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鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。 相似文献
2.
奥利亚罗非鱼线粒体基因组全序列测定与系统进化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列.分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区.A、T、G、C碱基的组成分别为27.89％、25.50％、15.62％、30.99％.基因排列与罗非鱼属的其他物种一致.13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA做终止密码子.22个tRNA的二级结构都具有典型三叶草结构.系统发育分析显示,罗非鱼属与丽鱼科(Cichlidae)其他物种分开,聚为单系群,其中奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系较近,莫桑比克非鱼和罗非鱼KM-2006亲缘关系较近.本研究旨在为进一步利用线粒体基因组分析罗非鱼群体遗传多样性、亲缘关系以及丽鱼科系统进化提供基础依据. 相似文献
3.
为了解拟腹吸鳅属(Pseudogastromyzon)鱼类的系统发育特征,对已获得的11种该属鱼类进行线粒体基因组的测序与分析,结果表明,其线粒体基因组的长度在16 560～16 574 bp之间,且基因组成和排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组基本一致;各线粒体基因组序列中A+T的含量均超过50%,并存在反G偏倚现象。通过对11种拟腹吸鳅属鱼类线粒体基因组13个蛋白质编码基因与控制区序列的比较发现：在COⅠ基因中有一段6 bp的碱基插入和缺失;D-loop基因的进化速率介于蛋白质编码基因之间,ND4、ND5、Cyt b和D-loop等基因适合作为本属鱼类种间系统发育研究的分子标记。基于COⅠ基因序列的11种拟腹吸鳅属鱼类种间遗传距离以及基于线粒体基因组序列构建的11个种系统发育树研究表明,九龙江拟腹吸鳅(P.fasciatus jiulongjiangensis)与梅花山拟腹吸鳅(P.meihuashanensis)应为拟腹吸鳅(P.fasciatus fasciatus)的同物异名。9个有效种可以分为两大类：颏部吸附器为品字型的3种属于品唇鳅亚属(Labigastromyzon),... 相似文献
4.
通过PCR扩增和一代测序技术获得麦鱼(Rhinogobius sp.)线粒体基因组全序列，并对其序列结构进行了分析。结果表明：1)麦鱼线粒体基因组全长16 511 bp,其碱基G+C的含量为47.7%,A+T的含量为52.3%,呈现AT偏好性；2)共含有蛋白质编码基因13个，rRNA基因2个，tRNA基因22个和D-loop区，除ND6、tRNA-Gln、tRNA-Tyr、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Ser、tRNA-Glu、tRNA-Pro基因在L链上编码之外，其他基因均在H链上进行编码；3)基于线粒体基因组全序列和Cytb基因，分别构建了鰕虎鱼类中部分属的进化树，其表明麦鱼与波氏吻鰕虎鱼、褐吻鰕虎鱼、子陵吻鰕虎鱼聚在一个分支上，均属于吻鰕虎鱼属，并且其与波氏吻鰕虎鱼的亲缘关系最近。 相似文献
5.
不同鳊鲂鱼类群体微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析 总被引：9，自引：2，他引：7
为对不同鳊鲂鱼类进行群体鉴定和遗传多样性分析,从60对微卫星标记中筛选出18对多态性高的引物,构建了6个鳊鲂鱼类群体的微卫星DNA指纹图谱。结果显示,东江三角鲂、钱塘江三角鲂、厚颌鲂、广东鲂、团头鲂和长春鳊6群体的平均等位基因数(N a)分别为5.17、6.11、3.50、6.56、5.22、5.22,平均期望杂合度(H e)分别为0.634 2、0.720 4、0.546 2、0.681 2、0.675 2、0.559 7,平均多态信息含量(PIC)分别为0.575 6、0.666 9、0.472 0、0.630 6、0.606 4、0.517 0,表明钱塘江三角鲂的遗传多样性最高,厚颌鲂的遗传多样性最低;聚类分析表明,钱塘江三角鲂和团头鲂首先聚为一支,遗传距离较近,为0.560 6;厚颌鲂与长春鳊的遗传距离最远,为1.759 2。引物Mam03和EST37产生的特异条带可将鲂属和鳊属鱼类区分,鉴定出鳊属鱼类长春鳊;引物TTF3、EST37、TTF2/TTF10、EST66依次组合可区分出鲂属东江三角鲂、厚颌鲂和广东鲂这3个群体。研究结果为我国鳊鲂鱼类种质资源保存、种群鉴定和良种选育奠定了基础。 相似文献
6.
斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用LA-PCR扩增和引物步移相结合的方法对我国辽东湾斑海豹的线粒体基因组全序列进行了测定,并完成了基因组成和系统发生学分析。辽东湾斑海豹线粒体基因组长为16 754bp,其基因构成与其他海洋哺乳动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个控制区。在其37个基因中,ND6、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro位于L链上,其余均位于H链上。对我国辽东湾、韩国和美国阿拉斯加斑海豹线粒体基因组进行了比较分析,结果显示,三者线粒体基因组长度略有不同,差异主要体现在以重复片段形式存在的控制区序列中。值得注意的是,在编码区中,3个目标群体的线粒体ND5基因核苷酸差异最为显著,共检测到了18个突变位点,造成4处氨基酸序列变异。斑海豹线粒体基因组蛋白编码基因的变异分析及海豹科系统进化分析结果显示,我国辽东湾和韩国斑海豹的序列同源性显著高于美国阿拉斯加斑海豹,说明辽东湾和韩国斑海豹很可能来自同一个种群。 相似文献
7.
摘要: 为深入开展黄带拟鲹种质鉴定、分类及遗传进化等研究,通过二代高通量测序与生物信息学分析,揭示了黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)线粒体基因组全序列基因结构及鲹科鱼类系统发育特征。结果显示,黄带拟鰺线粒体基因组为典型的环状DNA结构,序列全长为16 570 bp,碱基组成分别为A(27.2 %)、G(17.18%)、C(30.24%)和T(25.38%),包括13种蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,除ND6、tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro外,其余基因均在H链上编码,且基因组存在多处重叠区域。除CO Ⅰ和ND5的起始密码子分别为ATC和ATA外,其余11个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在Cyt b中存在不完全终止密码子T;黄带拟鲹线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.58%和51.55%,非编码控制区(D-loop)A+T富含61.69%,具有明显的AT偏好性。除tRNASer-(GCT)外,其余21个tRNA均含典型三叶草二级结构。为进一步研究黄带拟鲹系统进化特性,通过与18种鲹科鱼类线粒体基因组全序列及16S rRNA基因构建系统进化树显示,黄带拟鲹与高体若鲹同属一个分支,亲缘关系最近。结果可为黄带拟鲹物种鉴别、遗传多样性评价与保护提供技术依据。 相似文献
8.
瘤背石磺线粒体基因组全序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2~138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有类似于tRNA的二级结构。基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ、MP、ME和UPGMA法构建系统进化树。分析6种软体动物之间的亲缘关系,结果与传统的系统分类基本一致。研究初步确定瘤背石磺与平疣桑椹石磺的亲缘关系比与凯尔特石磺的亲缘关系近。 相似文献
9.
为探讨天然三倍体滁州鲫的系统进化地位,采用直接测序法获得滁州鲫线粒体基因组。其序列全长为16581 bp,碱基组成为31.6% A、26.2% T、16.1% G和26.1% C,包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码区,各基因的位置及组成与已公布的鲤科鱼类一致。除tRNA-Ser (AGY)外,其他21个tRNA的二级结构均具有典型的三叶草结构;13个蛋白编码基因中,除COⅠ起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子;COⅡ、ND3、ND4和Cytb基因的终止密码子为不完整的T,其他9个基因均具有完整的终止密码子TAA或TAG。序列分析表明,滁州鲫与其他鲫属鱼类(方正银鲫A系和D系、鲫、淇河鲫、萍乡肉红鲫、黑鲫、日本白鲫和日本银鲫)在线粒体基因组上均具有较高的序列同源性(>94%)。以鲤(Cyprinus carpio haematopterus)为外类群,基于线粒体13个蛋白质基因的核苷酸与氨基酸序列构建上述鲫属鱼类的系统进化树,结果显示,滁州鲫与方正银鲫亲缘关系最近,与黑鲫最远。综合以上研究结果,认为滁州鲫应为银鲫亚种的一个地方种群。 相似文献
10.
长臂虾科线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 总被引：1，自引：0，他引：1
通过常规PCR和长PCR扩增获得脊尾白虾的线粒体DNA,采用鸟枪法测序、序列组装获得脊尾白虾的线粒体基因组全序列.结合罗氏沼虾和沼虾的线粒体基因组,分析了长臂虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因和基因变异程度等.与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,2个沼虾的线粒体基因组的基因排列完全一致;而脊尾白虾线粒体基因组却存在2个tRNA基因的易位.长臂虾科线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了coxl基因多态位点的比例最低,仅为25.5%;而3个基因(nad2、nad4和nad5)不仅多态位点的比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最丰富的多态位点.因此,nad2、nad4和nad5基因可以作为分子标记,用于分析长臂虾不同群体之间的遗传多样性,为长臂虾生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障. 相似文献
11.
Triangular bream (Megalobrama terminalis) IGF-I DNA and gene were cloned from triangular bream liver for the first time by RT-PCR. Sequence analysis indicated that
the IGF-I cDNA consisted of 486 nucleotides encoding 117 amino acids which spanned the complete signal peptide, B, C, A, D
and E domains. Analysis of the E domain indicated that triangular bream IGF-I belongs to the IGF-I Ea-2 subtype. Compared
to bluntnose bream (Megalobrama amblycephala), another member of the same Megalobrama genus, triangular bream IGF-I shared 99.8% identity in cDNA sequence and 99.4% in predicted amino acid sequence. However,
considerable differences were found in comparison to with common carp (Cyprinus carpio) and grass carp (Ctenopharyngodon idellus), which are members of the same family but of a different genus.
This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date. 相似文献
12.
通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列。其序列全长为16609 bp,碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H链上编码。黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游。在其22个tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三叶草二级结构。黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外,均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤;两者间存在一定的遗传差异。基于18种隶属于13属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata)、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支,且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近,与小甘鲹进化距离较远。 相似文献
13.
利用已构建的仿刺参cDNA文库得到的线粒体DNA(mtDNA)相关基因序列设计扩增引物,测定了大连仿刺参线粒体基因组全序列,并对其进行了基因构成和进化分析。仿刺参线粒体基因组序列长16 109bp,其基因构成与其他后口动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和3个主要的非编码区。在其37个基因中,ND6、tRNASer(AGN)、tRNAGln、tRNAAla、tRNAVal、TrnaAsp位于L链上,其余均位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除ND1的起始密码子为GTG外,其余均以ATG作为起始密码子;除Cytb以"T"作为终止密码子外,其他蛋白质基因均具有完全的终止密码子,且在已知的棘皮动物线粒体蛋白质基因中,部分基因的起始和终止密码子表现出一定的纲内特异性。比较分析了大连、青岛、威海仿刺参线粒体基因组,三者的基因组成和排列相同,碱基组成相近,蛋白质编码基因的起始和终止密码子完全一致,但存在核苷酸和氨基酸序列的差异。三者的控制区序列存在多个插入/缺失和SNP位点。根据COI、Cytb和ND4计算了三者之间的遗传距离为0.006～0.018,遗传距离分析和系统进化关系分析都显示青岛仿刺参和威海仿刺参的关系较大连仿刺参更近。 相似文献
14.
The complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of long-finned squid Loligo edulis forma kensaki (L. edulis f. kensaki, Teuthida: Myopsida) was determined. It contains 13 protein-coding genes, 12SrRNA, 16SrRNA, and the 22 tRNA genes, and three long noncoding regions. We also determined the mitochondrial genome nucleotide sequence of seasonal brood samples of L. edulis f. budo collected from the western part of the Sea of Japan in the autumn to winter seasons, which showed morphologic discrepancies with L. edulis f. kensaki. Comparison of the two complete sets of mitochondrial DNA data showed that the similarity of the two sequences was as high as 99.9?%, with only eight nucleotide substitutions in coding regions. The complete mitochondrial genome of Loligo edulis f. kensaki from Nagasaki Pref. is 17360?bp and L. edulis f. budo from the Shimane Pref. is 17351?bp. The nucleotide sequences and haplotype patterns in ND1 suggest that L. edulis f. kensaki and L. edulis f. budo share a single genetic background. 相似文献
15.
The complete mitochondrial genome (mt-genome) sequence of Fulvia mutica (Veneroida; Cardiidae) was determined. The genome is 19,110 bp in size and contains 42 genes, including the ATP synthase subunit 8 gene (atp8). All genes are on the same strand, as in other marine bivalves. It is extremely different in gene arrangement and size from that of Acanthocardia tuberculata, the only species belonging to Cardiidae with complete genome sequence data. The presence of putative atp8 genes in two additional reported bivalve species, A. tuberculata and Sinonovacula constricta was also inferred by revising their deposited sequence data. It was suggested that atp8 genes of heterodont bivalves could be translated to 37–39 amino acid sequences highly conserved within families, excluding Hiatella arctica with 53 amino acids. The mt-genome of F. mutica also contains two large duplicated regions related to different sequence motifs. One of the regions consists of five nearly identical copies of the 154 bp motif that includes a transfer RNA gene for cysteine. This region exhibited polymorphism in the number of repeats among individuals, suggesting the existence of a variable number of tandem repeats, which was expected to provide valuable information for developing useful genetic markers for phylogenetic study and population genetics. 相似文献
16.
采用血细胞常规染色和细胞化学染色对厚颌鲂(Megalobrama pellegrini)外周血细胞形态及细胞化学特征进行观察。结果显示:厚颌鲂外周血细胞可分为红细胞、血栓细胞、单核细胞、淋巴细胞和三种类型粒细胞。红细胞有幼稚、成熟和衰老三种形态,其中幼稚和衰老红细胞较少见;血栓细胞数量最多,其次是淋巴细胞。粒细胞中Ⅰ型和Ⅱ型较常见,Ⅲ型粒细胞少有。细胞化学染色显示幼红细胞、血栓细胞和淋巴细胞均呈ACP弱阳性;单核细胞呈ACP和ANAE阳性;Ⅰ型粒细胞是嗜中性粒细胞,POX、ACP和ANAE阳性;Ⅱ型粒细胞是PAS-GL,PAS强阳性和ACP阳性;Ⅲ型粒细胞是Ⅰ型粒细胞的晚期形态。厚颌鲂的PAS-GL可能是嗜酸性/嗜碱性粒细胞,而不是嗜碱性粒细胞的前体。 相似文献
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Cu~(2+)、Zn~(2+)、Cd~(2+)对厚颌鲂幼鱼的联合致毒效应研究 总被引：3，自引：0，他引：3
采用单因子静态急性毒性试验方法与加和等毒性溶液法,分别研究了Cu2+、Zn2+、Cd2+对厚颌鲂(M ega-lobrama pellegrini)幼鱼的急性毒性和联合毒性效应。结果显示:3种重金属离子对厚颌鲂幼鱼的毒性由强到弱依次为Cu2+、Cd2+、Zn2+,其中Cu2+对厚颌鲂幼鱼24 h、48 h、72 h、96 h的半致死质量浓度(LC50)分别为0.54 mg/L、0.38 mg/L、0.27 mg/L、0.23 mg/L;Cd2+对厚颌鲂幼鱼24 h、48 h、72 h、96 h的半致死质量浓度(LC50)分别为14.32 mg/L、8.34 mg/L、6.36 mg/L、4.44 mg/L;Zn2+对厚颌鲂幼鱼24 h、48 h、72 h、96 h的半致死质量浓度(LC50)分别为21.95 mg/L、17.56 mg/L、15.33 mg/L、14.62 mg/L。Cu2+、Cd2+、Zn2+对厚颌鲂幼鱼的安全质量浓度分别为0.056 mg/L、0.849 mg/L、3.372 mg/L。Cu2+、Cd2+、Zn2+两两共存时对厚颌鲂幼鱼96 h的联合毒性效应均表现为毒性增强的协同作用。 相似文献
19.
Bigeye tuna Thunnus obesus is considered an important fishery species around the world. There is no adequate genetic data available for the T. obesus population. Polymorphism of sequence variations in mitochondrial Cytb genes were assessed to explore the level of genetic variability and differentiation among eight populations of T. obesus sampled from the central Pacific Ocean. Overall, a total of 44 mtDNA haplotypes and 26 variable sites were detected in the 686 bp segment of mtDNA Cytb gene. Nucleotide diversity ranged from 0.17 to 0.27 % and the haplotype diversity ranged from 0.604 to 0.793. An analysis of molecular variance (AMOVA) test of bigeye tuna revealed that 99.38 % of the genetic variation occurred within populations. Both the maximum likelihood tree and the haplotype network indicated that two lineages of bigeye tuna coexisted in the central Pacific Ocean. Hierarchical AMOVA tests and pairwise analysis revealed no geographical isolation among haplotypes within the two lineages. High Nm values from this investigation indicated high rates of gene flow between the two sampling regions. Furthermore, tests of neutrality and mismatch distribution suggested that T. obesus might have experienced a population expansion, one that possibly occurred 110,000 years ago. Our study firstly unraveled the population genetic structure of the T. obesus in the central Pacific Ocean, and addressed the related fishery management issues including fishery stock identification, management, and conservation. 相似文献