA，通过PT－PCR扩增，从F29株O3I3株和T509株中均获得了1条约740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收，插入到相应双酶切的pUC18质粒中，获得了重质粒。通过PCR鉴定，证明重组质粒pUCVP1/F29,pUCVP1/0313,pUCVP1/T509均插入了VP1基因。对上述3个重线质粒进行测序后分析，F29强毒株与O313、T509弱毒株相比，其核苷酸序列同源性分别为98．75％和99．06％；因F29株核苷酸发生3个碱基缺失与1个碱基替换，故推导的氨基酸序列同源性分别仅为44．13％和41．32％，而T509和O3I3株相比，其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为99．37％和95．31％。通过序列分析发现，本研究的3个毒株与国内大多数毒株（包括1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株，除O／A／58株外）均属同一基因型，核苷酸序列同源性为85％－94％；而与国外毒株相比，属不同的基因型，核苷酸序列同源性仅为81％－82％，其推本研究的3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1基因的氨基酸序列同源性高达87％－95％，本项研究对猪O型FMDV的强弱毒株VP基历进行克隆与序列分析，将进一步丰富我国FMDV毒株VP1基因资料库，为更加科学地防制FMD提供分子水平依据。 相似文献
3.
《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)
根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。 相似文献
4.
5.
4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：2，他引：4
对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。 相似文献
6.
参考GenBank中发表的猪源O型口蹄疫病毒(FMDV)3ABC的基因序列,设计一对特异引物,分别以5株猪源O型FMDV流行毒株基因组RNA为模板,通过RT-PCR的方法获得3ABC基因,并克隆到pMD18-T载体中.测序结果显示:5株O型FMDV流行毒株的3ABC基因cDNA均为1 281bp,编码由427个氨基酸残基组成的多肽.同源性比较和系统发育树分析表明:5株O型FMDV流行毒株亲缘关系密切,属同一基因型. 相似文献
7.
参考GenBank中发表PRV OSU毒株VP6序列ORF两端保守区,设计1对特异引物,以PRVJS株反转录cDNA为模板,通过PCR方法获得约1.3 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:获得了VP6的1 320 bp全基因序列;将其ORF与国内外9株PRV VP6基因的ORF进行核苷酸和氨基酸同源性比较,核苷酸同源性在77.1%~91.1%之间,氨基酸的同源性在89.7%~99.5%之间;在氨基酸系统发育进化树中,JS毒株与A131、OSU、CN86毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
8.
《中国预防兽医学报》2016,(8)
为了解广东地区口蹄疫病毒(FMDV)遗传进化情况,本研究从广东采集5份疑似FMDV感染病料,对样品进行RT-PCR扩增,经克隆测序后,对FMDVs基因序列比对和遗传进化分析。鉴定结果显示,这些病料样品中2份为O型FMDV感染,3份为A型FMDV感染。2个FMDV O型样品中VP1基因的全长均为639 bp,编码213个氨基酸,3A基因的全长均为459 bp,编码153个氨基酸;3个FMDV A型样品中VP1基因的全长均为636 bp,编码212个氨基酸。3A基因的全长均为459 bp,编码153个氨基酸;与国内外分离的O/A型病毒株VP1基因核苷酸序列相比较发现,2个O型病毒VP1基因与O/BY/CHA/2010株核苷酸序列相似性最高(95.0%),均属于耿马谱系FMDV(属ESA基因型);3个A型病毒VP1基因与A/GDMM/CHA/2013株核苷酸序列相似性最高(99.2%),均属于Asia型FMDV。本研究通过对FMDV遗传进化分析为我国FMDV流行病学的研究提供了基础数据,同时对临床上不同型疫苗的选择提供依据。 相似文献
9.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(11)
为了了解水禽细小病毒分子进化规律,试验采用PCR方法扩增5株水禽细小病毒的结构基因。结果表明:结构基因长度为2 199 bp,编码732个氨基酸。鹅细小病毒VP1蛋白氨基酸序列的同源性为95.1%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.9%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.1%~88.3%;鹅细小病毒VP2蛋白氨基酸序列的同源性为95.2%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.6%~99.3%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为85.5%~88.1%;鹅细小病毒VP3蛋白氨基酸序列的同源性为95.0%~100%,番鸭细小病毒之间的同源性为96.8%~99.4%,鹅细小病毒与番鸭细小病毒之间的同源性为88.4%~91.0%。说明鹅细小病毒和番鸭细小病毒均属于不同的进化分支,没有发生重组现象。番鸭细小病毒的2个毒株均存在8个糖基化位点,而鹅细小病毒ZJ毒株为6个糖基化位点,G3与LJY毒株分别缺失582~584 NTT和703~705 NRT。 相似文献
10.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
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AsiaⅠ型口蹄疫病毒灭活疫苗毒株不同宿主系传代中VP1基因的遗传变异研究 总被引：4，自引：4，他引：0
口蹄疫病毒结构蛋白VP1参与构成病毒粒子的主要中和抗原位点,是4种结构蛋白中最易发生变异的。在病毒传代过程中,对VP1基因进行遗传变异分析是口蹄疫疫苗研制中不可或缺的环节。为此,作者扩增了经不同宿主系（乳鼠、BHK21细胞）连传不同代次的AsiaⅠ型毒株的VP1基因,并对其进行遗传变异分析,毒株间核苷酸同源性为99.4%~99.8%,推导氨基酸序列同源性为98.6%~100%;制苗毒株经过不同宿主系有限传代后,与传代前的原毒(MF1)相比,VP1基因未发生大的变异,主要抗原位点较稳定,说明以此种方式获得的制苗毒株制备的灭活疫苗是稳定的,适用于该毒株流行区域内相关家畜的免疫预防。 相似文献
14.
研究分析了O型口蹄疫病毒(FMDV)结构蛋白VP1与当前猪FMDV疫苗血清的免疫反应性.将VP1基因克隆至原核表达载体pET32c,并在大肠埃希菌BL21中得到了表达,Western blot分析表明该重组蛋白与豚鼠O型FMDV标准阳性血清具有良好免疫反应性.目的蛋白经纯化后用ELISA分析其与猪疫苗血清的免疫反应性,结果显示该重组VP1蛋白(rVP1)只能与部分O型FMDV疫苗血清反应.推测当前使用的不同O型FMDV疫苗毒株在VP1重要中和抗原位点G-H环(134 aa～158 aa)与C末端(200 aa～213 aa)存在较大差异. 相似文献
15.
根据已经公布的O型口蹄疫病毒VP1基因序列,设计合成了1对VP1基因特异性引物,应用RT-PCR技术从O型口蹄疫病毒标准毒株扩增得到VP1基因,并将其克隆到原核表达载体pET-28a中,构建了重组原核表达质粒pET-28a-VP1,对重组表达质粒鉴定正确后,转化大肠埃希菌BL21进行诱导表达,SDS-PAGE和Western blotting检测结果表明,O型口蹄疫病毒VP1基因在大肠埃希菌BL21中得到了正常表达,所表达的融和蛋白与标准O型口蹄疫病毒阳性血清具有特异性抗原/抗体反应,说明该融和蛋白具有免疫学活性. 相似文献
16.
采用RT—PCR方法扩增获得了O型口蹄疫病毒的主要免疫原VP1基因，将其插入pMDl8-T载体进行序列分析，结果表明，所获得的基因片段含有完整的FMDV结构蛋白VP1编码区。根据表达载体pQE-Trisystem的克隆位点序列和该VPl基因片段的末端序列设计了1对表达引物，以重组pMD-T—VP1阳性质粒为模板，扩增获得了VP1基因，通过酶切将其克隆至表达载体pQE—Trisystem上。经测序证实，重组表达质粒所含的外源基因VP1编码框正确无误。将重组表达质粒pQE—VP1转化至大肠埃希氏菌M15，通过IPTG诱导促使VP1基因高效表达，SDS—PAGE和Western—blot分析表明，表达产物大小与预期的结果（26ku）一致，且具有良好的反应原性。以2mmol／LIPTG诱导表达5h时表达量最高，其中70％～80％的目的蛋白存在于菌体裂解后的上清中，表明外源基因VP1主要以可溶性方式表达。 相似文献
17.
根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。 相似文献
18.
The nucleotide sequence of the protein-coding region of foot-mouth-disease virus (FMDV) strain O/HK/2001 was determined and compared with the sequences of other FMDVs that were registered in GenBank. The protein-coding region was 6966 nucleotides in length and encoded a protein of 2322 amino acid residues. Comparison of the nucleotide sequence and its deduced amino acid sequence with those of other isolates indicated that O/HK/2001 belonged to the Cathay topotype. A genomic coding region nucleotide sequence phylogenetic tree of several FMDV-O isolates showed that O/HK/2001 was most closely related to FMDV isolates found in Taiwan during 1997, and especially shared significant similarity to HKN/2002, suggesting that the virus causing outbreaks in Hong Kong was genetically most-closely related to that causing an outbreak of type O in Taiwan. Mutations in O/HK/2001 were revealed, including frequent substitutions in the VP1 and L proteins, and deletions involving 10 amino acid residues in the 3A protein. This study was undertaken to assess the regional variation of prevalent FMDV type O viruses and to establish a sequence database for FMDV molecular epidemiological investigation. 相似文献
19.
Núñez JI Martín MJ Piccone ME Carrillo E Palma EL Dopazo J Sobrino F 《Veterinary research》2001,32(1):31-45
An analysis of the informative content of sequence stretches on the foot-and-mouth disease virus (FMDV) VPI gene was applied to two important viral serotypes: A and O. Several sequence regions were identified to allow the reconstruction of phylogenetic trees equivalent to those derived from the whole VPI gene. The optimal informative regions for sequence windows of 150 to 250 nt were predicted between positions 250 and 550 of the gene. The sequences spanning the 250 nt of the 3' end (positions 400 to 650), extensively used for FMDV phylogenetic analyses, showed a lower informative content. In spite of this, the use of sequences from this region allowed the derivation of phylogenetic trees for type A and type O FMDVs which showed topologies similar to those previously reported for the whole VP1 gene. When the sequences determined for viruses isolated in Argentina, between 1990 and 1993, were included in these analyses, the results obtained revealed features of the circulation of type A and type O viruses in the field, in the months that preceded the eradication of the disease in this country. Type A viruses were closely related to an Argentinean vaccine strain, and defined an independent cluster within this serotype. Among the type O viruses analysed, two groups were distinguished; one was closely related to the South American vaccine strains, while the other was grouped with viruses of the O3 subtype. In addition, a detailed phylogeny for type A FMDV is presented. 相似文献
20.
口蹄疫是由口蹄疫病毒引起的主要侵袭偶蹄动物的一种急性热性高度接触性传染病。口蹄疫病毒为微RNA病毒科口蹄疫病毒属成员,存在7个不同血清型,病毒VP1蛋白抗原性差异是病毒血清型划分依据,而其编码基因(1D)核苷酸序列差异是同型病毒拓扑型(Topotype)或基因型鉴别依据。采用O/A/C/Asia-1多重RT-PCR技术,对2006年自云南边境地区采集的120份动物组织样品,进行口蹄疫病原监测,检出O型口蹄疫病毒阳性样品15份。对阳性样品中病毒VP1基因全序列进行扩增、纯化后,克隆至pMD18-T载体测序,并与已知代表性毒株进行比对及系统发育分析。结果发现:云南边境O型口蹄疫病毒阳性样品VP1基因核苷酸序列同源性介于77.3%~98.7%,可划分为3个不同的拓扑型或基因型:中东-南亚型(ME-SA)或泛亚型(PAN-Asia)、古典中国型(Cathay)、东南亚型(SEA)。部分样品VP1蛋白表位43位、154位关键性氨基酸位点存在变异。 相似文献