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1.
《渔业科学进展》2017,(3)
为获取3个食用海带(Saccharina japonica)新品系("海天1号"、"海天2号"、"海天3号")和"黄官1号"海带的遗传多样性和遗传结构信息,为海带种质保存及新品系培育提供理论依据,本研究采用SSR分子标记技术,从20对SSR引物中筛选出8对扩增效果好的引物,对4个海带品系的120个样本进行了种群遗传分析。结果显示,8对引物共检测到28个具有多态性的等位基因,9个特异性等位基因,平均每对引物检测到等位基因数为4.6250个。4个海带品系的Nei?s基因多样性(H)和香农指数(I)平均值分别为0.3809和0.6702,遗传多样性水平偏低,且亲缘关系较近。其中,"海天1号"海带的H、I值最高,多态性位点最多,遗传多样性优于其他3个海带品系。"海天2号"、"海天3号"和"黄官1号"海带遗传多样性水平依次降低。聚类分析结果显示,"海天1号"与"海天3号"海带亲缘关系最近,而与"黄官1号"海带亲缘关系最远。AMOVA分析显示,4个海带品系92.06%的变异来源于品系内部,7.94%的变异来源于品系间。"黄官1号"海带的遗传多样性在4个海带品系中最低,以其作为亲本培育新品种时,应注意提高子代的遗传多样性。遗传多样性最高的是"海天1号",可充分利用其优点培育优良的新品系。 相似文献
2.
坛紫菜不同品系亲缘关系的 SSR 标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR标记对9个坛紫菜(Porphyra haitanensis)品系(2个野生品系,2个优良品系,2个杂交品系,3个色素突变品系)的丝状体进行了亲缘关系分析.结果表明:从52对微卫星引物巾筛选出7对引物,它们的反应稳定并且其PCR产物具有多态性.9个品系的平均有效等位基因数(Ne)为1.716 6,平均期望杂合度(He)为0.407 4,平均多态信息含量(PIC)为0.330 8,Shannon多样性指数(I)为0.623 9.用Nei氏法计算出这9个品系的遗传距离和遗传相似性系数,再用UPMGA和Neighbor-joining 2种方法所获得的系统学关系图,其结果均基本上反映了各品系间的亲缘关系.在引物PC-40界定的遗传座位上,2个优良品系申福1号和优质6号(以申福1号为母本选育出来的品系)的丝状体和叶状体均出现了区别于其他品系的等位基因,显示对这2个优良品系进行SSR特异性标记是可能的. 相似文献
3.
中国海区不同养殖品系海带与长海带之间的遗传关系 总被引：5，自引：0，他引：5
对中国海区海带(Laminaria japonica)不同栽培品系(种)及长海带(L.longissirna)的配子体无性繁殖系进行12个酶系统的同工酶检测,获得了31个基因位点,酶谱分析结果说明,来自同一株海带的雌、雄配子体无性繁殖系具有较高的遗传相似性,但“860”品系可能因杂合度大,导致该品系雌、雄配子体无性繁殖之间的遗传距离较远。对它们相应的亲本孢子体进行RAPD分析,30个随机引物共得到185个扩增位点,其中多态性位点76个,占41％。利用UPGMA对同工酶及RAPD所得到的遗传距离进行聚类分析,表明中国海区养殖海带的不同品系或品种之间的遗传相似性较大,而“烟杂1号”与长海带之间具有较近的亲缘关系。基于同工酶和RAPD图谱的结果推测,“烟杂1号”是一个新的杂交种,其母本可能是“荣杂1号”,而父本可能是长海带。 相似文献
4.
9个海带栽培品种自交系后代遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析 总被引：2，自引：1，他引：1
于2007-2008年采集养殖生产中使用的海带烟杂和单克隆海带配子体杂交培育的东方3号等9个海带(Laminaria japonica)品种/系成熟孢子体,采集游孢子后,通过人工育苗获得自交子一代.以青岛野生海带自交子一代作为对照,运用AFLP分子标记技术对以上10种海带幼孢子体进行遗传多样性和亲缘关系分析.用10对引物组合共扩增条带434条,其中多态性带141条,多态性平均检出比例32.5%.UPGMA聚类分析,可将10个海带品种/系自交子一代分成三大类群(相似系数0.87).其中90%受试海带品种/系亲本的纯合性较高,自交系个体后代遗传相似系数在0.97以上.分析结果表明,中国北方栽培海带品种/系与青岛的野生海带可能来源于同一种群,而福建的栽培海带则在亚热带水域长期栽培后特化成一个相对独立的地理种群.早厚成海带和真海带之间有较近的亲缘关系,推测早厚成海带的亲本可能是真海带.而烟杂海带亲本杂合度明显高于其他海带品种/系,从品种的角度考虑,还需进一步筛选纯化. 相似文献
5.
遗传连锁图谱的构建是实现分子标记辅助育种与数量性状定位的必要手段,为构建龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)遗传连锁图谱提供多态性分子标记,本实验共采用400对SSR引物和91对RSAP引物对组合,对龙须菜两个F1代配子体作图群体的亲本进行了多态性标记筛选,并对4个亲本间的遗传距离进行了评估.得到的SSR多态性标记在GL-F3/GL-M8间为15个,GL-F6/GL-M9间为8个;多态性RSAP标记在GL-F3/GL-M8间为88个;GL-F6/GL-M9间为93个.分析了基于SSR、RSAP技术的两对亲本间的遗传距离,SSR结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.071 2,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.043 6;RSAP结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.228 4,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.253 7.结果表明,在引物组合平均覆盖的位点和引物组合平均产生的多态性方面,RSAP均远高于SSR,在GL-F3/GL-M8间RSAP分别是SSR的4.48与12.13倍,在GL-F6/GL-M9间RSAP分别是SSR的5.81与25.5倍,RSAP标记更适合应用于龙须菜的遗传距离估计和资源的遗传多样性研究.本研究揭示出作图群体亲本间遗传多样性特征,SSR与RSAP分子标记的开发为龙须菜遗传连锁图谱的构建奠定了基础. 相似文献
6.
从黑尾近红鲌发表的46对微卫星引物中筛选出的11对多态性较高的引物,分析团头鲂(♀)和黑尾近红鲌(♂)及其杂交后选育的F4代,即鲌鲂“先锋2号”三个群体的遗传多样性和遗传结构。研究结果显示:这三个群体之间的平均等位基因数分别为4.182、4.273、4.273;平均有效等位基因数分别为2.482、2.803和3.080;平均观测杂合度分别为0.712、0.380和0.507;平均期望杂合度分别为0.579、0.474和0.656;多态信息含量分别为0.508、0.414和0.572。鲌鲂“先锋2号”与母本团头鲂的遗传距离为0.2709,小于与父本黑尾近红鲌的遗传距离(0.5381),在亲缘关系树状图上先与母本聚为一支。鲌鲂“先锋2号”从母本中获得较多的遗传物质,较双亲有丰富的遗传多样性和更高的基因杂合度。研究结果将为研究团头鲂和黑尾近红鲌杂交后代的遗传多样性,探索鲌亚科鱼类属间杂交育种后亲本与子代的亲缘关系和遗传规律提供理论依据。 相似文献
7.
本研究从NCBI的EST数据库中下载大叶藻EST序列共计10 659条,从中得到SSR位点共65个,SSR发生频率为1.7%,平均分布距离为21.7 kb。其中三核苷酸为优势重复类型,占49.2%,二核苷酸数量仅次于三核苷酸,占33.8%。基于65条含有SSR的EST序列,设计并合成了30对引物,其中26对引物的扩增产物单一,片段大小与预测的相近或较大。在由16个大叶藻个体组成的群体中,其中8对引物的扩增条带具有多态性。利用这8对引物对青岛汇泉湾大叶藻自然群体进行了遗传多样性分析,结果表明,8个SSR共检测出33个等位基因,平均每个SSR能检测出4.1个等位基因,多个遗传多样性参数表明,青岛汇泉湾大叶藻群体具有较高的遗传多样性（Ho=0.538 2;He=0.577 6;I=0.560 7）。本研究开发的EST-SSR标记,可进一步丰富大叶藻SSR标记信息,为大叶藻分子生态和群体遗传研究提供更多的标记选择。 相似文献
8.
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2％,平均9.01 kb出现1个SSR位点.设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析.结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高.本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料. 相似文献
9.
泥蚶34个EST-SSR标记的开发及在格粗饰蚶中的通用性检测 总被引：1，自引：0，他引：1
利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增.结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2～7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000 ～ 0.600、0.078 ～0.771、0.106～0.718;Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态;用Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库对含有多态性SSR的EST进行了基因注释,25个SSR位点来自注释基因序列.将34对泥蚶多态性SSR引物在格粗饰蚶中进行了通用性检测,结果有1 1对成功扩增,8对表现为多态,通用率为23.53％,这些通用引物可用于两种蚶的遗传多样性评价、系统进化分析、比较作图和基因发掘等研究. 相似文献
10.
《渔业科学进展》2017,(2)
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0.604和0.526,表明青岛海区栉江珧群体的遗传多样性较高。本研究获得的EST-SSR标记和群体遗传信息为栉江珧的种质资源保护提供了重要的参考资料。 相似文献
11.
为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两种方法分析得到野生群体的遗传多样性参数均显著高于人工增殖群体,但两群体间并未产生明显的遗传分化。实验结果表明,江苏沿海大竹蛏群体的遗传多样性水平较高,人工增殖群体的遗传多样性虽有所下降,但并未导致该地区大竹蛏种质资源遗传结构的显著改变。因此人工增养殖活动仍然能够作为补充大竹蛏资源的主要手段,但应探索采用高效生态的增养殖模式,对大竹蛏的种质资源进行合理的开发与利用。 相似文献
12.
应用RAPD标记技术对魁蚶Scapharca broughtonii1个韩国群体与3个中国群体的遗传多样性进行RAPD分析。对4个群体的133个个体进行扩增,共检测到171个位点。其中,多态性位点为167个,4个群体的多态性位点比例:韩国群体为86.55%、黄岛群体为90.06%、蓬莱群体为85.96%和前三岛群体为89.47%;4个群体的Shannon’s多样性指数为(0.460±0.232)~(0.491±0.214),Nei’s多样性指数为(0.308±0.171)~(0.331±0.199),表明4个群体遗传多态性较高;4个群体遗传分化指数在0.006~0.121之间。其中,韩国与中国的3个群体分化明显,说明韩国与中国3个群体的遗传结构差异较大,黄岛群体与前三岛群体间的遗传分化最小。基于4个群体Nei’s遗传距离的UPGMA方法进行聚类分析显示,黄岛群体与前三岛群体最先聚类,两群体间距离最短,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类。这些数据可为魁蚶种质资源的合理开发和保护及遗传改良提供科学依据。 相似文献
13.
以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58%),其中15对引物表现出高多态性(PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。 相似文献
14.
用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解湘华鲮天然种质资源现状,用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描,结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中,湘华鲮多态性位点9个,对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱,共检测到40个等位基因,每个位点的等位基因数目介于1～5之间,其平均等位基因数为2．67个,平均有效等位基因数为1．47个,平均观察杂合度为0．2289,平均期望杂合度为0．2730,平均多态信息含量（PIC）为0．2440,多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值,与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理,遗传多样性低,种质资源处于危险状态。 相似文献
15.
利用4种鲤科鱼类的14对微卫星引物对西江流域一批野生鲮进行PCR扩增。将各扩增条带进行克隆测序,发现引物MFW1、MFW2、MFW15、MFW17、Cc7、Cc11、Bgon22扩增出的产物含有微卫星重复序列。进一步对鲮的微卫星位点MFW1、MFW2、Cc7重新设计引物,并将其分别命名为Cm1、Cm2、Cm3,新引物对鲮的扩增特异性增强。采用引物Cm1、Cm2、Cm3、Cc11、MFW15、MFW17、Bgon22对西江流域一批野生鲮进行引物适用性检验。结果表明,除引物MFW15、Cc11无多态性外,其余5对引物(Cm1、Cm2、Cm3、MFW17、Bgon22)在取样群体中扩增图谱带型丰富,随引物不同,各标记在群体中检测到的等位基因数为2到16个。各微卫星座位的期望杂合度(He)及观察杂合度(Ho)范围分别为0~0.9038和0~1,平均分别为0.6881(0.1819SD)和0.7772(0.1931SD)。座位连锁分析显示Cm1与Bgon22之间存在显著性水平连锁关系(P<0.05),其余各座位之间未检测到明显的连锁关系(P>0.05)。研究群体的遗传多样性指数平均为0.6823,多态性水平相对较高。以上结果表明,筛选获得的7个微卫星座位适于对鲮进行遗传多样性分析。 相似文献
16.
为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>... 相似文献
17.
利用多态性好的20对微卫星引物,对中国日照、黄岛、蓬莱和韩国的4个魁蚶地理群体进行了遗传多样性分析。结果显示,20个位点在4个群体中的等位基因数为3～17,平均等位基因数为8．35,平均有效等位基因数为6．2306;观测杂合度（He）为0．4667～0．9667;期望杂合度（H。）为0．6198～0．9318;多态信息含量（PIC）为0．5301～0．9093,表现出高的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化指数（Fst）在0．0132～0．0314之间,呈现出较低的遗传分化。群体间的遗传距离在0．1255～0．2458之间;通过构建UPGMA聚类树,显示日照群体和黄岛群体最先聚类,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类,说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。 相似文献