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1.
基于形态特征和线粒体 16S rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化 总被引：1，自引：0，他引：1
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]之间。以日本鳀(Engraulis japonius)和欧洲鳀(Engraulisencrasicholus)为外群构建的NJ树和ML树中,赤鼻棱鳀位于进化树的基部,是最早分化出来的种;进化树显示,黄吻棱鳀和中颌棱鳀关系最近。本研究结果支持形态学得出的赤鼻棱鳀最先分化的结论,认为中颌棱鳀和黄吻棱鳀可能为同一个种,至于汉氏棱鳀(T.hamiltonii)和杜氏棱鳀(T.dussumieri)的分类地位有待进一步确认。 相似文献
2.
福建沿海分布的鳀科(Engraulidae)鱼类,目前已知的共5属15种,即属鳀(Engraulis Cuvier)的日本鳀(Engraulis japonicus Temminck et Schlegel),小公鱼属(Stolephorus Laeepede)的青带小公鱼(Stolephorus zollingeri ),康氏小公鱼(S.commersonii Lacepede),中华小公鱼(S.chinensis ),印度小公鱼(S.indicus),棱鳀属(Thrissa Cuvier)的赤鼻棱鳀(Thrissa kammalensis),汉氏棱鳀(T.hamiltonii),中 相似文献
3.
黄吻棱鳀[Thrissa Vitirostris(Gilchrist et Thompson)],赤鼻棱鳀[T.kammalensis(Bleeker)]和康氏小公鱼[Stolephorus commersonii(Lacepede)]均为我国沿海常见的小型鱼类,是罗源湾定置网的主要渔获对象。有关上述3种鳀科鱼类生物学研究尚少,仅见陈大刚对黄渤海的赤鼻棱鳀、郑小衍和洪幼环对闽南台湾浅滩渔场的黄吻棱鳀和赤鼻棱鳀、陈清潮等对粤东沿岸的康氏小公鱼有过研究。本文对罗源湾的上述3种鱼类的食性进行分析,阐明它们的食性以及它们在罗源湾能流途径中所处的位置。 相似文献
4.
为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5'端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T:29.0%,C:26.3%,A:25.3%,G:19.4%,A+T含量(54.3%)高于G+C含量(45.7%),转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%(0.0%~0.4%)和17.7%(15.7%~19.0%)。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebert提出的种间遗传距离(15.7%~18.6%)大于或等于10倍种内遗传距离(0.0%~0.3%)的标准,确定了它们的物种有效性。黄吻棱鳀和中颌棱鳀的种内遗传距离皆为0.1%,与其他4种棱鳀的种内遗传距离处于同一水平;但二者种间遗传距离仅为0.6%,明显低于其他物种间的种间遗传距离,属于一般物种的种内遗传距离范围,表明二者亲缘关系很近;由于外部形态存在一定的差异,且在分子系统树上各为单系,二者可作为同一物种的2个不同亚种处理,但也不排除是2个近期分化形成物种的可能,在资源管理上应作为2个不同的进化显著单位分别加以管理。 相似文献
5.
测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹12S rRNA基因部分片段的序列,前者为569 bp,后者为570 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为40.4%、35.7%、14.8%、9.1%;40.9%、34.8%、14.7%、9.6%.不包括1处插入/缺失位点,2种蟹类序列间有45个变异位点,核苷酸差异率为7.91%,其中转换32个、颠换13个,碱基转换与颠换比约为2.5.基于已知的弓蟹科13种蟹类的12S rRNA基因324 bp同源序列构建的系统发生树的拓扑结构显示,弓蟹科的厚蟹属、仿厚蟹属、近方蟹属、绒螯蟹属的蟹类分别聚为一支,支持其分别为一单系. 相似文献
6.
基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类 总被引：1，自引：0，他引：1
为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。 相似文献
7.
鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议，本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基，结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列，并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群，生成供系统发育分析的序列矩阵，利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等，应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科，鰤亚科，鲳鲹亚科，鰆鲹亚科）阶元的分类系统；（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元；（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近，16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异，未达到分属水平，应同属于副叶鲹属的两个不同种，并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。 相似文献
8.
中国近海鯻科鱼类系统发育初探 总被引：2，自引：0，他引：2
分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因联合分析更多属种,才能确定可否另立新属,并进一步明确鯻科鱼类的系统发育关系。 相似文献
9.
分析研究了2009年7月福建罗源湾鱼卵、仔稚鱼的种类组成及数量分布。共鉴定19种鱼类的鱼卵和仔稚鱼,隶属于13科。其中,鱼卵10种、仔稚鱼14种。夏季,罗源湾水平拖网鱼卵和仔稚鱼平均密度分别为1.80 ind/m3和0.54 ind/m3;垂直拖网鱼卵和仔稚鱼平均密度分别为4.11 ind/m3和2.63 ind/m3。鱼卵、仔稚鱼以鳀科数量最多,优势种类为中颌棱鳀(Thrissa mystax)和康氏小公鱼(Stolephoruscommersonli)。与历史资料相比,不但种类数减少,且优势种由多科鱼类并存向鳀科鱼类为主转变。夏季鱼卵、仔稚鱼主要分布在罗源湾中北部海域及湾口附近。 相似文献
10.
长江刀鱼池塘驯养试验 总被引：1，自引：0，他引：1
<正>刀鲚(Coilia ectenes)俗称刀鱼,也叫长颌鲚,属鲱形目,鳀科,鲚属,是一种中小型名贵经济鱼类,主要分布在长江流域的通江水域,是长江三鲜(鲥鱼、河豚、刀鱼)之首,为典型的长江名贵鱼类,由于群体数量下降,现已成为稀有水产品。2005年开始 相似文献
11.
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。 相似文献
12.
5种经济海胆线粒体16SrRNA基因片段的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。 相似文献
13.
本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。 相似文献
14.
采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。 相似文献
15.
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比,根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述,16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析,又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。 相似文献
16.
采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的3种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的两种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。 相似文献
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罗非鱼海豚链球菌16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析 总被引：18，自引：2，他引：16
为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与S.agalactiae代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.5%),而与S.difficilis代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。上述研究证实,本试验从发病罗非鱼脑组织分离到的致病性链球菌为海豚链球菌。 相似文献
18.
从三疣梭子蟹育苗场发病且大量死亡的大眼幼体中分离到优势生长的菌株SX1,人工感染试验证明,SX1对健康三疣梭子蟹大眼幼体及Ⅲ期幼蟹有较强的致病性;对菌株SX1进行了形态特征、理化特性等表型生物学特性检验,并进行了菌株SX1的16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因的同源性检索与系统发育学分析。结果显示,菌株SX1具有发光杆菌属的特征,且16S rRNA、gyrB和rpoA 3种基因序列均与发光杆菌具有较高的同源性,在系统发育树中与Photobacteriumganghwense聚为一个分支,自举数据值达100%。综合菌株SX1的形态特征、理化特性及3种基因的同源性检索与系统发育学分析,研究表明菌株SX1与P.ganghwense亲缘关系更近,鉴定SX1为P.ganghwense且为本次引起三疣梭子蟹大眼幼体大量死亡的病原菌。 相似文献
19.
基于16S rRNA和Cyt b基因序列探讨2种梅童鱼的遗传分化 总被引：2，自引：0，他引：2
比较分析了棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）和黑鳃梅童鱼（C.niveatus）的16SrRNA和Cytb基因片段序列差异及遗传分化程度。在长度为526bp的16SrRNA和379bp的Cytb基因片段的核苷酸序列中,2种间共检测到44处核苷酸替代。分析结果表明,2个基因片段的鸟嘌呤（G）含量较低,在Cytb蛋白质编码基因第三密码子位点上表现尤为明显。基于16SrRNA和Cytb基因片段分析结果显示,2种间平均遗传距离分别为0．012和0．111。构建的系统树显示2种梅童鱼在这2个基因片段上存在显著的遗传分化。根据Cytb基因2％／百万年的进化速率推断,棘头梅童鱼与黑鳃梅童鱼的分化时间约为550万年,发生于上新世（Pliocene）早期。 相似文献
20.
采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。 相似文献