共查询到20条相似文献，搜索用时 525 毫秒
1.
《中国兽医学报》2016,(6):917-922
利用DNAStar对GenBank上发布的坦布苏病毒(TMUV)的E基因进行序列分析,根据分析结果选择其保守区域设计1对特异性引物。按照相同的方法,设计另1对鼠源内参基因β-actin的引物。通过PCR扩增获得E和β-actin的部分片段,分别与pMD18-T载体连接,构建重组质粒,经鉴定、纯化后作为阳性标准品,分别用于实时荧光定量PCR中E基因及内参基因β-actin标准曲线的构建。通过对反应条件进行优化,建立了以β-actin为内参基因的检测鼠或鼠源细胞中TMUV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。该方法对TMUV的最低检出量为10个拷贝,比普通PCR高1 000倍;批内和批间重复性试验的变异系数均小于0.45%;特异性试验的结果表明,该方法只能检测到TMUV的扩增曲线。对50份样品进行检测,该方法的检出率为100.00%(普通PCR为87.50%),并对组织中病毒载量进行了相对定量,进一步说明了该方法的敏感性高,可用于试验样品的检测,为研究该病毒对哺乳动物的致病特性提供特异性的检测方法。 相似文献
2.
《中国饲料》2017,(14)
根据转基因低木质素苜蓿草品系KK179-2 5’端外源插入序列与苜蓿草基因组DNA之间的邻接区序列设计引物和探针,建立了KK179-2品系特异性实时荧光PCR检测方法,并对其特异性、灵敏度及可重复性进行了测定。结果表明:建立的定量实时荧光PCR检测方法特异性良好;标准曲线线性相关系数(R~2)为0.99,扩增效率E为105%;检测限为20拷贝,定量限为200拷贝。重复性实验显示本方法的标准偏差(SD)及相对标准偏差(RSD)都在可接受范围内。综上,建立的KK179-2品系特异性定量PCR检测方法适于快速、准确、稳定地对转基因苜蓿草KK179-2品系进行检测。 相似文献
3.
为了建立基于SYBR Green Ⅰ的快速检测副猪嗜血杆菌(HPS)的实时荧光定量PCR方法,参照GenBank公布的HPS的infB基因序列(DQ:781933.1),设计特异性引物;提取HPS基因组,进行PCR扩增,回收目的片段;构建阳性标准模板,建立标准曲线;验证其敏感性、重复性和特异性。结果显示,本试验得到了阳性标准质粒,并建立了标准曲线,线性关系在102copies/μL～108copies/μL检测范围内良好;该方法敏感性达到10copies/μL,比常规PCR高100倍,重复性试验变异系数均小于2.5%,同时对HPS具有良好的特异性。结果表明,本试验建立的副猪嗜血杆菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法可用于临床对HPS的快速诊断和定量检测。 相似文献
4.
参照GenBank上登录的非典型猪瘟病毒(atypical porcine pestivirus virus,APPV)全基因组序列设计特异性引物成功从感染APPV阳性样品中扩增出270 bp的APPV基因片段,并将其克隆到pEASY-Bluent Zero Cloning Kit载体,以纯化的重组质粒为模板优化反应条件,建立了检测APPV的特异性荧光定量PCR方法。结果显示,建立的荧光定量PCR方法C_t值与标准品在1.49×10~1～1.49×1010 copies/μL呈现良好的线性关系,相关系数为R^20.999,斜率为-3.442,扩增效率为95.207%。该方法与PCV2、PRV、PRRSV、PPV及CSFV基因组均无交叉反应,敏感性比常规PCR高出1 000倍,组内和组间重复试验变异系数均小于2%。对临床采集的20份疑似感染APPV的样品进行检测,结果显示应用所建立的荧光定量PCR成功检测到3份APPV阳性样品,而常规PCR仅检测到1份,表明所建立的荧光定量PCR比常规PCR灵敏度更高。本试验所建立的APPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,可实现对APPV早期诊断及感染进行定量分析检测。 相似文献
5.
用PCR方法扩增出鸡减蛋综合征病毒（EDSV）Hexon基因保守片段,经琼脂糖凝胶电泳及序列测定分析扩增产物的特异性。以构建的阳性重组质粒作为标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应的扩增曲线和溶解曲线,并绘制标准曲线。结果表明,建立的EDSV荧光定量PCR标准曲线Ct值与1×10^1～1×10^6拷贝/μL的基因拷贝数呈现良好线性关系,灵敏度可达10拷贝,且特异性及重复性良好;说明本试验建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法可用于EDSV的诊断及病原的定量分析。 相似文献
6.
《中国兽医学报》2020,(3)
根据TBEV NS5基因序列设计特异性引物,构建标准品,优化荧光定量PCR的反条件和反应体系,将标准品按10~(8 )～10~1拷贝/μL梯度稀释,建立标准曲线。同时分析其敏感性和特异性,并对155份牛血清样品进行检测验证。结果显示,建立了TBEV基于SYBR GreenⅡ荧光定量PCR的检测方法。标准曲线在8个浓度梯度间呈现良好的线性关系,扩增效率为97%,组间和组内变异系数均低于2%且无非特异杂峰。敏感性检测显示,荧光定量检测下限为10~1拷贝/μL,灵敏度比半巢式PCR高10倍。该方法对LCMV、SFTSV及TBEV毒株进行检测,仅TBEV出现特异性扩增。临床样品检测结果显示,荧光定量PCR检出TBEV阳性率为14.2%,比半巢式PCR检测阳性率提高了5.2%,两者检测一致率为63.6%。结果表明,成功建立TBEV基于SYBR GreenⅡ荧光定量PCR的检测方法,为蜱传病防控奠定基础。 相似文献
7.
利什曼原虫实时荧光定量PCR方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
以利什曼原虫的小环状动基体DNA(Leishmaniak DNA)为靶基因,建立实时荧光定量PCR检测利什曼原虫的方法。根据GenBank报道的利什曼原虫小环状动基体DNA保守序列设计合成特异性引物,经PCR扩增后与pMD18-T载体连接,转化入大肠杆菌DH5α感受态细胞。挑选阳性克隆重组质粒经鉴定正确后,作为模板建立SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线。结果构建的标准曲线线性关系良好,相关系数为0.996,而且特异性强,重复性好。本研究成功建立了实时荧光定量PCR检测利什曼原虫的方法,该方法可用于利氏曼原虫病的诊断、流行病学监测和科学研究。 相似文献
8.
鸡传染性贫血病毒荧光定量PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据鸡传染性贫血病毒基因组保守区域设计1对扩增片段为164 bp的特异性引物,应用SYBR GreenⅠ染料建立了鸡传染性贫血病毒(CIAV)荧光定量PCR检测方法.以本室构建的阳性重组质粒作为模板,制定标准曲线,对CIAV阳性样品进行了敏感性、特异性和重复性、稳定性试验,并应用于临床检测.结果表明引物最佳终浓度为0.2 μmol/L,制作的标准曲线定量浓度范围宽,最低可检测到每个反应相当于10个拷贝的标准品DNA;与IBDV、ARV、MG都不反应;重复性、稳定性试验的变异系数都较小.对保存的25份疑似CIAV样品进行荧光定量PCR检测,结果检出9份阳性.本研究建立的荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床上鸡感染CIAV的检测. 相似文献
9.
《中国家禽》2017,(7)
为实现对鸭圆环病毒(DuCV)的快速检测,分析比对Gen Bank中登录的DuCV全基因组序列,在其保守区设计并合成一对特异性引物,将扩增的212 bp片段克隆入pMD-18T载体中,获得pMD18DuCV重组质粒,通过SYBR GreenⅠ荧光掺入法分别对系列稀释pMD18DuCV中DuCV特异性片段进行扩增,通过pMD18DuCV浓度对数与Ct值制作了标准曲线并推导出直线回归方程,二者相关系数(R~2)为0.9968,建立了DuCV实时荧光定量PCR检测方法,重复性和灵敏性检测结果表明重复性良好,检测下限为67.2拷贝/μL;将建立的DuCV实时荧光定量PCR检测方法分别对鸭肝炎病毒(DHV)、大肠杆菌、新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒、小鹅瘟病毒(GPV)核酸或cDNA进行特异性检测,结果表明特异性良好。初步应用结果表明,建立的DuCV实时荧光定量PCR方法检出率为26.4%(62/235),明显优于常规PCR检测结果15.3%(36/235)。 相似文献
10.
为建立一种特异、快速的媾疫锥虫检测方法,本研究通过PCR方法从马媾疫锥虫动基体基因组中扩增得到395 bp的特异的保守序列,将其克隆到pMD-18T载体中构建重组质粒标准品,以10倍倍比稀释的质粒标准品为模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立马媾疫锥虫荧光定量PCR的检测方法。结果表明:该方法的检测灵敏度可达到1拷贝/μL,并且与马属动物其他传染病无交叉反应。其组间及组内变异系数分别小于3.183%和3.842%。该方法的建立为快速及特异性检测马媾疫锥虫提供了有效的方法。 相似文献
11.
为寻求快速、有效检测羊泰勒虫的PCR方法,本试验建立了检测羊泰勒虫18SrRNA基因和表面蛋白基因的两种常规PCR方法和一种检测18SrRNA基因的半套式PCR方法,并从其敏感性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示:上述方法检测羊泰勒虫基因组DNA的最小检测量分别为1.6fg/μL、16fg/μL和0.016fg/μL;检测临床样本阳性检出率分别为31.37%(16/51)、17.64%(9/51)和45.10%(23/51)。3种方法中,检测18SrRNA基因的半套式PCR方法敏感性和临床样本检出率最高,其次为检测18SrRNA基因的常规PCR方法,最后为检测表面蛋白基因的常规PCR方法。结果说明,所建立的半套式PCR方法是一种较好的羊泰勒虫检测方法。 相似文献
12.
为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rRNA、50S rRNA和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rRNA为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rRNA为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rRNA基因的21.6%(13/60)和50S rRNA基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。 相似文献
13.
根据猪肺炎支原体(Mhp)和猪鼻支原体(Mhr)的16S rRNA基因设计3条引物, 建立Mhp和Mhr的双重PCR检测方法,并对该方法进行了特异性和敏感性试验,并使用建立的方法检测了临床样品和疫苗样品。结果显示该方法具有良好的特异性,最低可检测到0.66ng 的Mhp基因组DNA和0.58 ng Mhr基因组DNA,临床样品和疫苗样品检测结果与普通PCR检测结果一致。该双重PCR方法,可用于Mhp与Mhr的鉴别、诊断以及疫苗纯粹性检查,快速而准确。 相似文献
14.
15.
依据GenBank中登录的常见细胞污染支原体16S rRNA基因序列,选择高度保守的区域设计引物,建立了一种快速灵敏的支原体PCR检测方法.该方法可以特异性检测出6种支原体,并能敏感的检测到10个拷贝数的目的基因.采用建立的PCR方法和传统的培养法对23个不同样品(细胞、血清、疫苗成品、半成品)进行检测,符合度100％.该方法的建立可大大缩短疫苗生产过程中支原体检验所需时间. 相似文献
16.
根据GenBank上发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列(登录号U88565)设计合成2对引物,建立了猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法,经酶切分析、单管巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定,并与血涂片染色镜检、常规PCR进行了比较。结果:扩增的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(U88565)同源性为96%;特异性试验表明,设计的引物不能扩增弓形虫、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌及羊附红细胞体等病原体;敏感性试验表明,单管巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.116 fg的标准模板DNA。通过对75份血液样本的检测表明,建立的单管巢式PCR方法明显优于血涂片染色镜检法及常规PCR方法,具有较高的敏感性和实用性。本试验建立的单管巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等优点,为猪附红细胞体的检测提供了一种新型、可靠的诊断技术。 相似文献
17.
Pusterla N Leutenegger CM Sigrist B Chae JS Lutz H Madigan JE 《Veterinary parasitology》2000,90(1-2):129-135
A real-time quantitative PCR using the TaqMan fluorogenic detection system (TaqMan PCR) was established for identification of Ehrlichia risticii, the agent of Potomac horse fever (PHF). The TaqMan PCR identified an 85 base pair section of the 16S rRNA gene by use of a specific fluorogenic probe and two primers. This technique was specific for eight tested E. risticii strains. The TaqMan system identified 10 copies of a cloned section of the 16S rRNA gene of E. risticii. The sensitivity and specificity of the TaqMan PCR were similar to those of conventional nested PCR. The TaqMan PCR was evaluated on horses with infectious colitis and on freshwater stream snails collected from regions with a history of PHF. E. risticii could be detected in 22 of 153 (14.4%) horses with infectious colitis and in 25 of 234 (10.7%) snails in the TaqMan PCR. The same results were obtained in the conventional nested PCR. The Ehrlichia-load was in the range of 10,000-9,000,000 and 35,000-680, 000,000 Ehrlichia equivalents per microg leukocyte DNA and snail DNA, respectively. 相似文献
18.
建立一种快速鉴别诊断不同型产气荚膜梭菌的PCR检测方法,为动物产气荚膜梭菌病的快速诊断及流行病学调查提供有效的技术手段。克服传统鉴定方法耗时长、费用高的缺点,提高了检测效率。通过对产气荚膜梭菌α毒素、β毒素、ε毒素和ι毒素基因序列分析,利用Premier5.0软件设计并合成了5对特异性引物,建立了针对5种不同型产气荚膜梭菌的PCR鉴别诊断方法。通过反复试验确定了最佳退火温度为53℃。通过灵敏度试验表明,PCR检测方法最低能检测到的DNA浓度α毒素为308pg/μL,β毒素、ε毒素为30.8pg/μL,ι毒素A为0.122pg/μL,ι毒素B为0.05pg/μL。通过特异性试验表明,本方法具有较高的特异性。同时,通过对本方法检测出的阳性样品16S rRNA序列分析发现,与GenBank中的其他产气荚膜梭菌的16S rRNA序列同源性均在98%以上。表明建立的检测方法灵敏度高、特异性强,可以应用于动物产气荚膜梭菌病的实验室诊断。 相似文献
19.
细菌通用引物在奶牛乳房炎病原菌检测中的作用研究 总被引：3，自引：0，他引：3
为了建立PCR直接检测奶牛乳房炎致病菌的方法,探索通用引物在奶牛乳房炎致病菌检测中的应用价值。利用16S rRNA基因的高度保守性,设计并合成细菌的通用引物,采用合成的引物扩增标准菌株及患有奶牛乳房炎的奶样。结果表明,通用引物扩增7 种标准菌株,370 bp处均可得到清晰的电泳条带;通用引物PCR 可检出250 ng/L的金黄色葡萄球菌标准菌株DNA;对患有奶牛乳房炎的奶样进行扩增,370 bp处也得到了清晰的电泳条带。建立在16S rRNA基础上的通用引物在奶牛乳房炎的检测中,初步显示具有特异、快速等优点,为进一步判断细菌的种类奠定了基础。 相似文献
20.
利用编码3-磷酸甘油醛脱氢酶的gapC基因具有高度特异性的特点,建立PCR方法鉴定与奶牛乳房炎相关的链球菌。根据已有gapC基因序列设计1对引物,以分离自患乳房炎奶牛乳样的10株革兰阳性球菌、10株革兰阳性杆菌、10株革兰阴性杆菌作为待检菌株,进行PCR扩增。结果表明,在10株革兰阳性球菌中,有8株球菌可以扩增出约1011bp的目的条带,而其他2株革兰阳性球菌及20株杆菌均无相应PCR产物出现。通过传统的生化鉴定与16S rDNA序列分析相结合证实,能扩出gapC基因的8株革兰阳性球菌分别为乳房链球菌(Streptococcus uberis)、牛链球菌(S.bovis)与猪链球菌(S.suis)。说明基于gapC基因的PCR方法,用于鉴定奶牛乳房炎相关链球菌具有较强的特异性。 相似文献