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1.
5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性 总被引：3，自引：0，他引：3
为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442~661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648~661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。 相似文献
2.
ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。 相似文献
3.
由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析并构建系统树,分析ITS1序列片段在大型水母种类鉴定方面的可行性及其在钵水母类系统及演化中的应用。结果显示,4种水母的ITS-5.8S rDNA序列变异较大且具有明显的序列长度多态性,序列长度范围675~833 bp。钵水母纲很多种类的ITS1序列具有种内长度多态性现象,这种长度多态性主要是由于微卫星重复次数不同所造成的。钵水母纲科间遗传距离为0.295~0.491,种间遗传距离为0.024~0.812;除白色霞水母和海蜇外,种内个体间遗传距离为0.000~0.099。采用ML法(maximum likelihood)和贝叶斯法(Bayesian)构建的分子系统树拓扑结构不完全相同且与形态分类学的观点不太一致。研究表明,ITS基因序列在钵水母纲不同阶元间变异较大,适合于钵水母纲种类鉴定和属内种间水平的系统进化研究。 相似文献
4.
采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。 相似文献
5.
为探索建立具有实验红鲫品系特异性的线粒体DNA条形码,对鲫属品种进行鉴定。本研究以实验红鲫和鲫属其他鱼类(洞庭湖鲫、日本白鲫、大眼鲫、兰氏鲫、金鱼、湘军金鱼和湘军花鲫)为测试群体,利用Sanger测序对所有个体的线粒体COⅠ、COⅢ、Cytb这3个基因和D-loop进行测序,同时构建3个基因的拼接序列,并分析它们的序列特征和10种鲫属鱼类分子系统进化的聚类特征。结果显示,COⅠ、COⅢ、Cytb这3个基因的拼接序列和COⅠ基因的进化树聚类能明显地发现10种不同的鲫属鱼类聚成不同的小支,而COⅢ基因和D-loop序列聚类不能同时区分10种鲫属鱼类。研究表明,通过COⅠ基因以及3个基因的拼接序列均能有效地鉴别实验红鲫与鲫属其他鱼类,故该类序列能作为实验红鲫的有效分子标记,同时COⅠ、COⅢ、Cytb和D-loop序列构建的进化树均可以反映10种不同鲫属鱼类之间的进化关系。 相似文献
6.
采集了我国近海分布的 、细鳞 、尖吻 、叉牙 、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651 bp及RAG2基因序列729 bp,两基因片段均不存在插入与缺失.利用M ega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树.结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛 、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系. 相似文献
7.
基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系 总被引：1，自引：0，他引：1
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。 相似文献
8.
《水产科学》2017,(5)
采集了我国近海分布的、细鳞、尖吻、叉牙、四线列牙等5种科鱼类共25尾样品,利用PCR扩增技术对其线粒体基因COⅠ及核基因RAG2序列片段进行扩增测序,得到5种科鱼类COⅠ基因序列651bp及RAG2基因序列729bp,两基因片段均不存在插入与缺失。利用Mega 5.0计算科鱼类两基因碱基组成情况,种内与种间的遗传距离,并基于最大似然法构建了系统进化树。结果显示,系统进化树上,三线最先分化出来,位于进化树的底部,其次是细鳞,也单独形成一支,独立于其他科鱼类聚类分支之外,同属于属的3个种类并没有形成单系,与格纹岛、尖吻聚为一支;叉牙与四线列牙聚成一支,形成姐妹种,显示两者之间有较近的亲缘关系。 相似文献
9.
珠母贝属6个种的ITS 2分子标记研究 总被引：6，自引：3，他引：6
对珠母贝属的大珠母贝、珠母贝、白珠母贝、黑珠母贝、长耳珠母贝、黑珠母贝和合浦珠母贝6个种的内部转录间隔区2(ITS2)序列及其两侧的5.8S和28S的部分序列进行了比较分析。其中黑珠母贝的序列来自GenBank。PCR扩增片段大小为600bp左右,测序结果表明,ITS2长211～254bp,两端的5.8S和28S分别长84bp和272bp(均含引物)。序列比对分析结果表明,5.8S和28S序列高度保守,不适合于种类鉴定,而ITS2序列高度变异,270个比对位点中有146个位点发生突变,其中72个位点发生插入/缺失突变。除白珠母贝和黑珠母贝之间的遗传距离较小外,其余种类之间的遗传距离远远大于种内遗传距离。基因型分析表明,每个种具有各自特有的基因型。基因型和序列变异分析表明ITS2序列可作为珍珠贝种类鉴定的分子标记。可用于种间、杂交育种、幼体和珍珠贝肉等材料的种类鉴定与遗传分析。 相似文献
10.
罗非鱼种间,尤其是尼罗罗非鱼与杂种尼奥罗非鱼之间,很难区分。本文对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和杂交种尼奥罗非鱼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和红罗非鱼的核糖体DNA内部转录间隔子1（ITS1）序列及其两侧的18S和5．8s部分序列特征进行分析,以筛选种间鉴别标记。PCR扩增产物大小约700bp,测序结果表明,（去除引物后）18S长146bp,5．8S长66bp,不同种类之间无差异;ITS1长383-483bp,因种类不同而异,其GC含量大于AT含量,达到67．1％。序列比对分析结果表明,18S和5．8s片段高度保守,但各有3个变异位点可以把上述几个种和杂种相互区分开;18S序列上有一个UnbI限制性酶切位点,可作为尼罗和尼奥罗非鱼的鉴别标记。ITS1序列种间变异大,系统发育分析表明,所研究的5个种聚成2个类群,尼罗与尼奥罗非鱼为一组,莫桑比克-红罗非鱼-奥利亚罗非鱼为另一组。组内种间遗传距离较小,尼罗和尼奥罗非鱼的种间遗传距离为0．006;莫桑比克、奥利亚和红罗非鱼的种间遗传距离在0．007-0．009之间;两组罗非鱼之间的遗传距离较大,在0．030-0．035之间,表明罗非鱼ITS1序列多态性较高,适合于种类区分。结合部分18S和5．8S序列,细胞核rDNA具有鉴别罗非鱼及其杂种的潜力。 相似文献
11.
Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献
12.
为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1 208~1 219 bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160 bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区（包括ITS1和ITS2）序列都存在一定差异,序列同源性在95.82％~99.73％之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7％~95.0％之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。 相似文献
13.
Mauro André Damasceno Melo Adam Rick Bessa da Silva Colin Robert Beasley Claudia Helena Tagliaro 《Aquaculture International》2013,21(6):1325-1332
In an effort to develop molecular tools for oyster identification, this study reveals the usefulness of a multiplex polymerase chain reaction (PCR) for the reliable, rapid and low-cost identification of the four oyster species found along the Brazilian coast: Crassostrea gasar, Crassostrea rhizophorae, Crassostrea gigas and Crassostrea sp. Canela originally found at Pará, Brazil. In order to perform a simultaneous identification of these species, we used a set of five primers developed and adapted from the cytochrome oxidase subunit I (COI) and internal transcribed spacer 1 (ITS1) fragments, respectively. Amplification was successful in all four species and PCR products were visualized in agarose gel. A single reaction was capable of distinguishing between the species: C. gigas, with two fragments (236 bp for COI and 718 bp for ITS1); C. gasar, with one fragment (718 bp for ITS1); Crassostrea sp., with one fragment (621 bp for ITS1) and C. rhizophorae with two fragments (377 bp for COI and 718 bp for ITS1). This molecular approach provides a simple and rapid identification of the oyster species from the Brazilian coast, thus increasing the efficient and quality of oyster culture programs by reducing the risk of wrong species identification. 相似文献
14.
Changsheng Chen Chaotian Xie Dehua Ji Yan Liang Lingmin Zhao 《Aquaculture International》2010,18(6):1045-1060
To select a reliable and sensitive method for discriminating strains of Porphyra haitanensis, the nucleotide sequence of the internal transcribed spacer 1 to internal transcribed spacer 2 regions (ITS-5.8S) of nuclear
ribosomal DNA and the intergenic spacer region of RUBISCO were compared in five wild and five cultivated Porphyra haitanensis strains. Based on molecular analyses, sequences of ITS-5.8S (about 1,210 bp) could be divided into three regions: ITS1, 5.8S,
and ITS2. The ITS1 and ITS2 sequences of each strain differed, even between individuals collected from the same site. In contrast,
5.8S rDNA and RUBISCO spacer sequences were identical among the ten P. haitanensis strains, although differences were found among different Porphyra species. Phylogenetic analysis also supported these conclusions. These sequence features of highly conserved regions and
diversified regions that occurred repeatedly in ITS-5.8S could be useful in discriminating germplasm of P. haitanensis strains or Porphyra species. In contrast, the RUBISCO spacer is only suitable for identifying Porphyra species. New coupled primers were designed to amplify only the 5.8S rDNA and ITS2 region of Porphyra. The sequences of these amplified fragments can be readily used to identify germplasm or to perform phylogenetic analysis
of Porphyra spp. 相似文献
15.
Pacific abalone Haliotis discus hannai (Haliotidae, Gastropoda) is an economically important shellfish species in northern China. The complete nuclear ribosomal DNA (nrDNA) of Pacific abalone was amplified, sequenced, and analyzed. The length of the nrDNA was determined to be around 10.7 kb, and to contain, in order, small subunit ribosomal RNA (nrSSU) genes (1871 bp), internal transcribed spacer (ITS, 759–762 bp), large subunit ribosomal RNA (nrLSU) gene (3411 bp), and an intergenic spacer (IGS, 4624–4654 bp). The SSU and LSU regions were almost identical in different individuals, and show little variation from those of other abalone species. The two different variations of the ITS2 region were presented, and this phenomenon also existed in other species. A phylogeny tree was constructed, based on ITS region sequence datasets, to determine the evolutionary relationships of abalones. Abalones have two major subclades, mainly distributed in the North Pacific, Europe and Australia. The IGS region of the nrDNA was sequenced and analyzed for the first time. Several repeat fragments were present upstream of the sequence, and were significantly different between individuals (93.86% sequence identity). The complete nrDNA sequence will be useful for the classification, identification, phylogeny, germplasm management, and breeding of this shellfish. 相似文献
16.
基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系 总被引：2，自引：0，他引：2
通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种贝类的相关序列进行比对,ITS1的比对长度包括501个位点,其中有364个变异位点和99个简约信息位点;ITS2的比对长度包括381个位点,其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)为外群,采用邻接法(NJ)分析6种贝类的系统发生关系,贝类明显聚合为3个类群:类群Ⅰ包括三角帆蚌(H.culingii)和背瘤丽蚌(L.leai),类群Ⅱ包括扭蚌(A.lanceolata)和圆顶珠蚌(U.douglasiae),类群Ⅲ由背角无齿蚌(A.woodiana woodiana)和褶纹冠蚌(C.plicata)组成。 相似文献